C6orf201
| C6orf201 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | C6orf201 , dJ1013A10.5, хромосома 6 открытая рамка считывания 201, белок MGC87625 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | MGI : 1914011; HomoloGene : 23555; GeneCards : C6orf201; OMA :C6orf201 - ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Открытая рамка считывания 201 хромосомы 6 , C6orf201, представляет собой белок , который у людей кодируется геном C6orf201 . [ 5] У людей этот ген кодирует ядерный белок , который в первую очередь экспрессируется в яичках . [6] [7]
Ген
У людей длина гена составляет 51 558 пар оснований . Транскрипт , который производит самый длинный белок из 140 аминокислот, транслируется из необработанной мРНК , которая имеет шесть экзонов и имеет длину 1664 нуклеотида . [8] [9]
Псевдонимы
Открытая рамка считывания 201 хромосомы 6 (C6orf201) также называется: dJ1013A10.5, MGC87625, RP5-1013A10.5 и LOC404220. [10]
Локус
C6orf201 расположен на хромосоме 6 в позиции 6p25.2 и кодируется на плюс-цепи. [11] C6orf201 расположен рядом с геном FAM217A и геном ECI2 . [12]
Сохранение
C6orf201 высококонсервативен у приматов , умеренно консервативен у других млекопитающих , а также имеет консервацию у нескольких рептилий . [13] В mycoplasma gallinarum достаточно консервации , чтобы предположить, что в какой-то момент эволюционной истории C6orf201 мог иметь место горизонтальный перенос генов . Для C6orf201 не обнаружено паралогов или случаев дупликации генов .
Ортологи
Гомологичные домены
C6orf201 принадлежит к DUF4523 (Pfam15023), функционально не охарактеризованному семейству белков , которое встречается у млекопитающих . [14]
Белок
Имена
Менее распространенные названия белка C6orf201 : белок MGC87625, гипотетический белок LOC404220, OTTHUMP00000213693 и OTTHUMP00000213725. [10]
Общие свойства/характеристики
У людей самый длинный вариант белка состоит из 140 аминокислот , [15] имеет молекулярную массу 16,2 кДа , [16] и изоэлектрическую точку 10,88. [16] Предполагается, что C6orf201 является ядерным белком . [7]
Модификация и структура
C6orf201 имеет несколько предсказанных участков фосфорилирования PKC и CKII у людей . [17] Белок также имеет сигнал ядерной локализации . [7] C6orf201 имеет консервативную альфа-спираль и консервативную бета - цепь в белке . [16]
Взаимодействие белков
C6orf201 взаимодействует с SRPK1 , [18] TMEM106B , [19] и APP. [20]
Выражение
C6orf201 в первую очередь экспрессируется в яичках человека , а также экспрессируется в яичках взрослых мышей и крыс . [6] Данные микрочипов GEO также подтверждают экспрессию C6orf201 в яичках человека и мыши . [21] [22]
Клиническая значимость
Результаты исследования
Токсикологическое исследование показало , что C6orf201 был одним из 20 наиболее дерегулированных генов у обезьян , которые подвергались воздействию сварочных дымов в течение длительного периода времени. [23] Другое исследование изучало экспрессию генов после использования ингибитора метилирования , C6orf201 был одним из многих исследованных генов . [24]
Ссылки
- ^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000185689 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000021415 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ Mungall AJ, Palmer SA, Sims SK, Edwards CA, Ashurst JL, Wilming L, et al. (Октябрь 2003). «Последовательность ДНК и анализ человеческой хромосомы 6». Nature . 425 (6960): 805– 11. Bibcode :2003Natur.425..805M. doi : 10.1038/nature02055 . PMID 14574404.
- ^ ab "EST Profile". Национальный центр биотехнологической информации . Получено 9 мая 2015 г.
- ^ abc Nakai, Kenta. "PSORT II predict". GenScript . Архивировано из оригинала 6 сентября 2021 г. . Получено 9 мая 2015 г. .
- ^ "GeneCards: The Human Gene Compendium" . Получено 8 февраля 2015 г.
- ^ "Homo sapiens хромосома 6 открытая рамка считывания 201 (C6orf201) мРНК". Национальный центр биотехнологической информации . Получено 9 мая 2015 г.
- ^ ab "Ген Homo sapiens C6orf201, кодирующий открытую рамку считывания 201 хромосомы 6". NCBI: AceView . Получено 9 мая 2015 г. .
- ^ "Genomatix". Архивировано из оригинала 2 декабря 2021 г. Получено 9 мая 2015 г.
- ^ "Ген NCBI: Ген C6orf201" . Получено 8 февраля 2015 г. .
- ^ "Базовый инструмент поиска локального выравнивания". NCBI BLAST .
- ^ "Family: DUF4523 (PF15023)". Европейский институт биоинформатики . Получено 26 апреля 2015 г.
- ^ "неохарактеризованный белок C6orf201 [Homo sapiens]". Национальный центр биотехнологической информации . Получено 9 мая 2015 г.
- ^ abc "The Biology WorkBench". San Diego Super Computer . Получено 9 мая 2015 г.
- ^ "Motif Scan". ExPASy: SIB Bioinformatics Resource Portal . Получено 9 мая 2015 г.
- ^ Варьосало М., Кескитало С., Ван Дроген А., Нурккала Х., Вичалковски А., Эберсольд Р., Гстайгер М. (апрель 2013 г.). «Ландшафт взаимодействия белков группы киназ CMGC человека». Отчеты по ячейкам . 3 (4): 1306–20 . doi : 10.1016/j.celrep.2013.03.027 . hdl : 20.500.11850/70524 . ПМИД 23602568.
- ^ Ролланд Т., Ташан М., Шарлото Б., Певзнер С.Дж., Чжун К., Сахни Н. и др. (ноябрь 2014 г.). «Карта сети человеческого интерактома в масштабе протеома». Cell . 159 (5): 1212– 1226. doi :10.1016/j.cell.2014.10.050. PMC 4266588 . PMID 25416956.
- ↑ Олах Дж, Винце О, Вирок Д, Симон Д, Бозсо З, Тыкеши Н, Хорват I, Главанда Е, Ковач Дж, Мадьяр А, Шоч М, Орос Ф, Пенке Б, Овади Дж (сентябрь 2011 г.). «Взаимодействие патологических характерных белков: полимеризация тубулина, способствующая белку / p25, бета-амилоиду и альфа-синуклеину». Журнал биологической химии . 286 (39): 34088– 100. doi : 10.1074/jbc.M111.243907 . ПМК 3190826 . ПМИД 21832049.
- ^ "C6orf201 Мелкоклеточный рак легких - Homo sapiens". База данных поиска информации Национального центра биотехнологии . Получено 9 мая 2015 г.
- ^ "C6orf201 Различные ткани - Mus musculus". Национальный центр биотехнологической информации . Получено 9 мая 2015 г.
- ^ Heo JD, Oh JH, Lee K, Kim CY, Song CW, Yoon S, Han JS, Yu IJ (март 2010 г.). «Профилирование экспрессии генов в легочной ткани яванских макак в ответ на повторное воздействие сварочных дымов». Архивы токсикологии . 84 (3): 191– 203. doi :10.1007/s00204-009-0486-z. PMC 2820669. PMID 19936710 .
- ^ Park GT, Han J, Park SG, Kim S, Kim TY (апрель 2014 г.). «Анализ метилирования ДНК CD4+ T-клеток у пациентов с псориазом». Архивы дерматологических исследований . 306 (3): 259– 68. doi :10.1007/s00403-013-1432-8. PMID 24323136. S2CID 25754439.
