Супер-усилитель
Область генома, которая регулирует экспрессию генов, связанных с идентичностью клеток.
Структуры типичного усилителя в сравнении со структурой суперусилителя.

Дифференциация клеток в многоклеточных организмах с различными типами клеток определяется в каждом типе клеток экспрессией генов, находящихся под регуляторным контролем типичных энхансеров и суперэнхансеров.

Типичный энхансер , как показано на верхней панели рисунка, представляет собой область ДНК из нескольких сотен пар оснований [1] [2] , которая может связывать факторы транскрипции с мотивами последовательности на энхансере. Типичный энхансер может приближаться к своему целевому гену через большую петлю хромосомы. Медиатор , комплекс (состоящий из примерно 26 белков во взаимодействующей структуре), передает регуляторные сигналы от связанных с энхансером ДНК факторов транскрипции к промотору гена, регулируя транскрипцию РНК целевого гена.

Суперэнхансер , показанный на нижней панели рисунка, представляет собой область генома млекопитающих, включающую несколько типичных энхансеров , которые совместно связаны массивом белков -факторов транскрипции для управления транскрипцией генов, участвующих в идентичности клеток , [3] [4] [5] или генов, участвующих в раке. [6] Поскольку суперэнхансеры часто встречаются вблизи генов, важных для контроля и определения идентичности клеток, их можно использовать для быстрой идентификации ключевых узлов, регулирующих идентичность клеток. [5] [7] Суперэнхансеры также играют центральную роль в опосредовании нарушения регуляции сигнальных путей и содействии росту раковых клеток. [6] [8] Однако суперэнхансеры отличаются от типичных энхансеров тем, что они сильно зависят от дополнительных специализированных белков, которые создают и поддерживают их формирование, включая BRD4 (показан на нижней панели рисунка) и кофакторы, включая p300 . [9]

У энхансеров есть несколько количественных признаков, которые имеют диапазон значений, и эти признаки, как правило, повышены у суперэнхансеров. Суперэнхансеры связаны более высокими уровнями белков, регулирующих транскрипцию , и связаны с генами, которые более высоко экспрессируются. [3] [10] [11] [12] Экспрессия генов, связанных с суперэнхансерами, особенно чувствительна к возмущениям, которые могут способствовать переходам состояний клеток или объяснять чувствительность генов, связанных с суперэнхансерами, к малым молекулам, которые нацелены на транскрипцию. [3] [10] [11] [13] [14]

Частота супер-усилителей

Во многих типах клеток только меньшинство активированных энхансеров находится в суперэнхансерах (SE). Для специализированных тканей, таких как скелетные мышцы, экспрессируется меньшее количество генов и обнаруживается небольшое количество специализированных и активированных суперэнхансеров. В скелетных мышцах человека идентифицировано девять типов клеток. В среднем количество экспрессируемых генов в этих девяти типах клеток составляет 1331. [15] Также имеется около 22 суперэнхансеров, специфичных для клеток скелетных мышц среди девяти типов клеток скелетных мышц, что указывает на то, что специализированные суперэнхансеры в этих клетках составляют около 1,7% от числа типичных энхансеров. [ 16] В В-клетках иммунной системы исследование выявило 140 SE и 4290 TE в нестимулированных В-клетках (SE составляли 3,2% активированных областей транскрипции). В стимулированных В-клетках SE составляли 3,6% активированных областей транскрипции. [17] Аналогично, в эмбриональных стволовых клетках мышей было обнаружено 231 SE по сравнению с 8794 TE, при этом SE составляли 2,6% активированных областей хроматина. [18] Исследование нейральных стволовых клеток обнаружило 445 SE и 9436 TE, так что SE составляли 4,7% активных областей энхансера. [19]

Формирование супер-усилителей

Сотни тысяч участков в геноме человека могут потенциально действовать как энхансеры. В одном крупном исследовании 2020 года 78 различных типов клеток человека были исследованы на предмет связей между активированными энхансерами и генами, кодирующими информационную РНК для производства генных продуктов. Среди 78 типов клеток было распределено в общей сложности 449 627 активированных энхансеров, связанных с 17 643 генами, кодирующими белок. [20] При таком большом количестве потенциально активных энхансеров существуют некоторые области генома с кластером энхансеров, которые, когда все активированы, могут все зацикливаться на одном и том же промоторе и производить суперэнхансер, заставляя ген иметь очень высокий выход информационной РНК.

Один хорошо изученный ген, MYC, имеет усиленную экспрессию в 70% всех видов рака. [21] В то время как около 28% его сверхэкспрессий обусловлены генетическими очаговыми амплификациями или транслокациями, [22] большинство случаев сверхэкспрессии MYC обусловлены активированными суперэнхансерами. [23] Существует более 10 различных суперэнхансеров, которые могут вызывать сверхэкспрессию MYC. Для каждого из 4 типов опухолевых клеток, выращенных в культуре (HCT-116, MCF7, K562 и Jurkat), было от трех до пяти суперэнхансеров, специфичных для каждого типа опухолевых клеток.

На верхнем изображении показан хроматин, а на нижнем — хроматин с вытеснением нуклеосом.

В одном исследовании 2013 года [24] было обнаружено, что длина типичных энхансеров составляет около 700 пар оснований, тогда как в случае суперэнхансеров длина составляет около 9000 пар оснований (включая несколько отдельных энхансеров). Более позднее исследование, проведенное в 2020 году, показало, что типичные энхансеры имеют длину около 200 нуклеотидов и что может быть до 3,6 миллиона потенциально активных энхансеров, занимающих 21,55% человеческого генома. [25]

В ядре клеток млекопитающих почти вся ДНК обернута вокруг регулярно расположенных белковых комплексов, называемых нуклеосомами (см. верхнюю панель на рисунке «Хроматин»). [26] Белковые комплексы состоят из 4 пар гистонов , H2A, H2B, H3 и H4. ДНК плюс эти белковые комплексы называются хроматином (см. рисунок, иллюстрирующий хроматин). Области энхансера, как описано выше, имеют длину в несколько сотен нуклеотидов. Для активации область энхансера должна иметь нуклеосомы, вытесненные из ДНК, чтобы множественные факторы транскрипции, которые связываются с этой ДНК энхансера, имели доступ к своим сайтам связывания (см. нижнюю панель на рисунке «Хроматин»). (Чтобы быть активным энхансером, более 10 различных сайтов связывания должны быть заняты различными факторами транскрипции в энхансере. [25] )

Нуклеосома в области энхансера ДНК. Энхансерные нуклеосомы можно идентифицировать по монометилированию гистона 3 в лизине (K) 4 и ацетилированию в лизине (K) 27 (однобуквенное сокращение для лизина — K). [27] Чтобы освободить ДНК от нуклеосомы, чтобы факторы транскрипции могли связываться с их сайтами связывания, гистон 3 также должен быть ацетилирован в лизине 122, как показано на этом рисунке. Ацетилирование гистона 3 в лизине 122 приводит к вытеснению нуклеосомы из хроматина. Вытеснение нуклеосом в энхансерах является ранним шагом, необходимым для формирования суперэнхансера

При вытеснении нуклеосом из энхансерной ДНК пионерский фактор транскрипции сначала ослабляет присоединение ДНК к нуклеосоме энхансерной области. Например, один из факторов транскрипции, который делает это, — пионерский фактор транскрипции NF-kB . [28] Далее следуют пять шагов: (1) NF-kB ацетилируется p300/CBP . (2) Ацетилированный NF-kB привлекает специфический фермент гистонацетилтрансферазу, BRD4 . [29] (3) BRD4 ацетилирует гистон 3 по лизину 122 гистона 3 (см. рисунок «Нуклеосома на энхансере с ацетилированным H3K122»). (4) Когда гистон 3 лизин 122 ацетилирован, нуклеосома вытесняется из последовательности энхансера. [30] (5) Открытие ДНК энхансера позволяет связывать другие факторы транскрипции, необходимые для формирования активированного энхансера. Предположительно, когда активирующий сигнал для NF-kB очень сильный, активируется гораздо больше NF-kB, а затем значительно увеличенный NF-kB может начать процесс активации нескольких соседних энхансеров одновременно, образуя суперэнхансер.

Супер-усилители способствуют высокому уровню транскрипции

Как описано выше, при формировании суперэнхансера BRD4 образует комплекс с NF-kB. Этот комплекс также рекрутирует и образует еще один комплекс с циклином T1 и Cdk9 . Циклин T1/Cdk9 также известен как P-TEFb . P-TEFb действует как киназа, которая фосфорилирует РНК-полимеразу II (RNAP II), которая затем активирует (в сочетании с комплексом Mediator, описанным ниже) полимеразу на промоторе гена для инициирования транскрипции и продолжения транскрипции (вместо остановки). [31]

Факторы транскрипции, связанные со своими сайтами на каждом энхансере в суперэнхансере, привлекают комплекс Mediator между каждым энхансером и РНК-полимеразой II, которая инициирует транскрипцию гена, который будет активно транскрибироваться (см. рисунок в верхней части статьи, иллюстрирующий суперэнхансер). Комплекс Mediator у людей имеет размер 1,4 МДа и включает 26 субъединиц. [32] Хвостовые модули белковых субъединиц комплекса Mediator взаимодействуют с доменами активации факторов транскрипции, связанными с энхансерами, а головные и средние модули взаимодействуют с комплексом предварительной инициации (PIC) на промоторах генов. [33] Комплекс Mediator, когда определенные субъединицы фосфорилируются и активируются определенными циклинзависимыми киназами (Cdk8, Cdk9, Cdk19 и т. д.), затем способствует более высоким уровням транскрипции.

История

Регуляция транскрипции энхансерами изучается с 1980-х годов. [34] [35] [36] [37] [38] Вскоре после этого были обнаружены крупные или многокомпонентные регуляторы транскрипции с рядом механистических свойств, включая области контроля локуса , кластеризованные открытые регуляторные элементы и платформы инициации транскрипции. [39] [40] [41] [42] Более поздние исследования показали, что эти различные категории регуляторных элементов могут представлять собой подтипы суперэнхансеров. [5] [43]

В 2013 году две лаборатории идентифицировали крупные усилители вблизи нескольких генов, особенно важных для установления идентичности клеток. В то время как Ричард А. Янг и его коллеги идентифицировали супер-усилители, Фрэнсис Коллинз и его коллеги идентифицировали усилители растяжения. [3] [4] Как супер-усилители, так и усилители растяжения являются кластерами усилителей, которые контролируют гены, специфичные для клеток, и могут быть в значительной степени синонимами. [4] [44]

В соответствии с текущим определением термин «суперэнхансер» был введен лабораторией Янга для описания областей, идентифицированных в эмбриональных стволовых клетках мыши (ЭСК). [3] Было обнаружено, что эти особенно большие, мощные области энхансера контролируют гены, которые устанавливают идентичность эмбриональных стволовых клеток, включая Oct-4 , Sox2 , Nanog , Klf4 и Esrrb . Возмущение суперэнхансеров, связанных с этими генами, показало ряд эффектов на экспрессию их целевых генов. [44] С тех пор суперэнхансеры были идентифицированы вблизи регуляторов идентичности клеток в ряде тканей мышей и человека. [4] [5] [45 ] [46 ] [47 ] [ 48] [49] [50] [51] [52] [ 53] [54] [55] [ 56 ] [ 57 ] [ 58] [59] [60] [61]

Функция

Усилители, включающие суперэнхансеры, разделяют функции энхансеров, включая связывание белков факторов транскрипции, петлеобразование с целевыми генами и активацию транскрипции. [3] [5] [43] [44] Три примечательные черты энхансеров, включающих суперэнхансеры, — это их кластеризация в геномной близости, их исключительный сигнал белков, регулирующих транскрипцию, и их высокая частота физического взаимодействия друг с другом. Возмущение ДНК энхансеров, включающих суперэнхансеры, показало ряд эффектов на экспрессию генов клеточной идентичности, что предполагает сложную взаимосвязь между составляющими энхансерами. [44] Суперэнхансеры, разделенные десятками мегабаз, кластеризуются в трех измерениях внутри ядра эмбриональных стволовых клеток мыши. [62] [63]

Высокие уровни многих факторов транскрипции и кофакторов наблюдаются в суперэнхансерах (например, CDK7 , BRD4 и Mediator ). [3] [ 5] [10] [11] [13] [14] [43] Эта высокая концентрация белков, регулирующих транскрипцию, предполагает, почему их целевые гены, как правило, более высоко экспрессируются, чем другие классы генов. Однако гены домашнего хозяйства, как правило, более высоко экспрессируются, чем гены, ассоциированные с суперэнхансерами. [3]

Суперэнхансеры могли развиться в ключевых генах клеточной идентичности, чтобы сделать транскрипцию этих генов восприимчивой к массиву внешних сигналов. [44] Каждый из энхансеров, входящих в суперэнхансер, может реагировать на различные сигналы, что позволяет регулировать транскрипцию одного гена несколькими сигнальными путями. [44] Пути, которые, как было замечено, регулируют свои целевые гены с помощью суперэнхансеров, включают Wnt , TGFb , LIF , BDNF и NOTCH . [44] [64] [65] [66] [67] Составные энхансеры суперэнхансеров физически взаимодействуют друг с другом и со своими целевыми генами на большом расстоянии последовательно. [12] [46] [68] Также были определены суперэнхансеры, которые контролируют экспрессию основных рецепторов клеточной поверхности, играющих решающую роль в функционировании данной клеточной линии. Это особенно касается В-лимфоцитов, выживание, активация и дифференциация которых зависят от экспрессии иммуноглобулинов мембранной формы (Ig). Суперэнхансер локуса тяжелой цепи Ig представляет собой очень большую (25kb) цис-регуляторную область, включающую множественные энхансеры и контролирующую несколько основных модификаций локуса (в частности, соматическую гипермутацию , рекомбинацию переключения класса и рекомбинацию самоубийства локуса).

Отношение к болезни

Мутации в супер-усилителях были отмечены при различных заболеваниях, включая рак, диабет 1 типа, болезнь Альцгеймера, волчанку, ревматоидный артрит, рассеянный склероз, системную склеродермию, первичный билиарный цирроз, болезнь Крона, болезнь Грейвса, витилиго и мерцательную аритмию. [4] [5] [11] [49] [56] [59] [69] [70] [71] [72] [73] Аналогичное обогащение вариаций последовательностей, связанных с заболеваниями, также наблюдалось для усилителей растяжения. [4]

Суперэнхансеры могут играть важную роль в неправильной регуляции экспрессии генов при раке. Во время развития опухоли опухолевые клетки приобретают суперэнхансеры в ключевых онкогенах, которые обеспечивают более высокие уровни транскрипции этих генов, чем в здоровых клетках. [5] [10] [68] [69] [74] [75] [76] [77] [78] [79] [ 80] [81] [82] [83] Измененная функция суперэнхансеров также вызывается мутациями регуляторов хроматина. [84] Таким образом, приобретенные суперэнхансеры могут быть биомаркерами , которые могут быть полезны для диагностики и терапевтического вмешательства. [44]

Белки, обогащенные суперэнхансерами, включают мишени малых молекул, которые нацелены на белки, регулирующие транскрипцию, и были развернуты против рака. [10] [11] [49] [85] Например, суперэнхансеры полагаются на исключительные количества CDK7, и в отношении рака многочисленные статьи сообщают о потере экспрессии их целевых генов, когда клетки обрабатываются ингибитором CDK7 THZ1. [10] [13] [14] [86] Аналогичным образом суперэнхансеры обогащены мишенью малой молекулы JQ1, BRD4, поэтому обработка JQ1 вызывает исключительные потери экспрессии генов, связанных с суперэнхансером. [11]

Идентификация

Суперэнхансеры чаще всего идентифицировались путем обнаружения геномных областей, которые сильно обогащены сигналом ChIP-Seq . Были использованы эксперименты ChIP-Seq, нацеленные на основные факторы транскрипции и кофакторы, такие как Mediator или BRD4, но наиболее часто используются нуклеосомы , помеченные H3K27ac . [3] [5] [11] [87] [88] [89] Программа «ROSE» (Rank Ordering of Super-Enhancers) обычно используется для идентификации суперэнхансеров из данных ChIP-Seq. Эта программа сшивает вместе ранее идентифицированные области энхансеров и ранжирует эти сшитые энхансеры по их сигналу ChIP-Seq. [3] Расстояние сшивания, выбранное для объединения нескольких отдельных энхансеров в более крупные домены, может варьироваться. Поскольку некоторые маркеры активности энхансеров также обогащены промоторами , регионы внутри промоторов генов можно игнорировать. ROSE отделяет супер-энхансеры от типичных энхансеров по их исключительному обогащению признаком активности энхансера. Homer — еще один инструмент, который может идентифицировать супер-энхансеры. [90]

Ссылки

  1. ^ Hnisz D, Abraham BJ, Lee TI, Lau A, Saint-André V, Sigova AA, Hoke HA, Young RA (ноябрь 2013 г.). «Суперусилители в контроле клеточной идентичности и заболеваний». Cell . 155 (4): 934–47. doi :10.1016/j.cell.2013.09.053. PMC  3841062 . PMID  24119843.
  2. ^ Meuleman W, Muratov A, Rynes E, Halow J, Lee K, Bates D, Diegel M, Dunn D, Neri F, Teodosiadis A, Reynolds A, Haugen E, Nelson J, Johnson A, Frerker M, Buckley M, Sandstrom R, Vierstra J, Kaul R, Stamatoyannopoulos J (август 2020 г.). «Индекс и биологический спектр гиперчувствительных участков человеческой ДНКазы I». Nature . 584 (7820): 244–251. Bibcode :2020Natur.584..244M. doi :10.1038/s41586-020-2559-3. PMC 7422677 . PMID  32728217. 
  3. ^ abcdefghij Whyte WA, Orlando DA, Hnisz D, Abraham BJ, Lin CY, Kagey MH, Rahl PB, Lee TI, Young RA (апрель 2013 г.). «Главные факторы транскрипции и медиаторы устанавливают суперэнхансеры в ключевых генах клеточной идентичности». Cell . 153 (2): 307–19. doi :10.1016/j.cell.2013.03.035. PMC 3653129 . PMID  23582322. 
  4. ^ abcdef Parker SC, Stitzel ML, Taylor DL, Orozco JM, Erdos MR, Akiyama JA, van Bueren KL, Chines PS, Narisu N, Black BL, Visel A, Pennacchio LA, Collins FS (октябрь 2013 г.). «Состояния энхансеров растяжения хроматина управляют регуляцией генов, специфичной для клеток, и несут в себе варианты риска заболеваний человека». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 110 (44): 17921–6. Bibcode : 2013PNAS..11017921P. doi : 10.1073/pnas.1317023110 . PMC 3816444. PMID  24127591 . 
  5. ^ abcdefghi Hnisz D, Abraham BJ, Lee TI, Lau A, Saint-André V, Sigova AA, Hoke HA, Young RA (ноябрь 2013 г.). «Суперусилители в контроле клеточной идентичности и заболеваний». Cell . 155 (4): 934–47. doi :10.1016/j.cell.2013.09.053. PMC 3841062 . PMID  24119843. 
  6. ^ ab Tang F, Yang Z, Tan Y, Li Y (2020). «Функция суперусилителя и ее применение в таргетной терапии рака». npj Precis Oncol . 4 : 2. doi :10.1038/s41698-020-0108-z. PMC 7016125. PMID  32128448 . 
  7. ^ Saint-André V, Federation AJ, Lin CY, Abraham BJ, Reddy J, Lee TI, Bradner JE, Young RA (март 2016 г.). «Модели основных схем регуляции транскрипции человека». Genome Research . 26 (3): 385–96. doi :10.1101/gr.197590.115. PMC 4772020 . PMID  26843070. 
  8. ^ Wang M, Chen Q, Wang S, Xie H, Liu J, Huang R, Xiang Y, Jiang Y, Tian D, Bian E (июль 2023 г.). «Комплексы суперэнхансеров увеличивают транскрипцию при раке». J Exp Clin Cancer Res . 42 (1): 183. doi : 10.1186/s13046-023-02763-5 . PMC 10375641. PMID  37501079 . 
  9. ^ Tang SC, Vijayakumar U, Zhang Y, Fullwood MJ (июнь 2022 г.). «Суперусилители, фазово-разделенные конденсаты и трехмерная организация генома при раке». Cancers (Базель) . 14 (12): 2866. doi : 10.3390/cancers14122866 . PMC 9221043. PMID  35740532 . 
  10. ^ abcdef Kwiatkowski N, Zhang T, Rahl PB, Abraham BJ, Reddy J, Ficarro SB и др. (июль 2014 г.). «Нацеливание регуляции транскрипции при раке с помощью ковалентного ингибитора CDK7» (PDF) . Nature . 511 (7511): 616–20. Bibcode :2014Natur.511..616K. doi :10.1038/nature13393. PMC 4244910 . PMID  25043025. 
  11. ^ abcdefg Lovén J, Hoke HA, Lin CY, Lau A, Orlando DA, Vakoc CR, Bradner JE, Lee TI, Young RA (апрель 2013 г.). «Селективное ингибирование онкогенов опухолей путем разрушения суперэнхансеров». Cell . 153 (2): 320–34. doi :10.1016/j.cell.2013.03.036. PMC 3760967 . PMID  23582323. 
  12. ^ ab Доуэн Дж. М., Фан З. П., Хниш Д., Рен Г., Авраам Б. Дж., Чжан Л. Н., Вайнтрауб А. С., Шуйерс Дж., Ли ТИ, Чжао К. Янг РА (октябрь 2014 г.). «Контроль генов идентичности клеток происходит в изолированных районах хромосом млекопитающих». Клетка . 159 (2): 374–87. doi :10.1016/j.cell.2014.09.030. ПМК 4197132 . ПМИД  25303531. 
  13. ^ abc Christensen CL, Kwiatkowski N, Abraham BJ, Carretero J, Al-Shahrour F, Zhang T и др. (декабрь 2014 г.). «Нацеливание транскрипционных зависимостей при мелкоклеточном раке легких с помощью ковалентного ингибитора CDK7». Cancer Cell . 26 (6): 909–22. doi :10.1016/j.ccell.2014.10.019. PMC 4261156 . PMID  25490451. 
  14. ^ abc Chipumuro E, Marco E, Christensen CL, Kwiatkowski N, Zhang T, Hatheway CM, Abraham BJ, Sharma B, Yeung C, Altabef A, Perez-Atayde A, Wong KK, Yuan GC, Gray NS, Young RA, George RE (ноябрь 2014 г.). «Ингибирование CDK7 подавляет связанную с суперэнхансером онкогенную транскрипцию при раке, управляемом MYCN». Cell . 159 (5): 1126–39. doi :10.1016/j.cell.2014.10.024. PMC 4243043 . PMID  25416950. 
  15. ^ Cameron A, Wakelin G, Gaulton N, Young LV, Wotherspoon S, Hodson N, Lees MJ, Moore DR, Johnston AP (декабрь 2022 г.). «Идентификация недоисследованных мезенхимальных и сосудистых клеточных популяций в скелетных мышцах человека». Am J Physiol Cell Physiol . 323 (6): C1586–C1600. doi :10.1152/ajpcell.00364.2022. PMID  36342160.
  16. ^ Ehrlich KC, Paterson HL, Lacey M, Ehrlich M (декабрь 2016 г.). «Гипометилирование ДНК в интрагенном и межгенном энхансерном хроматине мышечно-специфических генов обычно коррелирует с их экспрессией». Yale J Biol Med . 89 (4): 441–455. PMC 5168824. PMID  28018137 . 
  17. ^ Мичида Х, Имото Х, Шинохара Х, Юмото Н, Секи М, Умеда М, Хаяши Т, Никайдо И, Касукава Т, Сузуки Ю, Окада-Хатакяма М (июнь 2020 г.). «Количество факторов транскрипции в энхансере определяет экспрессию гена, подобную переключателю». Представитель ячейки . 31 (9): 107724. doi :10.1016/j.celrep.2020.107724. ПМИД  32492432.
  18. ^ Whyte WA, Orlando DA, Hnisz D, Abraham BJ, Lin CY, Kagey MH, Rahl PB, Lee TI, Young RA (апрель 2013 г.). «Главные факторы транскрипции и медиаторы устанавливают супер-энхансеры в ключевых генах клеточной идентичности». Cell . 153 (2): 307–19. doi :10.1016/j.cell.2013.03.035. PMC 3653129 . PMID  23582322. 
  19. ^ Кеведо М., Меерт Л., Деккер М.Р., Деккерс Д.Х., Брандсма Дж.Х., ван ден Берг Д.Л., Озгюр З., ван Эйкен В.Ф., Деммерс Дж., Форнерод М., Пут Р.А. (июнь 2019 г.). «Партнеры по взаимодействию медиаторного комплекса организуют транскрипционную сеть, которая определяет нервные стволовые клетки». Нат Коммун . 10 (1): 2669. Бибкод : 2019NatCo..10.2669Q. дои : 10.1038/s41467-019-10502-8. ПМК 6573065 . ПМИД  31209209. 
  20. ^ Mills C, Muruganujan A, Ebert D, Marconett CN, Lewinger JP, Thomas PD, Mi H (2020). "PEREGRINE: Геномное предсказание взаимоотношений энхансера и гена, подкрепленное экспериментальными доказательствами". PLOS ONE . 15 (12): e0243791. Bibcode : 2020PLoSO..1543791M. doi : 10.1371/journal.pone.0243791 . PMC 7737992. PMID  33320871 . 
  21. ^ Duffy MJ, O'Grady S, Tang M, Crown J (март 2021 г.). «MYC как цель для лечения рака». Cancer Treat Rev. 94 : 102154. doi : 10.1016/j.ctrv.2021.102154. PMID  33524794.
  22. ^ Schaub FX, Dhankani V, Berger AC, Trivedi M, Richardson AB, Shaw R, Zhao W, Zhang X, Ventura A, Liu Y, Ayer DE, Hurlin PJ, Cherniack AD, Eisenman RN, Bernard B, Grandori C (март 2018 г.). «Панраковые изменения онкогена MYC и его проксимальной сети в атласе генома рака». Cell Syst . 6 (3): 282–300.e2. doi :10.1016/j.cels.2018.03.003. PMC 5892207. PMID 29596783  . 
  23. ^ Schuijers J, Manteiga JC, Weintraub AS, Day DS, Zamudio AV, Hnisz D, Lee TI, Young RA (апрель 2018 г.). «Транскрипционная дисрегуляция MYC выявляет общий механизм стыковки с энхансером». Cell Rep . 23 (2): 349–360. doi :10.1016/j.celrep.2018.03.056. PMC 5929158. PMID  29641996 . 
  24. ^ Hnisz D, Abraham BJ, Lee TI, Lau A, Saint-André V, Sigova AA, Hoke HA, Young RA (ноябрь 2013 г.). «Суперусилители в контроле клеточной идентичности и заболеваний». Cell . 155 (4): 934–47. doi :10.1016/j.cell.2013.09.053. PMC 3841062 . PMID  24119843. 
  25. ^ ab Singh G, Mullany S, Moorthy SD, Zhang R, Mehdi T, Tian R, Duncan AG, Moses AM, Mitchell JA (апрель 2021 г.). «Гибкий репертуар сайтов связывания факторов транскрипции и порог разнообразия определяют активность энхансера в эмбриональных стволовых клетках». Genome Res . 31 (4): 564–575. doi :10.1101/gr.272468.120. PMC 8015845. PMID  33712417 . 
  26. ^ Boyle AP, Davis S, Shulha HP, Meltzer P, Margulies EH, Weng Z, Furey TS, Crawford GE (январь 2008 г.). «Высокоразрешающее картирование и характеристика открытого хроматина в геноме». Cell . 132 (2): 311–22. doi :10.1016/j.cell.2007.12.014. PMC 2669738 . PMID  18243105. 
  27. ^ Williams K, Carrasquilla GD, Ingerslev LR, Hochreuter MY, Hansson S, Pillon NJ, Donkin I, Versteyhe S, Zierath JR, Kilpeläinen TO, Barrès R (ноябрь 2021 г.). «Эпигенетическая перестройка усилителей скелетных мышц после тренировок поддерживает роль в функционировании всего тела и здоровье человека». Mol Metab . 53 : 101290. doi :10.1016/j.molmet.2021.101290. PMC 8355925 . PMID  34252634. 
  28. ^ Stormberg T, Filliaux S, Baughman HE, Komives EA, Lyubchenko YL (сентябрь 2021 г.). «Транскрипционный фактор NF-κB распутывает нуклеосомы». Biochim Biophys Acta Gen Subj . 1865 (9): 129934. doi :10.1016/j.bbagen.2021.129934. PMC 8277743. PMID  34029641 . 
  29. ^ Huang B, Yang XD, Zhou MM, Ozato K, Chen LF (март 2009). «Brd4 коактивирует транскрипционную активацию NF-kappaB через специфическое связывание с ацетилированным RelA». Mol Cell Biol . 29 (5): 1375–87. doi :10.1128/MCB.01365-08. PMC 2643823. PMID  19103749 . 
  30. ^ Devaiah BN, Case-Borden C, Gegonne A, Hsu CH, Chen Q, Meerzaman D, Dey A, Ozato K, Singer DS (июнь 2016 г.). «BRD4 — это ацетилтрансфераза гистонов, которая вытесняет нуклеосомы из хроматина». Nat Struct Mol Biol . 23 (6): 540–8. doi :10.1038/nsmb.3228. PMC 4899182. PMID  27159561 . 
  31. ^ Jang MK, Mochizuki K, Zhou M, Jeong HS, Brady JN, Ozato K (август 2005 г.). «Бромодоменный белок Brd4 является положительным регуляторным компонентом P-TEFb и стимулирует транскрипцию, зависящую от РНК-полимеразы II». Mol Cell . 19 (4): 523–34. doi :10.1016/j.molcel.2005.06.027. PMID  16109376.
  32. ^ Richter WF, Nayak S, Iwasa J, Taatjes DJ (ноябрь 2022 г.). «Комплекс Mediator как главный регулятор транскрипции РНК-полимеразой II». Nat Rev Mol Cell Biol . 23 (11): 732–749. doi : 10.1038/s41580-022-00498-3. PMC 9207880. PMID  35725906. 
  33. ^ Ramasamy S, Aljahani A, Karpinska MA, Cao TB, Velychko T, Cruz JN, Lidschreiber M, Oudelaar AM (июль 2023 г.). «Комплекс Mediator регулирует взаимодействия энхансера и промотора». Nat Struct Mol Biol . 30 (7): 991–1000. doi :10.1038/s41594-023-01027-2. PMC 10352134. PMID  37430065 . 
  34. ^ Banerji J, Rusconi S, Schaffner W (декабрь 1981 г.). «Экспрессия гена бета-глобина усиливается удаленными последовательностями ДНК SV40». Cell . 27 (2 Pt 1): 299–308. doi :10.1016/0092-8674(81)90413-x. PMID  6277502. S2CID  54234674.
  35. ^ Benoist C, Chambon P (март 1981). "Требования к последовательностям in vivo в области раннего промотора SV40". Nature . 290 (5804): 304–10. Bibcode :1981Natur.290..304B. doi :10.1038/290304a0. PMID  6259538. S2CID  4263279.
  36. ^ Gruss P, Dhar R, Khoury G (февраль 1981 г.). "Тандемные повторяющиеся последовательности вируса обезьян 40 как элемент раннего промотора". Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 78 (2): 943–7. Bibcode :1981PNAS...78..943G. doi : 10.1073/pnas.78.2.943 . PMC 319921 . PMID  6262784. 
  37. ^ Эванс Т., Фельзенфельд Г., Рейтман М. (1990). «Контроль транскрипции гена глобина». Annual Review of Cell Biology . 6 : 95–124. doi :10.1146/annurev.cb.06.110190.000523. PMID  2275826.
  38. ^ Cellier M, Belouchi A, Gros P (июнь 1996). «Устойчивость к внутриклеточным инфекциям: сравнительный геномный анализ Nramp». Trends in Genetics . 12 (6): 201–4. doi :10.1016/0168-9525(96)30042-5. PMID  8928221.
  39. ^ Li Q, Peterson KR, Fang X, Stamatoyannopoulos G (ноябрь 2002 г.). «Области контроля локуса». Blood . 100 (9): 3077–86. doi :10.1182/blood-2002-04-1104. PMC 2811695 . PMID  12384402. 
  40. ^ Grosveld F, van Assendelft GB, Greaves DR, Kollias G (декабрь 1987 г.). «Независимая от положения, высокоуровневая экспрессия гена бета-глобина человека у трансгенных мышей». Cell . 51 (6): 975–85. doi :10.1016/0092-8674(87)90584-8. hdl : 1765/2425 . PMID  3690667. S2CID  1150699.
  41. ^ Голтон К.Дж., Наммо Т., Паскуали Л., Саймон Дж.М., Гиреси П.Г., Фогарти М.П. и др. (март 2010 г.). «Карта открытого хроматина в островках поджелудочной железы человека». Природная генетика . 42 (3): 255–9. дои : 10.1038/нг.530. ПМЦ 2828505 . ПМИД  20118932. 
  42. ^ Кох Ф., Фенуй Р., Гут М., Коши П., Альберт Т.К., Закариас-Кабеса Дж., Спикуглиа С., де ла Шапель А.Л., Хайдеманн М., Хинтермайр С., Эйк Д., Гут I, Ферье П., Андрау Дж.К. (август 2011 г.) . «Платформы инициации транскрипции и рекрутирование GTF на тканеспецифичных энхансерах и промоторах». Структурная и молекулярная биология природы . 18 (8): 956–63. дои : 10.1038/nsmb.2085. PMID  21765417. S2CID  12778976.
  43. ^ abc Pott S, Lieb JD (январь 2015). «Что такое суперэнхансеры?». Nature Genetics . 47 (1): 8–12. doi :10.1038/ng.3167. PMID  25547603. S2CID  205349376.
  44. ^ abcdefgh Hnisz D, Schuijers J, Lin CY, Weintraub AS, Abraham BJ, Lee TI, Bradner JE, Young RA (апрель 2015 г.). «Конвергенция сигнальных путей развития и онкогенных сигналов в транскрипционных суперэнхансерах». Molecular Cell . 58 (2): 362–70. doi :10.1016/j.molcel.2015.02.014. PMC 4402134 . PMID  25801169. 
  45. ^ Di Micco R, Fontanals-Cirera B, Low V, Ntziachristos P, Yuen SK, Lovell CD и др. (октябрь 2014 г.). «Контроль идентичности эмбриональных стволовых клеток с помощью BRD4-зависимого транскрипционного удлинения генов плюрипотентности, ассоциированных с суперэнхансерами». Cell Reports . 9 (1): 234–47. doi :10.1016/j.celrep.2014.08.055. PMC 4317728 . PMID  25263550. 
  46. ^ ab Ji X, Дадон Д.Б., Пауэлл Б.Е., Фан З.П., Борхес-Ривера Д., Шачар С., Вайнтрауб А.С., Хниш Д., Пегораро Г., Ли Т.И., Мистели Т., Джениш Р., Янг Р.А. (февраль 2016 г.). «Трехмерный ландшафт регуляции хромосом в плюрипотентных клетках человека». Клеточная стволовая клетка . 18 (2): 262–75. дои :10.1016/j.stem.2015.11.007. ПМЦ 4848748 . ПМИД  26686465. 
  47. ^ Tsankov AM, Gu H, Akopian V, Ziller MJ, Donaghey J, Amit I, Gnirke A, Meissner A (февраль 2015 г.). "Динамика связывания факторов транскрипции во время дифференцировки эмбриональных стволовых клеток человека". Nature . 518 (7539): 344–9. Bibcode :2015Natur.518..344T. doi :10.1038/nature14233. PMC 4499331 . PMID  25693565. 
  48. ^ Fang Z, Hecklau K, Gross F, Bachmann I, Venzke M, Karl M, Schuchhardt J, Radbruch A, Herzel H, Baumgrass R (ноябрь 2015 г.). «Области, совместно занятые транскрипционными факторами в геноме мышей, представляют собой усилители, специфичные для подтипа Т-хелперных клеток». European Journal of Immunology . 45 (11): 3150–7. doi : 10.1002/eji.201545713 . PMID  26300430.
  49. ^ abc Vahedi G, Kanno Y, Furumoto Y, Jiang K, Parker SC, Erdos MR, Davis SR, Roychoudhuri R, Restifo NP, Gadina M, Tang Z, Ruan Y, Collins FS, Sartorelli V, O'Shea JJ (апрель 2015 г.). "Суперэнхансеры очерчивают регуляторные узлы, связанные с заболеваниями, в Т-клетках". Nature . 520 (7548): 558–62. Bibcode :2015Natur.520..558V. doi :10.1038/nature14154. PMC 4409450 . PMID  25686607. 
  50. ^ Koues OI, Kowalewski RA, Chang LW, Pyfrom SC, Schmidt JA, Luo H, Sandoval LE, Hughes TB, Bednarski JJ, Cashen AF, Payton JE, Oltz EM (январь 2015 г.). «Варианты последовательности усилителя и дерегуляция фактора транскрипции действуют синергетически, создавая патогенные регуляторные контуры при В-клеточной лимфоме». Immunity . 42 (1): 186–98. doi :10.1016/j.immuni.2014.12.021. PMC 4302272 . PMID  25607463. 
  51. ^ Адам RC, Янг Х, Роковиц С, Ларсен СБ, Николова М, Ористиан ДС, Полак Л, Кададжа М, Асаре А, Чжэн Д, Фукс Э (май 2015 г.). «Пионерские факторы управляют динамикой супер-энхансеров в пластичности стволовых клеток и выборе линии». Nature . 521 (7552): 366–70. Bibcode :2015Natur.521..366A. doi :10.1038/nature14289. PMC 4482136 . PMID  25799994. 
  52. ^ Siersbæk R, Baek S, Rabiee A, Nielsen R, Traynor S, Clark N, Sandelin A, Jensen ON, Sung MH, Hager GL, Mandrup S (июнь 2014 г.). «Молекулярная архитектура точек транскрипционных факторов в раннем адипогенезе». Cell Reports . 7 (5): 1434–42. doi :10.1016/j.celrep.2014.04.043. PMC 6360525 . PMID  24857666. 
  53. ^ Siersbæk R, Rabiee A, Nielsen R, Sidoli S, Traynor S, Loft A, La Cour Poulsen L, Rogowska-Wrzesinska A, Jensen ON, Mandrup S (июнь 2014 г.). «Кооперативность факторов транскрипции в ранних адипогенных горячих точках и супер-энхансерах». Cell Reports . 7 (5): 1443–55. doi : 10.1016/j.celrep.2014.04.042 . PMID  24857652.
  54. ^ Harms MJ, Ishibashi J, Wang W, Lim HW, Goyama S, Sato T и др. (апрель 2014 г.). «Prdm16 необходим для поддержания идентичности и функции бурых адипоцитов у взрослых мышей». Cell Metabolism . 19 (4): 593–604. doi :10.1016/j.cmet.2014.03.007. PMC 4012340 . PMID  24703692. 
  55. ^ Лофт А, Форсс I, Сирсбек М.С., Шмидт С.Ф., Ларсен А.С., Мэдсен Дж.Г., Пизани Д.Ф., Нильсен Р., Агаард М.М., Мэтисон А., Невилл М.Дж., Уррутия Р., Карпе Ф., Амри Э.З., Мандруп С. (январь 2015 г.). «Потемнение адипоцитов человека требует KLF11 и перепрограммирования суперэнхансеров PPARγ». Гены и развитие . 29 (1): 7–22. дои : 10.1101/gad.250829.114. ПМЦ 4281566 . ПМИД  25504365. 
  56. ^ аб Паскуали Л., Голтон К.Дж., Родригес-Сеги С.А., Муларони Л., Мигель-Эскалада I, Акерман I и др. (февраль 2014 г.). «Кластеры энхансеров островков поджелудочной железы, обогащенные вариантами, связанными с риском диабета 2 типа». Природная генетика . 46 (2): 136–43. дои : 10.1038/ng.2870. ПМЦ 3935450 . ПМИД  24413736. 
  57. ^ Liu CF, Lefebvre V (сентябрь 2015 г.). «Транскрипционные факторы SOX9 и SOX5/SOX6 взаимодействуют по всему геному через супер-энхансеры, управляя хондрогенезом». Nucleic Acids Research . 43 (17): 8183–203. doi :10.1093/nar/gkv688. PMC 4787819. PMID  26150426 . 
  58. ^ Ohba S, He X, Hojo H, McMahon AP (июль 2015 г.). «Отдельные программы транскрипции лежат в основе регуляции Sox9 хондроцитов млекопитающих». Cell Reports . 12 (2): 229–43. doi :10.1016/j.celrep.2015.06.013. PMC 4504750 . PMID  26146088. 
  59. ^ аб Кайкконен М.Ю., Нисканен Х., Романоски CE, Кансанен Э., Кивеля А.М., Лайталайнен Дж., Хайнц С., Беннер С., Гласс С.К., Юля-Херттуала С. (ноябрь 2014 г.). «Контроль программ транскрипции VEGF-A путем приостановки и компартментализации генома». Исследования нуклеиновых кислот . 42 (20): 12570–84. дои : 10.1093/nar/gku1036. ПМЦ 4227755 . ПМИД  25352550. 
  60. ^ Gosselin D, Link VM, Romanoski CE, Fonseca GJ, Eichenfield DZ, Spann NJ, Stender JD, Chun HB, Garner H, Geissmann F, Glass CK (декабрь 2014 г.). «Окружающая среда управляет выбором и функцией усилителей, контролирующих тканеспецифическую идентичность макрофагов». Cell . 159 (6): 1327–40. doi :10.1016/j.cell.2014.11.023. PMC 4364385 . PMID  25480297. 
  61. ^ Sun J, Rockowitz S, Xie Q, Ashery-Padan R, Zheng D, Cvekl A (август 2015 г.). «Идентификация in vivo механизмов связывания ДНК Pax6 и реконструкция зависимых от Pax6 сетей регуляции генов во время развития переднего мозга и хрусталика». Nucleic Acids Research . 43 (14): 6827–46. doi :10.1093/nar/gkv589. PMC 4538810. PMID  26138486 . 
  62. ^ Beagrie RA, Scialdone A, Schueler M, Kraemer DC, Chotalia M, Xie SQ, Barbieri M, de Santiago I, Lavitas LM, Branco MR, Fraser J, Dostie J, Game L, Dillon N, Edwards PA, Nicodemi M, Pombo A (март 2017 г.). «Сложные мультиэнхансерные контакты, зафиксированные с помощью картирования архитектуры генома (GAM)». Nature . 543 (7646): 519–524. Bibcode :2017Natur.543..519B. doi :10.1038/nature21411. PMC 5366070 . PMID  28273065. 
  63. ^ Кинодоз С.А., Олликайнен Н., Табак Б., Палла А., Шмидт Дж.М., Детмар Э., Лай М.М., Шишкин А.А., Бхат П., Такей Ю., Трин В., Азнаурян Е., Рассел П., Ченг С., Йованович М., Чоу А., Кай Л., Макдонел П., Гарбер М., Гуттман М. (июнь 2018 г.). «Межхромосомные концентраторы высшего порядка формируют трехмерную организацию генома в ядре». Клетка . 174 (3): 744–757. дои : 10.1016/j.cell.2018.05.024. ПМК 6548320 . ПМИД  29887377. 
  64. ^ Joo JY, Schaukowitch K, Farbiak L, Kilaru G, Kim TK (январь 2016 г.). «Стимул-специфическая комбинаторная функциональность нейронных усилителей c-fos». Nature Neuroscience . 19 (1): 75–83. doi :10.1038/nn.4170. PMC 4696896 . PMID  26595656. 
  65. ^ Херранц Д., Амбези-Импиомбато А., Паломеро Т., Шнелл С.А., Белвер Л., Вендорф А.А., Сюй Л., Кастильо-Мартин М., Льобет-Навас Д., Кордон-Кардо С., Клаппье Е., Сулье Дж., Феррандо А.А. (октябрь 2014 г.) ). «Усилитель MYC, управляемый NOTCH1, способствует развитию, трансформации Т-клеток и острому лимфобластному лейкозу». Природная медицина . 20 (10): 1130–7. дои : 10.1038/нм.3665. ПМК 4192073 . ПМИД  25194570. 
  66. ^ Wang H, Zang C, Taing L, Arnett KL, Wong YJ, Pear WS, Blacklow SC, Liu XS, Aster JC (январь 2014 г.). «Комплексы NOTCH1-RBPJ управляют экспрессией целевых генов посредством динамических взаимодействий с суперэнхансерами». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 111 (2): 705–10. Bibcode : 2014PNAS..111..705W. doi : 10.1073 /pnas.1315023111 . PMC 3896193. PMID  24374627. 
  67. ^ Yashiro-Ohtani Y, Wang H, Zang C, Arnett KL, Bailis W, Ho Y и др. (ноябрь 2014 г.). «Активность энхансера дальнего действия определяет чувствительность Myc к ингибиторам Notch при лейкемии Т-клеток». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 111 (46): E4946-53. Bibcode : 2014PNAS..111E4946Y. doi : 10.1073/pnas.1407079111 . PMC 4246292. PMID  25369933 . 
  68. ^ ab Hnisz D, Weintraub AS, Day DS, Valton AL, Bak RO, Li CH, Goldmann J, Lajoie BR, Fan ZP, Sigova AA, Reddy J, Borges-Rivera D, Lee TI, Jaenisch R, Porteus MH, Dekker J, Young RA (март 2016 г.). «Активация протоонкогенов путем нарушения хромосомных окрестностей». Science . 351 (6280): 1454–8. Bibcode :2016Sci...351.1454H. doi :10.1126/science.aad9024. PMC 4884612 . PMID  26940867. 
  69. ^ ab Mansour MR, Abraham BJ, Anders L, Berezovskaya A, Gutierrez A, Durbin AD, Etchin J, Lawton L, Sallan SE, Silverman LB, Loh ML, Hunger SP, Sanda T, Young RA, Look AT (декабрь 2014 г.). "Регуляция онкогенов. Онкогенный суперэнхансер, образованный посредством соматической мутации некодирующего межгенного элемента". Science . 346 (6215): 1373–7. doi :10.1126/science.1259037. PMC 4720521 . PMID  25394790. 
  70. ^ Cavalli G, Hayashi M, Jin Y, Yorgov D, Santorico SA, Holcomb C, Rastrou M, Erlich H, Tengesdal IW, Dagna L, Neff CP, Palmer BE, Spritz RA, Dinarello CA (февраль 2016 г.). «Суперэнхансер MHC II класса увеличивает поверхностную экспрессию HLA-DR и HLA-DQ и влияет на выработку цитокинов при аутоиммунном витилиго». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 113 (5): 1363–8. Bibcode : 2016PNAS..113.1363C. doi : 10.1073/pnas.1523482113 . PMC 4747741. PMID  26787888 . 
  71. ^ Farh KK, Marson A, Zhu J, Kleinewietfeld M, Housley WJ, Beik S, Shoresh N, Whitton H, Ryan RJ, Shishkin AA, Hatan M, Carrasco-Alfonso MJ, Mayer D, Luckey CJ, Patsopoulos NA, De Jager PL, Kuchroo VK, Epstein CB, Daly MJ, Hafler DA, Bernstein BE (февраль 2015 г.). «Генетическое и эпигенетическое точное картирование причинных вариантов аутоиммунных заболеваний». Nature . 518 (7539): 337–43. Bibcode :2015Natur.518..337F. doi :10.1038/nature13835. PMC 4336207 . PMID  25363779. 
  72. ^ Weinstein JS, Lezon-Geyda K, Maksimova Y, Craft S, Zhang Y, Su M, Schulz VP, Craft J, Gallagher PG (декабрь 2014 г.). «Глобальный анализ транскриптома и ландшафт энхансеров первичных фолликулярных хелперных Т-лимфоцитов человека и эффекторных Т-лимфоцитов». Blood . 124 (25): 3719–29. doi :10.1182/blood-2014-06-582700. PMC 4263981 . PMID  25331115. 
  73. ^ Oldridge DA, Wood AC, Weichert-Leahey N, Crimmins I, Sussman R, Winter C и др. (декабрь 2015 г.). «Генетическая предрасположенность к нейробластоме, опосредованная полиморфизмом суперэнхансера LMO1». Nature . 528 (7582): 418–21. Bibcode :2015Natur.528..418O. doi :10.1038/nature15540. PMC 4775078 . PMID  26560027. 
  74. ^ Affer M, Chesi M, Chen WD, Keats JJ, Demchenko YN, Tamizhmani K, Garbitt VM, Riggs DL, Brents LA, Roschke AV, Van Wier S, Fonseca R, Bergsagel PL, Kuehl WM (август 2014 г.). «Неразборчивые перестройки локуса MYC захватывают энхансеры, но в основном суперэнхансеры, чтобы нарушить регуляцию экспрессии MYC при множественной миеломе». Leukemia . 28 (8): 1725–35. doi :10.1038/leu.2014.70. PMC 4126852 . PMID  24518206. 
  75. ^ Drier Y, Cotton MJ, Williamson KE, Gillespie SM, Ryan RJ, Kluk MJ и др. (март 2016 г.). «Онкогенная петля обратной связи MYB управляет альтернативными судьбами клеток при аденоидно-кистозной карциноме». Nature Genetics . 48 (3): 265–72. doi :10.1038/ng.3502. PMC 4767593 . PMID  26829750. 
  76. ^ Northcott PA, Lee C, Zichner T, Stütz AM, Erkek S, Kawauchi D и др. (Июль 2014 г.). «Перехват энхансера активирует онкогены семейства GFI1 при медуллобластоме». Nature . 511 (7510): 428–34. Bibcode :2014Natur.511..428N. doi :10.1038/nature13379. PMC 4201514 . PMID  25043047. 
  77. ^ Walker BA, Wardell CP, Brioli A, Boyle E, Kaiser MF, Begum DB, Dahir NB, Johnson DC, Ross FM, Davies FE, Morgan GJ (14 марта 2014 г.). «Транслокации в 8q24 сопоставляют MYC с генами, содержащими суперэнхансеры, что приводит к сверхэкспрессии и плохому прогнозу у пациентов с миеломой». Blood Cancer Journal . 4 (3): e191. doi :10.1038/bcj.2014.13. PMC 3972699 . PMID  24632883. 
  78. ^ Gröschel S, Sanders MA, Hoogenboezem R, de Wit E, Bouwman BA, Erpelinck C и др. (апрель 2014 г.). «Однократная перестройка онкогенного энхансера вызывает сопутствующую дерегуляцию EVI1 и GATA2 при лейкемии». Cell . 157 (2): 369–81. doi : 10.1016/j.cell.2014.02.019 . PMID  24703711.
  79. ^ Shi J, Whyte WA, Zepeda-Mendoza CJ, Milazzo JP, Shen C, Roe JS и др. (декабрь 2013 г.). «Роль SWI/SNF в поддержании острого лейкоза и регуляции Myc, опосредованной усилителями». Genes & Development . 27 (24): 2648–62. doi :10.1101/gad.232710.113. PMC 3877755 . PMID  24285714. 
  80. ^ Kennedy AL, Vallurupalli M, Chen L, Crompton B, Cowley G, Vazquez F, Weir BA, Tsherniak A, Parasuraman S, Kim S, Alexe G, Stegmaier K (октябрь 2015 г.). «Функциональный, химический геномный и супер-энхансерный скрининг определяют чувствительность к ингибированию пути циклина D1/CDK4 при саркоме Юинга». Oncotarget . 6 (30): 30178–93. doi :10.18632/oncotarget.4903. PMC 4745789 . PMID  26337082. 
  81. ^ Tomazou EM, Sheffield NC, Schmidl C, Schuster M, Schönegger A, Datlinger P, Kubicek S, Bock C, Kovar H (февраль 2015 г.). «Картирование эпигенома выявляет различные режимы регуляции генов и широко распространенное перепрограммирование энхансеров с помощью онкогенного слитого белка EWS-FLI1». Cell Reports . 10 (7): 1082–95. doi :10.1016/j.celrep.2015.01.042. PMC 4542316 . PMID  25704812. 
  82. ^ Nabet B, Ó Broin P, Reyes JM, Shieh K, Lin CY, Will CM, Popovic R, Ezponda T, Bradner JE, Golden AA, Licht JD (август 2015 г.). «Дерегуляция оси сигнализации Ras-Erk модулирует ландшафт усилителей». Cell Reports . 12 (8): 1300–13. doi : 10.1016/j.celrep.2015.06.078 . PMC 4551578. PMID  26279576 . 
  83. ^ Zhang X, Choi PS, Francis JM, Imielinski M, Watanabe H, Cherniack AD, Meyerson M (февраль 2016 г.). «Идентификация фокально усиленных линейных-специфичных супер-энхансеров в эпителиальных раковых заболеваниях человека». Nature Genetics . 48 (2): 176–82. doi :10.1038/ng.3470. PMC 4857881 . PMID  26656844. 
  84. ^ Hodges HC, Stanton BZ, Cermakova K, Chang CY, Miller EL, Kirkland JG, Ku WL, Veverka V, Zhao K, Crabtree GR (январь 2018 г.). «Доминантно-отрицательные мутанты SMARCA4 изменяют ландшафт доступности энхансеров, не ограниченных тканью». Nature Structural & Molecular Biology . 25 (1): 61–72. doi :10.1038/s41594-017-0007-3. PMC 5909405 . PMID  29323272. 
  85. ^ Porcher C (апрель 2015 г.). «К лучшему пониманию читателей ацетил-лизина». Blood . 125 (18): 2739–41. doi : 10.1182/blood-2015-03-630830 . PMID  25931578.
  86. ^ Wang Y, Zhang T, Kwiatkowski N, Abraham BJ, Lee TI, Xie S, Yuzugullu H, Von T, Li H, Lin Z, Stover DG, Lim E, Wang ZC, Iglehart JD, Young RA, Gray NS, Zhao JJ (сентябрь 2015 г.). "CDK7-зависимая транскрипционная зависимость при тройном негативном раке груди". Cell . 163 (1): 174–86. doi : 10.1016/j.cell.2015.08.063 . PMC 4583659 . PMID  26406377. 
  87. ^ Wei Y, Zhang S, Shang S, Zhang B, Li S, Wang X, Wang F, Su J, Wu Q, Liu H, Zhang Y (январь 2016 г.). "SEA: архив супер-энхансеров". Nucleic Acids Research . 44 (D1): D172-9. doi :10.1093/nar/gkv1243. PMC 4702879. PMID  26578594 . 
  88. ^ Хан А, Чжан X (январь 2016 г.). "dbSUPER: база данных суперэнхансеров в геноме мыши и человека". Nucleic Acids Research . 44 (D1): D164-71. doi :10.1093/nar/gkv1002. PMC 4702767. PMID  26438538 . 
  89. ^ Creyghton MP, Cheng AW, Welstead GG, Kooistra T, Carey BW, Steine ​​EJ, Hanna J, Lodato MA, Frampton GM, Sharp PA, Boyer LA, Young RA, Jaenisch R (декабрь 2010 г.). «Гистон H3K27ac отделяет активные энхансеры от готовых и предсказывает состояние развития». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 107 (50): 21931–6. doi : 10.1073/pnas.1016071107 . PMC 3003124. PMID  21106759 . 
  90. ^ Heinz S, Benner C, Spann N, Bertolino E, Lin YC, Laslo P, Cheng JX, Murre C, Singh H, Glass CK (май 2010 г.). «Простые комбинации факторов транскрипции, определяющих принадлежность к линии, и основные цис-регуляторные элементы, необходимые для идентичности макрофагов и В-клеток». Molecular Cell . 38 (4): 576–89. doi :10.1016/j.molcel.2010.05.004. PMC 2898526 . PMID  20513432. 
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Super-enhancer&oldid=1250031800"