SmY РНК
| SmY сплайсосомная РНК | |
|---|---|
 Консенсусная вторичная структура РНК SmY. Количество замен пар оснований, наблюдаемых в 68 структурно выровненных последовательностях в выравнивании затравок Rfam, показано для каждой пары оснований, иллюстрируя обширную поддержку этой предсказанной структуры. [1] | |
| Идентификаторы | |
| Символ | СмИ |
| Рфам | РФ01844 |
| Другие данные | |
| Тип РНК | мяРНК, сплайсинг |
| Домены | Хромадорея |
| Структуры PDB | ПДБе |
SmY рибонуклеиновые кислоты ( SmY РНК ) — это семейство малых ядерных РНК, обнаруженных у некоторых видов нематод . Считается, что они участвуют в транс-сплайсинге мРНК .
Длина РНК SmY составляет около 70–90 нуклеотидов , и они имеют общую вторичную структуру с двумя петлями-стеблями, фланкирующими консенсусный сайт связывания для белка Sm . [2] [3] Белок Sm является общим компонентом сплайсосомных snRNP .
SmY РНК были обнаружены у нематод класса Chromadorea , который включает в себя наиболее часто изучаемые нематоды (такие как Caenorhabditis , Pristionchus и Ascaris ), но не у более отдаленно родственной Trichinella spiralis в классе Dorylaimia . Количество генов SmY у каждого вида варьируется, при этом большинство видов Caenorhabditis и Pristionchus имеют 10–26 связанных паралогичных копий, в то время как другие нематоды имеют 1–5. [1]
Открытие
Первая РНК SmY была обнаружена в 1996 году в очищенных препаратах сплайсосомы Ascaris lumbricoides , как и другая, называемая РНК SmX, которая не является обнаруживаемой гомологией SmY. [2] Двенадцать гомологов SmY были идентифицированы вычислительным путем в Caenorhabditis elegans и десять в Caenorhabditis briggsae . [3] Несколько транскриптов из этих генов SmY были клонированы и секвенированы в систематическом исследовании небольших некодирующих транскриптов РНК в C. elegans . [4]
Систематическое исследование транскриптов 2,2,7-триметилгуанозина (TMG) 5' capped в C.elegans с использованием антител против TMG идентифицировало два транскрипта SmY capped TMG. [5] Анализ последовательности потенциальных сайтов связывания Sm в этих транскриптах показал, что транскрипты SmY, U5 snRNA , U3 snoRNA и сплайсированные лидерные РНК ( SL1 и SL2 ) содержат очень похожую консенсусную последовательность связывания SM (AAU 4–5 GGA ). Предсказанные сайты связывания SM, идентифицированные в транскриптах snRNA U1 , U2 и U4, отличались от этого консенсуса. [5]
Функция
В C. elegans РНК SmY ко-очищаются со сплайсосомой и с белками Sm, SL75p и SL26p, в то время как лучше охарактеризованная РНК транс-сплайсинга SL1 C. elegans ко-очищается в комплексе с Sm, SL75p и SL21p ( паралог SL26p). [2] [3] Потеря функции либо SL21p, либо SL26p по отдельности вызывает только слабый фенотип , чувствительный к холоду , тогда как отключение обоих является летальным, как и отключение SL75p. На основании этих результатов считается, что РНК SmY выполняют функцию транс-сплайсинга.
Ссылки
- ^ abc Джонс Т.А., Отто В., Марц М., Эдди С.Р., Стадлер П.Ф. (2009). «Обзор SmY-РНК нематод». РНК Биол . 6 (1): 5– 8. дои : 10.4161/rna.6.1.7634 . ПМИД 19106623.
- ^ abc Maroney PA, Yu YT, Jankowska M, Nilsen TW (август 1996 г.). «Прямой анализ цис- и транс-сплайсосом нематод: функциональная роль U5 snRNA в транс-сплайсинге добавления сплайсированного лидера и идентификация новых Sm snRNP». РНК . 2 (8): 735–745 . PMC 1369411. PMID 8752084 .
- ^ abc MacMorris M, Kumar M, Lasda E, Larsen A, Kraemer B, Blumenthal T (апрель 2007 г.). «Новое семейство snRNP C. elegans содержит белки, связанные с транс-сплайсингом». RNA . 13 (4): 511– 520. doi :10.1261/rna.426707. PMC 1831854 . PMID 17283210.
- ^ Дэн В., Чжу Х., Скогербё Г. и др. (январь 2006 г.). «Организация малого некодирующего транскриптома Caenorhabditis elegans: геномные особенности, биогенез и экспрессия». Genome Research . 16 (1): 20–29 . doi :10.1101/gr.4139206. PMC 1356125 . PMID 16344563.
- ^ ab Jia D, Cai L, He H, Skogerbø G, Li T, Aftab N, Chen R (сентябрь 2007 г.). "Систематическая идентификация некодирующих структур РНК 2,2,7-триметилгуанозина в Caenorhabditis elegans". BMC Molecular Biology . 8 : 86. doi : 10.1186/1471-2199-8-86 . PMC 2200864. PMID 17903271 .
Внешние ссылки
- Страница для сплайсосомальной РНК SmY в Rfam
