МОДЕЛЬЕР

Модельер
Оригинальный автор(ы)	Андрей Сали
Разработчик(и)	Калифорнийский университет в Сан-Франциско , Accelrys
Первоначальный выпуск	1989 ; 35 лет назад ( 1989 )
Стабильный релиз	10.3 / 13 июля 2022 г. ; 2 года назад ( 2022-07-13 )
Операционная система	Unix , Linux , MacOS , Windows
Платформа	x86 , x86-64
Доступно в	Английский
Тип	Моделирование гомологии белков
Лицензия	Право собственности : академическое некоммерческое бесплатное программное обеспечение , коммерческое программное обеспечение
Веб-сайт	www.salilab.org/modeller/

Modeller , часто стилизованный под MODELLER , представляет собой компьютерную программу , используемую для моделирования гомологии с целью создания моделей третичных структур белков и четвертичных структур (реже). ^[2]^[3] Он реализует метод, вдохновленный спектроскопией ядерного магнитного резонанса белков (ЯМР белков), называемый удовлетворением пространственных ограничений , с помощью которого набор геометрических критериев используется для создания функции плотности вероятности для местоположения каждого атома в белке. Метод основан на выравнивании входной последовательности между целевой последовательностью аминокислот , которую нужно смоделировать, и шаблонным белком, структура которого была решена.

Программа также включает ограниченные функции для ab initio прогнозирования структуры петлевых участков белков, которые часто сильно различаются даже среди гомологичных белков и, таким образом, трудно поддаются прогнозированию с помощью моделирования гомологии.

Modeller изначально был написан и в настоящее время поддерживается Андреем Сали в Калифорнийском университете в Сан-Франциско . ^[4] Он работает на операционных системах Unix , Linux , macOS и Windows . Это бесплатное программное обеспечение для академического использования. Графические пользовательские интерфейсы (GUI) и коммерческие версии распространяются Accelrys . Веб-сервер сравнительного моделирования структуры белка ModWeb основан на Modeller и других инструментах для автоматического моделирования структуры белка с возможностью размещения полученных моделей в ModBase . Из-за популярности Modeller, доступно несколько сторонних GUI для MODELLER:

EasyModeller — это бесплатное программное обеспечение, являющееся одним из первых сторонних графических интерфейсов для Modeller. ^[5] Последняя версия (EasyModeller 4.0) поддерживает операционные системы Linux и Windows .
UCSF Chimera имеет простой интерфейс для Modeller.
PyMod — это бесплатный плагин с открытым исходным кодом для PyMOL , имеющий комплексный интерфейс для Modeller. ^[6]^[7] Он поддерживает Linux , Windows и macOS .
MaxMod — это автономный графический интерфейс для MODELLER на Windows . ^[8]

Смотрите также

Список программного обеспечения для прогнозирования структуры белка

Ссылки

^ "MODELLER News". salilab.org . Получено 2022-11-02 .
^ Fiser A, Sali A (2003). "Modeller: Generation and Refinement of Homology-Based Protein Structure Models". Macromolecular Crystallography, Part D. Methods in Enzymology. Vol. 374. pp. 461–91. doi :10.1016/S0076-6879(03)74020-8. ISBN 9780121827779. PMID 14696385.
^ Марти-Реном М.А., Стюарт А.С., Физер А., Санчес Р., Мело Ф., Сали А. (2000). «Сравнительное моделирование белковой структуры генов и геномов». Annu Rev Biophys Biomol Struct . 29 : 291–325. doi :10.1146/annurev.biophys.29.1.291. ПМИД 10940251.
^ Sali A, Blundell TL (декабрь 1993 г.). «Сравнительное моделирование белков путем удовлетворения пространственных ограничений». J. Mol. Biol . 234 (3): 779–815. doi :10.1006/jmbi.1993.1626. PMID 8254673.
^ Кунталь, Б.К., Апарой, П. и Редданна, П. (2010). EasyModeller: графический интерфейс к MODELLER. Исследовательские заметки BMC, 3(1), 1.
^ Janson G, Zhang C, Prado MG, Paiardini A (2017). «PyMod 2.0: улучшения в анализе структуры последовательности белка и моделировании гомологии в PyMOL». Биоинформатика . 33 (3): 444–446. doi : 10.1093/bioinformatics/btw638 . PMID 28158668.
^ Bramucci E, Paiardini A, Bossa F, Pascarella S (2012). "PyMod: поиск сходства последовательностей, множественные выравнивания последовательностей и структур и моделирование гомологии в PyMOL". BMC Bioinformatics . 13 (Suppl 4): S2. doi : 10.1186/1471-2105-13-S4-S2 . PMC 3303726 . PMID 22536966.
^ Parida BK, Panda PK, Misra N, Mishra BK (2015). "MaxMod: новый интерфейс MODELLER на основе скрытой марковской модели для улучшенного прогнозирования трехмерных моделей белков". Журнал молекулярного моделирования . 21 (2): 1–10. doi :10.1007/s00894-014-2563-3. PMID 25636267. S2CID 30626573.

Внешние ссылки

Официальный сайт
МодВеб
EasyModeller — графический интерфейс для Modeller.
Интерфейс UCSF Chimera для Modeller
PyMod — плагин PyMOL для Modeller
MINT — графический интерфейс для Modeller
MaxMod — автономный графический интерфейс для Modeller на Windows.

[1] "MODELLER News". salilab.org . Получено 2022-11-02 .

[pmid14696385-2] Fiser A, Sali A (2003). "Modeller: Generation and Refinement of Homology-Based Protein Structure Models". Macromolecular Crystallography, Part D. Methods in Enzymology. Vol. 374. pp. 461–91. doi :10.1016/S0076-6879(03)74020-8. ISBN 9780121827779. PMID 14696385.

[pmid10940251-3] Марти-Реном М.А., Стюарт А.С., Физер А., Санчес Р., Мело Ф., Сали А. (2000). «Сравнительное моделирование белковой структуры генов и геномов». Annu Rev Biophys Biomol Struct . 29 : 291–325. doi :10.1146/annurev.biophys.29.1.291. ПМИД 10940251.

[pmid8254673-4] Sali A, Blundell TL (декабрь 1993 г.). «Сравнительное моделирование белков путем удовлетворения пространственных ограничений». J. Mol. Biol . 234 (3): 779–815. doi :10.1006/jmbi.1993.1626. PMID 8254673.

[5] Кунталь, Б.К., Апарой, П. и Редданна, П. (2010). EasyModeller: графический интерфейс к MODELLER. Исследовательские заметки BMC, 3(1), 1.

[6] Janson G, Zhang C, Prado MG, Paiardini A (2017). «PyMod 2.0: улучшения в анализе структуры последовательности белка и моделировании гомологии в PyMOL». Биоинформатика . 33 (3): 444–446. doi : 10.1093/bioinformatics/btw638 . PMID 28158668.

[7] Bramucci E, Paiardini A, Bossa F, Pascarella S (2012). "PyMod: поиск сходства последовательностей, множественные выравнивания последовательностей и структур и моделирование гомологии в PyMOL". BMC Bioinformatics . 13 (Suppl 4): S2. doi : 10.1186/1471-2105-13-S4-S2 . PMC 3303726 . PMID 22536966.

[8] Parida BK, Panda PK, Misra N, Mishra BK (2015). "MaxMod: новый интерфейс MODELLER на основе скрытой марковской модели для улучшенного прогнозирования трехмерных моделей белков". Журнал молекулярного моделирования . 21 (2): 1–10. doi :10.1007/s00894-014-2563-3. PMID 25636267. S2CID 30626573.