Avsunviroidae
Семейство вирусов
Avsunviroidae
Вироид семейства Avsunviroidae
Вироид семейства Avsunviroidae
Классификация вирусов Редактировать эту классификацию
(без рейтинга):Вироид
Семья:Avsunviroidae
Генера
Вторичная структура, предложенная для представителей семейства Avsunviroidae

Avsunviroidae — семейство вироидов . Существует пять видов в трех родах ( Avsunviroid , Elaviroid и Pelamoviroid ). [1] Они состоят из геномов РНК длиной от 246 до 375 нуклеотидов . Они представляют собой одноцепочечные ковалентные кольца и имеют внутримолекулярное спаривание оснований. У всех членов отсутствует центральная консервативная область. [2]

Репликация

Репликация происходит в хлоропластах растительных клеток. Ключевые особенности репликации включают отсутствие необходимости в вспомогательном вирусе и отсутствие кодируемых белков. В отличие от другого семейства вироидов , Pospiviroidae , считается, что Avsunviroidae реплицируются посредством симметричного механизма качения . Считается, что положительная цепь РНК действует как шаблон для формирования отрицательных цепей с помощью фермента, который, как полагают, является РНК-полимеразой плюс 3 II. Отрицательные цепи РНК затем расщепляются активностью рибозима и закольцовываются. Второй механизм катящегося кольца формирует положительную цепь, которая также расщепляется активностью рибозима, а затем лигируется, становясь кольцевой. Место репликации неизвестно, но считается, что оно находится в хлоропласте и в присутствии ионов Mg 2+ . [2]

Структура

Прогнозы структуры предполагают, что они существуют либо в виде стержнеобразных молекул с областями спаривания оснований, вызывающими образование некоторых шпилечных петель , либо имеют разветвленные конфигурации. [2] [3]

Семейство имеет четыре участка консервативных нуклеотидов,гууук,ус,ucag,переменный токот 5' до 3', плюс их пары Уотсона-Крика на другом конце петли. Это часть его молоткообразного рибозима . [1] В остальном в семействе мало структурного сходства. [Fl 1] У них нет консервативных мотивов CCH, TCR или TCH, что является одной из особенностей, определяющих их отделение от Pospiviroidae. [Fl 2]

Классификация

Семейство насчитывает три рода и пять видов. [2]

Обнаружение

Отсутствие длинной центральной консервативной области затрудняет идентификацию Avsunviroidae по сравнению с Pospiviroidae . Метод их обнаружения заключается в использовании их цикличности: компьютер может объединить множество перекрывающихся прочтений, которые, по-видимому, образуют повторы при линейном размещении. [4]

Ссылки

  1. ^ аб Ди Серио, Ф; Ли, Сан-Франциско; Матушек, Дж; Оуэнс, РА; Паллас, В; Рэндлс, Дж.В.; Сано, Т; Верховен, JTJ; Видалакис, Г; Флорес, Р; Отчет Ictv, Консорциум (май 2018 г.). «Профиль таксономии вируса ICTV: Avsunviroidae». Журнал общей вирусологии . 99 (5): 611–612 . doi : 10.1099/jgv.0.001045 . hdl : 10251/142511 . ПМИД  29580320.
  2. ^ abcd "ICTV Online Report Avsunviroidae". Архивировано из оригинала 2022-02-12 . Получено 2018-05-03 .
  3. ^ Жигер, Т.; Адкар-Пурушотама, К. Р.; Болдук, Ф.; Перро, Ж. П. (октябрь 2014 г.). «Выяснение структур всех членов семейства Avsunviroidae». Молекулярная патология растений . 15 (8): 767–79 . doi :10.1111/mpp.12130. PMC 6638799. PMID  25346967 . 
  4. ^ Wu, Q; Wang, Y; Cao, M; Pantaleo, V; Burgyan, J; Li, WX; Ding, SW (6 марта 2012 г.). «Независимое от гомологии открытие репликации патогенных кольцевых РНК с помощью глубокого секвенирования и нового вычислительного алгоритма». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 109 (10): 3938– 43. Bibcode : 2012PNAS..109.3938W . doi : 10.1073/pnas.1117815109 . PMC 3309787. PMID  22345560. 
  1. ^ стр.  120, «За исключением основных нуклеотидов, сохраняющихся в их молоткообразных структурах, между ними не существует обширного сходства последовательностей»
  2. ^ стр.  118-120, «Остальные четыре вироида, вироид пятнистости авокадо (ASBVd) (47), вироид латентной мозаики персика (PLMVd) (45), вироид хлоротической крапчатости хризантемы (CChMVd) (65) и вироид латентной мозаики баклажана (ELVd) (30), не имеют консервативных мотивов CCR, TCR и TCH, но, что примечательно, обе их цепи полярности саморасщепляются посредством молоткообразных рибозимов; они образуют второе семейство, Avsunviroidae (рассмотрено в 33), типовым видом которого является ASBVd (формальное включение ELVd в это семейство ожидает одобрения ICTV) (рисунок 1b)».
  3. ^ стр.  120, «ASBVd, единственный вироид с высоким содержанием A + U (62%) (47), образует моноспецифический род»
  4. ^ abcd стр.  119, ТАБЛИЦА 1
  5. ^ стр.  120, «и ELVd, свойства которого находятся между свойствами членов двух других родов, был предложен для выделения в отдельный род (30).
  6. ^ стр.  120, «но PLMVd и CChMVd сгруппированы в один род из-за их разветвленной вторичной структуры (21, 45, 65), которая стабилизируется псевдоузлом (10; S. Gago, M. De la Peňa & R. Flores, неопубликованные результаты) (рисунок 1b), и их нерастворимости в 2M LiCl (65)».
  • ICTV Online (10-й) отчет; Авсунвироиды
  • MicrobiologyBytes: Вироиды, архивировано из оригинала 24.02.2007 , извлечено 16.03.2007
  • Описание вирусов растений - Avsunviroidae, архивировано из оригинала 2007-02-13 , извлечено 2007-03-16
  • ИССЛЕДОВАНИЯ КАТАЛИТИЧЕСКИХ МОЛЕКУЛ РНК, ОТНОСЯЩИЕСЯ К ГИПОТЕЗЕ МИРА РНК (PDF) , архивировано из оригинала (PDF) 2011-07-22
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Avsunviroidae&oldid=1262128182"