СИНКРИП
Ген, кодирующий белок у вида Homo sapiens

СИНКРИП
Доступные структуры
ПДБПоиск ортолога: PDBe RCSB
Идентификаторы
ПсевдонимыSYNCRIP , GRY-RBP, GRYRBP, HNRNPQ, HNRPQ1, NSAP1, PP68, hnRNP-Q, белок, связывающий синаптотагмин и взаимодействующий с цитоплазматической РНК
Внешние идентификаторыОМИМ : 616686; МГИ : 1891690; гомологен : 4648; GeneCards : SYNCRIP; OMA :SYNCRIP — ортологи
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Энтрез

10492

56403

Ансамбль

ENSG00000135316

ENSMUSG00000032423

UniProt

О60506

Q7TMK9

РефСек (мРНК)

NM_001284328
NM_019666
NM_019796
NM_001311113

RefSeq (белок)

НП_001271257
НП_001298042
НП_062640
НП_062770

Местоположение (UCSC)Хр 6: 85.61 – 85.64 МбХр 9: 88.33 – 88.36 Мб
Поиск в PubMed[3][4]
Викиданные
Просмотр/редактирование человекаПросмотр/редактирование мыши

Синаптотагмин-связывающий, цитоплазматический РНК-взаимодействующий белок (SYNCRIP), также известный как гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин (hnRNP) Q или NS1-ассоциированный белок-1 (NSAP-1) , представляет собой белок , который у людей кодируется геном SYNCRIP . [5] [6] [7] Как следует из названия, SYNCRIP локализуется преимущественно в цитоплазме . [8] Он эволюционно сохраняется у эукариот и участвует в нескольких клеточных и патологических путях, особенно в развитии нейронов и мышц. [9] У людей существует три изоформы , все из которых связаны in vitro с пре -мРНК , промежуточными продуктами сплайсинга мРНК и зрелыми комплексами мРНК-белок, включая оборот мРНК. [10]

Структура и функции

Этот ген принадлежит к подсемейству повсеместно экспрессируемых гетерогенных ядерных рибонуклеопротеинов (hnRNP). hnRNP являются РНК-связывающими белками и образуют комплекс с гетерогенной ядерной РНК (hnRNA).

SYNCRIP состоит из N-концевого спирального пучка, известного как «кислотный домен» (AcD), за которым следуют три последовательных мотива распознавания РНК (RRM), разделенных короткими линкерами, и богатый аргинином и глицином домен, называемый « RGG box », на C-конце. RRM играют роль в связывании РНК, в то время как AcD участвует в белок-белковых взаимодействиях (PPI). RGG box участвует как в связывании РНК, так и в PPI. AcD уникален для SYNCRIP и его ядерного гомолога hnRNP R и участвует во взаимодействиях с APOBEC-1. [11] Это самосворачивающийся, полностью спиральный домен из пяти α-спиралей, содержащий большую гидрофобную полость и положительно заряженную область поверхности в качестве потенциальных участков взаимодействия в дополнение к отрицательно заряженным поверхностным областям, без структурных гомологов в каких-либо других известных белках. [11] [12] Гидрофобное ядро ​​в основном состоит из остатков лейцина , в то время как поверхность состоит из 15 кислотных остатков и 13 основных остатков, которые вместе образуют обширную сеть взаимодействия. [12] AcD связан с RRM1 уникальным α- β -β блоком, создавая «расширенную складку RRM», опосредованную в первую очередь гидрофобными взаимодействиями. [12] RGG-бокс представляет собой неструктурированную область, содержащую многочисленные повторы Arg-Gly-Gly с довольно регулярным интервалом. В SYNCRIP имеется восемь таких повторов. Этот домен может связывать белки и РНК независимо, даже если другие связывающие домены отсутствуют. [13] Хотя этот домен богат содержанием аргинина, он не имеет каких-либо богатых аргинином кластеров, которые можно было бы наблюдать в обычных богатых аргинином RBP. [13]

Изоформа 1 является компонентом комплекса мРНК-эдитосомы аполипопротеина B (apoB) и модулирует посттранскрипционное редактирование РНК C -в- U мРНК apoB посредством связывания либо с ферментом-редактирующим мРНК apoB каталитическим пептидом 1 (APOBEC-1), либо с фактором комплементации APOBEC-1 (ACF), либо непосредственно с самой РНК. [6] Изоформа 1 также участвует вместе с другими RBP в цитоплазматическом деаденилировании и трансляционном и распадном взаимодействии мРНК c-Fos, опосредованном доменом основной детерминанты нестабильности кодирующей области (mCRD). [14]

Функция изоформы 2 не столь ясна.

Изоформа 3 участвует в транспорте мРНК на основе цитоплазматических везикул посредством взаимодействия с синаптотагминами (SYT). [8] Эта изоформа также является компонентом комплекса ингибитора трансляции, активируемого гамма-интерфероном (IFNγ) у людей, который опосредует индуцированное IFNγ селективное ингибирование трансляции транскрипта в воспалительных процессах. [15] После активации IFN-γ SYNCRIP собирается в комплекс GAIT, который связывается с элементами GAIT, содержащими петлю-стебель , в 3'-нетранслируемой области (3'-UTR) различных воспалительных мРНК и подавляет их трансляцию, но это, по-видимому, не является существенным для общей функции комплекса GAIT. [15]

Взаимодействия

Было показано, что SYNCRIP взаимодействует с ACF , [6] [16] APOBEC1 , [6] SYT7 , [8] и SYT9 . [8]

Ссылки

  1. ^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000135316 – Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000032423 – Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ Harris CE, Boden RA, Astell CR (январь 1999). «Новый гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин-подобный белок взаимодействует с NS1 мелкого вируса мышей». Журнал вирусологии . 73 (1): 72– 80. doi :10.1128/JVI.73.1.72-80.1999. PMC 103810. PMID  9847309 . 
  6. ^ abcd Lau PP, Chang BH, Chan L (апрель 2001 г.). «Двухгибридное клонирование идентифицирует РНК-связывающий белок GRY-RBP как компонент apobec-1 editosome». Biochemical and Biophysical Research Communications . 282 (4): 977– 83. doi :10.1006/bbrc.2001.4679. PMID  11352648.
  7. ^ «Ген Entrez: связывание синаптотагмина SYNCRIP, белок, взаимодействующий с цитоплазматической РНК».
  8. ^ abcd Mizutani A, Fukuda M, Ibata K, Shiraishi Y, Mikoshiba K (март 2000 г.). "SYNCRIP, цитоплазматический аналог гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина R, взаимодействует с вездесущими изоформами синаптотагмина". Журнал биологической химии . 275 (13): 9823– 31. doi : 10.1074/jbc.275.13.9823 . PMID  10734137.
  9. ^ Chen Y, Chan J, Chen W, Li J, Sun M, Kannan GS, Mok YK, Yuan YA, Jobichen C (март 2020 г.). «SYNCRIP, новый игрок в обработке pri-let-7a». РНК . 26 (3): 290– 305. doi :10.1261/rna.072959.119. PMC 7025501. PMID  31907208 . 
  10. ^ Mourelatos Z, Abel L, Yong J, Kataoka N, Dreyfuss G (октябрь 2001 г.). «SMN взаимодействует с новым семейством hnRNP и сплайсосомальных белков». The EMBO Journal . 20 (19): 5443– 52. doi :10.1093/emboj/20.19.5443. PMC 125643. PMID  11574476 . 
  11. ^ ab Beuck C, Williamson JR, Wüthrich K, Serrano P (август 2016 г.). «Кислотный домен — уникальная структурная особенность фактора сплайсинга SYNCRIP». Protein Science . 25 (8): 1545– 50. doi :10.1002/pro.2935. PMC 4972210 . PMID  27081926. 
  12. ^ abc Hobor F, Dallmann A, Ball NJ, Cicchini C, Battistelli C, Ogrodowicz RW, Christodoulou E, Martin SR, Castello A, Tripodi M, Taylor IA, Ramos A (февраль 2018 г.). "Криптический домен связывания РНК опосредует распознавание Syncrip и экзосомальное разделение целей miRNA". Nature Communications . 9 (1): 831. Bibcode :2018NatCo...9..831H. doi :10.1038/s41467-018-03182-3. PMC 5827114 . PMID  29483512. 
  13. ^ ab Kiledjian M, Dreyfuss G (1992). "Первичная структура и связывающая активность белка hnRNP U: связывание РНК через RGG-бокс". EMBO Journal . 11 (7): 2655– 64. doi :10.1002/j.1460-2075.1992.tb05331.x. ISSN  0261-4189. PMC 556741. PMID  1628625 . 
  14. ^ Grosset C, Chen CY, Xu N, Sonenberg N, Jacquemin-Sablon H, Shyu AB (сентябрь 2000 г.). «Механизм трансляционно связанного оборота мРНК: взаимодействие между поли(А)-хвостом и детерминантой кодирования РНК c-fos через белковый комплекс». Cell . 103 (1): 29– 40. doi : 10.1016/S0092-8674(00)00102-1 . PMID  11051545. S2CID  18135412.
  15. ^ ab Arif A, Chatterjee P, Moodt RA, Fox PL (октябрь 2012 г.). «Гетеротримерный комплекс GAIT управляет селективным ингибированием транскрипта в мышиных макрофагах». Молекулярная и клеточная биология . 32 (24): 5046–55 . doi :10.1128/mcb.01168-12. PMC 3510535. PMID  23071094 . 
  16. ^ Blanc V, Navaratnam N, Henderson JO, Anant S, Kennedy S, Jarmuz A, Scott J, Davidson NO (март 2001 г.). «Идентификация GRY-RBP как белка, связывающего РНК аполипопротеина B, который взаимодействует как с apobec-1, так и с фактором комплементации apobec-1 для модуляции редактирования C в U». Журнал биологической химии . 276 (13): 10272– 83. doi : 10.1074/jbc.M006435200 . PMID  11134005.

Дальнейшее чтение

  • Маруяма К, Сугано С (январь 1994). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Gene . 138 ( 1– 2): 171– 74. doi :10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.
  • Fu C, Chan AC (октябрь 1997 г.). «Идентификация двух тирозиновых фосфопротеинов, pp70 и pp68, которые взаимодействуют с фосфолипазой Cgamma, Grb2 и Vav после активации рецептора антигена B-клетки». Журнал биологической химии . 272 ​​(43): 27362– 8. doi : 10.1074/jbc.272.43.27362 . PMID  9341187.
  • Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (октябрь 1997 г.). «Конструирование и характеристика библиотеки кДНК с полной длиной и обогащенной 5'-концом». Gene . 200 ( 1– 2): 149– 56. doi :10.1016/S0378-1119(97)00411-3. PMID  9373149.
  • Neubauer G, King A, Rappsilber J, Calvio C, Watson M, Ajuh P, Sleeman J, Lamond A, Mann M (сентябрь 1998 г.). «Масс-спектрометрия и поиск в базе данных EST позволяют охарактеризовать многобелковый сплайсосомный комплекс». Nature Genetics . 20 (1): 46– 50. doi :10.1038/1700. PMID  9731529. S2CID  585778.
  • Rossoll W, Kröning AK, Ohndorf UM, Steegborn C, Jablonka S, Sendtner M (январь 2002 г.). «Специфическое взаимодействие Smn, продукта гена, определяющего спинальную мышечную атрофию, с hnRNP-R и gry-rbp/hnRNP-Q: роль Smn в обработке РНК в моторных аксонах?». Human Molecular Genetics . 11 (1): 93– 105. doi : 10.1093/hmg/11.1.93 . PMID  11773003.
  • Jurica MS, Licklider LJ, Gygi SR, Grigorieff N, Moore MJ (апрель 2002 г.). «Очистка и характеристика нативных сплайсосом, подходящих для трехмерного структурного анализа». RNA . 8 (4): 426– 39. doi :10.1017/S1355838202021088. PMC  1370266 . PMID  11991638.
  • Hresko RC, Mueckler M (июль 2002 г.). «Идентификация pp68 как тирозин-фосфорилированной формы SYNCRIP/NSAP1. Цитоплазматический РНК-связывающий белок». Журнал биологической химии . 277 (28): 25233– 8. doi : 10.1074/jbc.M202556200 . PMID  11994298.
  • Carty SM, Greenleaf AL (август 2002 г.). «Гиперфосфорилированные белки, ассоциированные с доменом повтора C-конца в ядерном протеоме, связывают транскрипцию с модификацией ДНК/хроматина и процессингом РНК». Молекулярная и клеточная протеомика . 1 (8): 598– 610. doi : 10.1074/mcp.M200029-MCP200 . PMID  12376575.
  • Angenstein F, Evans AM, Settlage RE, Moran ST, Ling SC, Klintsova AY, Shabanowitz J, Hunt DF, Greenough WT (октябрь 2002 г.). «Рецептор активированной С-киназы является частью комплексов мессенджерных рибонуклеопротеинов, связанных с полиА-мРНК в нейронах». The Journal of Neuroscience . 22 (20): 8827– 37. doi :10.1523/JNEUROSCI.22-20-08827.2002. PMC  6757688 . PMID  12388589.
  • Hinsby AM, Olsen JV, Bennett KL, Mann M (январь 2003 г.). «Сигнализация, инициированная сверхэкспрессией рецептора-1 фактора роста фибробластов, исследованная с помощью масс-спектрометрии». Molecular & Cellular Proteomics . 2 (1): 29– 36. CiteSeerX  10.1.1.580.5376 . doi : 10.1074/mcp.M200075-MCP200 . PMID  12601080. S2CID  40711397.
  • Moraes KC, Quaresma AJ, Maehnss K, Kobarg J (январь 2003 г.). «Идентификация и характеристика белков, которые селективно взаимодействуют с изоформами связывающего мРНК белка AUF1 (hnRNP D)». Биологическая химия . 384 (1): 25–37 . doi :10.1515/BC.2003.004. PMID  12674497. S2CID  30993043.
  • Moraes KC, Quaresma AJ, Maehnss K, Kobarg J (январь 2003 г.). «Идентификация и характеристика белков, которые селективно взаимодействуют с изоформами связывающего мРНК белка AUF1 (hnRNP D)». Биологическая химия . 384 (1): 25–37 . doi :10.1515/BC.2003.004. ISSN  1431-6730. PMID  12674497. S2CID  30993043.
  • Kim JH, Paek KY, Ha SH, Cho S, Choi K, Kim CS, Ryu SH, Jang SK (сентябрь 2004 г.). «Клеточный РНК-связывающий белок усиливает внутреннюю рибосомальную сайт-зависимую трансляцию посредством взаимодействия ниже кодона инициации полипротеина вируса гепатита С». Молекулярная и клеточная биология . 24 (18): 7878– 90. doi :10.1128/MCB.24.18.7878-7890.2004. PMC  515056. PMID  15340051 .
  • Quaresma AJ, Bressan GC, Gava LM, Lanza DC, Ramos CH, Kobarg J (апрель 2009 г.). "Human hnRNP Q повторно локализуется в цитоплазматических гранулах при обработке PMA, тапсигаргином, арсенитом и тепловым шоком". Experimental Cell Research . 315 (6): 968– 80. doi :10.1016/j.yexcr.2009.01.012. PMID  19331829.
  • Vincendeau M, Nagel D, Brenke JK, Brack-Werner R, Hadian K (2013). «Гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин Q увеличивает экспрессию белка из ВИЧ-1 Rev-зависимых транскриптов». Virology Journal . 10 (151): 151. doi : 10.1186/1743-422X-10-151 . PMC  3673855 . PMID  23679954.
  • Сантанджело Л., Джурато Дж., Чиккини С., Монтальдо С., Манконе С., Таралло Р., Баттистелли С., Алонци Т., Вайс А., Триподи М. (октябрь 2016 г.). «РНК-связывающий белок SYNCRIP является компонентом экзосомального механизма гепатоцитов, контролирующего сортировку микроРНК». Отчеты по ячейкам . 17 (3): 799–808 . doi : 10.1016/j.celrep.2016.09.031 . hdl : 11573/960504 . ISSN  2211-1247. ПМИД  27732855.
  • Cappelli S, Romano M, Buratti E (август 2018 г.). «Систематический анализ профилей экспрессии генов, контролируемых hnRNP Q и hnRNP R, двумя тесно связанными белками связывания РНК человека, вовлеченными в механизмы процессинга мРНК». Frontiers in Molecular Biosciences . 5 (79): 79. doi : 10.3389/fmolb.2018.00079 . ISSN  2296-889X. PMC  6125337 . PMID  30214903.
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=SYNCRIP&oldid=1223637285"