Джалвью

Джалвью
Разработчик(и)	Эндрю Уотерхаус, Джеймс Проктер, Дэвид Мартин и Джеффри Бартон из Университета Данди . ; Оригинальная версия Мишель Клэмп, Джеймса Каффа, Стивена Сирла, Джеффри Бартона.
Стабильный релиз	2.11.2 / 10 марта 2022 г. ; 2 года назад ( 2022-03-10 )
Написано в	Ява
Операционная система	UNIX , Linux , Mac OS X , Microsoft Windows
Тип	Биоинформатический инструмент
Лицензия	GPL
Веб-сайт	http://www.jalview.org

Jalview — это часть биоинформатического программного обеспечения, которое используется для просмотра и редактирования множественных выравниваний последовательностей . Первоначально программа была написана Мишель Клэмп во время работы в группе Джеффа Бартона в Оксфордском университете и Европейском институте биоинформатики (EBI). ^[2] Jalview 2, переработанная версия, созданная Эндрю Уотерхаусом и Джимом Проктером во время работы в группе Джеффа Бартона в Школе наук о жизни Университета Данди , была выпущена в 2005 году, ^[3] и ее разработка поддерживается Советом по исследованиям в области биотехнологии и биологических наук (BBSRC) и Wellcome Trust .

Он широко используется различными веб-серверами (например, сервером EBI ClustalW и базой данных доменов белков Pfam ), но также доступен как редактор выравнивания общего назначения.

Jalview имеет широкий спектр функций в дополнение к генерации, просмотру и редактированию множественных выравниваний последовательностей, включая расчет филогенетических деревьев и просмотр молекулярных структур. Последние версии Jalview включают функции для анализа генетической изменчивости из общедоступных баз данных или локальных файлов Variant Call Format (VCF). Jalview подключается ко многим внешним веб-сервисам для импорта данных и выполнения расчетов.

Смотрите также

Jpred

Ссылки

^ "История выпуска". Архивировано из оригинала 2019-03-06 . Получено 2016-05-30 .
^ Clamp M, Cuff J, Searle SM, Barton GJ (февраль 2004 г.). «Редактор выравнивания Jalview Java». Биоинформатика . 20 (3): 426–7. doi : 10.1093/bioinformatics/btg430 . PMID 14960472.
^ Waterhouse AM, Procter JB, Martin DM, Clamp M, Barton GJ (май 2009 г.). "Jalview Version 2 — редактор множественного выравнивания последовательностей и инструментарий для анализа". Биоинформатика . 25 (9): 1189–91. doi :10.1093/bioinformatics/btp033. PMC 2672624. PMID 19151095 .

[1] "История выпуска". Архивировано из оригинала 2019-03-06 . Получено 2016-05-30 .

[pmid14960472-2] Clamp M, Cuff J, Searle SM, Barton GJ (февраль 2004 г.). «Редактор выравнивания Jalview Java». Биоинформатика . 20 (3): 426–7. doi : 10.1093/bioinformatics/btg430 . PMID 14960472.

[pmid19151095-3] Waterhouse AM, Procter JB, Martin DM, Clamp M, Barton GJ (май 2009 г.). "Jalview Version 2 — редактор множественного выравнивания последовательностей и инструментарий для анализа". Биоинформатика . 25 (9): 1189–91. doi :10.1093/bioinformatics/btp033. PMC 2672624. PMID 19151095 .