Методы подсчета бактериопланктона
Методы оценки численности бактериопланктона в конкретном водоеме

Подсчет бактериопланктона — это оценка численности бактериопланктона в определенном водоеме, что является полезной информацией для морских микробиологов. За прошедшие годы были разработаны различные методики подсчета для определения количества, присутствующего в наблюдаемой воде. Методы, используемые для подсчета бактериопланктона, включают эпифлуоресцентную микроскопию , проточную цитометрию , измерение продуктивности через частоту делящихся клеток (FDC), включение тимидина и включение лейцина .

Такие факторы, как соленость , температура, широта , различные уровни питательных веществ, движение воды и присутствие других организмов, могут влиять на подсчет бактериопланктона. [1] [2] [3] [4] [5] Изменения этих факторов влияют на подсчет бактериопланктона, заставляя его меняться в зависимости от водоема, местоположения, расстояния от берега и сезона. [6] [7] [8]

Количество бактериопланктона обычно выражается в клетках на мл (клеток мл −1 ).

Использует

В понимании морской микробиологии и водной экосистемы подсчеты бактериопланктона могут быть полезны. Наблюдение за количеством бактериопланктона может предоставить больше информации в следующем:

  • Процессы, вовлеченные в круговорот различных питательных веществ в водных системах [9] [10]
  • Для водной продуктивности [11]
  • Для определения изменений окружающей среды, особенно экстремальных [12]
    • Изменение количества бактериопланктона, не обусловленное сезонными колебаниями, может коррелировать с экологическими стрессами, такими как значительное изменение уровня питательных веществ в водоеме [13] [14] [15]
  • Состав питательных веществ в водной экосистеме [16]
  • Численность и состояние других водных организмов (например, креветок) [17]

Эпифлуоресцентная микроскопия

Путь света флуоресцентного микроскопа

Эпифлуоресцентная микроскопия — это передовая технология оптического микроскопа, которая основана на использовании флуоресцентных красителей , которые связываются со специфическими биологическими маркерами, которые затем испускают характерный спектр излучения , идентифицируемый через линзу. Флуоресцентные красители включают DAPI , Acridine Orange , SYBR Green 1 и YO-PRO-1, все из которых способны окрашивать как ДНК, так и РНК-структуры в биологических образцах, таких как бактерии и вирусы. [18] [19] [20] [21] Однако окрашивание ДНК в основном используется для идентификации бактериальных клеток. В современной эпифлуоресцентной микроскопии отраслевым стандартом для оценки и подсчета количества бактериальных клеток является использование красителя DAPI . [22] Этот метод может быть применен к образцам из самых разных сред и мест, таких как морская вода, различные источники пресной воды, а также почвы и отложения. [22]

Методика подсчета

В стандартном эксперименте подготовленные бактериальные образцы помещаются на счетные слайды, а затем просматриваются под эпифлуоресцентным микроскопом. Увеличение устанавливается на уровне, при котором квадратные единицы 0,1 X 0,1 мм на счетном слайде четко видны. [23] Для количественной оценки бактерий клетки подсчитываются в 5-30 случайных квадратных единицах поля зрения, и среднее количество бактерий на поле заносится в таблицу. [22] Затем это значение экстраполируется для оценки общего количества бактериальных клеток на мл путем определения общего количества полей зрения на области осаждения слайда и умножения этого значения на среднее количество бактерий на единицу подсчета. [23]

Надежность

Для подсчета количества бактериальных клеток физически подсчитываются только небольшие порции бактерий в образце по логистическим причинам, после чего путем экстраполяции оценивается общая численность. Затем для сравнения образцов используются средние значения. Однако точность этого метода, при котором для оценки общей численности используется табулирование только небольшого подмножества, была поставлена ​​под сомнение. [22] В первую очередь было показано, что распределение бактериальных клеток на счетных слайдах может быть неравномерным и непоследовательным. [22] Кроме того, для получения обоснованной оценки количества бактерий с помощью этого метода было высказано предположение, что необходимо измерить более 350 отдельных клеток из 20 полей зрения. [22] Это может быть не только трудоемким, но и труднодостижимым в некоторых образцах.

Проточная цитометрия

Внутреннее устройство проточного цитометра

Проточный цитометрический анализ (или проточная цитометрия ) является распространенной процедурой во многих клинических приложениях. Однако, несмотря на его открытие более трех десятилетий назад, его принятие водной микробной экологией для подсчета бактериопланктона было относительно медленным. [24] Его использование еще не превзошло эпифлуоресцентную микроскопию . [25] Несмотря на то, что оба метода оценки численности относительно точны, проточная цитометрия менее подвержена человеческим ошибкам, более точна, имеет более высокое разрешение и способна исследовать десятки тысяч клеток за считанные минуты. [24] Проточная цитометрия также способна предоставить информацию о размере, активности и морфологии клеток, помимо численности клеток. [26]

Проточная цитометрия может использоваться для различения и количественной оценки как фотосинтетического, так и нефотосинтетического бактериопланктона. [26] Количественная оценка фотосинтетических прокариот, таких как цианобактерии и пикоэукариотические водоросли, стала возможной благодаря способности фотосинтетических пигментов флуоресцировать. [27] Например, различное образование фотосинтетических пигментов у двух основных фотосинтетических прокариот, Prochlorococcus и Synechococcus , позволяет их различать. [28] [29] [30] Prochlorococcus содержит дивинил-хлорофиллы a и b , которые демонстрируют исключительно красную флуоресценцию при возбуждении синим или УФ-светом, в то время как Synechococcus испускает как оранжевую, так и красную флуоресценцию: оранжевую от фикобилинов и красную от хлорофилла . Помимо флуоресценции, Prochlorococcus и Synechococcus имеют значительно разные размеры и, следовательно, дают разные сигналы рассеяния при анализе проточной цитометрией. Это еще больше помогает в их дифференциации. [31] Количественная оценка прохлорококка считается крупным прорывом, поскольку она была возможна только с помощью проточной цитометрии. Это связано с неспособностью эпифлуоресцентной микроскопии обнаружить низкую автофлуоресценцию хлорофилла, присутствующую в прохлорококке . [26]

Помимо фотосинтетического бактериопланктона, нефотосинтетический бактериопланктон также может быть подсчитан с помощью проточной цитометрии. Это делается с помощью окрашивания ДНК или пищевых вакуолей. [27] Проточная цитометрия была особенно успешной в дифференциации Prochloroccocus от гетеротрофных бактерий, подсчеты которых изначально были запутаны из-за их схожего размера.

Использование эпифлуоресцентной микроскопии вместо проточной цитометрии во многих лабораториях микробной экологии можно объяснить рядом экономических и практических факторов. Во-первых, использование коммерческих проточных цитометров требует опыта тщательно обученного техника. Во-вторых, проточные цитометры довольно дороги по сравнению с аппаратом для эпифлуоресцентной микроскопии. В-третьих, многие проточные цитометры предназначены для исследования клеток крови; океанические бактерии относительно малы и, следовательно, приближаются к пределу разрешения во многих коммерческих проточных цитометрах. [32]

Процесс подсчета

Количественная оценка бактериопланктона методом проточной цитометрии включает четыре этапа: фиксация , окрашивание , обработка данных и интерпретация данных.

Фиксация

Фиксация выполняется не только для сохранения образца, но и для повышения проницаемости клеток для красителей. [24] Однако большинство распространенных фиксирующих агентов обладают способностью изменять клетки, изменяя определенные аспекты, такие как размер, рассеивание света, автофлуоресценцию и нуклеиновые кислоты . Это проблематично, поскольку проточно-цитометрическое различение клеток основано на этих качествах. Некоторые фиксаторы также приводят к полной потере клеток. [24] В настоящее время некоторые из агентов, используемых в процессе фиксации, включают две разновидности формальдегида (формалин и параформальдегид), 70% этанол, глутаральдегид и ТХУ. [33] Предполагается, что лучшим фиксирующим агентом для белков и нуклеиновых кислот является параформальдегид из-за его способности быстро проникать в клетки. [24]

Окрашивание

В проточной цитометрии окрашивание позволяет отличить бактериопланктон от небактериальных частиц. Оно включает инкубацию образца в широком спектре флуорохромов , таких как УФ-возбуждаемые красители ( DAPI и Hoechst 33342) и возбуждаемые синим светом красители нуклеиновых кислот (TO-PRO-1, TOTO-1, SYBR Green I ). [31] Долгое время проточные цитометры использовали УФ-возбуждаемые красители для исследования бактериопланктона , которые можно было использовать либо в недорогих проточных цитометрах с ограниченной чувствительностью, либо в дорогих проточных цитометрах с высокой чувствительностью, необходимой для различения гетеротрофных бактерий от автотрофов. Введение возбуждаемых синим цветом красителей, таких как SYBR Green I, позволило проводить высококачественный проточный цитометрический анализ бактериопланктона на недорогих высокочувствительных проточных цитометрах. [31]

Время инкубации для оптимального окрашивания варьируется от соединения к соединению. Красители, возбуждаемые УФ-излучением, могут потребовать час или больше, тогда как красители, возбуждаемые синим светом, требуют всего 15 минут. [24]

Окрашивание может сопровождаться буферами, такими как Triton X-100 , которые делают клетки более проницаемыми для красителей. Они особенно используются в непроницаемых для клеток красителях, таких как TO-PRO-1. Буферы также используются для разбавления красителей, чувствительных к ионной силе, таких как Picogreen, YO-PRO-1 и YOYO-1. Однако использование буферов может быть вредным для клеток, поскольку буферы, такие как Triton-X-100, могут не только гасить флуоресценцию хлорофилла, но и создавать нежелательную фоновую флуоресценцию. Это может увеличить сложность различения гетеротрофных бактерий и автотрофных прокариот. [24]

Подсчет

Цитометрический анализ цианобактерий

В проточном цитометрическом анализе более 200 клеток проходят перед лазерным лучом или ртутной лампой каждую секунду, по одной клетке за раз. Фотоумножители собирают количество света, рассеиваемого каждой частицей, и флуоресценцию, испускаемую при возбуждении. Затем эта информация усваивается и интерпретируется системой как событие. Однако, несмотря на способность проточных цитометров подсчитывать клетки с очень небольшими усилиями, большинство из них не имеют возможности определить фактическую концентрацию клеток. Это можно определить с помощью различных методов, включая использование контрольных шариков, количество которых заранее определено (помогает определить соотношение бактерий и шариков), измерение веса до и после эксперимента и ежедневную калибровку потока. [24]

Большим преимуществом проточных цитометров является их способность идентифицировать различные популяции бактериопланктона. Эта дискриминация осуществляется посредством анализа четырех факторов: светорассеяние , зеленая флуоресценция, синяя флуоресценция и красная флуоресценция. Анализ светорассеяния сам по себе недостаточен и часто исследуется вместе с флуоресценцией по ряду причин; во-первых, морская вода содержит много частиц, которые рассеивают свет, как бактерии. Во-вторых, размеры многих океанических бактерий приближаются к пределу разрешения. Количество света, рассеиваемого клетками, определяется не только размером клеток, но и внутренней структурой, показателем преломления, формой и ориентацией частицы. Рассеянный свет классифицируется либо на прямое рассеяние (FSC), либо на боковое рассеяние (SSC). Первое связано с объемом и массой клетки, тогда как второе связано с показателем преломления, содержанием и зернистостью клеток [24]

Когда концентрация клеток превышает 2,5 × 10 6 клеток на мл, вероятность того, что более одной клетки пройдут в непосредственной близости и будут зарегистрированы как единое событие, увеличивается. Это известно как совпадение и его можно легко избежать, разбавив образец заранее [31]

Показатели производительности

Частота деления клеток

Частота деления клеток (FDC) — это метод, используемый для прогнозирования средней скорости роста сообщества водных гетеротрофных бактерий. [34] Метод использует деление клеток, в частности образование перегородок , в качестве показателя скорости роста. [34] Клетки считаются разделенными, когда полости между отдельными клетками ( инвагинация ) наблюдаются под эпифлуоресцентным микроскопом . [34] FDC основан на предположении, что существует связь между долей клеток, делящихся в данный момент, и скоростью роста в бактериальном сообществе. [35]

Включение тимидина

Включение тимидина является одним из наиболее широко используемых методов оценки роста бактерий. [36] Тимидин является предшественником ДНК , а синтез ДНК можно измерить путем включения тритиевого тимидина в нуклеиновые кислоты. [ 37] Включение тимидина измеряет рост на основе скорости синтеза ДНК, используя предположение, что только растущие клетки могут включать радиоактивный тимидин для синтеза ДНК. [38]

Слабые стороны этой процедуры включают маркировку других молекул, помимо ДНК, когда тритиевый тимидин добавляется к образцу. [36] В случаях ограничения углерода тимидин также может использоваться в качестве источника углерода вместо предшественника ДНК. [36] Результаты экспериментов по включению тимидина могут быть обманчивыми, когда неизвестна доля тимидина, включенного в ДНК по сравнению с другими молекулами. [36]

Включение лейцина

Включение лейцина используется в качестве меры синтеза белка в сообществах водных бактерий. [39] Радиоактивно меченый лейцин добавляется к образцам, и определяется его накопление в белках, нерастворимых в горячей трихлоруксусной кислоте (CA) частях клетки. [39] Затем образцы собираются на мембранном фильтре. [39] Лейциновый белок поглощается более чем 50% популяций водных бактерий, и включение лейцина может использоваться для оценки использования азота в бактериальном сообществе. [39]

Динамика сезонной сукцессии морских организмов

Поскольку бактериальные популяции имеют уникальные метаболизмы и предпочтения в ресурсах, использование анализа временных рядов с высоким разрешением бактериальных составов позволяет идентифицировать закономерности в сезонной бактериальной сукцессии. [40] Различия в составе бактериальных сообществ приводят к определенным перестановкам межвидовых бактериальных взаимодействий с фотосинтетическим планктоном, простейшими травоядными и фагами , тем самым влияя на динамику сезонности. Статистические методы, используемые для проверки закономерностей в динамике и составе популяций, продемонстрировали свою воспроизводимость в течение нескольких лет, а факторы окружающей среды служили предикторами этих временных закономерностей. [41]

Сезонная сукцессия в умеренных регионах

Поскольку сезонные сукцессии популяций фитопланктона следуют последовательной повторяющейся схеме, бактериальная динамика и сукцессия фитопланктона могут быть коррелированы. [40] В целом, сезонные изменения в бактериальном составе следуют за изменениями температуры и хлорофилла a , в то время как доступность питательных веществ ограничивает темпы роста бактериопланктона. [42] [43] [44] [45] [6] [46] Во время перемешивания водной толщи поздней осенью/зимой питательные вещества, выносимые на поверхность, запускают отчетливое весеннее цветение диатомовых водорослей, за которым следуют динофлагелляты. [40] После весеннего цветения производство и рост бактерий усиливаются из-за высвобождения растворенного органического вещества (РОВ) при разложении фитопланктона. [47] [48] На этой ранней стадии сукцессии представители класса флавобактерий (Bacteroidetes) обычно являются доминирующими компонентами бактериального сообщества. [49] [50] Геномный анализ и метатранскриптомика выявили наличие бактерий, содержащих множественные гидролитические ферменты, способствующие деградации и усвоению РОВ. [51] [52] [53] [54] Во время весеннего цветения некоторые представители клады Roseobacter ( Alphaproteobacteria ) и некоторые Gammaproteobacteria обычно связаны с деградацией РОВ. [48] [49] По мере повышения температуры и истощения питательных веществ от весеннего цветения в теперь уже олиготрофных водах растет более мелкий фитопланктон и цианобактерии . [40]

По мере того, как летом воды становятся стратификованными, увеличивается численность кладов бактерий Roseobacter, SAR86 (Gammaproteobacteria) и SAR11 (Alphaproteobacteria). [55] [56] Часто наблюдаемое осеннее цветение диатомовых и динофлагеллятных водорослей коррелирует с дополнительными поступлениями питательных веществ, а высокочастотный отбор проб в Балтийском море показал, что осенью количество актиномицетов обычно увеличивается, за ним следуют различные специфичные для осени виды флавобактерий , SAR11 и планктомицетов . [49]

В Средиземном море глубокое зимнее смешивание позволяет членам клады SAR11 достигать повышенного разнообразия, поскольку олиготрофные популяции, которые когда-то доминировали во время летней стратификации, медленно отмирают. [57] Среди архей в Средиземном море популяции Nitrososphaerota (ранее Thaumarchaeota) Marine Group I (MGI) и Euryarchaeota Marine Group II (MGII.B) стали доминировать зимой. [58] В то время как в Балтийском море зимнее смешивание выводит популяции Campylobacterota и архей на поверхность из их глубоководной среды обитания. [49]

Ссылки

  1. ^ Лонг РА, Азам Ф (2001-12-05). «Микромасштабная пятнистость бактериопланктонного сообщества в морской воде». Aquatic Microbial Ecology . 26 (2): 103–113 . doi : 10.3354/ame026103 .
  2. ^ He J, Zhang F, Lin L, Ma Y, Chen J (2012). «Обилие, биомасса и распределение бактериопланктона и пикофитопланктона в бассейне Западной Канады летом 2008 г.». Исследования глубоководных районов, часть II: Тематические исследования в океанографии . 81–84 : 36–45 . Bibcode : 2012DSRII..81...36H. doi : 10.1016/j.dsr2.2012.08.018.
  3. ^ Wei C, Bao S, Zhu X, Huang X (2008). «Пространственно-временные вариации состава сообщества бактериопланктона в озере Чаоху, Китай». Progress in Natural Science . 18 (9): 1115– 1122. Bibcode : 2008PNSMI..18.1115W. doi : 10.1016/j.pnsc.2008.04.005 .
  4. ^ Лопес-Флорес Р., Боикс Д., Бадоса А., Брюсет С., Кинтана XD (2009). «Факторы окружающей среды, влияющие на динамику бактериопланктона и фитопланктона в замкнутых средиземноморских солончаках (северо-восточная Испания)». Журнал экспериментальной морской биологии и экологии . 369 (2): 118– 126. Bibcode : 2009JEMBE.369..118L. doi : 10.1016/j.jembe.2008.11.003.
  5. ^ Медвинский, Александр Б.; Адамович Борис В.; Алиев, Рубин Р.; Чакраборти, Амит; Лукьянова Елена Владимировна; Михеева Тамара М.; Никитина Людмила Владимировна; Нуриева, Наиля И.; Русаков, Алексей В. (2017). «Температура как фактор, влияющий на колебания и прогнозируемость численности озерного бактериопланктона». Экологическая сложность . 32 : 90–98 . Бибкод :2017ЭкоСм..32...90М. doi :10.1016/j.ecocom.2017.10.002.
  6. ^ ab Andersson AF, Riemann L, Bertilsson S (февраль 2010 г.). «Пиросеквенирование выявляет контрастную сезонную динамику таксонов в сообществах бактериопланктона Балтийского моря». Журнал ISME . 4 (2): 171– 81. Bibcode : 2010ISMEJ...4..171A. doi : 10.1038/ismej.2009.108 . PMID  19829318.
  7. ^ Ghiglione JF, Murray AE (март 2012 г.). «Выраженные различия между летом и зимой и более высокое зимнее богатство прибрежного морского бактериопланктона Антарктики». Environmental Microbiology . 14 (3): 617–29 . Bibcode : 2012EnvMi..14..617G. doi : 10.1111/j.1462-2920.2011.02601.x. PMID  22003839.
  8. ^ Straza TR, Ducklow HW, Murray AE, Kirchman DL (2010-11-01). «Обилие и активность отдельных клеток бактериальных групп в прибрежных водах Антарктики». Лимнология и океанография . 55 (6): 2526–2536 . Bibcode : 2010LimOc..55.2526S. doi : 10.4319/lo.2010.55.6.2526 . S2CID  86616866.
  9. ^ Currie DJ, Kalff J (март 1984 г.). «Относительная важность бактериопланктона и фитопланктона в поглощении фосфора в пресной воде1». Лимнология и океанография . 29 (2): 311– 321. Bibcode : 1984LimOc..29..311C. doi : 10.4319/lo.1984.29.2.0311.
  10. ^ Lindström ES (декабрь 2001 г.). «Исследование факторов, влияющих на состав сообщества бактериопланктона: результаты полевого исследования пяти мезотрофных озер». Microbial Ecology . 42 (4): 598– 605. Bibcode : 2001MicEc..42..598L. doi : 10.1007/s00248-001-0031-y. PMID  12024242. S2CID  22656746.
  11. ^ Cotner JB, Biddanda BA (2002-03-01). «Маленькие игроки, большая роль: микробное влияние на биогеохимические процессы в пелагических водных экосистемах». Экосистемы . 5 (2): 105– 121. Bibcode :2002Ecosy...5..105C. CiteSeerX 10.1.1.484.7337 . doi :10.1007/s10021-001-0059-3. S2CID  39074312. 
  12. ^ Harnisz M (март 2013). «Общая устойчивость местных бактерий как индикатор изменений в водной среде». Загрязнение окружающей среды . 174 : 85–92 . Bibcode : 2013EPoll.174...85H. doi : 10.1016/j.envpol.2012.11.005. PMID  23246751.
  13. ^ Чэнь, Синьсинь; Ван, Кай; Го, Аннан; Дун, Чжиин; Чжао, Цюньфэнь; Цянь, Цзе; Чжан, Демин (2016). «Избыточная фосфатная нагрузка с течением времени изменяет состав сообщества бактериопланктона в микрокосмах олиготрофных прибрежных вод». Журнал экспериментальной морской биологии и экологии . 483 : 139–146 . Bibcode : 2016JEMBE.483..139C. doi : 10.1016/j.jembe.2016.07.009.
  14. ^ Дай, Вэньфан; Чжан, Цзиньцзе; Ту, Цичао; Дэн, Йе; Цю, Цюнфэнь; Сюн, Джинбо (2017). «Сборка бактериопланктона и межвидовое взаимодействие, указывающее на усиление эвтрофикации прибрежных районов». Хемосфера . 177 : 317–325 . Бибкод : 2017Chmsp.177..317D. doi :10.1016/j.chemSphere.2017.03.034. ПМИД  28319885.
  15. ^ Уракава, Хидетоши; Бернхард, Энн Э. (2017). «Управление водно-болотными угодьями с использованием микробных индикаторов». Экологическая инженерия . 108 : 456–476 . Bibcode : 2017EcEng.108..456U. doi : 10.1016/j.ecoleng.2017.07.022 .
  16. ^ Хаукка К., Колмонен Э., Хайдер Р., Хиетала Дж., Ваккилайнен К., Кайресало Т., Хаарио Х., Сивонен К. (февраль 2006 г.). «Влияние нагрузки питательными веществами на состав сообщества бактериопланктона в мезокосмах озер». Микробная экология . 51 (2): 137–46 . Бибкод : 2006MicEc..51..137H. дои : 10.1007/s00248-005-0049-7. PMID  16435168. S2CID  35399139.
  17. ^ Zhang D, Wang X, Xiong J, Zhu J, Wang Y, Zhao Q, Chen H, Guo A, Wu J (2014). «Скопления бактериопланктона как биологические индикаторы состояния здоровья креветок». Ecological Indicators . 38 : 218–224 . Bibcode : 2014EcInd..38..218Z. doi : 10.1016/j.ecolind.2013.11.002.
  18. ^ Tanious FA, Veal JM, Buczak H, Ratmeyer LS, Wilson WD (1992-03-31). "DAPI (4',6-диамидино-2-фенилиндол) по-разному связывается с ДНК и РНК: связывание с малой бороздкой на участках AT и интеркаляция на участках AU". Биохимия . 31 (12): 3103– 3112. doi :10.1021/bi00127a010. PMID  1372825.
  19. ^ Гонсалес К., Маквей С., Кунник Дж., Удовиченко ИП, Такемото Д.Дж. (1995). «Дифференциальное окрашивание акридиновым оранжевым общей ДНК и РНК в нормальных и галактоземических эпителиальных клетках хрусталика в культуре с использованием проточной цитометрии». Current Eye Research . 14 (4): 269– 273. doi :10.3109/02713689509033525. PMID  7541739.
  20. ^ Noble RT, Fuhrman JA (1998-02-13). «Использование SYBR Green I для быстрого эпифлуоресцентного подсчета морских вирусов и бактерий». Aquatic Microbial Ecology . 14 (2): 113– 118. doi : 10.3354/ame014113 .
  21. ^ Мари Д., Воло Д., Партенски Ф. (май 1996 г.). «Применение новых красителей нуклеиновых кислот YOYO-1, YO-PRO-1 и PicoGreen для проточного цитометрического анализа морских прокариот». Прикладная и экологическая микробиология . 62 (5): 1649–55 . Bibcode : 1996ApEnM..62.1649M. doi : 10.1128 /AEM.62.5.1649-1655.1996. PMC 167939. PMID  8633863. 
  22. ^ abcdef Muthukrishnan T, Govender A, Dobretsov S, Abed RM (2017-01-08). «Оценка надежности подсчета бактерий с помощью эпифлуоресцентной микроскопии». Журнал морской науки и техники . 5 (1): 4. doi : 10.3390/jmse5010004 .
  23. ^ ab O'Connor JT, O'Connor T, Twait R (2009). Оценка производительности и эксплуатация водоочистных сооружений . John Wiley & Sons, Inc. стр.  193– 198. doi :10.1002/9780470431474.app1. ISBN 9780470431474.
  24. ^ abcdefghi Gasol, Josep M.; Giorgio, Paul A. del (2000-06-30). «Использование проточной цитометрии для подсчета природных планктонных бактерий и понимания структуры планктонных бактериальных сообществ». Scientia Marina . 64 (2): 197–224 . doi : 10.3989/scimar.2000.64n2197 . hdl : 10261/5293 . ISSN  1886-8134.
  25. ^ Джорджио, Пол А. дель; Берд, Дэвид Ф.; Прери, Ив Т.; Планас, Долорс (1996-06-01). "Проточно-цитометрическое определение численности бактерий в озерном планктоне с помощью зеленой окраски нуклеиновой кислоты SYTO 13". Лимнология и океанография . 41 (4): 783– 789. Bibcode : 1996LimOc..41..783G. doi : 10.4319/lo.1996.41.4.0783 . ISSN  1939-5590.
  26. ^ abc Sieracki, Michael E.; Haugen, Elin M.; Cucci, Terry L. (1995-08-01). "Переоценка гетеротрофных бактерий в Саргассовом море: прямые доказательства с помощью проточной и визуализирующей цитометрии". Deep Sea Research Part I: Oceanographic Research Papers . 42 (8): 1399– 1409. Bibcode : 1995DSRI...42.1399S. doi : 10.1016/0967-0637(95)00055-B. ISSN  0967-0637.
  27. ^ ab Зубков МВ, Беркилл PH, Топпинг ДжН (2007-01-01). "Проточно-цитометрическое подсчет окрашенных ДНК океанических планктонных простейших". Журнал исследований планктона . 29 (1): 79– 86. doi : 10.1093/plankt/fbl059 .
  28. ^ WATERBURY, JOHN B.; WATSON, STANLEY W.; GUILLARD, ROBERT RL; BRAND, LARRY E. (январь 1979). «Широко распространенная одноклеточная морская планктонная цианобактерия». Nature . 277 (5694): 293– 294. Bibcode :1979Natur.277..293W. doi :10.1038/277293a0. ISSN  1476-4687. S2CID  4270426.
  29. ^ Chisholm, Sallie W.; Frankel, Sheila L.; Goericke, Ralf; Olson, Robert J.; Palenik, Brian; Waterbury, John B.; West-Johnsrud, Lisa; Zettler, Erik R. (1992-02-01). "Prochlorococcus marinus nov. gen. nov. sp.: оксифототрофный морской прокариот, содержащий дивинилхлорофилл a и b". Архивы микробиологии . 157 (3): 297– 300. Bibcode : 1992ArMic.157..297C. doi : 10.1007/BF00245165. ISSN  0302-8933. S2CID  32682912.
  30. ^ Чисхолм, Салли В.; Олсон, Роберт Дж.; Цеттлер, Эрик Р.; Герике, Ральф; Уотербери, Джон Б.; Вельшмейер, Николас А. (июль 1988 г.). «Новый свободноживущий прохлорофит, распространенный в океанической эвфотической зоне». Nature . 334 (6180): 340– 343. Bibcode :1988Natur.334..340C. doi :10.1038/334340a0. ISSN  1476-4687. S2CID  4373102.
  31. ^ abcd Мари Д., Партенски Ф., Жаке С., Воло Д. (январь 1997 г.). «Подсчет и анализ клеточного цикла природных популяций морского пикопланктона методом проточной цитометрии с использованием окраски нуклеиновых кислот SYBR Green I». Прикладная и экологическая микробиология . 63 (1): 186– 93. Bibcode :1997ApEnM..63..186M. doi :10.1128/AEM.63.1.186-193.1997. PMC 1389098 . PMID  16535483. 
  32. ^ Giorgio PA, Bird DF, Prairie YT, Planas D (июнь 1996 г.). «Определение численности бактерий в озерном планктоне методом проточной цитометрии с использованием зеленой окраски нуклеиновой кислоты SYTO 13». Лимнология и океанография . 41 (4): 783– 789. Bibcode : 1996LimOc..41..783G. doi : 10.4319/lo.1996.41.4.0783 .
  33. ^ Райс Дж., Слей МА., Беркилл PH., Тарран GA., О'Коннор CD., Зубков М.В. (март 1997 г.). "Проточный цитометрический анализ характеристик гибридизации видоспецифичных флуоресцентных олигонуклеотидных зондов с рРНК морских нанофлагеллятов". Прикладная и экологическая микробиология . 63 (3): 938– 44. Bibcode : 1997ApEnM..63..938R. doi : 10.1128/AEM.63.3.938-944.1997. PMC 1389123. PMID  16535558. 
  34. ^ abc Hagström A, Larsson U, Hörstedt P, Normark S (май 1979). «Частота деления клеток, новый подход к определению скорости роста бактерий в водной среде». Applied and Environmental Microbiology . 37 (5): 805– 12. Bibcode :1979ApEnM..37..805H. doi :10.1128/AEM.37.5.805-812.1979. PMC 243306. PMID  16345378. 
  35. ^ Newell SY, Christian RR (июль 1981). «Частота деления клеток как оценка продуктивности бактерий». Applied and Environmental Microbiology . 42 (1): 23– 31. Bibcode : 1981ApEnM..42...23N. doi : 10.1128 /AEM.42.1.23-31.1981. PMC 243955. PMID  16345812. 
  36. ^ abcd Servais P, Martinez J, Billen G, Vives-Rego J (август 1987 г.). «Определение включения [H]тимидина в ДНК бактериопланктона: улучшение метода путем обработки ДНКазой». Прикладная и экологическая микробиология . 53 (8): 1977– 9. Bibcode :1987ApEnM..53.1977S. doi :10.1128 / AEM.53.8.1977-1979.1987. PMC 204039. PMID  16347424. 
  37. ^ Bell R, Ahlgren G, Ahlgren I (июнь 1983 г.). «Оценка продукции бактериопланктона путем измерения включения [3H]тимидина в эвтрофном шведском озере». Applied and Environmental Microbiology . 45 (6): 1709– 1721. Bibcode : 1983ApEnM..45.1709B. doi : 10.1128/AEM.45.6.1709-1721.1983. PMC 242528. PMID  16346304 . 
  38. ^ Фурман Дж., Азам Ф. (июль 1980 г.). «Оценки вторичной продукции бактериопланктона для прибрежных вод Британской Колумбии, Канады, Антарктиды и Калифорнии, США». Applied and Environmental Microbiology . 39 (6): 1085–1095 . doi : 10.1128/AEM.39.6.1085-1095.1980 . PMC 291487. PMID  16345577 . 
  39. ^ abcd Kirchman D, K'nees E, Hodson R (март 1985). "Включение лейцина и его потенциал как меры синтеза белка бактериями в естественных водных системах". Applied and Environmental Microbiology . 49 (3): 599– 607. Bibcode :1985ApEnM..49..599K. doi :10.1128 / AEM.49.3.599-607.1985. PMC 373556. PMID  3994368. 
  40. ^ abcd Bunse C, Pinhassi J (июнь 2017 г.). «Сезонная динамика сукцессии морского бактериопланктона». Тенденции в микробиологии . 25 (6): 494–505 . doi : 10.1016/j.tim.2016.12.013 . PMID  28108182.
  41. ^ Fuhrman JA, Hewson I, Schwalbach MS, Steele JA, Brown MV, Naeem S (август 2006 г.). «Ежегодно повторяющиеся бактериальные сообщества предсказуемы на основе условий океана». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 103 (35): 13104– 9. Bibcode : 2006PNAS..10313104F. doi : 10.1073/pnas.0602399103 . PMC 1559760. PMID  16938845 . 
  42. ^ Pinhassi J, Hagström Å (2000-06-15). «Сезонная сукцессия в морском бактериопланктоне». Aquatic Microbial Ecology . 21 (3): 245–256 . doi : 10.3354/ame021245 .
  43. ^ Пинхасси Дж., Гомес-Консарнау Л., Алонсо-Саес Л., Сала М.М., Видаль М., Педрос-Алио К., Газоль Х.М. (10 октября 2006 г.). «Сезонные изменения в ограничении питательных веществ бактериопланктона и их влияние на состав бактериального сообщества в северо-западной части Средиземного моря». Водная микробная экология . 44 (3): 241–252 . doi : 10.3354/ame044241 . hdl : 10261/27229 .
  44. ^ Sapp M, Wichels A, Wiltshire KH, Gerdts G (март 2007 г.). «Динамика бактериального сообщества во время зимне-весеннего перехода в Северном море». FEMS Microbiology Ecology . 59 (3): 622– 37. Bibcode :2007FEMME..59..622S. doi : 10.1111/j.1574-6941.2006.00238.x . PMID  17381518.
  45. ^ Gilbert JA, Field D, Swift P, Newbold L, Oliver A, Smyth T, Somerfield PJ, Huse S, Joint I (декабрь 2009 г.). «Сезонная структура микробных сообществ в западной части пролива Ла-Манш» (PDF) . Environmental Microbiology . 11 (12): 3132– 9. Bibcode : 2009EnvMi..11.3132G. doi : 10.1111/j.1462-2920.2009.02017.x. hdl : 1912/3133 . PMID  19659500.
  46. ^ Gilbert JA, Steele JA, Caporaso JG, Steinbrück L, Reeder J, Temperton B, Huse S, McHardy AC, Knight R, Joint I, Somerfield P, Fuhrman JA, Field D (февраль 2012 г.). «Определение сезонной динамики морских микробных сообществ». Журнал ISME . 6 (2): 298– 308. Bibcode : 2012ISMEJ...6..298G. doi : 10.1038/ismej.2011.107. PMC 3260500. PMID  21850055 . 
  47. ^ Riemann L, Steward GF, Azam F (февраль 2000 г.). «Динамика состава и активности бактериального сообщества во время цветения диатомовых водорослей в мезокосме». Applied and Environmental Microbiology . 66 (2): 578–87 . Bibcode :2000ApEnM..66..578R. doi : 10.1128/AEM.66.2.578-587.2000. PMC 91866. PMID  10653721. 
  48. ^ ab Buchan A, LeCleir GR, Gulvik CA, González JM (октябрь 2014 г.). «Главные переработчики: особенности и функции бактерий, связанных с цветением фитопланктона». Nature Reviews. Microbiology . 12 (10): 686–98 . doi :10.1038/nrmicro3326. PMID  25134618. S2CID  26684717.
  49. ^ abcd Lindh MV, Sjöstedt J, Andersson AF, Baltar F, Hugerth LW, Lundin D, Muthusamy S, Legrand C, Pinhassi J (июль 2015 г.). «Распутывание сезонной динамики популяции бактериопланктона с помощью высокочастотного отбора проб». Environmental Microbiology . 17 (7): 2459–76 . Bibcode : 2015EnvMi..17.2459L. doi : 10.1111/1462-2920.12720. PMID  25403576.
  50. ^ Alderkamp AC, Sintes E, Herndl GJ (2006-12-21). «Обилие и активность основных групп прокариотического планктона в прибрежной зоне Северного моря весной и летом». Aquatic Microbial Ecology . 45 (3): 237–246 . doi : 10.3354/ame045237 .
  51. ^ Фернандес-Гомес Б., Рихтер М., Шулер М., Пинхасси Дж., Ацинас С.Г., Гонсалес Х.М., Педрос-Алио С. (май 2013 г.). «Экология морских Bacteroidetes: подход сравнительной геномики». Журнал ISME . 7 (5): 1026–37 . Бибкод : 2013ISMEJ...7.1026F. дои : 10.1038/ismej.2012.169. ПМЦ 3635232 . ПМИД  23303374. 
  52. ^ Тилинг Х, Фукс Б.М., Бехер Д., Клоков С., Гардебрехт А., Беннке С.М., Кассабги М., Хуанг С., Манн А.Дж., Вальдманн Дж., Вебер М., Клиндворт А., Отто А., Ланге Дж., Бернхардт Дж., Рейнш С., Хеккер М., Пеплис Дж., Бокельманн Ф.Д., Каллис У., Гердтс Г., Вичелс А., Уилтшир К.Х., Глекнер Ф.О., Шведер Т., Аманн Р. (май 2012 г.). «Контролируемая субстратом последовательность популяций морского бактериопланктона, вызванная цветением фитопланктона». Наука . 336 (6081): 608– 11. Бибкод : 2012Sci...336..608T. doi : 10.1126/science.1218344. PMID  22556258. S2CID  29249533.
  53. ^ Тилинг Х., Фукс Б.М., Беннке К.М., Крюгер К., Чейфи М., Каппельманн Л., Рейнтьес Г., Вальдманн Дж., Кваст С., Глёкнер Ф.О., Лукас Дж., Вичелс А., Гердтс Г., Уилтшир К.Х., Аманн Р.И. (апрель 2016 г.). «Повторяющиеся закономерности динамики бактериопланктона во время прибрежного весеннего цветения водорослей». электронная жизнь . 5 : е11888. doi : 10.7554/eLife.11888 . ПМЦ 4829426 . ПМИД  27054497. 
  54. ^ Taylor JD, Cottingham SD, Billinge J, Cunliffe M (январь 2014 г.). «Сезонная динамика микробного сообщества коррелирует с полисахаридами, полученными из фитопланктона, в поверхностных прибрежных водах». Журнал ISME . 8 (1): 245– 8. Bibcode : 2014ISMEJ ...8..245T. doi : 10.1038/ismej.2013.178. PMC 3869024. PMID  24132076. 
  55. ^ Agawin NS, Duarte CM, Agustí S (1998-09-03). "Рост и численность Synechococcus sp. в заливе Средиземного моря: сезонность и связь с температурой". Серия "Прогресс морской экологии" . 170 : 45–53 . Bibcode : 1998MEPS..170...45A. doi : 10.3354/meps170045 . hdl : 10261/149462 .
  56. ^ Алонсо-Саес Л., Балаге В., Са Эль, Санчес О, Гонсалес Х.М., Пинхасси Х., Массана Р., Пернталер Х., Педрос-Алио К., Газоль Х.М. (апрель 2007 г.). «Сезонность бактериального разнообразия в прибрежных водах северо-западного Средиземноморья: оценка с помощью библиотек клонов, дактилоскопии и FISH». ФЭМС Микробиология Экология . 60 (1): 98–112 . Бибкод : 2007FEMME..60...98A. дои : 10.1111/j.1574-6941.2006.00276.x . ПМИД  17250750.
  57. ^ Salter I, Galand PE, Fagervold SK, Lebaron P, Obernosterer I, Oliver MJ, Suzuki MT, Tricoire C (февраль 2015 г.). «Сезонная динамика активных экотипов SAR11 в олиготрофном северо-западном Средиземном море». Журнал ISME . 9 (2): 347– 60. Bibcode : 2015ISMEJ...9..347S. doi : 10.1038/ismej.2014.129. PMC 4303628. PMID  25238399. 
  58. ^ Hugoni M, Taib N, Debroas D, Domaizon I, Jouan Dufournel I, Bronner G, Salter I, Agogué H, Mary I, Galand PE (апрель 2013 г.). «Структура редкой архейной биосферы и сезонная динамика активных экотипов в поверхностных прибрежных водах». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 110 (15): 6004– 9. Bibcode : 2013PNAS..110.6004H. doi : 10.1073/pnas.1216863110 . PMC 3625260. PMID  23536290 . 
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Методы_подсчета_бактериопланктона&oldid=1254267195"