База данных ЦИНК
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Химическая база данных |
Типы собираемых данных | Коммерчески доступные и аннотированные малые молекулы для виртуального скрининга |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Калифорнийский университет в Сан-Франциско |
| Лаборатория | Лаборатория Ирвина Лаборатория Шойхет |
| Авторы | Джон Ирвин, Брайан Шойхет и несколько актеров |
| Первичная цитата | PMID 26479676 |
| Дата выпуска | 2004 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | ЦИНК |
| Разнообразный | |
| Лицензия | ZINC доступен для свободного использования всем. Распространение значительных подмножеств требует письменного разрешения авторов. |
| Версионирование | ЦИНК-22 |
Частота публикации данных | постоянно обновляется; статические подмножества обновляются ежеквартально или чаще. |
| Политика кураторства | постоянно курируется |
База данных ZINC ( рекурсивная аббревиатура : ZINC не является коммерческой ) представляет собой тщательно отобранную коллекцию коммерчески доступных химических соединений, специально подготовленную для виртуального скрининга . ZINC используется исследователями (обычно людьми, имеющими образование биологов или химиков ) в фармацевтических компаниях , биотехнологических компаниях и исследовательских университетах . [1] [2] [3]
Область применения и доступ
ZINC отличается от других химических баз данных тем, что ее цель — представить биологически значимую трехмерную форму молекулы .
Курирование и обновления
ZINC регулярно обновляется и может быть загружен и использован бесплатно . Он разработан Джоном Ирвином в лаборатории Шойхета на кафедре фармацевтической химии Калифорнийского университета в Сан-Франциско .
Версия
Последняя версия интерфейса веб-сайта — «ZINC-22». База данных постоянно обновляется и по состоянию на 2023 год, как [обновлять]утверждается, содержит более 37 миллиардов коммерчески доступных молекул. [4]
Использует
База данных обычно используется для добычи молекул , процесса, в котором количественные соотношения структура-активность используются для поиска новых соединений с улучшенной биологической активностью, учитывая известную начальную точку, найденную, например, с помощью высокопроизводительного скрининга . [5] [6]
Смотрите также
- PubChem — база данных малых молекул из химической и биологической литературы, размещенная NCBI
- ChEMBL — база данных информации о медицинской химии и биологической активности малых молекул.
Ссылки
- ^ Koes, DR; Camacho, CJ (2012). "ZINCPharmer: поиск фармакофоров в базе данных ZINC". Nucleic Acids Research . 40 : W409 – W414 . doi : 10.1093/nar/gks378 . PMID 22553363.
- ^ Дойчинова, Ирини; Атанасова, Марияна; Валькова, Ива; и др. (2018). «Новые результаты ингибирования ацетилхолинэстеразы, полученные с помощью скрининга на основе стыковки в базе данных ZINC». Журнал ингибирования ферментов и медицинской химии . 33 (1): 768– 776. doi : 10.1080/14756366.2018.1458031 . PMC 6010092. PMID 29651876 .
- ^ Олавале, Феми; Ивалойе, Опейеми; Фолорунсо, Ибукун Мэри; Шитяков, Сергей (2023). " Высокопроизводительный скрининг in silico базы данных природных соединений ZINC для выявления новых ингибиторов гистондеацетилазы". Журнал вычислительной биофизики и химии . 22 (1): 11– 30. Bibcode : 2023JCBC...22...11O. doi : 10.1142/S2737416522500466.
- ^ Tingle, Benjamin I.; Tang, Khanh G.; Castanon, Mar; Gutierrez, John J.; Khurelbaatar, Munkhzul; Dandarchuluun, Chinzorig; Moroz, Yurii S.; Irwin, John J. (2023). "ZINC-22─A Free Multi-Billion-Scale Database of Tangible Compounds for Ligand Discovery". Journal of Chemical Information and Modeling . 63 (4): 1166– 1176. doi : 10.1021/acs.jcim.2c01253 . PMC 9976280. PMID 36790087 .
- ^ Авале, Махендра; Джин, Сиань; Реймонд, Жан-Луи (2015). «Стереоселективный виртуальный скрининг базы данных ZINC с использованием 3D-отпечатков пар атомов». Журнал химинформатики . 7. doi : 10.1186/s13321-014-0051-5 . PMC 4352573. PMID 25750664 .
- ^ Панагиотопулос, Афанасиос А.; Константину, Евангелия; Пиринцос, Стергиос А.; и др. (2023). «Изучение базы данных натуральных продуктов ZINC для конкретных тестостероноподобных антагонистов OXER1». Стероиды . 199 . doi : 10.1016/j.steroids.2023.109309. ПМИД 37696380.
Внешние ссылки
- База данных ЦИНК
