Бактероиды

Бактероиды
	Bacteroides biacutis, анаэробно культивируемый на среде кровяного агара
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	Бактероидота
Сорт:	Бактероидия ; Криг 2012
Заказ:	Бактероиды ; Криг 2012
Семьи
	«Aminobacteroidaceae» Мэй и др. 2020; Бактероидные; Balneicellaceae Fadhlaoui et al. 2016 год; Барнезиеллевые; Дисгономонадовые; Draconibacteriaceae Du et al. 2014 год; Lentimicrobiaceae; Маринифиловые; Маринилабильные; Мурибакуловые; Odoribacteraceae Munoz et al. 2016 год; Paludibacteraceae; Порфиромонадовые; Prevotellaceae Криг 2012; Prolixibacteraceae; Рикенелловые; Salinarimonadaceae Коул и др. 2018; Солянковыжёлтые; Таннерелловые; Tenuifilaceae; Williamwhitmaniaceae; Роды, не отнесенные к семейству " Ca. Armantifilum"; " Калифорния Ординивакс"; " Ca. Paraporphyromonas"; ;
Синонимы
	Бактероидии: «Бактероидетия» Кавалер-Смит 2020; ; Бактероиды: Marinilabiliales Wu et al. 2016 год; ;

Порядок бактерий

Bacteroidales — это отряд бактерий . ^[1]^{[3] В частности}, он включает роды Prevotella и Bacteroides , которые обычно встречаются в микробиоте кишечника человека .

Филогения

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих постоянное место в номенклатуре ^[3] и Национальном центре биотехнологической информации (NCBI). ^[4]

Филогенетика на основе всего генома ^[6]

LTP на основе 16S рРНК _12_2021 ^[7]^[8]^[9]

GTDB 07-RS207 по базе данных таксономии генома ^[10]^[11]^[12]

Бактероиды

Odoribacteraceae

	Williamwhitmaniaceae

	Рикенелловые

Lentimicrobiaceae

Солянковыжёлтые

Prolixibacteraceae

	Бальнецелловые

	Маринифиловые

Маринилабильные

Порфиромонадовые

	Paludibacteraceae

	Дисгономонадовые

Таннерелловые

	Мурибакуловые

	Барнезиеллевые

	Prevotellaceae

	Бактероидные

П3

	« Ca. Limimorpha» Гилрой и др. 2021 год

	Lentimicrobiaceae Sun et al. 2016 год

	" Bacteroides periocalifornicus "

	Tenuifilaceae Подосокорская и др. 2021

Williamwhitmaniaceae Pikuta et al. 2017 год

UBA932

	Acetobacteroides Su et al. 2014 год

	Rikenellaceae Krieg et al. 2012 год

Salinivirgaceae Ben Hania et al. 2017 год

Prolixibacteraceae Huang et al. 2014 (в т.ч. Draconibacteriaceae )

Marinifilaceae Iino et al. 2014 (в т.ч. Balneicellaceae ; Odoribacteraceae )

Marinilabiliaceae Ludwig et al. 2012 год

Paludibacteraceae Ormerod et al. 2022 ^[13]

	Porphyromonadaceae Криг 2012

	Tannerellaceae Ormerod et al. 2022 год

	"Азобактероиды"

	Dysgonomonadaceae Гарсиа-Лопес и др. 2020 год

	« Ca. Gallibacteroides» Гилрой и др. 2021

	"Coprobacteraceae"

« Ca. Caccoplasma» Gilroy et al. 2021 год

	Barnesiellaceae García-López et al. 2020 год

	Muribaculaceae Lagkouvardos et al. 2019 (в т.ч. «Гомеотермные»)

Bacteroidaceae Pribram 1933 (включая Prevotellaceae )

Примечания

Ссылки

^ ab Krieg NR (2010). "Order I. Bacteroidales ord. nov.". В Krieg NR, Staley JT, Brown DR, Hedlund BP, Paster BJ, Ward NL, Ludwig W, Whitman WB (ред.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology . Том 4 (2-е изд.). Нью-Йорк, Нью-Йорк: Springer. стр. 25.
^ Krieg NR (2010). "Класс I. Bacteroidia class. nov.". В Krieg NR, Staley JT, Brown DR, Hedlund BP, Paster BJ, Ward NL, Ludwig W, Whitman WB (ред.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology . Том 4 (2-е изд.). Нью-Йорк, Нью-Йорк: Springer. стр. 25.
^ abc Euzéby JP, Parte AC. "Bacteroidia". Список названий прокариот со стоянием в номенклатуре (LPSN) . Получено 25 июня 2021 г.
^ ab Sayers; et al. "Bacteroidia". База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Получено 20.03.2016 .
^ Паркер, Чарльз Томас; Гаррити, Джордж М. (19 октября 2017 г.). Паркер, Чарльз Томас; Гаррити, Джордж М. (ред.). «Williamwhitmaniaceae Pikuta et al. 2017, исправления. Гарсиа-Лопес и др. 2019». Имена для жизни . дои : 10.1601/tx.30875.
^ García-López M, Meier-Kolthoff JP, Tindall BJ, Gronow S, Woyke T, Kyrpides NC, Hahnke RL, Göker M (2019). «Анализ 1000 геномов типов и штаммов улучшает таксономическую классификацию Bacteroidetes». Front Microbiol . 10 : 2083. doi : 10.3389/fmicb.2019.02083 . PMC 6767994. PMID 31608019 .
^ "The LTP" . Получено 23 февраля 2021 г. .
^ "Дерево LTP_all в формате newick" . Получено 23 февраля 2021 г. .
^ "LTP_12_2021 Release Notes" (PDF) . Получено 23 февраля 2021 г. .
^ "GTDB release 07-RS207". База данных таксономии генома . Получено 20 июня 2022 г.
^ "ar53_r207.sp_label". База данных таксономии генома . Получено 20 июня 2022 г.
^ "История таксона". База данных таксономии генома . Получено 20 июня 2022 г.
^ Ormerod, Kate L.; Wood, David LA; Lachner, Nancy; Gellatly, Shaan L.; Daly, Joshua N.; Parsons, Jeremy D.; Dal'Molin, Cristiana GO; Palfreyman, Robin W.; Nielsen, Lars K.; Cooper, Matthew A.; Morrison, Mark; Hansbro, Philip M.; Hugenholtz, Philip (7 июля 2016 г.). "Геномная характеристика некультивируемого семейства Bacteroidales S24-7, населяющего кишечник теплокровных животных". Microbiome . 4 (1): 36. doi : 10.1186/s40168-016-0181-2 . PMC 4936053 . PMID 27388460.

Эта статья, связанная с Bacteroidota, является заглушкой . Вы можете помочь Википедии, расширив ее.

[Krieg2-1] Krieg NR (2010). "Order I. Bacteroidales ord. nov.". В Krieg NR, Staley JT, Brown DR, Hedlund BP, Paster BJ, Ward NL, Ludwig W, Whitman WB (ред.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology . Том 4 (2-е изд.). Нью-Йорк, Нью-Йорк: Springer. стр. 25.

[Krieg1-2] Krieg NR (2010). "Класс I. Bacteroidia class. nov.". В Krieg NR, Staley JT, Brown DR, Hedlund BP, Paster BJ, Ward NL, Ludwig W, Whitman WB (ред.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology . Том 4 (2-е изд.). Нью-Йорк, Нью-Йорк: Springer. стр. 25.

[LPSN-3] Euzéby JP, Parte AC. "Bacteroidia". Список названий прокариот со стоянием в номенклатуре (LPSN) . Получено 25 июня 2021 г.

[NCBI-4] Sayers; et al. "Bacteroidia". База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Получено 20.03.2016 .

[5] Паркер, Чарльз Томас; Гаррити, Джордж М. (19 октября 2017 г.). Паркер, Чарльз Томас; Гаррити, Джордж М. (ред.). «Williamwhitmaniaceae Pikuta et al. 2017, исправления. Гарсиа-Лопес и др. 2019». Имена для жизни . дои : 10.1601/tx.30875.

[García-López-6] García-López M, Meier-Kolthoff JP, Tindall BJ, Gronow S, Woyke T, Kyrpides NC, Hahnke RL, Göker M (2019). «Анализ 1000 геномов типов и штаммов улучшает таксономическую классификацию Bacteroidetes». Front Microbiol . 10 : 2083. doi : 10.3389/fmicb.2019.02083 . PMC 6767994. PMID 31608019 .

[7] "The LTP" . Получено 23 февраля 2021 г. .

[8] "Дерево LTP_all в формате newick" . Получено 23 февраля 2021 г. .

[9] "LTP_12_2021 Release Notes" (PDF) . Получено 23 февраля 2021 г. .

[about-10] "GTDB release 07-RS207". База данных таксономии генома . Получено 20 июня 2022 г.

[tree-11] "ar53_r207.sp_label". База данных таксономии генома . Получено 20 июня 2022 г.

[taxon_history-12] "История таксона". База данных таксономии генома . Получено 20 июня 2022 г.

[13] Ormerod, Kate L.; Wood, David LA; Lachner, Nancy; Gellatly, Shaan L.; Daly, Joshua N.; Parsons, Jeremy D.; Dal'Molin, Cristiana GO; Palfreyman, Robin W.; Nielsen, Lars K.; Cooper, Matthew A.; Morrison, Mark; Hansbro, Philip M.; Hugenholtz, Philip (7 июля 2016 г.). "Геномная характеристика некультивируемого семейства Bacteroidales S24-7, населяющего кишечник теплокровных животных". Microbiome . 4 (1): 36. doi : 10.1186/s40168-016-0181-2 . PMC 4936053 . PMID 27388460.

Бактероиды

Bacteroides biacutis, анаэробно культивируемый на среде кровяного агара
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	Бактероидота
Сорт:	Бактероидия Криг 2012 ^[2]
Заказ:	Бактероиды Криг 2012 ^[1]
Семьи ^[3]^[4]^[5]
«Aminobacteroidaceae» Мэй и др. 2020 Бактероидные Balneicellaceae Fadhlaoui et al. 2016 год Барнезиеллевые Дисгономонадовые Draconibacteriaceae Du et al. 2014 год Lentimicrobiaceae Маринифиловые Маринилабильные Мурибакуловые Odoribacteraceae Munoz et al. 2016 год Paludibacteraceae Порфиромонадовые Prevotellaceae Криг 2012 Prolixibacteraceae Рикенелловые Salinarimonadaceae Коул и др. 2018 Солянковыжёлтые Таннерелловые Tenuifilaceae Williamwhitmaniaceae Роды, не отнесенные к семейству " Ca. Armantifilum" " Калифорния Ординивакс" " Ca. Paraporphyromonas"
Синонимы
Бактероидии: «Бактероидетия» Кавалер-Смит 2020 Бактероиды: Marinilabiliales Wu et al. 2016 год