БиоСЛАКС
дистрибутив Linux
БиоСЛАКС
Различные биоприложения, работающие на BioSLAX
РазработчикЦентр биоинформатики Национального университета Сингапура
(ресурс)
Марк Де Силва
Лим Куан Сьонг
Тан Тин Ви
Семейство ОСUnix-подобный : Linux
Рабочее состояниеТекущий
Исходная модельС открытым исходным кодом
Последний релизv 7.5 / 5 февраля 2009 г .; 15 лет назад ( 2009-02-05 )
ПлатформыIA-32 , x86-64
Тип ядраМонолитный
ЛицензияРазличный
Официальный сайтwww.bioslax.com

BioSLAX — это операционная система (ОС) Live CD , Live DVD и Live USB , включающая в себя набор из более чем 300 биоинформатических инструментов и приложений. Она была выпущена подразделением ресурсов биоинформатики Института наук о жизни (LSI) Национального университета Сингапура (NUS) и может загружаться с любого ПК, поддерживающего загрузку с CD/DVD или Universal Serial Bus (USB), и запускает сжатую версию Slackware ОС Linux , также известную как Slax . Slax был создан Томашем Матейичеком в Чешской Республике с использованием Linux Live Scripts, которые он также разработал. Производная BioSLAX была создана Марком Де Сильвой, Лим Куан Сионгом и Таном Тин Ви.

BioSLAX впервые был включен в учебную программу по естественным наукам Национального университета Сингапура в апреле 2006 года.

История

В январе 2003 года APBioNet получила исследовательский грант от Программы Pan Asia Networking (PAN) IDRC (Канада) на создание APBioBox из часто используемых биоинформатических приложений и пакетов с программным обеспечением для сетевых вычислений в рамках своих усилий по созданию APBioGrid. В качестве платформы была выбрана тогда повсеместная Redhat Linux. В марте того же года APBioNet запустила схему отраслевого партнерства (AIPS) и заключила партнерство с Sun Microsystems для создания BioBox для платформы Solaris. Шесть месяцев спустя бета-версии APBioBox и biobox от Sun, теперь называемые Bio-Cluster Grid, были выпущены для бета-тестирования среди выбранных сторон. Пакеты включали Globus Grid Toolkit Version 2.0 и Sun Grid Engine соответственно. [1]

4 декабря 2003 года программные пакеты biobox, тогда называвшиеся APBioBox (Redhat Linux) и BioCluster Grid (Sun Solaris), были испытаны в полевых условиях на семинаре по биоинформатике, который проводился в Институте передовых наук и технологий (ASTI), Департаменте науки и технологий (DOST), Филиппины по случаю 70-й годовщины Национального исследовательского совета Филиппин (NRCP). Десять машин Pentium и несколько серверов Sun были успешно включены в APBioGrid. Этот семинар и протестированное программное обеспечение были спонсированы Sun Microsystems и частично профинансированы IDRC.

В июле 2004 года доктор Дерек Кионг представил Knoppix как стабильную, мощную и небольшую платформу Unix (на базе Debian) профессору Тан Тин Ви на семинаре, организованном Институтом системных наук (ISS), NUS. К сентябрю 2004 года с помощью г-на Онг Гуан Сина они смогли создать шаблон ремастеринга Knoppix, встроив программное обеспечение в APBioBox и полезные приложения в прототип APBioKnoppix в качестве проекта для практического курса модуля LSM2104 кафедры биохимии, NUS. [2] Позднее он был обновлен на основе Knoppix 4.02 и выпущен как APBioKnoppix2. [3] Хотя APBioKnoppix широко использовался, было обнаружено, что его нелегко расширять. Все приложения должны были быть на месте до ремастеринга, что делало дистрибутив очень негибким.

В июне 2005 года г-н Марк Де Сильва из Bioinformatics Resource Unit of the Life Sciences Institute (LSI) предложил использовать Slax в качестве основы для нового био-based live CD из-за его модульной системы, которая фактически позволяла использовать ту же базовую систему и легко включать различные инструменты или изменения поверх базы, добавляя отдельные модули со всеми файлами приложений или изменениями. Это устраняло необходимость в ремастеринге всей системы каждый раз, когда появлялось новое программное обеспечение или изменения, как это было в случае с Knoppix.

К апрелю 2006 года была выпущена первая версия BioSLAX в нескольких редакциях:

  • Стандартная пользовательская версия (530 МБ)
  • Версия для разработчиков (700 МБ)
  • Серверная версия (470 МБ)

BioSLAX впоследствии использовался в модуле обучения биоинформатике в NUS в рамках программы Life Science, а также в нескольких мероприятиях, организованных под эгидой Азиатско-Тихоокеанской сети биоинформатики (APBioNet). APBioNet является региональным филиалом Международного общества вычислительной биологии (ISCB). Были созданы индивидуальные версии для обслуживания как NUS, так и APBioNet.

В августе 2007 года в сотрудничестве с APBioNet был использован настроенный BioSLAX для настройки узла ресурсов биоинформатики Вьетнама в Bio-IBT, сервере ресурсов биоинформатики Института биотехнологии, Вьетнамской академии наук и технологий, Ханой, Вьетнам. Узел Bio-IBT предлагал:

  • Репозиторий биологических баз данных BioMirrors
  • Зеркальный ресурс NCBI BLAST
  • Веб-доступ к приложениям EBI EMBOSS
  • Веб-доступ к множественному выравниванию последовательностей Clustal W
  • Веб-доступ к множественному выравниванию последовательностей T-Coffee
  • Веб-доступ к пакету филогенетического вывода PHYLIP
  • Веб-доступ к Sequence Manipulation Suite, SMS2

Пользователи с доступом к серверу по SSH также имели доступ ко многим другим приложениям в области биологии и естественных наук на основе интерфейса командной строки .

Весь проект был реализован в сотрудничестве с 1-м семинаром по биоинформатике ЮНЕСКО-IUBMB-FAOBMB-APBioNet во Вьетнаме, который состоялся 20–31 августа 2007 года и был сопутствующим мероприятием 6-й Международной конференции по биоинформатике (InCoB) 2007 года в Гонконге, Ханое и Наньше.

Некоторые версии BioSLAX, развернутые в международных учреждениях в рамках APBioNet, были оснащены небольшим инструментом, который позволял им сопоставлять свои IP-адреса с динамически создаваемым доменным именем apbionet.org, тем самым предоставляя каждой машине полное доменное имя (FQDN) и присутствие в Интернете. [ необходима цитата ]

Модульность

Поскольку Slax работал путем наложения "модулей приложений" поверх базовой ОС Linux, он сделал весь дистрибутив модульным. Дополнительная функциональность развертывания этих модулей даже при уже работающей системе сделала использование Slax еще более привлекательным. Включение графического пользовательского интерфейса (GUI) на основе "BioSLAX Module Manager" упростило этот процесс динамического добавления и удаления модулей.

Пользователи могли тестировать обновления программного обеспечения или новые версии и «откатываться» к предыдущим версиям по мере необходимости. Это было особенно эффективно, если SLAX/BioSLAX устанавливался на записываемый носитель, например, на USB-накопитель.Менеджер модулей BioSLAX

Версии

Скриншоты

На сегодняшний день существует две версии BioSLAX — версия 5.x на основе Slax 5 и версия 7.x на основе Slax 6. В то время как 5.x следовала номерам версий Slax 5, версия 7 приняла новую нумерацию версий, которая на единицу выше, чем версия Slax, на которой она основана. Последние версии можно загрузить с веб-сайта BioSLAX. [4]

БиоСЛАКС 5.x

BioSLAX 5.x был в основном основан на Slax версии 5.1.8, работающем на более ранних версиях ядра Linux 2.6 и KDE 3.4 с unionfs.

Редакции BioSLAX 5.x

Стандартная пользовательская версия

Эта редакция использует графический интерфейс KDE X Window System и включает все инструменты и наборы приложений, но не содержит инструменты компилятора , исходный код ядра Linux и заголовочные файлы. Она в основном подходит для пользователей, которым нужно использовать только инструменты и наборы приложений. Она небольшая, что облегчает загрузку и полезна в областях с ограниченной пропускной способностью интернета.

Версия для разработчиков

Это издание запускает KDE X Window GUI и включает все инструменты и наборы приложений, полный набор инструментов разработки и компиляции, а также исходный код и заголовки ядра Linux. Это издание больше подходит для опытных пользователей, которым нужны различные инструменты и приложения, и которые должны компилировать новые приложения или создавать новые модули приложений для BioSLAX.

Серверная версия

В эту редакцию не входит X Window GUI, инструменты компиляции, исходный код ядра Linux или заголовочные файлы ядра. Она предназначена в основном для использования в качестве удаленного сервера, где пользователи должны либо использовать Secure Shell (SSH) для использования приложений командной строки, либо подключаться к серверу через Интернет для доступа к доступным веб-порталам популярных биоприложений.

Издание NUS LSM

Это издание представляет собой издание для разработчиков, адаптированное для использования в учебной программе по естественным наукам Национального университета Сингапура (NUS) для преподавания биоинформатики .

Издание Таверна

Это издание — Developer Edition, которое включает TaveRNA . Проект TaveRNA направлен на предоставление языка и программных инструментов для облегчения использования рабочего процесса и распределенной вычислительной технологии.

БиоСЛАКС 7.x

BioSLAX 7.x основан на Slax 6 и включает в себя более поздние выпуски ядра Linux 2.6, KDE 3.5 и использует сжатие aufs и lzma. Самым большим изменением является использование этой версии как клиента или сервера. Дистрибутив также был перемещен с CD на DVD, что позволило ввести больше приложений, которые ранее были исключены из версии 5.x для экономии места. Возможность загрузки с USB-накопителя, отформатированного в таблице размещения файлов (FAT) или расширенной файловой системе (EXT), также была представлена ​​в Slax 6, поэтому версии BioSLAX 7.x также имели эту функцию, эффективно обеспечивая постоянную обработку файлов, которые недоступны на CD/DVD, поскольку они не являются (пере)записываемыми.

БиоСЛАКС 8

Версии BioSLAX после 7.x были отложены из-за того, что разработчик базового дистрибутива (Slax) Томаш Матейичек отказался продвигать новую версию из-за семейных обязательств. Однако главной причиной его нежелания продвигаться вперед было то, что он ждал, пока Squash FS и LZMA будут интегрированы в ядро ​​Linux по умолчанию, вместо того, чтобы пользователям приходилось применять отдельные патчи. Начиная с ядра 2.6.38, интеграция была наконец завершена, что побудило Матейичека взглянуть на новую версию Slax, что, следовательно, приведет к появлению новой версии BioSLAX в ближайшие месяцы. Его мысли о новой версии Slax можно проследить в его блоге. [ нужно обновление? ]

Функции

Стандартные инструменты

BioSLAX имеет операционную систему Linux Slackware 12.1 с обновленными драйверами для различных сетевых адаптеров, включая поддержку множества разнообразных беспроводных карт. Он также имеет много полезных базовых инструментов и приложений, таких как:

Инструменты биоинформатики

Инструменты и приложения биоинформатики подразделяются на три основные категории.

Консольные приложения

Приложения для ПК

Веб-приложения

Установка на жесткий диск

Полезным аспектом дистрибутивов на основе Slax является то, насколько легко преобразовать работающую ОС в полноценную систему Linux, установленную на жестком диске любого ПК, которая будет занимать примерно 3,5 ГБ пространства.

Инструмент, написанный с помощью набора инструментов KDE Kommander, названный BioSLAX Installer, предоставляется пользователям для легкого преобразования работающей ОС в полную установку Linux. Используя модули для настройки дистрибутива, а затем используя установщик, пользователи могут быстро развернуть полностью установленные настроенные клиенты.Установщик BioSLAX

Планы на будущее

Обновления BioSLAX

BioSLAX будет обновляться по мере выпуска новых версий Slackware (или Slax). Инструменты и наборы приложений также будут отслеживаться на предмет существенных изменений и обновляться по мере необходимости. Некоторые инструменты могут быть удалены, чтобы освободить место для других инструментов, которые могут делать то же самое, но с дополнительной функциональностью и лучшей эффективностью. Рассматриваются и другие веб-порталы, например, порталы для ReadSeq, Primer3 и Genesplicer находятся в разработке.

Развертывание сетки

Разработчики также рассматривали возможность интеграции различных платформ Grid-вычислений с BioSLAX. Поскольку BioSLAX можно загрузить немедленно с любого CD/DVD/USB, его можно использовать в качестве быстро развертываемой операционной системы с поддержкой Grid. Одной из таких платформ Grid была платформа Univa Grid. Используя агент Univa Grid MP , было показано на GridAsia 2009 в докладе Тана Тина Ви, что агент, будучи модулированным на BioSLAX, может использоваться для включения Grid-машин из любого места в качестве подчиненных узлов для главного узла, расположенного в другом месте, фактически создавая «глобальную сеть».

BioSLAX в облаке

В рамках проверки концепции разработчики успешно развернули BioSLAX в качестве экземпляров в пуле ресурсов с использованием как VMWare ESXi , так и Citrix Xen's Hypervisors . Их целью было эффективно создать «BioSLAX CLOUD», где студенты и сотрудники могли бы динамически создавать экземпляры любого количества серверов BioSLAX для исследований и обучения (проводить практические лабораторные работы по биоинформатике, подключая студентов к серверам через подходящие клиенты X Window, такие как X-Win32 , VNC , Exceed и NoMachine NX) или развернуть их таким образом, чтобы при использовании в сочетании с UD Grid MPAgent можно было сформировать кластер для обработки больших заданий.

Доказательство концепции оказалось весьма успешным при развертывании для исследований и образования в рамках программы по естественным наукам в NUS, и в 2011 году ряд облачных экземпляров BioSLAX, как на серверах VMWare vSphere, так и на серверах Citrix Xen, использовались в проекте APBioNet, BioDB100. Элементы управления бэкэндом и автоматизация были созданы и реализованы с использованием различных API для vSphere и Xen г-ном Марком Де Сильвой.

Разработчики также вели переговоры с Amazon с 2009 по 2010 год о развертывании аналогичных облачных образов BioSLAX на Amazon EC2 , надеясь перенести часть своих исследовательских и образовательных машин на Amazon, чтобы сократить расходы на оборудование. Однако обсуждения провалились, когда стало ясно, что Amazon не будет поддерживать полную аппаратную виртуализацию, которая была необходима для запуска образов BioSLAX в облаке. Поддержка только паравиртуализации является позицией большинства коммерческих облачных провайдеров, использующих гипервизоры Citrix Xen. Пока образ мышления этих организаций не изменится, частные облака, работающие под управлением гипервизоров Citrix Xen, настроенных на полную аппаратную виртуализацию, или облака VMWare vSphere будут единственными облаками, способными запустить BioSLAX.

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ «Азиатско-Тихоокеанская инициатива BioGrid».
  2. ^ "APBioKnoppix".
  3. ^ "APBioKnoppix2".
  4. ^ "BioSLAX - BioInformatics LiveCD Suite". Архивировано из оригинала 3 октября 2016 г.
  • Официальный сайт
  • Национальный университет Сингапура
  • Центр биоинформатики Национального университета Сингапура. Архивировано 26 августа 2005 г. на Wayback Machine.
  • Институт естественных наук Национального университета Сингапура
  • Азиатско-Тихоокеанская Биоинформационная Сеть
  • Проект BioDB100 Архивировано 11.06.2011 на Wayback Machine
  • Унива
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=BioSLAX&oldid=1271890174"