Обсуждение:CYP4F2


Устарело?

Здравствуйте, Максим Масютин, страница, похоже, устарела — обычно сначала указывается название белка, а затем следует название гена. Название белка, рекомендованное UniProt, — Cytochrome P450 4F2 . Также используется в других записях информационного поля. -- Iztwoz ( обсуждение ) 16:12, 24 ноября 2023 (UTC) [ ответить ]
См. другие записи на странице Цитохром P450 и множество записей там, таких как CYP4F8 . — Iztwoz ( обсуждение ) 16:21, 24 ноября 2023 (UTC) [ ответить ]
Вы подняли обоснованный вопрос, я также заметил, что в Википедии нет согласованности, я спрашивал у Boghog довольно давно, несколько лет назад, но консенсуса не было. В любом случае, независимо от названия гена/белка, я полагаю, что статья в Википедии должна называться именем, а не аббревиатурой, например, "Цитохром P450 4F2", а не CYP4F2, похоже на 21-гидроксилазу (которая является GA), но не CYP21A2; или гистамин N-метилтрансфераза, а не HNMT.
Поэтому у меня есть несколько вопросов:
  1. Поскольку я не видел ни одной отдельной статьи, когда гену, кодирующему белок, была посвящена одна статья в Википедии, а белку, кодируемому этим геном, была посвящена другая статья; следовательно, должны ли мы связывать статьи с элементами Викиданных для белков или для генов?
  2. Для ферментных белков, кодируемых генами (или генами, кодирующими белок, в зависимости от того, что вы выберете на стр.), следует ли использовать такие названия, как «Гистамин N-метилтрансфераза» или символы, как HNMT? (см. номенклатуру на PMID  32747822?
Boghog , есть ли у нас какие-либо письменные правила по этому поводу или нам следует создать такие правила? Я искал, включая wikiprojects для молекулярной биологии и генетики, но ничего не нашел.
Где, по-вашему, нам следует это обсудить, если у нас пока нет написанных правил? Кого следует привлечь к обсуждению? Максим Масютин ( обсуждение ) 16:34, 24 ноября 2023 (UTC) [ ответить ]
Привет, Максим. В ответ на твой вопрос, есть WP:MCBMOS (Molecular & Cellular Biology Manual of Style), который предлагает название статьи UniProt. Кроме того, как обсуждалось здесь и здесь , мы попытались ясно дать понять в первом предложении, что эти статьи не только о гене/белке человека, но и о паралогах, которые существуют у других видов. Формулировка, которая была достигнута путем консенсуса, возможно, немного неуклюжа, но она и точна, и лаконична:
  • <рекомендуемое название UniProt > — это белок , который у людей кодируется геном < утвержденный символ гена HUGO > .
«Это» в предложении выше не является ограничивающим, подразумевая, что белок (и ген) существует у других видов, помимо человека. Boghog ( обсуждение ) 16:54, 24 ноября 2023 (UTC) [ ответить ]
Спасибо за информацию о WP:MCBMOS , я о ней не знал. Очень полезно. Это подразумевает, что статья должна ссылаться на элемент Wikidata о белковом ферменте, а не на ген человека. Я попробую изменить идентификатор элемента Wikidata, связанный со статьей. Максим Масютин ( обсуждение ) 19:27, 24 ноября 2023 (UTC) [ ответ ]
Существуют различные элементы Викиданных:
  1. Элементы Wikidata о генах
  2. Элементы Wikidata о белках
Эта статья ссылается на статью Wikidata о генах. Поэтому в статье сначала представлен ген.
Вы написали о названии белка, рекомендованном UniProt, не могли бы вы дать ссылку, так как все текущие ссылки из Infobox Enzyme указывают на название фермента (белка), использованного в статье.
Согласно Руководству по номенклатуре генов человека PMID  32747822, каждый ген имеет название (более длинное) и символ (более короткий). Название генов, кодирующих белок, должно основываться на ключевой нормальной функции продукта гена (например, ABHD1 «абгидролазный домен, содержащий 1», HEATR1 «повтор HEAT, содержащий 1») , тогда как ABHD1 — это символ гена, а «абгидролазный домен, содержащий 1» — это название гена. Символы гена выделены курсивом, а аббревиатура белкового продукта не выделена курсивом, например, ABHD1.
Можете ли вы прислать ссылку на фермент Uniprot для CYP4F2? Максим Масютин ( обсуждение ) 16:26, 24 ноября 2023 (UTC) [ ответить ]
Я также проверил PubChem, и по какой-то причине он выдает старое имя:
https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/protein/EC:1.14.14.94
Я пытался искать "1.14.14.94" по номеру белка на UniProt, но ничего не нашел для человека. Я могу найти только "1.14.14.1", но когда я ищу этот номер в других базах данных ферментов, он выдает группу неспецифических монооксигеназ. Я запутался. Можете ли вы помочь? Максим Масютин ( обсуждение ) 16:45, 24 ноября 2023 (UTC) [ ответить ]
Ссылки находятся в инфобоксе на странице. Дополнительная информация о WP:MCBMOS -- Iztwoz ( обсуждение ) 17:02, 24 ноября 2023 (UTC) [ ответить ]
В частности, ссылка UniProt — P78329, а Entrez — 8529 — Iztwoz ( обсуждение ) 17:05, 24 ноября 2023 (UTC) [ ответить ]
Спасибо, @Iztwoz !
Спасибо, @Boghog !
Я изменил статью в соответствии с рекомендациями, наблюдениями и помощью, которую вы оказали! Максим Масютин ( обсуждение ) 20:08, 24 ноября 2023 (UTC) [ ответить ]
Еще раз спасибо, надеюсь, я ответил на поднятые вами вопросы и добавил следующие разделы, которые были пропущены в статье, но требуются согласно WP:MCBMOS :
  • Ген
  • Разновидность
  • Распределение в тканях и субклеточном пространстве
  • Взаимодействия
  • Клиническое значение
  • История
Максим Масютин ( обсуждение ) 04:36, 25 ноября 2023 (UTC) [ ответить ]

Дополнительные требованияWP:MCBMOS

@ Boghog : похоже, что есть дополнительные требования WP:MCBMOS :

  1. список или ортологи ментина (как перечислено в HomoloGene), которые существуют у других видов;
  2. перечислите или упомяните паралоги у людей (и, соответственно, у других видов) или дайте ссылку на статью о семействе генов.

Правильно ли я понимаю эти требования? Как мы можем реализовать эти требования? Максим Масютин ( обсуждение ) 09:20, 25 ноября 2023 (UTC) [ ответить ]

WP:MCBMOS на данный момент является WP:essay , который еще не был повышен до WP:guideline , не говоря уже о WP:policy . Поэтому в лучшем случае WP:MCBMOS можно рассматривать как предложение. (Отказ от ответственности: я написал значительную часть MCBMOS, так что это в некоторой степени мои личные мнения). Тем не менее, я думаю, что это разумные предложения. Более того, статья уже частично включила эти предложения. Я еще раз посмотрю, можно ли расширить эти предложения. Ура. Boghog ( talk ) 14:47, 25 ноября 2023 (UTC) [ ответить ]
Спасибо большое! Эти предложения более чем разумны! Но есть одно предложение, которое спорно:
в то время как следующее не рекомендуется:
  • «ген ALDOA регулируется», поскольку он избыточный.
Читатель может не знать о правиле, что курсив означает ген, и может запутаться. Поэтому я бы рассмотрел применение этого правила до тех пор, пока из контекста нельзя будет вывести, идет ли речь о белке или гене. Максим Масютин ( обсуждение ) 17:09, 25 ноября 2023 (UTC) [ ответить ]
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Talk:CYP4F2&oldid=1265900705"