Википедия: WikiProject Molecular Biology/Руководство по стилю (статьи о генах и белках)

Это страница советов WikiProject по стилю . Она содержит советы или мнения одного или нескольких WikiProjects о том, как форматировать и представлять контент статьи в рамках их сферы интересов. Страница с советами имеет статус эссе и не является официальной политикой или руководством Википедии , поскольку она не была тщательно проверена сообществом .

Ярлыки WP:MCBMOS МОС:MCB

Это руководство по структуре статей о генах и белках в Википедии. Оно содержит соглашения об именовании статей и общую рекомендуемую схему статьи, а также полезную информацию, чтобы довести статью до статуса хорошей статьи или избранной статьи .

Областью статьи о гене/белке является человеческий ген/белок (включая все варианты сплайсинга, полученные из этого гена), а также ортологи (перечисленные в HomoloGene ), которые существуют у других видов. Если у людей (и, соответственно, у других видов) есть паралоги , то статья о семействе генов в дополнение к статьям, специфичным для генов (см., например, рецептор дофамина ) будет уместна.

В общем, не расхваливайте исследование, перечисляя имена, полномочия, учреждения или другие «квалификации» их авторов. Википедия не является пресс-релизом. Проза статьи должна быть сосредоточена на том, что цитируемое исследование говорит о структуре, функции, клинической значимости и т. д. гена или белка, а не на том, что ген или белок говорит о конкретном исследовании или исследовательской группе, которая провела это исследование. Однако особо значимые вклады вместе с тем, кто сделал открытие, должны быть упомянуты в разделе открытия/истории .

Если название относительно короткое, то в качестве названия статьи следует использовать рекомендуемое название белка UniProt . Если название белка многословное, то либо широко используемая аббревиатура белка, либо официальный символ гена HUGO , за которым следует "(ген)", если необходимо устранить неоднозначность. Названия UniProt обычно следуют рекомендациям IUBMB :

При наименовании белков, которые можно объединить в семейство на основе гомологии или в соответствии с понятием общей функции (например, интерлейкины), различные члены должны быть пронумерованы с помощью тире «-» и последующей арабской цифры, например, «десмоглеин-1», «десмоглеин-2» и т. д.
—  «Руководство по наименованию белков». Рекомендации по биохимической и органической номенклатуре, символам и терминологии и т. д . Международный союз биохимии и молекулярной биологии.

Если статья посвящена вирусному белку, рекомендуется включить таксон в заголовок, поскольку «неструктурный белок 2» и «вирусная протеаза» могут означать много вещей. Термин в скобках, добавленный для устранения неоднозначности общих символов, не является ненужным устранением неоднозначности, даже если это единственная статья с таким названием.

Сокращения генов соответствуют Комитету по номенклатуре генов HUGO и пишутся курсивом (полные названия также пишутся курсивом ). Рекомендуется использовать сокращения вместо полных названий. Названия генов человека пишутся заглавными буквами, например ALDOA , INS и т. д. Для ортологов генов человека у других видов заглавной становится только начальная буква, например, мышь Aldoa , коровий Ins и т. д.

Рекомендуются следующие варианты использования символов генов:

• «ген ALDOA регулируется...»,
• «ген крысы для Aldoa регулируется...» или
• « ALDOA регулируется...»,

в то время как следующее не рекомендуется:

• «ген ALDOA регулируется», поскольку он избыточный.

Диаграммы должны быть по возможности стандартного формата. Если руководство по диаграммам не дает достаточных указаний по стилю изображений в статье, рассмотрите возможность предложения расширений стандартизированного форматирования.

В верхней части каждой статьи следует разместить одно или несколько из следующих информационных полей (по мере необходимости):

Если есть только один человеческий паралог, назначенный данному номеру EC ( база данных ExPASy поддерживает номер EC для сопоставления белков), то в дополнение к информационному блоку белка может быть целесообразно также добавить соответствующий информационный блок фермента. Аналогично, если есть только один человеческий паралог, назначенный семейству Pfam , то включение информационного блока семейства белков также может быть целесообразным.

Существуют некоторые случаи, когда к статье может применяться большое количество информационных полей. Вы можете поместить менее полезные в раздел в конце, рядом с таблицей. Сворачивание или горизонтальная прокрутка указанной таблицы сомнительны, так как MOS:COLLAPSE может применяться или не применяться в зависимости от того, насколько «посторонними» являются поля.

1. Вести

   Вводный раздел определяется как «раздел перед первым заголовком. Оглавление, если оно отображается, появляется между вступительным разделом и первым заголовком».

   Первое предложение лида должно определять область применения статьи. Для генов/белков, в которых существует человеческий ортолог , « <рекомендуемое название UniProt > — это белок , который у людей кодируется геном < утвержденный символ гена HUGO > ».

2. Ген

   Конкретная информация о гене (на какой человеческой хромосоме он расположен, регуляция и т. д.). Большая часть этой базовой информации может уже содержаться в информационном поле и не должна без необходимости повторяться в этом разделе, если только это не является особенно важным.

3. Белок

   Конкретная информация о белке (варианты сплайсинга, посттрансляционные модификации и т. д.). Опять же, большая часть этой базовой информации может уже содержаться в информационном поле и не должна излишне повторяться, если только это не особенно важно.

4. Видовое, тканевое и субклеточное распределение

   Необязательный раздел, в котором кратко описывается, в каких видах экспрессируется этот ген (например, широкое распространение видов, бактерии, грибы, позвоночные, млекопитающие и т. д.), в каких тканях экспрессируется белок и в каких субклеточных компартментах или органеллах он обнаруживается (экскретируется, цитоплазма, ядро, митохондрии, клеточная мембрана).

5. Функция

   Опишите функцию транскрибированного белка.

6. Взаимодействия

   Необязательный раздел, в котором перечислены белки, с которыми взаимодействует белок, являющийся предметом статьи .

7. Клиническое значение

   Перечислите заболевания или состояния, которые являются результатом мутации в гене или недостатка или избытка экспрессируемого белка.

8. История/Открытие

   В целом, нецелесообразно упоминать исследовательскую группу или учреждение, проводившее исследование, непосредственно в тексте статьи. Однако в этом разделе уместно перечислить имена тех, кто сделал ключевые открытия, касающиеся гена или белка (например, ученый или группа, которые изначально клонировали ген, определили его функцию, связали его с заболеванием, получили крупную награду за открытие и т. д.).

Примеры статей о том, как может выглядеть такая организация: Протеин С , Гонадотропин-рилизинг-гормон или Рубиско .

Статья Википедии должна быть связана с элементом Викиданных сущности, впервые упомянутой в первом предложении ведущего раздела, который должен быть написан так, как определено в WP:MCBMOSSECTIONS . Предположим, что первое предложение — « Стероидная 21-гидроксилаза — это белок , который у людей кодируется геном CYP21A2 » . В этом случае статья Википедии должна быть связана с элементом Викиданных белка стероидной 21-гидроксилазы, а не с геном.

Руководство по выбору и использованию надежных источников см. в разделах Википедия:Определение надежных источников (естественные науки) и Википедия:Надежные источники .

Общие рекомендации по цитированию источников см. в разделах Wikipedia:Ссылки на источники , Wikipedia:Сноски и Wikipedia:Руководство по оформлению .

Статьи MCB должны быть относительно плотными с внутристрочными цитатами, используя либо теги <ref> (сноски), либо цитаты в скобках . Неприемлемо писать значительные объемы прозы, а затем добавлять свой учебник в раздел «Ссылки» как неконкретную или общую ссылку . Последующему редактору слишком легко изменить основной текст, и тогда никто не будет уверен, какие утверждения подкреплены какими источниками.

В Википедии нет стандарта для форматирования ссылок, но формат должен быть согласованным в пределах любой статьи. Некоторые редакторы форматируют свои ссылки вручную, что дает им контроль над представлением. Другие предпочитают использовать шаблоны ссылок, такие как , , , и . Ссылки в формате Ванкувера могут быть получены с использованием параметров или . В руководстве по цитированию Единых требований к рукописям, отправляемым в биомедицинские журналы (URM) указано до шести авторов, за которыми следует et al. , если их больше шести. ^[1] Некоторые редакторы предпочитают расширять сокращенное название журнала; другие предпочитают краткие стандартные сокращения.{{Cite journal}}{{Cite book}}{{Cite web}}{{Cite press release}}{{Cite news}}|vauthors=|veditors=

Рефераты большинства журналов, связанных с MCB, находятся в свободном доступе на PubMed , который включает в себя средства поиска в базе данных MEDLINE . Самый простой способ заполнить шаблоны ссылок журналов и книг — использовать веб-сайт Diberri для заполнения шаблонов или универсальный форматировщик ссылок . Найдите в PubMed свою журнальную статью и введите PMID (идентификатор PubMed) в заполнитель шаблонов Diberri или универсальный форматировщик ссылок ^{[ нерабочая ссылка ‍ ]} . Если вы используете Internet Explorer или Mozilla Firefox (2.0+), то букмарклет Wouterstomp может автоматизировать этот шаг со страницы рефератов PubMed. Обязательно проверьте, что все поля заполнены правильно, так как инструмент не всегда работает на 100%. Для книг введите ISBN в инструмент Diberri. Несколько ссылок на одну и ту же исходную ссылку можно получить, убедившись, что встроенная ссылка имеет уникальное имя. Инструмент Диберри может форматировать ссылку, используя PMID или ISBN в качестве имени.

В дополнение к стандартному тексту цитирования полезно предоставить гиперссылки. Если аннотация журнала доступна на PubMed, добавьте ссылку, введя PMID xxxxxxxxx. Если статья имеет цифровой идентификатор объекта (DOI), используйте шаблон {{ doi }} . Если и только если полный текст статьи находится в свободном доступе в Интернете, предоставьте унифицированный указатель ресурса (URL) для этого текста, указав гиперссылку на название статьи в цитировании. Если полный текст находится в свободном доступе на веб-сайте журнала и на PubMed Central, предпочтительнее ссылаться на первый, поскольку копия PubMed Central часто является черновиком до публикации. Если исходный текст доступен как в HTML , так и в PDF , следует предпочесть первый, поскольку он совместим с большим количеством браузеров. Если используются шаблоны цитирования, эти ссылки можно предоставить с помощью параметров , и |pmid=. |doi=Не добавляйте дату «Извлечено» для удобства ссылок на онлайн-издания бумажных журналов (однако даты «Извлечено» необходимы для других веб-источников).|url=|pmc=

Например:

Леви Р., Купер П. [http://www.mrw.interscience.wiley.com/cochrane/clsysrev/articles/CD001903/frame.html Кетогенная диета при эпилепсии.] Cochrane Database Syst Rev. 2003;(3):CD001903. {{doi|10.1002/14651858.CD001903}}. {{PMID|12917915}}.

Ссылка с использованием {{ cite journal }} :

{{cite journal |vauthors=Bannen RM, Suresh V, Phillips GN Jr, Wright SJ, Mitchell JC |title=Optimal design of thermally stable proteins |journal=Bioinformatics |volume=24 |issue=20 |pages=2339–43 |year=2008 |pmid=18723523 |pmc=2562006 |doi=10.1093/bioinformatics/btn450 |url=http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/full/24/20/2339}}

Или альтернатива {{ vcite journal }} :

{{vcite journal |author=Bannen RM, Suresh V, Phillips GN Jr, Wright SJ, Mitchell JC |title=Optimal design of thermally stable proteins |journal=Bioinformatics |volume=24 |issue=20 |pages=2339–43 |year=2008 |pmid=18723523 |pmc=2562006 |doi=10.1093/bioinformatics/btn450 |url=http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/full/24/20/2339}}

Статьи о связанных белках могут быть связаны перекрестными ссылками путем включения одного или нескольких навигационных блоков по мере необходимости. Примеры включают:

• {{ Цитоскелетные белки }}
• {{ Ионные каналы }}
• {{ Факторы транскрипции }}
• {{ Трансмембранные рецепторы }}

Каждая статья Википедии должна быть добавлена ​​как минимум в одну категорию . Категории или подкатегории, которые могут быть подходящими для статей о генах и белках, включают:

• Категория:Белки
• Категория:Ферменты по функциям
• Категория:Гены по хромосомам человека