Зуев был соавтором важных изданий по истории СССР : «Исторический атлас народов СССР», «Исторический атлас Казахской ССР» и пятитомное издание «История Казахской ССР с древнейших времен до наших дней». Основная часть работы Зуева включала анализ политической истории Казахстана и Средней Азии с III в. до н. э. по III в. н. э., историю древних и средневековых периодов, этнического состава и движения племен в Западно-Тюркском каганате , а также историю домонгольской эпохи (X–XII вв.). Зуев писал о генезисе, этническом составе и политической истории Тюргешского каганата.
После распада СССР Зуеву удалось опубликовать ряд работ по древней и средневековой истории кочевых народов Средней Азии и Казахстана, в том числе «Сармато-аланы Приаралья (Яньцай\Абзоя)» (1995), «Древнетюркская социальная терминология в китайских текстах VIII в.» (1998), «Создание Тюргешского каганата: история и традиция» (1996), «Формы этносоциальной организации кочевых народов Средней Азии в древности и средневековье: пестрая орда, центурии ( сравнительно - типологическое исследование)» (1998), «Кыпчак Урбе-хан в эпосе и истории» (2001), «Манихейство и Талас (интерпретация древнетюркских надписей )» (2002).
70-летие Зуева в 2002 году совпало с публикацией его главного труда — монографии «Ранние тюрки: очерки истории и идеологии», за которой последовали «Сильнейшее племя» (2004) и «Сеянто-каганат и кимеки (этногеография тюрков Центральной Азии в середине VII века)» (2004).
Его библиография насчитывает около 40 крупных работ.
Избранные произведения
К вопросу о взаимоотношениях усуней и каньюев с хуннами и Китаем во второй половине I в. до н. э. (Поход хуннского шаньюя Чжичжи на Запад) // Известия Казахской академии наук, серия История, экономика, философия и право, вып. 2 (5), Алма-Ата, 1957, с. 62–72
К вопросу о древнеусунском языке // Вестник Казахской АН, № 5 (146), 1957, с. 61–74.
Термин «кыркун» (К вопросу об этническом происхождении киргизов в китайских источниках) // Труды Института истории АН Киргизской ССР, вып. IV, Фрунзе, 1958, с. 169-175
Киргизская надпись из Суджи . // Советское востоковедение, № 3, 1958. С. 133–135.
Тамги коней вассальных княжеств, (Перевод китайского сочинения VIII–X вв. Таньхуйяо) // Труды Института истории, археологии и этнографии, 1960, т. VIII, с. 93–140
Китайские известия о Суябе // Известия Казахской АН. Серия История, археология и этнография. Алма-Ата, 1960. Вып. 3 (14). С. 87–96.
Этническая история усуней . // Труды Института истории, археологии и этнографии Казахской АН. Т. VIII. Алма–Ата, 1960. С. 5–25.
Из древнетюркской этнонимии в китайских источниках // Труды Института истории, археологии и этнографии Казахской АН. Т. XV. Алма-Ата, 1962. С. 104–122.
Древнетюркские генеалогические предания как источник по ранней истории тюрков . (Автореферат кандидатской диссертации), Алма-Ата, 1967
Семантика этнонима имур/Имир // Известия Академии наук Туркменской ССР, Выпуск 4, Ашхабад, 1968, стр. 95–96.
Киргизы-буруты // Советская этнография. № 4, М., 1970.
Рашид ад-дин «Джами ат-Таварих» как источник по ранней истории джалаиров //Восточные письменные памятники, М., 1972. С. 178–185
Юэчжи и кушаны в китайских источниках // Средняя Азия в кушанскую эпоху, т. 1, 1974.
Политическая история гуннов, усуней и кангюя (Кангара) / История Казахской ССР, Алма-Ата, 1977, Том. 1, стр. 284–293.
Нашествие киданей / История Казахской ССР, Алма-Ата, 1979, т. 2, с. 33–37.
Карахытай в Джети-су / История Казахской ССР, Алма-Ата, 1979, Том. 2. С. 38–43.
Этнокультурные связи ранних кимеков // Известия АН РК, Алматы, 1992, № 5, с. 26–38.
Сармато-аланы Приаралья (Янкай\Абзоя) // Культура кочевников на рубеже веков (XIX-ХХ, ХХ-XXI вв.): проблемы генезиса и трансформации. (Материалы Международной конференции), Алматы, 1995. С. 38–68.
Создание Тюргешского каганата: история и традиции // Эволюция казахстанской государственности. Алматы, 1996. С. 30–34.
Семантика термина «карлук» // Эволюция казахстанской государственности, Алматы, 1996, с. 35–39.
Древнетюркская социальная терминология в китайском тексте VIII в. // Вопросы археологии Казахстана. Алматы-Москва, 1998. Вып. 2. С. 153–161.
Формы этносоциальной организации кочевых народов Центральной Азии в древности и средневековье: пегая орда, центурия (сравнительно-типологическое исследование) // Военное дело кочевников Средней Азии и Казахстана (эпоха древности и средневековья), Алматы, 1998, с. 49–100.
Кыпчак Урбе-хан в эпохах и истории // Древнетюркская цивилизация: памятники письменности. Алматы, 2001, с. 419–430.
Ранние тюрки: Очерки истории и идеологии , Алматы, 2002,
Сильнейшее племя. Историко-культурные взаимоотношения Ирана и Дешт-и Кипчака , Алматы, 2004, стр. 31–68.
Сеянтоский каганат и кимеки (Тюркская этногеография. Средняя Азия в середине VII века) // Шыгыс, № 1, стр. 11–22, № 2, стр. 3–26, 2004 г.
Ссылки и источники
Шуховцов В.К., Торланбаева К.Ю., «Ученый Ю.А. Зуев» , Туган улке (Родная земля), Алматы, 2005, № 4 // Шуховцов В.К., Торланбаева К.У. «Ученый Ю.А.Зуев» , Туган улке (Родной край), Алматы, 2005, № 4 (на русском языке)
Торланбаева К.У., «Славной памяти учителя» , Шыгыс-Восток, 2006, № 1 // Торланбаева К.У. Светлой памяти учителя // Шыгыс - Восток, 1, 2006 г. (на русском языке)
Шымырбаева Г. «Памяти учёного» , Известия КазНУ им. аль-Фараби, Филологическая серия, Алматы, 2006, № 1 (91) // Шымырбаева Г. Памяти ученого // Вестник Казахского события университета им. аль-Фараби. Серия филологическая. Алматы, 2006, 1 (91) 2006 г. (на русском языке)
«Чингиз-наме. Утемиш-ходжи». Факсимиле, перевод, транскрипция, текстологические примечания, исследования ВПУдина, Алматы, 1992, ISBN 5-628-01309-9 // «Чингиз-наме. Утемиш-ходжи». Факсимиле, перевод, транскрипция,текстологические примечания, исследования В.П. Юдина. Алма-Ата, 1992 ISBN 5-628-01309-9 (на русском языке)