Негативики

Класс бактерий

Негативики
Научная классификация Редактировать эту классификацию
Домен:Бактерии
Тип:Бациллота
Сорт:Негативикуты
Маршандин и др. 2010
Отряды и семейства
Синонимы
  • «Селеномонадия» Орен, Парте и Гаррити 2016
  • "Selenobacteria" Кавальер-Смит 1992 г., стат. нояб. Кавальер-Смит 2006 г.

Negativicutes это класс бактерий в типе Bacillota , представители которого имеют своеобразную клеточную стенку с липополисахаридной внешней мембраной, которая окрашивается на грамотрицательный цвет , в отличие от большинства других представителей Bacillota . [ 1] Хотя несколько соседних видов Clostridia (бактерии firmicute) также окрашиваются на грамотрицательный цвет, белки, ответственные за необычную дидермальную структуру Negativicutes, на самом деле могли быть приобретены латерально от Pseudomonadota (ранее Proteobacteria). [1] [2] [3] [4] Для подтверждения происхождения дидермальной клеточной оболочки у Negativicutes необходимы дополнительные исследования.

Большинство представителей этого класса являются облигатными анаэробами и встречаются в таких местах обитания, как реки, озера и кишечник позвоночных. Они варьируются от сферических форм, таких как Megasphaera и Veillonella , до изогнутых палочек, типичных для селеномонады . Selenomonas имеет характерную форму полумесяца со жгутиками, вставленными на вогнутой стороне, в то время как Sporomusa похожа, но неподвижна. Их названия относятся к этой отличительной морфологии: selene означает луна, а musa означает банан . [5]

Таксономия

В настоящее время класс состоит из 32 валидно названных родов из трех порядков и четырех семейств. [6] [7] Порядки Veillonellales и Acidaminococcales содержат по одному семейству, Veillonellaceae и Acidaminococcaceae , соответственно, тогда как порядок Selenomonadales содержит два семейства, Selenomonadaceae и Sporomusaceae. [7]

Молекулярные сигнатуры

Исторически Negativicutes состояли из одного порядка, Selenomonadales, и двух семейств, Veillonellaceae и Acidaminococcaceae, на основе сходства последовательности гена 16S рРНК. [8] [5] Однако эти группировки не включали несколько членов в пределах Negativicutes, которые ответвлялись за пределы двух семейств. Текущий таксономический взгляд включает этих членов, которые были обоснованно отнесены к семействам Selenomonadaceae и Sporomusaceae в пределах исправленного порядка Selenomonadales. [7] Молекулярные маркеры в форме консервативных сигнатурных инделей (CSI) и белков (CSP) оправдывают существующие таксономические подразделения. Эти молекулярные маркеры обнаружены в каждом таксономическом ранге, и их распределение согласуется с наблюдаемым филогенетическим ветвлением. [9] [10]

Во многих работах предполагается, что Negativicutes следует переклассифицировать как порядок в пределах класса Clostridia , основываясь на близком филогенетическом ветвлении и наблюдении, что спорообразующие члены Negativicutes имеют схожие гены споруляции с Clostridia, и что оба окрашиваются грамотрицательно. [9] [10] Однако гетерогенность членов в пределах Negativicutes, а также распределение молекулярных сигнатур поддерживают точку зрения, что Negativicutes на самом деле являются независимым классом в пределах Bacillota, а Clostridia являются их ближайшими филогенетическими соседями. [5] [10 ] [11] [12] Кроме того, было обнаружено, что несколько CSI и CSP являются уникальными для всех Negativicutes, в то время как не было обнаружено ни одного CSI, общего как для Negativicutes, так и для Clostridia . [7]

Филогения

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих постоянное место в номенклатуре (LPSN) [13] и Национальном центре биотехнологической информации (NCBI) [14].

LTP на основе 16S рРНК _08_2023 [15] [16] [17]120 маркерных белков с одной копией на основе GTDB 08-RS214 [18] [19] [20]
Ацидаминококковые
Acidaminococcaceae

Сукциниспира

Ацидаминококк

Phascolarctobacterium

Phascolarctobacterium wakonense Шигено и др. 2019

Сукциникластикум

Селеномонадалес
Споровые

Анаэроспоромуса

Пелорабдус

Метиломуза

Споромуса

Пропиониспора

Anaerosinus Strömpl et al. 1999 год

Вейлонелловые
Селеномонадовые

Selenomonas lacticifex Schleifer et al. 1990 год

Селеномастикс

Группа видов Selenomonas 2

Мицуокелла

Анаэровибрион

Шварция

Ацидаминококковые
"Succinispiraceae"

Succinispira Янссен и О'Фаррелл 1999

Acidaminococcaceae

« Ca. Avacidaminococcus» Gilroy et al. 2021 год

Ацидаминококкус Рогоза 1969

Phascolarctobacterium Del Dot et al. 1994 г.

Phascolarctobacterium succinatutens Watanabe et al. 2012 год

Сукциникластикум ван Гилсвика, 1995 г.

Вейлонеллалес
"Негативикокковые"

Negativicoccus Marchandin et al. 2010 год

"Диалистеровые"

Dialister Bergey et al. 1923 ex Moore & Moore 1994 [включая Allisonella ]

"Megasphaeraceae"

Megasphaera paucivorans Ювонен и Суихко, 2006 г.

Anaeroglobus Карлье и др. 2002

« Caecibacter » Ricaboni et al. 2017 год

Мегасфера Рогоза 1971

Вейлонелловые

Вейлонелла Прево 1933

Sporomusales_A
"Ацетонемовые"

Анаэроспоромуза Чой и др. 2016 год

Ацетонема Кейн и Брезнак, 1992 г.

Споровые C
DSM‑15969

Анаэроспора Ву и др. 2005

"Термозиновые"

Thermosinus Соколова и др. 2004 [ Споролитуус Огг и Патель, 2009 ]

"Споромусалес"
"Люциферовые"

Люцифера Санчес-Андреа и др. 2018 год

Споровые

Метиломуза Амано и др. 2018

Споровая муха Мёллер и др. 1985

"Анаэромусалес"
"Анаэромусовые"

Анаэромуса Баена и др. 1999 г. (включая Anaeroarcus Strömpl и др., 1999 г. )

UMGS1260
UMGS1260

Пелорхабдус Грассле и др. 2022 год

"Пропиониспоровые"
"Пропиониспоровые"

Пропиониспора Библ и др. 2001 г.

"Pelosinaceae"

Пелозинус Шелоболина и др. 2007

«Дендроспоробактериалес»
"Дендроспоробактерии"

Dendrosporobacter Штромпл и др. 2000

Селеномонадалес
"Massilibacillaceae"

« Massilibacillus » Тиджани Алоу и др. 2017 год

Селеномонадовые

Propionispira arboris Schink et al. 1983 год

Мегамонас Шах и Коллинз 1983

Гребешок Ли и др. 1978

Селеномонас фон Проважек 1913

Анаэровибрион Хангате 1966

Шварция Гилсвик и др. 1997 год

Квинелла Крумхольц и др. 1993

Многоножка Лай и др. 1983

Группа видов Selenomonas 2

Selenomastix Вальдшнеп и Лапаж 1913

Мицуокелла Шах и Коллинз, 1983 г.

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ ab Sutcliffe IC (2010). «Перспектива архитектуры оболочки бактериальной клетки на уровне филума». Trends Microbiol . 18 (10): 464– 470. doi :10.1016/j.tim.2010.06.005. PMID  20637628.
  2. ^ Gupta RS (2011). «Происхождение двудермальных (грамотрицательных) бактерий: давление отбора антибиотиков, а не эндосимбиоз, вероятно, привело к эволюции бактериальных клеток с двумя мембранами». Antonie van Leeuwenhoek . 100 (2): 171– 182. doi :10.1007/s10482-011-9616-8. PMC 3133647 . PMID  21717204. 
  3. ^ Кэмпбелл С., Сатклифф И.К., Гупта Р.С. (2014). «Сравнительный протеомный анализ Acidaminococcus intestini подтверждает связь между биогенезом внешней мембраны у Negativicutes и Proteobacteria» (PDF) . Arch Microbiol . 196 (4): 307– 310. doi :10.1007/s00203-014-0964-4. PMID  24535491. S2CID  253722630.
  4. ^ Tocheva EI, Matson EG, Morris DM, Moussavi F, Leadbetter JR, Jensen GJ (2011). «Ремоделирование пептидогликана и преобразование внутренней мембраны во внешнюю во время споруляции». Cell . 146 (5): 799– 812. doi :10.1016/j.cell.2011.07.029. PMC 3176627 . PMID  21884938. 
  5. ^ abc Marchandin, H.; Teyssier, C.; Campos, J.; Jean-Pierre, H.; Roger, F.; Gay, B.; Carlier, J. -P.; Jumas-Bilak, E. (2009). "Negativicoccus succinicivorans gen. nov., sp. nov., изолированный из клинических образцов человека, исправленное описание семейства Veillonellaceae и описание Negativicutes classis nov., Selenomonadales ord. nov. и Acidaminococcaceae fam. nov. в бактериальном типе Firmicutes". Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 60 (6): 1271– 1279. doi : 10.1099/ijs.0.013102-0 . PMID  19667386.
  6. ^ Sayers; et al. "Negativicutes". База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Получено 20.03.2013 .
  7. ^ abcd Кэмпбелл С, Адеолу М, Гупта РС (2015). «Геномная таксономическая структура для класса Negativicutes: разделение класса Negativicutes на порядки Selenomonadales emend., Acidaminococcales ord. nov. и Veillonellales ord. nov». Int J Syst Evol Microbiol . 65 (9): 3203– 3215. doi : 10.1099/ijs.0.000347 . PMID  25999592.
  8. ^ Ludwig W, Schleifer KH, Whitman, WB (2009) Пересмотренная дорожная карта к типу Firmicutes. В: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, т. 3, 2-е изд., стр. 1–13. Ред. P. De Vos, GM Garrity, D. Jones, NR Krieg, W. Ludwig, FA Rainey, KH Schleifer & WB Whitman Springer-: New York.
  9. ^ ab Ютин Н, Гальперин МЮ (2013). "Геномное обновление филогении клостридий: грамотрицательные спорообразующие и другие неуместные клостридии". Environ Microbiol . 15 (10): 2631– 2641. doi :10.1111/1462-2920.12173. PMC 4056668. PMID  23834245 . 
  10. ^ abc Vesth T, Ozen A, Andersen SC, Kaas RS, Lukjancenko O, Bohlin J, Nookaew I, Wassenaar TM, Ussery DW (2013). "Veillonella, Firmicutes: микробы, замаскированные под грамотрицательные бактерии". Stand Genomic Sci . 9 (2): 431– 448. doi :10.4056/sigs.2981345. PMC 4062629. PMID  24976898 . 
  11. ^ Merchandin H, Jumas-Bilak E (2014) Семейство Veillonellaceae. В: The Prokaryotes, т. 7, 4-е изд., стр. 433–453. Ред. E. Rosenberg, E. DeLong, S. Lory, E. Stackebrandt & F. Thompson Springer-: Berlin, Heidelberg.
  12. ^ Yilmaz P, Parfrey LW, Yarza P, Gerken J, Pruesse E, Quast C, Schweer T, Peplies J, Ludwig W, Glöckner FO (2014). "Таксономические структуры SILVA и "All-species Living Tree Project (LTP)". Nucleic Acids Res . 42 (выпуск базы данных): D643–8. doi :10.1093/nar/gkt1209. PMC 3965112. PMID  24293649 . 
  13. ^ JP Euzéby. "Negativicutes". Список названий прокариот, имеющих место в номенклатуре (LPSN) . Получено 09.09.2022 .
  14. ^ Sayers; et al. "Negativicutes". База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Получено 2022-09-09 .
  15. ^ "The LTP" . Получено 20 ноября 2023 г. .
  16. ^ "Дерево LTP_all в формате newick" . Получено 20 ноября 2023 г. .
  17. ^ "LTP_08_2023 Release Notes" (PDF) . Получено 20 ноября 2023 г.
  18. ^ "GTDB release 08-RS214". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 г.
  19. ^ "bac120_r214.sp_label". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 г.
  20. ^ "История таксона". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 г.
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Negativicutes&oldid=1189012839"