ТМСО4
| ТМСО4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | TMCO4 , трансмембранные и спирально-спиральные домены 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | MGI : 1924306; HomoloGene : 57112; GeneCards : TMCO4; OMA :TMCO4 - ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Трансмембранные и спирально-спиральные домены 4, TMCO4, — это белок у людей, который кодируется геном TMCO4. В настоящее время его функция не вполне определена. Это трансмембранный белок, который, как предполагается, пересекает мембрану эндоплазматического ретикулума три раза. TMCO4 взаимодействует с другими белками, которые, как известно, играют роль в развитии рака, что указывает на возможную роль в заболевании раком.
Ген
TMCO4 расположен на минус-цепи первой хромосомы в 1p36.13. [6] Ген состоит из 118 172 пар оснований, простирающихся от пары оснований 19 682 213 до 19 800 385. [6] Для TMCO4 нет общих псевдонимов. Гены CAPZB и LOC105376823 соседствуют с TMCO4 на хромосоме 1. [5] TMCO4 состоит из 16 экзонов. [5]
мРНК
Существует двадцать вариантов транскриптов мРНК (X1-X20), полученных посредством различных комбинаций шестнадцати различных экзонов. [7] Наиболее распространенным вариантом является X1, который включает все экзоны и охватывает все 118 172 пары оснований. [5]
Белок
Первичная последовательность
Наиболее распространенный белок, кодируемый TMCO4, имеет длину 634 аминокислоты и номер доступа XP_011539488.1. [6]
Общие свойства и состав
Молекулярная масса TMCO4 составляет 67,9 килодальтон. Изоэлектрическая точка составляет 5,48. Как целый белок, TMCO4 не имеет аномального распределения аминокислот. Он имеет три длинных участка без заряда, которые соответствуют расположению трех различных трансмембранных областей. Первый цитозольный домен TMCO4 имеет аномально высокое количество лейцина и глутаминовой кислоты и аномально низкое количество аспарагина . Более крупный люменальный домен TMCO4 также имеет аномально низкое количество аспарагина и фенилаланина .
Характеристики белка
Две основные области интереса в белке TMCO4 — это три трансмембранных области и большая область абгидролазы . [8] Предполагается, что N -конец TMCO4 находится в цитозоле клетки, а C-конец — в просвете эндоплазматического ретикулума. Также предполагается, что TMCO4 имеет лейциновую молнию и большой домен спиральной спирали . [9]
Вторичная структура
Согласно прогнозам программного обеспечения iTASSER, во вторичной структуре TMCO4 преобладают альфа-спирали . [10]
Посттрансляционные модификации
Было предсказано множество участков фосфорилирования для двух цитозольных областей TMCO4. [11] Было предсказано, что участки O-связанного гликозилирования находятся в конце второй люменальной области TMCO4. [12] Эти предсказанные участки можно увидеть как на схематической иллюстрации TMCO4, приведенной выше, так и в концептуальном переводе TMCO4, приведенном ниже.
Субклеточная локализация
Согласно прогнозам, TMCO4 последовательно локализуется в мембране эндоплазматического ретикулума во многих гомологах . [9]
| Организм | Общее название | Эндоплазматический ретикулум | Гольджи | Митохондриальный | Ядерный | Плазматическая мембрана |
| Homo sapiens | Человек | 44,4% | 22.2% | 22.2% | 11.1% | - |
| Mus musculis | Мышь | 39,1% | 4.3% | 17,4% | 8,7% | 21,7% |
| Xenopus laevis | Лягушка | 55,6% | - | 22.2% | 11.1% | - |
| Данио рерио | Рыба-зебра | 33,3% | 11.1% | 11.1% | - | 22.2% |
| Callorhinchus milii | Австралийская акула-призрак | 33,3% | 11.1% | 33,3% | - | 22.2% |
Взаимодействующие белки
Было обнаружено, что TMCO4 взаимодействует со многими белками. Один интересный белок, с которым взаимодействует TMCO4, — это FLT1 . [13] FLT1 — это рецептор VEGF . [14] Известно, что VEGF играет важную роль в развитии рака. Другие белки, с которыми TMCO4, как было экспериментально показано, взаимодействует, — это UBB , UBC, KPTN и BVLF1. [13] UBB и UBC — это полиубиквитины , которые нацелены на молекулы для деградации, что предполагает, что TMCO4 в какой-то момент деградирует. [15] [16] KPTN — это белок, который необходим для нейроморфогенеза. [17] BVLF1 — это белок вируса Эпштейна-Барр . [18]
Гомология
Паралоги
TMCO4 не имеет паралогов .
Ортологи
Ортологи TMCO4 можно найти у бактерий, простейших, растений, грибов, трихоплакса, беспозвоночных, рыб, амфибий, рептилий, птиц и млекопитающих. [19] Некоторые из этих ортологов можно найти в таблице ниже. [19] Ортологи отсортированы в порядке убывания даты эволюции от людей, а затем в порядке убывания процента идентичности последовательности. TMCO4 — это быстро эволюционирующий ген, который был высококонсервативным на протяжении всей эволюции. [19] Регионы TMCO4, которые высококонсервативны среди ортологов, включают различные трансмембранные домены и регион абгидролазы.
| Род и вид | Регистрационный номер | Длина последовательности | Идентичность последовательности | Сходство последовательностей |
| Homo sapiens (Человек) | NP_859070.3 | 634 | 100% | 100% |
| Papio anubus (павиан) | XP_017813266.1 | 568 | 96% | 97% |
| Mus musculus (Мышь) | AAH13471.1 | 631 | 83% | 88% |
| Ursus maritimus (Белый медведь) | XP_008692882.1 | 608 | 87% | 90% |
| Gavia stellata (Краснозобая гагара) | XP_009808720.1 | 610 | 78% | 87% |
| Python bivittatus (бирманский питон) | XP_007441490.1 | 617 | 70% | 83% |
| Xenopus laevis (лягушка) | XP_018083828.1 | 635 | 75% | 87% |
| Данио рерио (рыба-зебра) | XP_003201275.2 | 688 | 59% | 74% |
| Parasteatoda tepidariorum (Паук) | XP_015925328.1 | 642 | 56% | 74% |
| Caenorhabditis elegans | NP_494812.2 | 617 | 42% | 59% |
| Trichoplax adhaerens | XP_002107886.1 | 378 | 52% | 70% |
| Аспергилл булавовидный | XP_001275560.1 | 686 | 40% | 58% |
| Вибрион парагемолитический | WP_069539226.1 | 412 | 28% | 48% |
Выражение
TMCO4 высоко экспрессируется во многих тканях. Самая высокая экспрессия наблюдается в предстательной железе, трахее, матке, тонком кишечнике, плаценте, щитовидной железе, слюнной железе и надпочечниках. Предполагается, что экспрессия TMCO4 контролируется многими факторами транскрипции .
Клиническое значение
В настоящее время TMCO4 не связан напрямую с каким-либо заболеванием или фенотипом. Однако взаимодействие с рецептором VEGF может указывать на возможную роль в развитии рака.
Ссылки
- ^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000162542 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000041143 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ abcdefg "TMCO4 трансмембранные и спирально-спиральные домены 4 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2017-05-06 .
- ^ База данных abc , GeneCards Human Gene. "Ген TMCO4 - GeneCards | Белок TMCO4 | Антитело TMCO4". www.genecards.org . Получено 18.02.2017 .
- ^ mieg@ncbi.nlm.nih.gov, Даниэль Тьерри-Миг и Жан Тьерри-Миг, NCBI/NLM/NIH. "AceView: Gene:TMCO4, всеобъемлющая аннотация генов человека, мыши и червя с мРНК или ESTsAceView". www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 18.02.2017 .
{{cite web}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка ) - ^ "трансмембранный и содержащий домен спиральной спирали белок 4 [Homo sapiens - Белок - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 18.02.2017 .
- ^ ab "Прогноз PSORT II". psort.hgc.jp . Получено 2017-05-06 .
- ^ "Сервер I-TASSER для прогнозирования структуры и функции белка". zhanglab.ccmb.med.umich.edu . Получено 2017-05-06 .
- ^ "NetPhos 3.1 Server". www.cbs.dtu.dk . Получено 2017-05-06 .
- ^ "NetOGlyc 4.0 Server". www.cbs.dtu.dk . Получено 2017-05-06 .
- ^ ab "STRING: функциональные сети ассоциаций белков". string-db.org . Получено 2017-05-06 .
- ^ "FLT1 - Предшественник рецептора 1 фактора роста эндотелия сосудов - Homo sapiens (человек) - Ген и белок FLT1". www.uniprot.org . Получено 06.05.2017 .
- ^ "UBC - предшественник полиубиквитина-C - Homo sapiens (человек) - ген и белок UBC". www.uniprot.org . Получено 06.05.2017 .
- ^ "UBB - предшественник полиубиквитина-B - Homo sapiens (человек) - ген и белок UBB". www.uniprot.org . Получено 2017-05-06 .
- ^ «KPTN - Каптин - Homo sapiens (Человек) - Ген и белок KPTN» . www.uniprot.org . Проверено 6 мая 2017 г.
- ^ "BVLF1 - BVLF1 - вирус Эпштейна-Барр (штамм GD1) (HHV-4) - ген и белок BVLF1". www.uniprot.org . Получено 06.05.2017 .
- ^ abc "Protein BLAST: поиск в базах данных белков с помощью запроса по белкам". blast.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 06.05.2017 .
