База данных патогенов вирусов и аналитический ресурс
VIPR BRC
Логотип VIPR
Веб-сайтwww.viprbrc.org

База данных и аналитический ресурс вирусных патогенов (ViPR) [1] [2] [3] — это комплексная и всеобъемлющая общедоступная база данных и аналитический ресурс для поиска, анализа, визуализации, сохранения и распространения данных о вирусных патогенах в списках приоритетных патогенов категории AC Национального института аллергии и инфекционных заболеваний США (NIAID) для исследований в области биологической защиты, а также других вирусных патогенов, вызывающих возникающие/повторно возникающие инфекционные заболевания. ViPR — один из пяти Центров ресурсов биоинформатики (BRC), финансируемых NIAID , компонентом Национальных институтов здравоохранения (NIH), которые являются агентством Министерства здравоохранения и социальных служб США .

Семейства вирусов, охватываемые ViPR

База данных ViPR включает геномы следующих вирусных семейств: Arenaviridae , Bunyaviridae , Caliciviridae , Coronaviridae , Filoviridae , Flaviviridae , Hepeviridae , Herpesviridae , Paramyxoviridae , Picornaviridae , Poxviridae , Reoviridae , Rhabdoviridae и Togaviridae .

Типы данных в ViPR

Инструменты анализа и визуализации в ViPR

  • BLAST: предоставляет множество пользовательских баз данных ViPR для определения наиболее связанных последовательностей.
  • Короткий поиск пептидов: позволяет пользователям находить любую последовательность пептидов, используя точное, нечеткое или сопоставление с образцом
  • Анализ вариаций последовательностей ([Однонуклеотидный полиморфизм] SNP): вычисляет вариации последовательностей, существующие в указанных последовательностях.
  • Инструмент сравнительного анализа последовательностей на основе метаданных (Meta-CATS): автоматизированный сравнительный статистический анализ для выявления позиций в множественном выравнивании последовательностей , которые значительно различаются между группами последовательностей, обладающими определенными фенотипическими характеристиками.
  • Выравнивание множественных последовательностей: выравнивает небольшие геномы, последовательности генов/белков или большие последовательности вирусных геномов, используя один из нескольких алгоритмов, наиболее подходящих для конкретной работы.
  • Визуализация выравнивания последовательностей: использует JalView для визуализации выравнивания последовательностей.
  • Генерация филогенетического дерева: вычисляет дерево с использованием одного из нескольких доступных алгоритмов и эволюционных моделей.
  • Визуализация филогенетического дерева: позволяет отображать метаданные штаммов на дереве с цветовой кодировкой с помощью средства просмотра Archaeopteryx.
  • GBrowse: обеспечивает возможность просмотра генома для крупных геномов ДНК вирусов (Herpesviridae и Poxviridae) с интеграцией функций последовательности ViPR для вируса вакцинии
  • Анализ типа варианта признака последовательности (SFVT): [4] обеспечивает централизованное хранилище функциональных областей и автоматически вычисляет все наблюдаемые вариации последовательностей в каждой определенной области.
  • Визуализация структуры белка в формате 3D: интегрирует файлы структуры белка PDB с функциями последовательностей ViPR, когда это применимо, и предоставляет интерактивный просмотрщик структуры белка в формате 3D с использованием Jmol
  • Геномный аннотатор (GATU): позволяет пользователям аннотировать новые последовательности генома, предоставленные пользователем.
  • Определение генотипа и обнаружение рекомбинации: прогнозирует генотип для предоставленных пользователем последовательностей и выявляет возможные места рекомбинации для вирусов семейства Flaviviridae.
  • Разработка праймеров для ПЦР: позволяет пользователю автоматически прогнозировать идеальные праймеры на основе последовательности и указанных параметров.
  • ReadSeq: конвертирует между различными форматами последовательностей
  • Инструмент отправки последовательности функций: позволяет пользователям определять последовательность функций, заполняя веб-форму.
  • Внешние инструменты анализа: отображает список и описание сторонних инструментов для более специализированного анализа.
  • Персональное рабочее место для сохранения и обмена данными и анализом

Ссылки

  1. ^ База данных патогенов вирусов и аналитический ресурс (ViPR)
  2. ^ Пикетт, Бретт Э.; Садат, Ева Л.; Чжан, Юнь; Норонха, Джоти М.; Сквайрс, Р. Берк; Хант, Виктория; Лю, Менгья; Кумар, Санджив; Заремба, Сэм; Гу, Чжипин; Чжоу, Ливэй; Ларсон, Кристофер Н.; Дитрих, Джонатан; Клем, Эдвард Б.; Шейерманн, Ричард Х. (2012). "ViPR: открытая база данных биоинформатики и аналитический ресурс для вирусологических исследований". Nucleic Acids Research . 40 (выпуск базы данных): D593 – D598 . doi :10.1093/nar/gkr859. PMC  3245011 . PMID  22006842.
  3. ^ Пикетт, Бретт; Грир, Дуглас; Чжан, Юнь; Стюарт, Люси; Чжоу, Ливэй; Сан, Гуанъюй; Гу, Чжипин; Кумар, Санджив; Заремба, Сэм; Ларсен, Кристофер; Джен, Вэй; Клем, Эдвард; Шейерманн, Ричард (2012). «База данных и аналитический ресурс по вирусным патогенам (ViPR): комплексная база данных и аналитический ресурс по биоинформатике для исследовательского сообщества коронавирусов». Вирусы . 4 (11): 3209– 3226. doi : 10.3390/v4113209 . PMC 3509690. PMID  23202522 . 
  4. ^ аб Норонья, Джьоти М.; Лю, Менгья; Сквайрс, Р. Берк; Пикетт, Бретт Э.; Хейл, Бенджамин Г.; Эйр, Джиллиан М.; Галлоуэй, Саммер Э.; Такимото, Тору; Шмолке, Мирко; Хант, Виктория; Клем, Эдвард; Гарсиа-Састре, Адольфо; МакГи, Монни; Шойерманн, Ричард Х. (2012). «Анализ типа варианта особенности последовательности вируса гриппа: доказательства роли NS1 в ограничении диапазона хозяев вируса гриппа». Журнал вирусологии . 86 (10): 5857–5866 . doi :10.1128/JVI.06901-11. ПМЦ 3347290 . ПМИД  22398283. 
  • ViPR BRC
  • Центры биоинформатических ресурсов Страница NIAID, описывающая цели и деятельность BRC
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Virus_Pathogen_Database_and_Analysis_Resource&oldid=1095385019"