А1CF
Ген, кодирующий белок у вида Homo sapiens
А1CF
Доступные структуры
ПДБПоиск ортолога: PDBe RCSB
Идентификаторы
ПсевдонимыA1CF , ACF, ACF64, ACF65, APOBEC1CF, ASP, фактор комплементации APOBEC1
Внешние идентификаторыОМИМ : 618199; МГИ : 1917115; Гомологен : 16363; Генные карты : A1CF; OMA :A1CF — ортологи
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Энтрез

29974

69865

Ансамбль

ENSG00000148584

ENSMUSG00000052595

UniProt

Q9NQ94

Q5YD48

РефСек (мРНК)

NM_001081074
NM_001365078

RefSeq (белок)

NP_001074543
NP_001352007

Местоположение (UCSC)Хр 10: 50,8 – 50,89 МбХр 19: 31,85 – 31,93 Мб
Поиск в PubMed[3][4]
Викиданные
Просмотр/редактирование человекаПросмотр/редактирование мыши

Фактор комплементации APOBEC1 — это белок , который у людей кодируется геном A1CF . [ 5] [6] [7]

Ген

Альтернативный сплайсинг происходит в этом локусе, и были описаны три варианта транскрипта полной длины, кодирующие три различные изоформы. Дополнительный сплайсинг наблюдался, но природа этих вариантов полной длины не была определена. [7]

Функция

мРНК аполипопротеина B млекопитающих подвергается сайт-специфическому дезаминированию C в U , которое опосредовано многокомпонентным ферментным комплексом, содержащим минимальное ядро, состоящее из APOBEC1 и фактора комплементации, кодируемого этим геном. [8] Продукт гена имеет три неидентичных мотива распознавания РНК и принадлежит к семейству hnRNP R РНК-связывающих белков. Было высказано предположение, что этот фактор комплементации функционирует как РНК-связывающая субъединица и стыкует APOBEC1 для дезаминирования восходящего цитидина . Исследования показывают, что белок также может быть вовлечен в другие события редактирования РНК или процессинга РНК. [7]

Его удаление приводит к летальному исходу у мышей. [9]

Взаимодействия

Было показано, что A1CF взаимодействует с APOBEC1 , [10] [11] CUGBP2 , [12] и SYNCRIP . [13] [10]

Ссылки

  1. ^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000148584 – Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000052595 – Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ Dance GS, Sowden MP, Cartegni L, Cooper E, Krainer AR, Smith HC (апрель 2002 г.). «Два белка, необходимых для редактирования мРНК аполипопротеина B, экспрессируются из одного гена посредством альтернативного сплайсинга». J. Biol. Chem . 277 (15): 12703– 9. doi : 10.1074/jbc.M111337200 . PMID  11815617.
  6. ^ Chester A, Scott J, Anant S, Navaratnam N (декабрь 2000 г.). «Редактирование РНК: преобразование цитидина в уридин в мРНК аполипопротеина B». Biochim. Biophys. Acta . 1494 ( 1– 2): 1– 13. doi :10.1016/S0167-4781(00)00219-0. PMID  11072063.
  7. ^ abc "Ген Энтреза: фактор комплементации A1CF APOBEC1".
  8. ^ Хендерсон Дж. О., Бланк В., Дэвидсон НО (ноябрь 2001 г.). «Выделение, характеристика и регуляция развития гена фактора комплементации человека apobec-1 (ACF)». Biochim. Biophys. Acta . 1522 (1): 22– 30. doi :10.1016/S0167-4781(01)00295-0. PMID  11718896.
  9. ^ Blanc V, Henderson JO, Newberry EP, Kennedy S, Luo J, Davidson NO (август 2005 г.). «Целенаправленная делеция гена фактора комплементации мыши apobec-1 (acf) приводит к эмбриональной летальности». Mol. Cell. Biol . 25 (16): 7260– 9. doi :10.1128/MCB.25.16.7260-7269.2005. PMC 1190267. PMID  16055734 . 
  10. ^ ab Blanc V, Navaratnam N, Henderson JO, Anant S, Kennedy S, Jarmuz A, Scott J, Davidson NO (март 2001 г.). «Идентификация GRY-RBP как белка, связывающего РНК аполипопротеина B, который взаимодействует как с apobec-1, так и с фактором комплементации apobec-1 для модуляции редактирования C в U». J. Biol. Chem . 276 (13): 10272– 83. doi : 10.1074/jbc.M006435200 . PMID  11134005.
  11. ^ Mehta A, Kinter MT, Sherman NE, Driscoll DM (март 2000). «Молекулярное клонирование фактора комплементации apobec-1, нового РНК-связывающего белка, участвующего в редактировании мРНК аполипопротеина B». Mol. Cell. Biol . 20 (5): 1846– 54. doi :10.1128/MCB.20.5.1846-1854.2000. PMC 85365. PMID  10669759 . 
  12. ^ Anant S, Henderson JO, Mukhopadhyay D, Navaratnam N, Kennedy S, Min J, Davidson NO (декабрь 2001 г.). «Новая роль РНК-связывающего белка CUGBP2 в редактировании РНК млекопитающих. CUGBP2 модулирует редактирование C в U мРНК аполипопротеина B путем взаимодействия с apobec-1 и ACF, фактором комплементации apobec-1». J. Biol. Chem . 276 (50): 47338– 51. doi : 10.1074/jbc.M104911200 . PMID  11577082.
  13. ^ Lau PP, Chang BH, Chan L (апрель 2001 г.). «Двухгибридное клонирование идентифицирует РНК-связывающий белок GRY-RBP как компонент apobec-1 editosome». Biochem. Biophys. Res. Commun . 282 (4): 977– 83. doi :10.1006/bbrc.2001.4679. PMID  11352648.

Дальнейшее чтение

  • Mehta A, Kinter MT, Sherman NE, Driscoll DM (2000). «Молекулярное клонирование фактора комплементации apobec-1, нового РНК-связывающего белка, участвующего в редактировании мРНК аполипопротеина B». Mol. Cell. Biol . 20 (5): 1846– 54. doi : 10.1128 /MCB.20.5.1846-1854.2000. PMC  85365. PMID  10669759.
  • Lellek H, Kirsten R, Diehl I, Apostel F, Buck F, Greeve J (2000). «Очистка и молекулярное клонирование нового существенного компонента комплекса ферментов редактирования мРНК аполипопротеина B». J. Biol. Chem . 275 (26): 19848– 56. doi : 10.1074/jbc.M001786200 . PMID  10781591.
  • Yang Y, Sowden MP, Smith HC (2000). «Индукция редактирования цитидина в уридин на мРНК цитоплазматического аполипопротеина B путем сверхэкспрессии APOBEC-1». J. Biol. Chem . 275 (30): 22663– 9. doi : 10.1074/jbc.M910406199 . PMID  10833526.
  • Blanc V, Navaratnam N, Henderson JO, Anant S, Kennedy S, Jarmuz A, Scott J, Davidson NO (2001). «Идентификация GRY-RBP как белка, связывающего РНК аполипопротеина B, который взаимодействует как с apobec-1, так и с фактором комплементации apobec-1 для модуляции редактирования C в U». J. Biol. Chem . 276 (13): 10272– 83. doi : 10.1074/jbc.M006435200 . PMID  11134005.
  • Harrington JJ, Sherf B, Rundlett S, Jackson PD, Perry R, ​​Cain S, Leventhal C, Thornton M, Ramachandran R, Whittington J, Lerner L, Costanzo D, McElligott K, Boozer S, Mays R, Smith E, Veloso N, Klika A, Hess J, Cothren K, Lo K, Offenbacher J, Danzig J, Ducar M (2001). «Создание библиотек экспрессии белков по всему геному с использованием случайной активации экспрессии генов». Nat. Biotechnol . 19 (5): 440– 5. doi :10.1038/88107. PMID  11329013. S2CID  25064683.
  • Lau PP, Chang BH, Chan L (2001). «Двухгибридное клонирование идентифицирует РНК-связывающий белок GRY-RBP как компонент эдитосомы apobec-1». Biochem. Biophys. Res. Commun . 282 (4): 977– 83. doi :10.1006/bbrc.2001.4679. PMID  11352648.
  • Blanc V, Henderson JO, Kennedy S, Davidson NO (2001). «Мутагенез фактора комплементации apobec-1 выявляет отдельные домены, которые модулируют связывание РНК, взаимодействие белок-белок с apobec-1 и комплементацию активности редактирования РНК C в U». J. Biol. Chem . 276 (49): 46386– 93. doi : 10.1074/jbc.M107654200 . PMID  11571303.
  • Anant S, Henderson JO, Mukhopadhyay D, Navaratnam N, Kennedy S, Min J, Davidson NO (2001). "Новая роль РНК-связывающего белка CUGBP2 в редактировании РНК млекопитающих. CUGBP2 модулирует редактирование C в U мРНК аполипопротеина B путем взаимодействия с apobec-1 и ACF, фактором комплементации apobec-1". J. Biol. Chem . 276 (50): 47338– 51. doi : 10.1074/jbc.M104911200 . PMID  11577082.
  • Henderson JO, Blanc V, Davidson NO (2001). «Выделение, характеристика и регуляция развития гена фактора комплементации человека apobec-1 (ACF)». Biochim. Biophys. Acta . 1522 (1): 22– 30. doi :10.1016/S0167-4781(01)00295-0. PMID  11718896.
  • Xu XR, Huang J, Xu ZG, Qian BZ, Zhu ZD, Yan Q, Cai T, Zhang X, Xiao HS, Qu J, Liu F, Huang QH, Cheng ZH, Li NG, Du JJ, Hu W, Shen KT, Lu G, Fu G, Zhong M, Xu SH, Gu WY, Huang W, Zhao XT, Hu GX, Gu JR, Chen Z, Han ZG (2001). "Взгляд на гепатоцеллюлярный канцерогенез на уровне транскриптома путем сравнения профилей экспрессии генов гепатоцеллюлярной карциномы с соответствующими профилями нераковой печени". Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 98 (26): 15089– 94. Bibcode : 2001PNAS...9815089X. doi : 10.1073/pnas.241522398 . PMC  64988. PMID  11752456 .
  • Mehta A, Driscoll DM (2002). «Идентификация доменов в факторе комплементации apobec-1, необходимых для связывания РНК и редактирования мРНК аполипопротеина-B». РНК . 8 (1): 69– 82. doi :10.1017/S1355838202015649. PMC  1370230 . PMID  11871661.
  • Chester A, Somasekaram A, Tzimina M, Jarmuz A, Gisbourne J, O'Keefe R, Scott J, Navaratnam N (2003). «Комплекс редактирования мРНК аполипопротеина B выполняет многофункциональный цикл и подавляет бессмысленно-опосредованный распад». EMBO J . 22 (15): 3971– 82. doi :10.1093/emboj/cdg369. PMC  169042 . PMID  12881431.
  • Бланк В., Кеннеди С., Дэвидсон НО (2003). «Новый сигнал ядерной локализации во вспомогательном домене фактора комплементации apobec-1 регулирует ядерно-цитоплазматический импорт и перемещение». J. Biol. Chem . 278 (42): 41198– 204. doi : 10.1074/jbc.M302951200 . PMID  12896982.
  • Xie K, Sowden MP, Dance GS, Torelli AT, Smith HC, Wedekind JE (2004). «Структура дезаминазы, редактирующей дрожжевую РНК, дает представление о складке и функции дезаминазы, индуцированной активацией, и APOBEC-1». Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 101 (21): 8114– 9. Bibcode :2004PNAS..101.8114X. doi : 10.1073/pnas.0400493101 . PMC  419566 . PMID  15148397.


Значок заглушки

Эта статья о гене на человеческой хромосоме 10 — заглушка . Вы можете помочь Википедии, расширив ее.

Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=A1CF&oldid=1166578729"