TAR ДНК-связывающий белок 43
Белок, обнаруженный в организме человека
ТАРДБП
Доступные структуры
ПДБПоиск ортолога: PDBe RCSB
Идентификаторы
ПсевдонимыTARDBP , ALS10, TDP-43, ДНК-связывающий белок TAR
Внешние идентификаторыОМИМ : 605078; МГИ : 2387629; гомологен : 7221; GeneCards : TARDBP; OMA :TARDBP – ортологи
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Энтрез

23435

230908

Ансамбль

ENSG00000120948

ENSMUSG00000041459

UniProt

Q13148

Q921F2

RefSeq (мРНК)

NM_007375

RefSeq (белок)

NP_031401
NP_031401.1

Местоположение (UCSC)Хр 1: 11.01 – 11.03 МбХр 4: 148,7 – 148,71 Мб
Поиск в PubMed[3][4]
Викиданные
Просмотр/редактирование человекаПросмотр/редактирование мыши

ДНК-связывающий белок трансактивного ответа 43  кДа ( TAR ДНК-связывающий белок 43 или TDP-43 ) — это белок , который у людей кодируется геном TARDBP . [ 5]

Структура

TDP-43 имеет длину 414 аминокислотных остатков . Он состоит из четырех доменов : N-концевой домен, охватывающий остатки 1–76 (NTD) с четко определенной складкой , которая, как было показано, образует димер или олигомер ; [6] [7] два высококонсервативных мотива распознавания складчатой ​​РНК, охватывающих остатки 106–176 (RRM1) и 191–259 (RRM2) соответственно, необходимые для связывания целевой РНК и ДНК ; [8] неструктурированный C-концевой домен, охватывающий остатки 274–414 (CTD), который содержит богатую глицином область, участвует во взаимодействиях белок-белок и несет в себе большинство мутаций , связанных с семейным боковым амиотрофическим склерозом . [9]

Весь белок, лишенный крупных солюбилизирующих меток, был очищен. [10] Полноразмерный белок представляет собой димер. [10] Димер образуется в результате самовзаимодействия между двумя доменами NTD, [6] [7] , где димеризация может распространяться с образованием олигомеров более высокого порядка. [6]

Последовательность белка также имеет сигнал ядерной локализации (NLS, остатки 82–98), бывший сигнал ядерного экспорта (остатки NES 239–250) и 3 предполагаемых сайта расщепления каспазы-3 (остатки 13, 89, 219). [10]

В декабре 2021 года структура TDP-43 была определена с помощью крио-ЭМ [11] [12], но вскоре после этого было высказано предположение, что в контексте FTLD-TDP вовлеченным белком может быть TMEM106B (который также был определен с помощью крио-ЭМ), а не TDP-43. [13] [14]

N-концевой домен (NTD)

NTD , расположенный между остатками 1 и 76, участвует в полимеризации TDP-43 . [15] Действительно, димеры образуются путем взаимодействия голова к голове между NTD, и полученный таким образом полимер допускает сплайсинг пре-мРНК . [16] Однако дальнейшая олигомеризация приводит к более токсичным накоплениям. Этот процесс полимеризации в димеры, более крупные формы или просто стабилизирующие мономеры зависит от конформационного равновесия TDP-43 между мономерами, гомодимерами и олигомерами. Следовательно, в клетках , пораженных TDP-43 , сверхэкспрессия TDP-43 приводит к тому, что NTD проявляет высокую склонность к агрегации. В противоположность этому, в нормальных клетках нормальные уровни TDP-43 допускают свернутые NTD, предотвращая образование агрегатов и полимеров.

Совсем недавно было обнаружено, что этот домен имеет убиквитин -подобную структуру. Он имеет 27,6% гомологии с убиквитином-1 и β 1-β2- α 1-β3-β4-β5-β6 + 2* SO 4 2- форму. [17] Убиквитин-подобный домен обычно ассоциируется с большим сродством к РНК / ДНК . Однако в уникальном случае TDP-43 убиквитин-подобный NTD связывается непосредственно с одноцепочечной ДНК . Это взаимодействие позволяет конформационному равновесию, указанному выше, смещаться в сторону неагрегированных форм. [18]

Домен, охватывающий [1,80], имеет соленоидоподобную структуру, которая стерически препятствует взаимодействиям между склонными к агрегации С-концевыми областями. [16]

Все это повышает вероятность того, что NTD и мотивы распознавания РНК (позже определенные) могут кооперативно взаимодействовать с нуклеиновыми кислотами для выполнения физиологических функций TDP-43. [19]

Сигнал митохондриальной локализации

Существует шесть сигналов митохондриальной локализации [20] , которые следует учитывать в аминокислотной последовательности TDP-43, хотя было показано, что только M1, M3 и M5 необходимы для митохондриальной локализации. Действительно, их абляция приводит к уменьшению митохондриальной локализации.

Эти локализующие последовательности обнаружены в следующих аминокислотах:

М1: [35, 41], М2: [105, 112], М3: [146-150], М4: [228, 235], М5: [294, 300], М6: [228, 236].

Сигнал ядерной локализации (NLS)

Домен сигнала ядерной локализации (NLS), расположенный между остатками 82 и 98, имеет решающее значение при БАС , и это подтверждается истощением или мутациями (в частности, A90V) этого домена, которые вызывают потерю функции ядра и способствуют агрегации, двум процессам, которые, весьма вероятно, ведут к токсическому усилению функции TDP-43. [16]

В связи с этим крайне важно отметить, что ядерная локализация TDP-43 абсолютно необходима для выполнения им своих физиологических функций. [19]

Мотив распознавания РНК

Мотив распознавания РНК находится между остатками 105 и 181, как и многие hnRNP , RRM TDP-43 охватывают высококонсервативные мотивы первостепенной важности для выполнения их функции. Оба RRM следуют этой схеме: β1-α1-β2-β3-α2-β4-β5, [16] что позволяет им связываться как с РНК , так и с ДНК на U G / T G -повторах конца 3'UTR (нетранслируемых терминальных областей) мРНК / ДНК. [15]

Эти последовательности в основном обеспечивают процессинг мРНК, экспорт РНК и стабилизацию РНК. Именно благодаря этим последовательностям TDP-43 в значительной степени связывается со своей собственной мРНК, регулирует свою собственную растворимость и полимеризацию .

РРМ2

RRM2 охватывает остатки 181 и 261. В патологических состояниях он, в частности, связывается с p65/NF-kB , фактором, вовлеченным в апоптоз , и, таким образом, является потенциальной терапевтической мишенью. Более того, он может быть обременен мутацией D169G, изменяющей ключевой сайт расщепления для регулирования образования токсичных включений. [21]

Ядерный экспортный сигнал (ЯЭС)

Ядерный экспортный сигнал расположен между остатками 239 и 251, вероятно, он играет роль в челночной функции TDP-43 и был недавно обнаружен с помощью алгоритма прогнозирования. [22]

Неупорядоченный богатый глицином С-концевой домен (CTD)

Неупорядоченный богатый глицином C-концевой домен расположен между остатками 277 и 414. Подобно 70 другим РНК-связывающим белкам , TDP-43 несет богатый Q / N домен [344, 366], который напоминает последовательность прионов дрожжей . Эта последовательность называется прионоподобным доменом (PLD). [23]

PLD — это последовательности низкой сложности, которые, как сообщается, опосредуют регуляцию генов посредством фазового перехода жидкость-жидкость (LLP), тем самым управляя сборкой гранул RNP. [16] Считается, что формирование этих микроскопически видимых гранул RNP индуцирует более эффективный процесс регуляции генов. [24]

Здесь следует отметить, что НЛП представляет собой обратимое явление расслоения раствора на две отдельные жидкие фазы, в результате чего образуются гранулы.

Недавно было установлено, что мутации в богатом глицином регионе (GRR) белков TDP-43 являются ассоциированными факторами, которые могут способствовать возникновению различных нейродегенеративных заболеваний, наиболее заметным и распространенным из которых является БАС; около 10% мутаций, вызывающих семейный БАС, связаны с белком TDP-43 [25].

Часто сообщается, что этот CTD играет важную роль в патогенном поведении TDP-43:

Гранулы РНП могут играть роль в реакции на стресс, и, таким образом, старение или постоянный стресс могут привести к тому, что LLP превратятся в необратимое разделение жидкой и твердой фазы, патологические агрегаты, которые, в частности, обнаруживаются в нейронах БАС . [26]

Неорганизованная структура CTD может превратиться в полноценную структуру, богатую амилоидом , подобную бета-слою , что приводит к приобретению ею свойств, подобных прионам . [16]

Более того, CTF часто вырабатываются в больных нейронах и считаются высокотоксичными.

Однако следует отметить, что некоторые моменты не всегда согласованы. Действительно, из-за своей гидрофобной структуры TDP-43 может быть трудно анализировать, и его части остаются несколько неопределенными. Точные сайты фосфорилирования , метилирования или даже связывания все еще немного неуловимы. [16]

Функция

TDP-43 — это транскрипционный репрессор , который связывается с хромосомно интегрированной ДНК TAR и подавляет транскрипцию ВИЧ-1 . Кроме того, этот белок регулирует альтернативный сплайсинг гена CFTR . В частности, TDP-43 — это фактор сплайсинга, связывающийся с соединением интрона 8/экзона 9 гена CFTR и с областью интрона 2/экзона 3 гена apoA-II. [27] [28] Похожий псевдоген присутствует на хромосоме 20. [29]

Было показано, что TDP-43 связывает как ДНК, так и РНК и имеет множество функций в репрессии транскрипции, сплайсинге пре-мРНК и регуляции трансляции. Недавние исследования охарактеризовали сайты связывания транскриптома, показав, что тысячи РНК связаны TDP-43 в нейронах. [30]

TDP-43 изначально был идентифицирован как транскрипционный репрессор, который связывается с ДНК элемента ответа трансактивации (TAR), интегрированного в хромосому, и подавляет транскрипцию ВИЧ-1 . [5] Также сообщалось, что он регулирует альтернативный сплайсинг гена CFTR и гена apoA-II . [31] [32]

В спинальных двигательных нейронах у людей также было показано, что TDP-43 является белком, связывающим мРНК с низкомолекулярными нейрофиламентами (hNFL). [22] Также было показано, что он является фактором реакции нейронной активности в дендритах нейронов гиппокампа, что предполагает возможную роль в регуляции стабильности мРНК, транспорта и локальной трансляции в нейронах. [33]

Было показано, что ионы цинка способны вызывать агрегацию эндогенного TDP-43 в клетках. [34] Более того, цинк может связываться с доменом связывания РНК TDP-43 и вызывать образование амилоидоподобных агрегатов in vitro. [35]

восстановление ДНК

Белок TDP-43 является ключевым элементом ферментативного пути негомологичного соединения концов (NHEJ), который восстанавливает двухцепочечные разрывы ДНК (DSB) в двигательных нейронах, полученных из плюрипотентных стволовых клеток . [36] TDP-43 быстро рекрутируется в DSB, где он действует как каркас для дальнейшего рекрутирования комплекса XRCC4 - ДНК-лигаза , который затем действует, чтобы запечатать разрывы ДНК. В двигательных нейронах, полученных из нервных стволовых клеток человека, истощенных TDP-43, а также в образцах спинного мозга пациентов со спорадическим БАС наблюдается значительное накопление DSB и сниженные уровни NHEJ. [36]

Клиническое значение

Гиперфосфорилированная , убиквитинированная и расщепленная форма TDP-43, известная как патологический TDP43, является основным белком заболевания при убиквитин -положительной, тау- и альфа-синуклеин -отрицательной лобно-височной деменции (FTLD-TDP, ранее именуемой FTLD-U [ 37] ) и при боковом амиотрофическом склерозе (БАС). [38] [39] Повышенные уровни белка TDP-43 также были выявлены у лиц с диагнозом хронической травматической энцефалопатии , а также были связаны с БАС, что привело к выводу о том, что спортсмены, перенесшие множественные сотрясения мозга и другие типы травм головы, подвергаются повышенному риску как энцефалопатии, так и болезни двигательных нейронов (БАС). [40] Аномалии TDP-43 также встречаются у важной подгруппы пациентов с болезнью Альцгеймера , что коррелирует с клиническими и невропатологическими показателями. [41] Неправильно свернутый TDP-43 обнаруживается в мозге пожилых людей старше 85 лет с лимбической преобладающей возрастной энцефалопатией TDP-43 (LATE), формой слабоумия. Были разработаны новые моноклональные антитела 2G11 и 2H1 для определения различных типов включения TDP-43, которые встречаются при нейродегенеративных заболеваниях, без опоры на гиперфосфорилированные эпитопы. [42] Эти антитела были получены против эпитопа в домене RRM2 (аминокислотные остатки 198–216). [42]

Мутации в гене TARDBP связаны с нейродегенеративными расстройствами, включая лобно-височную долевую дегенерацию и боковой амиотрофический склероз (БАС). [43] В частности, мутанты TDP-43 M337V и Q331K изучаются на предмет их роли при БАС. [44] [45] [46] В то время как аберрантная неправильная локализация и цитоплазматическая агрегация TDP-43 характеризуют FTLD с патологией TDP-43 (FTLD-TDP), недавние исследования показывают, что амилоидные фибриллы, обнаруженные в мозге человека с FTLD-TDP, состоят из трансмембранного лизосомального белка TMEM106b, а не из TDP-43. [47] Цитоплазматическая патология TDP-43 является доминирующей гистопатологической особенностью мультисистемной протеинопатии . [48] ​​N-концевой домен, который вносит важный вклад в агрегацию C-концевой области, имеет новую структуру с двумя отрицательно заряженными петлями. [49] Недавнее исследование продемонстрировало, что клеточный стресс может вызвать аномальную цитоплазматическую неправильную локализацию TDP-43 в спинальных двигательных нейронах in vivo, что дает представление о том, как патология TDP-43 может развиваться у пациентов со спорадическим БАС. [50]

Цифры

(A) Структура белка TAR DNA-binding protein 43 (TDP-43). Белок TDP-43 содержит 414 аминокислот и состоит из N-концевой области с сигналом ядерной локализации (NLS). Кроме того, белок состоит из двух мотивов распознавания РНК (RRM1 и RRM2), сигнала ядерного экспорта (NES) и C-концевого домена с богатыми глутамином/аспарагином (Q/N) и глицином областями. Также очевидны мотивы митохондриальной локализации (M1; M3; M5). Патогенные мутации преимущественно расположены в C-концевой области, которая может проявлять прионоподобные свойства. Числа представляют собой длины аминокислот.
(B) Белок TDP-43 имеет решающее значение для опосредования метаболизма РНК. В ядре TDP-43 важен для транскрипции и сплайсинга информационной РНК (мРНК), а также для поддержания стабильности РНК (pA) и транспорта в ядро. Кроме того, TDP-43 регулирует биогенез микроРНК (miRNA) и процессинг длинных некодирующих РНК (lncRNA). Хотя TDP-43 преимущественно расположен внутри ядра, он перемещается между ядром и цитоплазмой. В цитоплазме TDP-43 участвует в стабильности мРНК, трансляции, образовании стрессовых и рибонуклеопротеиновых (RNP) транспортных гранул. Из обзора de Boer et al., 2020. [51]

Ссылки

  1. ^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000120948 – Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000041459 – Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ ab Ou SH, Wu F, Harrich D, García-Martínez LF, Gaynor RB (июнь 1995 г.). «Клонирование и характеристика нового клеточного белка TDP-43, который связывается с последовательностями ДНК TAR вируса иммунодефицита человека типа 1». Журнал вирусологии . 69 (6): 3584– 3596. doi :10.1128/JVI.69.6.3584-3596.1995. PMC 189073. PMID 7745706  . 
  6. ^ abc Afroz T, Hock EM, Ernst P, Foglieni C, Jambeau M, Gilhespy LA и др. (июнь 2017 г.). «Функциональная и динамическая полимеризация белка TDP-43, связанного с БАС, препятствует его патологической агрегации». Nature Communications . 8 (1): 45. Bibcode :2017NatCo...8...45A. doi :10.1038/s41467-017-00062-0. PMC 5491494 . PMID  28663553. 
  7. ^ ab Wang A, Conicella AE, Schmidt HB, Martin EW, Rhoads SN, Reeb AN и др. (март 2018 г.). «Одиночный N-концевой фосфомик нарушает полимеризацию TDP-43, разделение фаз и сплайсинг РНК». The EMBO Journal . 37 (5): e97452. doi :10.15252/embj.201797452. PMC 5830921 . PMID  29438978. 
  8. ^ Алькальде А.И., Барсина Ю., Ларральд Дж., Илундайн А. (март 1986 г.). «Роль кальция во влиянии флоретина на транспорт сахара в тонком кишечнике крыс». Revista Espanola de Fisiologia . 42 (1): 23–28 . doi :10.1038/nsmb.2698. PMID  2424061. S2CID  13783277.
  9. ^ Conicella AE, Zerze GH, Mittal J, Fawzi NL (сентябрь 2016 г.). "Мутации ALS нарушают разделение фаз, опосредованное α-спиральной структурой в низкосложном C-концевом домене TDP-43". Структура . 24 (9): 1537– 1549. doi :10.1016/j.str.2016.07.007. PMC 5014597. PMID  27545621 . 
  10. ^ abc Vivoli Vega M, Nigro A, Luti S, Capitini C, Fani G, Gonnelli L и др. (октябрь 2019 г.). «Выделение и характеристика растворимого человеческого полноразмерного TDP-43, связанного с нейродегенерацией». FASEB Journal . 33 (10): 10780– 10793. doi : 10.1096/fj.201900474R . PMID  31287959.
  11. ^ Arseni D, Hasegawa M, Murzin AG, Kametani F, Arai M, Yoshida M, Ryskeldi-Falcon B (январь 2022 г.). «Структура патологических нитей TDP-43 от ALS с FTLD». Nature . 601 (7891): 139– 143. Bibcode :2022Natur.601..139A. doi :10.1038/s41586-021-04199-3. PMC 7612255 . PMID  34880495. 
  12. ^ "Раскрыт белок БАС". www.science.org . Получено 04.04.2022 .
  13. ^ Jiang YX, Cao Q, Sawaya MR, Abskharon R, Ge P, DeTure M и др. (март 2022 г.). «Амилоидные фибриллы при заболевании FTLD-TDP состоят из TMEM106B, а не из TDP-43». Nature . 605 (7909): 304– 309. doi :10.1038/s41586-022-04670-9. PMC 9844993 . PMID  35344984. S2CID  247777613. 
  14. ^ "Лобно-височная деменция: не тот белок, о котором мы думали". www.science.org . Получено 04.04.2022 .
  15. ^ ab Qin H, Lim LZ, Wei Y, Song J (декабрь 2014 г.). «TDP-43 N-терминус кодирует новую убиквитин-подобную складчатость и ее развернутую форму в равновесии, которое может быть смещено путем связывания с одноцепочечной ДНК». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 111 (52): 18619– 18624. Bibcode : 2014PNAS..11118619Q. doi : 10.1073 /pnas.1413994112 . PMC 4284588. PMID  25503365. 
  16. ^ abcdefg Прасад А, Бхарати В, Сивалингам В, Гирдхар А, Патель БК (2019-02-14). "Молекулярные механизмы неправильного сворачивания TDP-43 и патологии при боковом амиотрофическом склерозе". Frontiers in Molecular Neuroscience . 12 : 25. doi : 10.3389/fnmol.2019.00025 . PMC 6382748. PMID  30837838 . 
  17. ^ "TARDBP TAR ДНК-связывающий белок [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2021-12-13 .
  18. ^ Qin H, Lim LZ, Wei Y, Song J (декабрь 2014 г.). «TDP-43 N-терминус кодирует новую убиквитин-подобную укладку и ее развернутую форму в равновесии, которое может быть смещено путем связывания с одноцепочечной ДНК». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 111 (52): 18619– 18624. Bibcode : 2014PNAS..11118619Q. doi : 10.1073/pnas.1413994112 . PMC 4284588. PMID  25503365 . 
  19. ^ ab Ratti A, Buratti E (август 2016 г.). «Физиологические функции и патобиология белков TDP-43 и FUS/TLS». Журнал нейрохимии . 138 (Приложение 1): 95–111 . doi : 10.1111/jnc.13625 . PMID  27015757. S2CID  12679353.
  20. ^ Хуан С, Янь С, Чжан З (октябрь 2020 г.). «Поддержание баланса TDP-43, митохондрий и аутофагии: перспективная терапевтическая стратегия при нейродегенеративных заболеваниях». Трансляционная нейродегенерация . 9 (1): 40. doi : 10.1186/s40035-020-00219-w . PMC 7597011. PMID  33126923. 
  21. ^ Pozzi S, Thammisetty SS, Codron P, Rahimian R, Plourde KV, Soucy G и др. (февраль 2019 г.). «Вирусная доставка антител, нацеленных на TAR DNA-binding protein-43, смягчает сопутствующую нейропатологию». The Journal of Clinical Investigation . 129 (4): 1581– 1595. doi :10.1172/JCI123931. PMC 6436898 . PMID  30667370. 
  22. ^ ab Strong MJ, Volkening K, Hammond R, Yang W, Strong W, Leystra-Lantz C, Shoesmith C (июнь 2007 г.). "TDP43 — это белок, связывающий мРНК с низким молекулярным весом нейрофиламентов человека (hNFL)". Molecular and Cellular Neurosciences . 35 (2): 320– 327. doi :10.1016/j.mcn.2007.03.007. PMID  17481916. S2CID  42553015.
  23. ^ Nonaka T, Masuda-Suzukake M, Arai T, Hasegawa Y, Akatsu H, Obi T и др. (Июль 2013 г.). «Прионоподобные свойства патологических агрегатов TDP-43 из больных мозгов». Cell Reports . 4 (1): 124– 134. doi : 10.1016/j.celrep.2013.06.007 . PMID  23831027.
  24. ^ Fan AC, Leung AK (2016). «РНК-гранулы и заболевания: исследование стрессовых гранул при БАС и FTLD». В Yeo GW ​​(ред.). Обработка РНК . Достижения в экспериментальной медицине и биологии. Т. 907. Cham: Springer International Publishing. стр.  263–296 . doi :10.1007/978-3-319-29073-7_11. ISBN 978-3-319-29071-3. PMC  5247449 . PMID  27256390.
  25. ^ Suk TR, Rousseaux MW (август 2020 г.). «Роль неправильной локализации TDP-43 при боковом амиотрофическом склерозе». Молекулярная нейродегенерация . 15 (1): 45. doi : 10.1186 /s13024-020-00397-1 . PMC 7429473. PMID  32799899. S2CID  221129473. 
  26. ^ Hennig S, Kong G, Mannen T, Sadowska A, Kobelke S, Blythe A и др. (август 2015 г.). «Прионоподобные домены в связывающих РНК белках необходимы для построения субъядерных параспеклов». The Journal of Cell Biology . 210 (4): 529– 539. doi :10.1083/jcb.201504117. PMC 4539981 . PMID  26283796. 
  27. ^ Буратти Э., Дёрк Т., Зуккато Э., Пагани Ф., Романо М., Баралле Ф.Е. (апрель 2001 г.). «Ядерный фактор TDP-43 и белки SR способствуют пропуску экзона 9 CFTR in vitro и in vivo». Журнал ЭМБО . 20 (7): 1774–1784 . doi : 10.1093/emboj/20.7.1774. ПМК 145463 . ПМИД  11285240. 
  28. ^ Kuo PH, Doudeva LG, Wang YT, Shen CK, Yuan HS (апрель 2009 г.). «Структурные исследования TDP-43 в связывании нуклеиновых кислот и взаимодействиях доменов». Nucleic Acids Research . 37 (6): 1799– 1808. doi :10.1093/nar/gkp013. PMC 2665213. PMID  19174564 . 
  29. ^ Ген Результат
  30. ^ Sephton CF, Cenik C, Kucukural A, Dammer EB, Cenik B, Han Y и др. (январь 2011 г.). «Идентификация нейрональных РНК-мишеней рибонуклеопротеиновых комплексов, содержащих TDP-43». Журнал биологической химии . 286 (2): 1204–1215 . doi : 10.1074/jbc.M110.190884 . PMC 3020728. PMID  21051541 . 
  31. ^ Buratti E, Baralle FE (сентябрь 2001 г.). «Характеристика и функциональные аспекты свойств связывания РНК ядерного фактора TDP-43, нового регулятора сплайсинга экзона 9 CFTR». Журнал биологической химии . 276 (39): 36337– 36343. doi : 10.1074/jbc.M104236200 . PMID  11470789.
  32. ^ Mercado PA, Ayala YM, Romano M, Buratti E, Baralle FE (2005-10-12). «Истощение TDP 43 переопределяет потребность в экзонных и интронных усилителях сплайсинга в гене человека apoA-II». Nucleic Acids Research . 33 (18): 6000– 6010. doi :10.1093/nar/gki897. PMC 1270946. PMID  16254078 . (В настоящее время в этой статье содержится выражение обеспокоенности , см. doi :10.1093/nar/gkad113, PMID  36772831. Если это преднамеренная ссылка на такую ​​статью, замените на . ){{expression of concern|...}}{{expression of concern|...|intentional=yes}}
  33. ^ Wang IF, Wu LS, Chang HY , Shen CK (май 2008). «TDP-43, сигнатурный белок FTLD-U, является фактором, реагирующим на нейронную активность». Journal of Neurochemistry . 105 (3): 797– 806. doi : 10.1111/j.1471-4159.2007.05190.x . PMID  18088371. S2CID  41139555.
  34. ^ Caragounis A, Price KA, Soon CP, Filiz G, Masters CL, Li QX и др. (май 2010 г.). «Цинк вызывает истощение и агрегацию эндогенного TDP-43». Free Radical Biology & Medicine . 48 (9): 1152– 1161. doi :10.1016/j.freeradbiomed.2010.01.035. PMID  20138212.
  35. ^ Garnier C, Devred F, Byrne D, Puppo R, Roman AY, Malesinski S и др. (июль 2017 г.). «Связывание цинка с мотивом распознавания РНК TDP-43 индуцирует образование амилоидоподобных агрегатов». Scientific Reports . 7 (1): 6812. Bibcode :2017NatSR...7.6812G. doi :10.1038/s41598-017-07215-7. PMC 5533730 . PMID  28754988. 
  36. ^ ab Mitra J, Guerrero EN, Hegde PM, Liachko NF, Wang H, Vasquez V и др. (март 2019 г.). «Потеря ядерного TDP-43, связанная с заболеванием двигательных нейронов, связана с дефектами репарации двухцепочечных разрывов ДНК». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 116 (10): 4696– 4705. Bibcode : 2019PNAS..116.4696M. doi : 10.1073/pnas.1818415116 . PMC 6410842. PMID  30770445 . 
  37. ^ Mackenzie IR, Neumann M, Baborie A, Sampathu DM, Du Plessis D, Jaros E и др. (Июль 2011 г.). «Гармонизированная система классификации патологии FTLD-TDP». Acta Neuropathologica . 122 (1): 111– 113. doi :10.1007/s00401-011-0845-8. PMC 3285143. PMID  21644037 . 
  38. ^ Bräuer S, Zimyanin V, Hermann A (апрель 2018 г.). «Прионоподобные свойства белков, имеющих отношение к заболеванию, при боковом амиотрофическом склерозе». Journal of Neural Transmission . 125 (4): 591– 613. doi :10.1007/s00702-018-1851-y. PMID  29417336. S2CID  3895544.
  39. ^ Lau DH, Hartopp N, Welsh NJ, Mueller S, Glennon EB, Mórotz GM и др. (февраль 2018 г.). «Нарушение сигнализации ER-митохондрий при лобно-височной деменции и связанном с ней амиотрофическом боковом склерозе». Cell Death & Disease . 9 (3): 327. doi :10.1038/s41419-017-0022-7. PMC 5832427 . PMID  29491392. 
  40. ^ Шварц, Алан . «Исследование показывает, что травма мозга может имитировать БАС», The New York Times , 18 августа 2010 г. Доступ 18 августа 2010 г.
  41. ^ Tremblay C, St-Amour I, Schneider J, Bennett DA, Calon F (сентябрь 2011 г.). «Накопление белка 43, связывающего трансактивную ДНК, при умеренных когнитивных нарушениях и болезни Альцгеймера». Журнал невропатологии и экспериментальной неврологии . 70 (9): 788– 798. doi :10.1097/nen.0b013e31822c62cf. PMC 3197017. PMID  21865887 . 
  42. ^ ab Trejo-Lopez JA, Sorrentino ZA, Riffe CJ, Lloyd GM, Labuzan SA, Dickson DW и др. (ноябрь 2020 г.). «Новые моноклональные антитела, нацеленные на домен RRM2 человеческого белка TDP-43». Neuroscience Letters . 738 : 135353. doi : 10.1016/j.neulet.2020.135353. PMC 7924408. PMID  32905837 . 
  43. ^ Kwong LK, Neumann M, Sampathu DM, Lee VM, Trojanowski JQ (июль 2007 г.). «Протеинопатия TDP-43: нейропатология, лежащая в основе основных форм спорадической и семейной лобно-височной лобарной дегенерации и заболевания двигательных нейронов». Acta Neuropathologica . 114 (1): 63–70 . doi :10.1007/s00401-007-0226-5. PMID  17492294. S2CID  20773388.
  44. ^ Sreedharan J, Blair IP, Tripathi VB, Hu X, Vance C, Rogelj B, et al. (март 2008 г.). «Мутации TDP-43 при семейном и спорадическом боковом амиотрофическом склерозе». Science . 319 (5870): 1668– 1672. Bibcode :2008Sci...319.1668S. doi :10.1126/science.1154584. PMC 7116650 . PMID  18309045. S2CID  28744172. 
  45. ^ Gendron TF, Rademakers R, Petrucelli L (2013). «Анализ мутации TARDBP при протеинопатиях TDP-43 и расшифровка токсичности мутантного TDP-43». Журнал болезни Альцгеймера . 33 (Приложение 1): S35 – S45 . doi :10.3233/JAD-2012-129036. PMC 3532959. PMID  22751173 .  
  46. ^ Babić Leko M, Župunski V, Kirincich J, Smilović D, Hortobágyi T, Hof PR, Šimić G (2019). «Молекулярные механизмы нейродегенерации, связанные с расширением гексануклеотидного повтора C9orf72». Поведенческая неврология . 2019 : 2909168. doi : 10.1155/2019/2909168 . PMC 6350563. PMID  30774737 . 
  47. ^ Jiang YX, Cao Q, Sawaya MR, Abskharon R, Ge P, DeTure M и др. (май 2022 г.). «Амилоидные фибриллы в FTLD-TDP состоят из TMEM106B, а не из TDP-43». Nature . 605 (7909): 304– 309. Bibcode :2022Natur.605..304J. doi :10.1038/s41586-022-04670-9. PMC 9844993 . PMID  35344984. 
  48. ^ Kim HJ, Kim NC, Wang YD, Scarborough EA, Moore J, Diaz Z и др. (март 2013 г.). «Мутации в прионоподобных доменах в hnRNPA2B1 и hnRNPA1 вызывают мультисистемную протеинопатию и БАС». Nature . 495 (7442): 467– 473. Bibcode :2013Natur.495..467K. doi :10.1038/nature11922. PMC 3756911 . PMID  23455423. 
  49. ^ . Момпеан М, Романо В, Пантоха-Уседа Д, Стуани С, Баралле Ф.Е., Буратти Е, Лоуренс Д.В. (апрель 2016 г.). «N-концевая доменная структура TDP-43 в высоком разрешении». Журнал ФЭБС . 283 (7): 1242–1260 . doi : 10.1111/февраль 13651 . hdl : 10261/162654 . ПМИД  26756435.
  50. ^ Svahn AJ, Don EK, Badrock AP, Cole NJ, Graeber MB, Yerbury JJ и др. (сентябрь 2018 г.). «Ядерно-цитоплазматический транспорт TDP-43 изучался в реальном времени: нарушение функции микроглии приводит к аксональному распространению TDP-43 в дегенерирующих двигательных нейронах». Acta Neuropathologica . 136 (3): 445– 459. doi :10.1007/s00401-018-1875-2. PMC 6096729 . PMID  29943193. 
  51. ^ де Бур EM, Ори ВК, Уильямс Т, Бейкер MR, Де Оливейра ХМ, Полвикоски Т, Силсби М, Менон П, ван ден Бос М, Холлидей GM, ван ден Берг ЛХ, Ван ден Бош Л, ван Дамм П, Кирнан MC, ван Эс М.А., Вучич С. (ноябрь 2020 г.). «Протеинопатии TDP-43: новая волна нейродегенеративных заболеваний». Журнал неврологии, нейрохирургии и психиатрии . 92 (1): 86–95 . doi :10.1136/jnnp-2020-322983. ПМЦ 7803890 . ПМИД  33177049. 

Дальнейшее чтение

  • Kwong LK, Neumann M, Sampathu DM, Lee VM, Trojanowski JQ (июль 2007 г.). «Протеинопатия TDP-43: невропатология, лежащая в основе основных форм спорадической и семейной лобно-височной лобарной дегенерации и заболевания двигательных нейронов». Acta Neuropathologica . 114 (1): 63– 70. doi :10.1007/s00401-007-0226-5. PMID  17492294. S2CID  20773388.
  • Маруяма К, Сугано С (январь 1994). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Gene . 138 ( 1– 2): 171– 174. doi :10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.
  • Tokai N, Fujimoto-Nishiyama A, Toyoshima Y, Yonemura S, Tsukita S, Inoue J, Yamamota T (февраль 1996 г.). "Kid, новый кинезин-подобный ДНК-связывающий белок, локализуется в хромосомах и митотическом веретене". The EMBO Journal . 15 (3): 457– 467. doi :10.1002/j.1460-2075.1996.tb00378.x. PMC  449964 . PMID  8599929.
  • Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (сентябрь 1996 г.). «Нормализация и вычитание: два подхода к облегчению открытия генов». Genome Research . 6 (9): 791– 806. doi : 10.1101/gr.6.9.791 . PMID  8889548.
  • Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (октябрь 1997 г.). «Конструирование и характеристика библиотеки кДНК с полной длиной и обогащенной 5'-концом». Gene . 200 ( 1– 2): 149– 156. doi :10.1016/S0378-1119(97)00411-3. PMID  9373149.
  • Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (ноябрь 2000 г.). «Клонирование ДНК с использованием in vitro сайт-специфической рекомбинации». Genome Research . 10 (11): 1788– 1795. doi :10.1101/gr.143000. PMC  310948. PMID  11076863.
  • Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, Gassenhuber J, Glassl S, Ansorge W и др. (март 2001 г.). «К каталогу человеческих генов и белков: секвенирование и анализ 500 новых полных кодирующих белок человеческих кДНК». Genome Research . 11 (3): 422– 435. doi :10.1101/gr.GR1547R. PMC  311072 . PMID  11230166.
  • Буратти Э., Дёрк Т., Зуккато Э., Пагани Ф., Романо М., Баралле Ф.Е. (апрель 2001 г.). «Ядерный фактор TDP-43 и белки SR способствуют пропуску экзона 9 CFTR in vitro и in vivo». Журнал ЭМБО . 20 (7): 1774–1784 . doi : 10.1093/emboj/20.7.1774. ПМК  145463 . ПМИД  11285240.
  • Buratti E, Baralle FE (сентябрь 2001 г.). «Характеристика и функциональные аспекты свойств связывания РНК ядерного фактора TDP-43, нового регулятора сплайсинга экзона 9 CFTR». Журнал биологической химии . 276 (39): 36337– 36343. doi : 10.1074/jbc.M104236200 . PMID  11470789.
  • Wang IF, Reddy NM, Shen CK (октябрь 2002 г.). «Высшее расположение ядерных тел эукариот». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 99 (21): 13583– 13588. Bibcode : 2002PNAS...9913583W. doi : 10.1073/pnas.212483099 . PMC  129717. PMID  12361981 .
  • Lehner B, Sanderson CM (июль 2004 г.). «Структура взаимодействия белков для деградации мРНК человека». Genome Research . 14 (7): 1315– 1323. doi :10.1101/gr.2122004. PMC  442147. PMID  15231747 .
  • Wiemann S, Arlt D, Huber W, Wellenreuther R, Schleeger S, Mehrle A и др. (октябрь 2004 г.). «От ORFeome к биологии: конвейер функциональной геномики». Genome Research . 14 (10B): 2136– 2144. doi :10.1101/gr.2576704. PMC  528930 . PMID  15489336.
  • Buratti E, Brindisi A, Giombi M, Tisminetzky S, Ayala YM, Baralle FE (ноябрь 2005 г.). "TDP-43 связывает гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин A/B через свой C-концевой хвост: важный регион для ингибирования сплайсинга экзона 9 трансмембранного регулятора проводимости кистозного фиброза". Журнал биологической химии . 280 (45): 37572– 37584. doi : 10.1074/jbc.M505557200 . PMID  16157593.
  • Stelzl U, Worm U, Lalowski M, Haenig C, Brembeck FH, Goehler H и др. (сентябрь 2005 г.). «Сеть взаимодействия белков человека: ресурс для аннотирования протеома». Cell . 122 (6): 957– 968. doi :10.1016/j.cell.2005.08.029. hdl : 11858/00-001M-0000-0010-8592-0 . PMID  16169070. S2CID  8235923.
  • Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N и др. (октябрь 2005 г.). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белков человека». Nature . 437 (7062): 1173– 1178. Bibcode :2005Natur.437.1173R. doi :10.1038/nature04209. PMID  16189514. S2CID  4427026.
  • Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I, del Val C, Arlt D, Hahne F и др. (январь 2006 г.). «База данных LIFEdb в 2006 г.». Nucleic Acids Research . 34 (выпуск базы данных): D415 – D418 . doi :10.1093/nar/gkj139. PMC  1347501 . PMID  16381901.
На Викискладе есть медиафайлы по теме TAR DNA-связывающий белок 43, TDP-43 .
  • Запись GeneReviews/NCBI/NIH/UW о боковом амиотрофическом склерозе, связанном с TARDBP
  • Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt : Q13148 (TAR DNA-binding protein 43) на сайте PDBe-KB .
Получено с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=TAR_DNA-связывающий_протеин_43&oldid=1250851300"