CAMEO3D

Continuous Automated Model EvaluatiOn (CAMEO) — это проект, охватывающий все сообщество, по непрерывной оценке точности и надежности серверов прогнозирования структуры белка полностью автоматизированным способом. ^[1] CAMEO — это непрерывное и полностью автоматизированное дополнение к двухгодичному эксперименту CASP . ^[2]

В настоящее время ^{[ необходимо разъяснение ]} CAMEO оценивает прогнозы для предсказанных трехмерных структур белков (3D), прогнозы участков связывания лигандов в белках (LB) и инструменты оценки качества моделей (QE).

Рабочий процесс

CAMEO выполняет слепую оценку методов прогнозирования структуры белка на основе еженедельных выпусков новых определенных экспериментальных структур Protein Databank (PDB) . Аминокислотные последовательности структур белка, которые вскоре будут выпущены, отправляются на участвующие веб-серверы. Веб-серверы возвращают свои прогнозы в CAMEO, и прогнозы, полученные до того, как экспериментальные структуры были выпущены, включаются в оценку точности прогноза. В отличие от эксперимента CASP , сравнение между прогнозом и справочными данными полностью автоматизировано и, следовательно, требует числовых мер расстояния, которые являются надежными по отношению к относительным перемещениям доменов . ^[3]

История

CAMEO был разработан ^{[ когда? ]} как часть модуля Protein Model Portal ^[4] Базы знаний по структурной биологии ^[5] в рамках Инициативы по структуре белков . CAMEO разрабатывается группой вычислительной структурной биологии в Швейцарском институте биоинформатики SIB и Биоцентруме Базельского университета . ^{[ нужна ссылка ]}

Более ранними проектами с похожими целями были EVA и LiveBench . ^{[ необходима ссылка ]}

Смотрите также

Программное обеспечение для прогнозирования структуры белка

Ссылки

^ Хаас, Дж.; Рот, С.; Арнольд, К.; Кифер, Ф.; Шмидт, Т.; Бордоли, Л.; Шведе, Т. (2013). «Портал моделей белков — всеобъемлющий ресурс для информации о структуре и моделях белков». База данных . 2013 : bat031. doi :10.1093/database/bat031. PMC 3889916. PMID 23624946 .
^ Moult, J; Fidelis, K; Kryshtafovych, A; Schwede, T; Tramontano, A (февраль 2014 г.). "Критическая оценка методов предсказания структуры белка (CASP)--раунд x". Белки . 82 Suppl 2: 1– 6. doi :10.1002/prot.24452. PMC 4394854 . PMID 24344053.
^ Mariani, V; Biasini, M; Barbato, A; Schwede, T (1 ноября 2013 г.). «lDDT: локальная оценка без суперпозиции для сравнения структур белков и моделей с использованием тестов на разницу расстояний». Биоинформатика . 29 (21): 2722– 8. doi :10.1093/bioinformatics/btt473. PMC 3799472. PMID 23986568 .
^ Арнольд, К; Кифер, Ф; Копп, Дж; Батти, Дж. Н.; Подвинец, М.; Уэстбрук, Дж. Д.; Берман, Х. М.; Бордоли, Л.; Шведе, Т. (март 2009 г.). «Портал моделей белков». Журнал структурной и функциональной геномики . 10 (1): 1– 8. doi :10.1007/s10969-008-9048-5. PMC 2704613. PMID 19037750 .
^ Габани, MJ; Адамс, PD; Арнольд, К; Бордоли, Л; Картер, LG; Флиппен-Андерсен, Дж; Гиффорд, Л; Хаас, Дж; Куранов А; Маклафлин, Вашингтон; Микаллеф, Д.И.; Минор, Вт; Шах, Р; Шведе, Т; Тао, Ю.П.; Уэстбрук, доктор юридических наук; Циммерман, М; Берман, Ее Величество (июль 2011 г.). «База знаний по структурной биологии: портал к белковым структурам, последовательностям, функциям и методам». Журнал структурной и функциональной геномики . 12 (2): 45–54 . doi :10.1007/s10969-011-9106-2. ПМК 3123456 . ПМИД 21472436.

Внешние ссылки

Домашняя страница КАМЕО
Портал белковых моделей

[1] Хаас, Дж.; Рот, С.; Арнольд, К.; Кифер, Ф.; Шмидт, Т.; Бордоли, Л.; Шведе, Т. (2013). «Портал моделей белков — всеобъемлющий ресурс для информации о структуре и моделях белков». База данных . 2013 : bat031. doi :10.1093/database/bat031. PMC 3889916. PMID 23624946 .

[2] Moult, J; Fidelis, K; Kryshtafovych, A; Schwede, T; Tramontano, A (февраль 2014 г.). "Критическая оценка методов предсказания структуры белка (CASP)--раунд x". Белки . 82 Suppl 2: 1– 6. doi :10.1002/prot.24452. PMC 4394854 . PMID 24344053.

[3] Mariani, V; Biasini, M; Barbato, A; Schwede, T (1 ноября 2013 г.). «lDDT: локальная оценка без суперпозиции для сравнения структур белков и моделей с использованием тестов на разницу расстояний». Биоинформатика . 29 (21): 2722– 8. doi :10.1093/bioinformatics/btt473. PMC 3799472. PMID 23986568 .

[4] Арнольд, К; Кифер, Ф; Копп, Дж; Батти, Дж. Н.; Подвинец, М.; Уэстбрук, Дж. Д.; Берман, Х. М.; Бордоли, Л.; Шведе, Т. (март 2009 г.). «Портал моделей белков». Журнал структурной и функциональной геномики . 10 (1): 1– 8. doi :10.1007/s10969-008-9048-5. PMC 2704613. PMID 19037750 .

[5] Габани, MJ; Адамс, PD; Арнольд, К; Бордоли, Л; Картер, LG; Флиппен-Андерсен, Дж; Гиффорд, Л; Хаас, Дж; Куранов А; Маклафлин, Вашингтон; Микаллеф, Д.И.; Минор, Вт; Шах, Р; Шведе, Т; Тао, Ю.П.; Уэстбрук, доктор юридических наук; Циммерман, М; Берман, Ее Величество (июль 2011 г.). «База знаний по структурной биологии: портал к белковым структурам, последовательностям, функциям и методам». Журнал структурной и функциональной геномики . 12 (2): 45–54 . doi :10.1007/s10969-011-9106-2. ПМК 3123456 . ПМИД 21472436.