ChEMBL
Химическая база данных биоактивных молекул, также имеющих свойства, подобные лекарственным препаратам

ChEMBL
Содержание
ОписаниеБиологическая база данных

Типы собираемых данных		Молекулы с лекарственными свойствами и биологической активностью
Контакт
Исследовательский центрЕвропейская лаборатория молекулярной биологии
ЛабораторияВеликобритания Европейский институт биоинформатики
АвторыЭндрю Лич, руководитель группы с 2016 г. по настоящее время; Джон Оверингтон, руководитель группы с 2008 по 2015 г.
Первичная цитатаPMID  21948594
Дата выпуска2009
Доступ
Веб-сайтChEMBL
URL-адрес для загрузкиЗагрузки
URL веб-сервисаВеб-сервисы ChEMBL
Конечная точка SparqlПлатформа ChEMBL EBI-RDF
Разнообразный
ЛицензияДанные ChEMBL доступны по лицензии Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0 Unported.
ВерсионированиеЧЕМБЛ_28

ChEMBL или ChEMBLdb — это вручную курируемая химическая база данных биоактивных молекул со свойствами, вызывающими появление лекарственных препаратов. [ 1] Она поддерживается Европейским институтом биоинформатики (EBI) Европейской молекулярно-биологической лаборатории ( EMBL ), расположенной в кампусе Wellcome Trust Genome Campus , Хинкстон, Великобритания.

База данных, изначально известная как StARlite, была разработана биотехнологической компанией Inpharmatica Ltd., позже приобретенной Galapagos NV . Данные были приобретены для EMBL в 2008 году по награде от The Wellcome Trust , [2] что привело к созданию группы хемогеномики ChEMBL в EMBL-EBI под руководством Джона Оверингтона. [3] [4]

Область применения и доступ

База данных ChEMBL содержит данные о биоактивности соединений по отношению к лекарственным мишеням. Биоактивность указывается в Ki, Kd, ​​IC50 и EC50. [5] Данные можно фильтровать и анализировать для разработки библиотек скрининга соединений для идентификации лидов во время открытия лекарств. [6]

ChEMBL версии 2 (ChEMBL_02) была запущена в январе 2010 года, включая 2,4 миллиона измерений биопроб, охватывающих 622 824 соединения, включая 24 000 натуральных продуктов. Это было получено путем курирования более 34 000 публикаций в двенадцати журналах по медицинской химии . Охват ChEMBL доступных данных о биоактивности вырос и стал «самым полным из когда-либо виденных в публичной базе данных». [3] В октябре 2010 года была запущена ChEMBL версии 8 (ChEMBL_08), с более чем 2,97 миллионами измерений биопроб, охватывающих 636 269 соединений. [7]

В ChEMBL_10 были добавлены подтверждающие анализы PubChem с целью интеграции данных, сопоставимых с типом и классом данных, содержащихся в ChEMBL. [8]

Доступ к ChEMBLdb можно получить через веб-интерфейс или загрузить с помощью File Transfer Protocol . Он отформатирован таким образом, чтобы его можно было использовать для компьютерного анализа данных , и пытается стандартизировать действия между различными публикациями, чтобы обеспечить сравнительный анализ. [1] ChEMBL также интегрирован в другие крупномасштабные химические ресурсы, включая PubChem и систему ChemSpider Королевского химического общества .

Связанные ресурсы

В дополнение к базе данных группа ChEMBL разработала инструменты и ресурсы для интеллектуального анализа данных. [9] К ним относится Kinase SARfari, интегрированная хемогенная рабочая среда, ориентированная на киназы . Система объединяет и связывает последовательности, структуры, соединения и данные скрининга .

GPCR SARfari — это аналогичная рабочая среда, ориентированная на GPCR , а ChEMBL-Neglected Tropical Diseases (ChEMBL-NTD) — это репозиторий для данных первичного скрининга и медицинской химии открытого доступа , направленных на эндемичные тропические заболевания развивающихся регионов Африки, Азии и Америки. Основная цель ChEMBL-NTD — предоставить свободно доступный и постоянный архив и центр распределения для депонированных данных. [3]

В июле 2012 года был запущен новый сервис данных по малярии Архивировано 2016-07-30 в Wayback Machine , спонсируемый Medicines for Malaria Venture (MMV), нацеленный на исследователей по всему миру. Данные в этом сервисе включают соединения из набора скрининга Malaria Box, а также другие пожертвованные данные по малярии, найденные в ChEMBL-NTD.

myChEMBL, виртуальная машина ChEMBL, была выпущена в октябре 2013 года, чтобы предоставить пользователям доступ к полной, бесплатной и простой в установке инфраструктуре химико-информатики.

В декабре 2013 года операции патентной информационной базы данных SureChem были переданы EMBL-EBI. В результате SureChem был переименован в SureChEMBL.

В 2014 году был представлен новый ресурс ADME SARfari — инструмент для прогнозирования и сравнения межвидовых целей ADME. [10]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ ab Gaulton, A; et al. (2011). "ChEMBL: крупномасштабная база данных биоактивности для открытия лекарств". Nucleic Acids Research . 40 (выпуск базы данных): D1100-7. doi :10.1093/nar/gkr777. PMC 3245175. PMID  21948594 . 
  2. ^ "База данных по разработке лекарств с открытым доступом запущена с полумиллионом соединений | Wellcome". wellcome.ac.uk . 18 января 2010 г. Получено 31 августа 2019 г.
  3. ^ abc Bender, A (2010). "Базы данных: Биоактивность соединений становится публичной". Nature Chemical Biology . 6 (5): 309. doi : 10.1038/nchembio.354 .
  4. ^ Overington J (апрель 2009 г.). "ChEMBL. Интервью с Джоном Оверингтоном, руководителем группы хемогеномики Европейского института биоинформатики, отделения Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL-EBI). Интервью Венди А. Уорр". J. Comput.-Aided Mol. Des . 23 (4): 195– 8. Bibcode : 2009JCAMD..23..195W. doi : 10.1007/s10822-009-9260-9. PMID  19194660. S2CID  2946417.
  5. ^ Мок, Н. Йи; Бренк, Рут (24 октября 2011 г.). «Майнинг базы данных ChEMBL: эффективный рабочий процесс хемоинформатики для сборки библиотеки скрининга, ориентированной на ионные каналы». J. Chem. Inf. Model. 51 (10): 2449– 2454. doi :10.1021/ci200260t. PMC 3200031 . PMID  21978256.  
  6. ^ Бренк, Р.; Шинпани, А.; Джеймс, Д.; Красовски, А. (март 2008 г.). «Уроки, извлеченные из сбора библиотек скрининга для открытия лекарств от забытых болезней». ChemMedChem . 3 (3): 435– 44. doi :10.1002/cmdc.200700139. PMC 2628535 . PMID  18064617. 
  7. ^ ChEMBL-og (15 ноября 2010 г.), ChEMBL_08 Выпущено , получено 15 ноября 2010 г.
  8. ^ ChEMBL-og (6 июня 2011 г.), ChEMBL_10 Выпущено , получено 9 июня 2011 г.
  9. ^ Беллис, Л. Дж. и др. (2011). «Сбор и анализ данных по биологической активности литературы для открытия лекарств». Труды биохимического общества . 39 (5): 1365– 1370. doi : 10.1042/BST0391365. PMID  21936816.
  10. ^ Дэвис, М. и др . (2015). «ADME SARfari: Сравнительная геномика систем метаболизма лекарств». Биоинформатика . 31 (10): 1695– 1697. doi :10.1093/bioinformatics/btv010. PMC 4426839. PMID  25964657. 
Wikidata имеет свойство:
  • ChEMBL ID (P592) (см. использование )
  • ChEMBLdb
  • Киназа SARfari Архивировано 2016-05-15 в Wayback Machine
  • Архив ChEMBL-Neglected Tropical Disease
  • GPCR SARfari
  • ChEMBL-og — блог об открытых данных и открытии новых лекарств, который ведет команда ChEMBL.
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=ChEMBL&oldid=1170987088"