Флавобактерии
Порядок бактерий

Флавобактерии
Bergeyella зоогелкум
Bergeyella зоогелкум
Научная классификация Редактировать эту классификацию
Домен:Бактерии
Тип:Бактероидота
Сорт:Флавобактерии
Заказ:Flavobacteriales
Бернарде 2012 [1]
Семьи [2]

Порядок Flavobacteriales включает несколько семейств бактерий окружающей среды . [3 ]

Сравнительная геномика и молекулярные сигнатуры

Flavobacteriales относится к одному из порядков типа Bacteroidota . [2] Сравнительные геномные исследования выявили несколько консервативных инделей , а также 27 белков, которые являются уникальными для разных секвенированных видов Flavobacteriales и Bacteroidota, что подтверждает этот вывод. [4] [5] Кроме того, эти исследования также выявили 38 белков, которые, по-видимому, являются специфичными для видов из порядка Flavobacteriales . [5] Из этих белков 26 присутствовали во всех секвенированных видах, в то время как остальные 12 отсутствовали только у одного или двух видов. Эти сигнатурные белки предоставляют потенциальные молекулярные маркеры для этого порядка. Также было выявлено несколько белков, которые являются уникальными для порядков Flavobacteriales и Bacteroidales , что указывает на то, что виды из этих двух порядков имели общего предка, за исключением других Bacteroidota . [5]

Филогения

Филогенетика [6] - это изучение представления эволюционной истории и взаимоотношений между группами живых организмов. Тесно связанная с филогенией, в настоящее время принятая таксономия основана на Списке названий прокариот, стоящих в номенклатуре , наименовании и классификации живых организмов. [2] Фитогенетика требует больших наборов данных посредством напряженных цепочек экспериментов с использованием математических моделей. [7] Чтобы создать филогенетические связи между связями списка из двадцати одной бактериальной цепи , в древовидной конструкции, можно использовать анализ молекулярной эволюционной генетики с двухпараметрической моделью Кимуры. [8] Это полезно для анализа фитогенетических связей среди флавобактериальных рыб-патогенов. [8] Это сообщает вам, являются ли виды бактерий близкими или нет. [8]

Филогенетика на основе всего генома [9] [a]LTP на основе 16S рРНК _12_2021 [10] [11] [12]GTDB 07-RS207 по базе данных таксономии генома [13] [14] [15]
Флавобактерии

Викинговые Боумен 2021

Salibacteraceae Боумен 2021

Лютеибакуловые Боумен 2021

Криоморфные Боуман и др. 2003

Crocinitomicaceae Munoz et al. 2016 год

Schleiferiaceae Albuquerque et al. 2011 г.

Blattabacteriaceae Камбхампати 2012

Weeksellaceae García-López et al. 2020 год

« Ca. Merdimorpha» Гилрой и др. 2021 год

Ихтиобактерии Такано и др. 2016

Flavobacteriaceae Райхенбах 1992

Примечания

  1. ^ Blattabacteriaceae не включен в это филогенетическое дерево.

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Bernardet JF. (2010). "Order I. Flavobacteriales ord. nov.". В Krieg NR, Staley JT, Brown DR, Hedlund BP, Paster BJ, Ward NL, Ludwig W, Whitman WB (ред.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology . Том 4 (2-е изд.). Нью-Йорк, Нью-Йорк: Springer. стр. 105.
  2. ^ abc Euzéby JP, Parte AC. "Flavobacteriales". Список названий прокариот со стоянием в номенклатуре (LPSN) . Получено 29 июня 2021 г.
  3. ^ Boone DR, Castenholz RW, ред. (2001). Руководство Берджи по систематической бактериологии . Том 1 (Археи и глубоко ветвящиеся и фототрофные бактерии) (2-е изд.). Нью-Йорк, Нью-Йорк: Springer-Verlag. С.  465–466 .
  4. ^ Гупта RS. (2004). «Филогения и характеристики последовательностей сигнатур Fibrobacteres , Chlorobi и Bacteroidetes ». Критические обзоры по микробиологии . 30 (2): 123– 140. doi :10.1080/10408410490435133. PMID  15239383. S2CID  24565648.
  5. ^ abc Gupta RS, Lorenzini, E. (2007). "Филогения и молекулярные сигнатуры (консервативные белки и индели), специфичные для видов Bacteroidetes и Chlorobi". BMC Evolutionary Biology . 7 (1): 71. Bibcode :2007BMCEE...7...71G. doi : 10.1186/1471-2148-7-71 . PMC 1887533 . PMID  17488508. 
  6. ^ «Филогения основных групп», Взаимоотношения беспозвоночных , Издательство Кембриджского университета, стр.  161– 162, 1990-02-15, doi :10.1017/cbo9780511623547.009, ISBN 978-0-521-33064-0, получено 2024-10-23
  7. ^ «Филогения основных групп», Взаимоотношения беспозвоночных , Издательство Кембриджского университета, стр.  161– 162, 1990-02-15, doi :10.1017/cbo9780511623547.009, ISBN 978-0-521-33064-0, получено 2024-10-23
  8. ^ abc Mun, S.; Lee, J.; Lee, S.; Han, K.; Ahn, TY (2013). «Филогения группы флавобактерий, выделенных из пресной воды с использованием анализа мультилокусного секвенирования». Genomics & Informatics . 11 (4): 272– 276. doi :10.5808/GI.2013.11.4.272. PMC 3897856 . PMID  24465240. 
  9. ^ García-López M, Meier-Kolthoff JP, Tindall BJ, Gronow S, Woyke T, Kyrpides NC, Hahnke RL, Göker M (2019). «Анализ 1000 геномов типов и штаммов улучшает таксономическую классификацию Bacteroidetes». Front Microbiol . 10 : 2083. doi : 10.3389/fmicb.2019.02083 . PMC 6767994. PMID  31608019 . 
  10. ^ "The LTP" . Получено 23 февраля 2021 г. .
  11. ^ "Дерево LTP_all в формате newick" . Получено 23 февраля 2021 г. .
  12. ^ "LTP_12_2021 Release Notes" (PDF) . Получено 23 февраля 2021 г. .
  13. ^ "GTDB release 07-RS207". База данных таксономии генома . Получено 20 июня 2022 г.
  14. ^ "ar53_r207.sp_label". База данных таксономии генома . Получено 20 июня 2022 г.
  15. ^ "История таксона". База данных таксономии генома . Получено 20 июня 2022 г.


Эта статья о Flavobacteriia — заглушка . Вы можете помочь Википедии, расширив ее.

Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Flavobacteriales&oldid=1254803091"