Виртуальный мозг мухи

Логотип ВФБ — Значок виртуального мозга Fly

Virtual Fly Brain , или VFB , — это интерактивный веб-инструмент, позволяющий нейробиологам изучать подробную нейроанатомию , экспрессию трансгенов и связанные с ними фенотипы мозга Drosophila melanogaster . ^[1] Пользователи могут просматривать раскрашенные трехмерные стеки изображений мозга Drosophila , выбирая любую желаемую плоскость сечения и нажимая на раскрашенные области, чтобы найти определения названий, ссылки и синонимы для выбранной области. Для каждой области они могут выполнять запросы, чтобы найти нейроны , экспрессию трансгенов и фенотипы. Для каждого найденного нейрона пользователи могут просматривать определения, ссылки и синонимы.

Фон

Virtual Fly Brain — это универсальное веб-приложение, позволяющее просматривать стеки 3D-изображений и запрашивать базовую базу данных анатомии и выражений, поддерживаемую FlyBase. ^[2] Проект Virtual Fly Brain реализуется исследователями из Кембриджского и Эдинбургского университетов .

Технические подробности

Virtual Fly Brain использует онтологическую модель анатомии Drosophila , написанную на OWL2 и основанную на литературе по Drosophila . Она содержит подробную информацию как о макроскопической нейроанатомии, так и о классах нейронов и отношениях между ними. В основе каждого запроса нейроанатомии лежит запрос этой онтологии на OWL-DL .

Запросы фенотипа и экспрессии используют большой объем данных по экспрессии и фенотипу в FlyBase ^[3], аннотированных с использованием онтологии анатомии Drosophila . Каждый запрос по экспрессии или фенотипу начинается с запроса онтологии анатомии для терминов, соответствующих выбранному региону. Выходные данные этого запроса затем используются в качестве входных данных для запроса базы данных FlyBase chado ^[4] для экспрессии или фенотипа, аннотированных с использованием этих терминов.

Изображения в просмотрщике поставляются как серия плиток, покрывающих только видимую область в окне браузера. Плитки производятся из составного 3D-объекта Woolz ^[5]^[6], представляющего общую структуру и отдельные окрашенные домены.

Смотрите также

Ссылки

^ "Виртуальный мозг мухи". Виртуальный мозг мухи .
^ "FlyBase Homepage - База данных генов и геномов дрозофилы" . Получено 23.12.2023 .
^ R, Drysdale; FlyBase Consortium (2008). "FlyBase: База данных для сообщества исследователей дрозофилы". Drosophila . Methods Mol. Biol. Vol. 420. pp. 45–59 . doi :10.1007/978-1-59745-583-1_3. ISBN 978-1-58829-817-1. PMID 18641940.
^ "Chado - Getting Started". GMOD . 13 февраля 2014 г. Получено 09.06.2017 .
^ "Woolz Image Processing: Woolz Core Software". Главная страница EMAP . Получено 09.06.2017 .
^ "Ma-tech/Woolz". GitHub . 10 мая 2021 г.

Внешние ссылки

virtualflybrain.org
ФлайБейс

[1] "Виртуальный мозг мухи". Виртуальный мозг мухи .

[2] "FlyBase Homepage - База данных генов и геномов дрозофилы" . Получено 23.12.2023 .

[3] R, Drysdale; FlyBase Consortium (2008). "FlyBase: База данных для сообщества исследователей дрозофилы". Drosophila . Methods Mol. Biol. Vol. 420. pp. 45–59 . doi :10.1007/978-1-59745-583-1_3. ISBN 978-1-58829-817-1. PMID 18641940.

[4] "Chado - Getting Started". GMOD . 13 февраля 2014 г. Получено 09.06.2017 .

[5] "Woolz Image Processing: Woolz Core Software". Главная страница EMAP . Получено 09.06.2017 .

[6] "Ma-tech/Woolz". GitHub . 10 мая 2021 г.