Цинковый палец белка 684
| ZNF684 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | ZNF684 , белок цинкового пальца 684 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | HomoloGene : 65042; GeneCards : ZNF684; OMA :ZNF684 - ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Цинковый палец белка 684 — это белок , который у людей кодируется геном ZNF684 . [ 3]
Ген
Белок цинкового пальца 684 также известен как белок , ассоциированный с Круппелем . [4] У людей ген ZNF684 находится на плюс-цепи в 1q34.2, охватывая 16 594 нуклеотида от 40 548 167 до 40 531 573. [5] [6]
Транскрипт
В настоящее время существует один вариант транскрипта, кодирующий ZNF684. [3] Вариант транскрипта имеет пять идентифицированных экзонных областей в ZNF684 и охватывает 2019 пар оснований (п.н.). [5]
Белок
Белок ZNF684 у людей состоит из 378 аминокислот . [4] Человеческий ZNF684 имеет молекулярную массу 32 945 Да и базальную изоэлектрическую точку 9,06. [7] Белок ZNF684 содержит домен Kruppel-associated box A (KRAB-A), который функционирует как транскрипционный репрессор . [4] [8] Внутри белка ZNF684 есть 8 доменов структурного мотива цинкового пальца C2H2 (zf-C2H2), которые, как известно, связывают либо ионы цинка , либо нуклеиновую кислоту . [4] [9] [10] Внутри этих доменов цистин и гистидин являются основными аминокислотами, участвующими в связывании ионов цинка (Zn 2+ ) или нуклеиновой кислоты. [9] Человеческий белок ZNF684 богат лизином и гистидином и беден аланином . [11] Предсказанные вторичные структуры ZNF684 демонстрируют различное количество альфа-спиралей , бета-слоев , спиральных поворотов и катушек по всему белку. [12]
Регулирование
Ген
Распределение тканей
С точки зрения экспрессии генов, ZNF684 повсеместно экспрессируется во всех тканях человека. [3] Данные микрочипов иллюстрируют более высокую экспрессию ZNF684 в печени . [3] [13] Это дополнительно подтверждается данными, которые отображают снижение экспрессии ZNF684 в клетках печени у людей с раком печени . [14] Также наблюдалась более высокая экспрессия ZNF684 в почках по сравнению с другими тканями. [3] [13] Доказательства сниженной экспрессии ZNF684 наблюдаются у людей с раком почки . [15]
У плодов повсеместная экспрессия гена ZNF684 присутствует во всех тканях на протяжении всего гестационного периода от 10 до 20 недель. [3] Более высокий уровень экспрессии ZNF684 наблюдается в сердце на 20 неделе беременности, а пониженный уровень экспрессии — в почках на 20 неделе беременности. [3]
Транскрипт
С помощью РНКфолда были созданы структуры с минимальной свободной энергией на основе расширенных 5' и 3' нетранслируемых областей (UTR) в последовательности человека (рисунок 1-2).
Белок
Предсказано, что ZNF684 локализуется в ядре , что согласуется с известными функциями белка как фактора транскрипции. [16] Также было предсказано, что он локализуется в цитоплазме . [16]
Гомология/эволюция
Гомологи гена ZNF684 были обнаружены среди эукариот и видов бактерий . [17] Строгие ортологи были обнаружены только у плацентарных млекопитающих. Ген также тесно связан с паралогом ZFP25 у людей. [18] Среди различных видов, у которых присутствует строгий ортолог ZNF684, очевидна консервация участков связывания C2H2 и связанного с Круппелем бокса (рисунок 3-4). [19] Список различных видов плацентарных млекопитающих обобщен в таблице 1 по их средней дате расхождения с Homo sapiens .
| Род и вид | Общее название | Таксономическая группа | Медианная дата расхождения | Номер поступления | Длина последовательности (аа) | Идентичность последовательности с человеческим белком (%) | Сходство последовательности с человеческим белком () |
| Homo sapiens | Человек | Приматы | 0.0 | NP_689586.3 | 378 | 100.0 | 100.0 |
| Пан троглодиты | Шимпанзе | Приматы | 6.4 | XP_513358.3 | 378 | 98.9 | 98.9 |
| Макака мулатка | резус-обезьяна | Приматы | 28.8 | XP_028691269.1 | 398 | 77.3 | 78.0 |
| Тупайя китайская | китайская тупайя | Сканденция | 85.0 | XP_006164992.2 | 401 | 75,9 | 82.6 |
| Гетероцефал голый | Голый землекоп | Грызуны | 87.0 | XP_021105597.1 | 380 | 79,5 | 88.7 |
| Кастор канадский | американский бобр | Грызуны | 87.0 | XP_020027280.1 | 352 | 77.3 | 78.0 |
| Ориктолагус куникулус | Кролик | Зайцеобразные | 87.0 | XP_051713856.1 | 405 | 48.2 | 61.0 |
| Охотона курзония | Черногубая пищуха | Зайцеобразные | 87.0 | XP_040830236.1 | 407 | 45,5 | 61.2 |
| Бык-Таурус | Крупный рогатый скот | Парнокопытные | 94.0 | XP_024845985.1 | 382 | 81.2 | 88.7 |
| Balaenoptera ricei | Рисовый кит | Парнокопытные | 94.0 | XP_059753474.1 | 380 | 85.0 | 90,5 |
| Ursus arctos | Бурый медведь | Хищные | 94.0 | XP_057161231.1 | 380 | 86.3 | 90,8 |
| Acinonyx jubatus | Гепард | Хищные | 94.0 | XP_053068190.1 | 380 | 82.9 | 89.2 |
| Diceros bicornis minor | Южно-центральный черный носорог | Непарнокопытные | 94.0 | XP_058409785.1 | 380 | 86.8 | 91,8 |
| Крылатый крапивник | Большая летучая лисица | Рукокрылые | 94.0 | XP_023377766.1 | 378 | 84.2 | 89,5 |
| Myotis daubentonii | бита Добентона | Рукокрылые | 94.0 | XP_059545721.1 | 394 | 79.0 | 84,8 |
| Condylura cristata | Звездоносый крот | Эулипотифла | 94.0 | XP_012577988.1 | 386 | 80.3 | 87,6 |
| Манис пятипалый | Китайское панго | Фолидота | 94.0 | XP_057356056.1 | 409 | 74.3 | 79.2 |
| Трихехус манатус | Флоридский ламантин | Афротерия | 99.0 | XP_023582938.1 | 380 | 82.1 | 88.9 |
| Elephas maximus indicus | Слон | Афротерия | 99.0 | XP_049734871.1 | 392 | 76.7 | 84,8 |
| Choloepus didactylus | Двупалый ленивец | Пилоса | 99.0 | XP_037683504.1 | 399 | 79.2 | 83.2 |
Взаимодействующие белки
Было обнаружено множество взаимодействий между ZNF684 и другими белками. [20] TRIM28 является корепрессором фактора транскрипции, который взаимодействует с доменом KRAB. [21] TRIM28 привлекает компоненты для метилирования гистонов и деацетилирования гистонов, что приводит к изменениям в структуре хроматина , которые подавляют экспрессию генов. [22]
Функции
ZNF684 физически взаимодействует с факторами экспорта мРНК и напрямую связывается с РНК. [23]
Ссылки
- ^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000117010 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ abcdefg "ZNF684 zinc finger protein 684 [Homo sapiens (human)] - Gene". www.ncbi.nlm.nih.gov . Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) . Получено 14.12.2023 .
- ^ abcd "цинковый палец белка 684 [Homo sapiens] - Белок". Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) . Получено 2023-12-14 .
- ^ ab "Цинковый палец белка Homo sapiens 684 (ZNF684), мРНК". Национальный центр биотехнологической информации (NCBI). 2022-12-24.
- ^ "Ген: ZNF684 (ENSG00000117010) - Краткое содержание - Homo_sapiens". Браузер генома Ensembl 110 . Получено 14.12.2023 .
- ^ "ZNF684". www.phosphosite.org . Получено 2023-12-14 .
- ^ Уррутия Р. (2003). «KRAB-содержащие белки-репрессоры цинковых пальцев». Genome Biology . 4 (10): 231. doi : 10.1186/gb-2003-4-10-231 . PMC 328446. PMID 14519192 .
- ^ ab Lupo A, Cesaro E, Montano G, Zurlo D, Izzo P, Costanzo P (июнь 2013 г.). "KRAB-цинковые пальчиковые белки: семейство репрессоров, демонстрирующее множественные биологические функции". Current Genomics . 14 (4): 268– 278. doi :10.2174/13892029113149990002. PMC 3731817 . PMID 24294107.
- ^ "Цинковый палец белка 684". UniProt . Получено 2023-12-14 .
- ^ "SAPS < Статистика последовательностей < EMBL-EBI". www.ebi.ac.uk . Получено 14.12.2023 .
- ^ Chou PY, Fasman GD (январь 1979). "Предсказание вторичной структуры белков по их аминокислотной последовательности". В Meister A (ред.). Достижения в энзимологии и смежных областях молекулярной биологии. Достижения в энзимологии и смежных областях молекулярной биологии. Т. 47 (1-е изд.). Wiley. стр. 45–148 . doi :10.1002/9780470122921.ch2. ISBN 978-0-471-04116-0. PMID 364941 . Получено 2023-12-14 .
- ^ ab "Обзор экспрессии белка ZNF684 - Атлас белков человека". www.proteinatlas.org . Получено 14.12.2023 .
- ^ "Экспрессия ZNF684 при раке печени - Атлас белков человека". www.proteinatlas.org . Получено 14.12.2023 .
- ^ "Экспрессия ZNF684 при раке почки - Атлас белков человека". www.proteinatlas.org . Получено 14.12.2023 .
- ^ ab "Субклеточный - ZNF684 - Атлас белков человека". www.proteinatlas.org . Получено 14.12.2023 .
- ^ "Nucleotide BLAST: Поиск в базах данных нуклеотидов с использованием нуклеотидного запроса". blast.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 14.12.2023 .
- ^ "Ген: ZNF684 (ENSG00000117010) - Паралоги - Homo_sapiens - Браузер генома Ensembl 110". useast.ensembl.org . Получено 15.12.2023 .
- ^ "Clustal Omega < Множественное выравнивание последовательностей < EMBL-EBI". www.ebi.ac.uk . Получено 15.12.2023 .
- ^ "Белок ZNF684 (человек)". Сеть взаимодействия STRING . Получено 2023-12-15 .
- ^ "Трехкомпонентный мотив Homo sapiens, содержащий 28 (TRIM28), мРНК". 2023-11-21.
- ^ "TIF1B_HUMAN". UniProt . Получено 2023-12-15 .
- ^ Nitoiu A, Nabeel-Shah S, Farhangmehr S, Pu S, Braunschweig U, Blencowe BJ и др. (2021-10-01), KRAB Zinc Finger белок Znf684 взаимодействует с Nxf1 для регулирования экспорта мРНК, doi : 10.1101/2021.09.29.462476, S2CID 238261558 , получено 2023-12-15
Дальнейшее чтение
