SciCrunch

SciCrunch — это совместно редактируемая база знаний о научных ресурсах. Это общественный портал для исследователей и система управления контентом для данных и баз данных. Он предназначен для предоставления общего источника данных для исследовательского сообщества и данных об идентификаторах исследовательских ресурсов ( RRID ), которые могут использоваться в научных публикациях . После запуска в качестве пилотного проекта двух журналов в 2014 году к 2022 году их использовали более 1000 журналов, и более полумиллиона RRID были процитированы в научной литературе. [1] В некотором отношении он предназначен для научных и академических публикаций, подобно тому, чем Wikidata является для проектов Фонда Викимедиа . SciCrunch, размещенный в Калифорнийском университете в Сан-Диего , также был разработан, чтобы помочь сообществам исследователей создавать свои собственные порталы для предоставления доступа к ресурсам, базам данных и инструментам, имеющим отношение к их исследовательским областям [2]

Идентификаторы исследовательских ресурсов

Идентификаторы исследовательских ресурсов (RRID) являются глобально уникальными и постоянными. [3]Они были введены и продвигаются Инициативой по идентификации ресурсов . [3] Ресурсы в этом контексте — это исследовательские ресурсы, такие как реагенты, инструменты или материалы. [3] [4] Примером такого ресурса может быть клеточная линия, используемая в эксперименте, или программный инструмент, используемый в вычислительном анализе.Портал идентификации ресурсов (https://scicrunch.org/resources) был создан в поддержку этой инициативы и является центральной службой, где эти идентификаторы можно искать и создавать. [3] [5] Эти идентификаторы должны быть полностью доступны для поиска с помощью интеллектуального анализа данных , в отличие от дополнительных файлов, и могут обновляться до новых версий по мере изменения базовой методологии с течением времени.

Формат ссылок RRID

Рекомендации по цитированию исследовательских ресурсов приведены ниже для ключевых биологических ресурсов:

  • Антитело: Millipore Cat# MAB377 (партия) RRID:AB_2298772
  • Модельный организм: NXR Cat# 1049, RRID:NXR_1049.
  • Линия клеток: Coriell Cat# GM03745, RRID:CVCL_1H60
  • Плазмиды: плазмида pMD2.G, RRID:Addgene_12259
  • Биообразцы: женщина без диабета, HPAP, Cat# HPAP-066, RRID:SAMN19842595.
  • Инструменты: программное обеспечение для анализа изображений CellProfiler, (версия или дата) RRID:SCR_007358

Портал идентификации ресурсов содержит список существующих RRID и инструкции по созданию нового RRID, если соответствующего ресурсу RRID еще не существует.

Особенности RRID

Описание: Каждый RRID содержит идентификатор, тип, URL и имя. Существуют сотни других атрибутов, но большинство из них специфичны для типа, например, RRID типа антител включают атрибут, называемый клональностью, указывающий, является ли реагент моноклональным или поликлональным, в то время как клеточные линии имеют атрибут «родительская клеточная линия», указывающий происхождение описываемой клеточной линии.

Цитаты RRID: RRID обозначают те исследовательские ресурсы, которые использовались при проведении исследования. Они не предназначены для случайных ссылок. RRID, которые использовались в научных работах, были извлечены из литературы с использованием как автоматизированных инструментов [6] , так и полуавтоматических инструментов благодаря партнерству с Hypothes.is . Данные, которые определяют, какая статья цитирует определенный RRID, обычно доступны на странице решателя для этого RRID, например: https://scicrunch.org/resolver/CVCL_0038 показывает список из 44 статей (по состоянию на 11 апреля 2023 г.), которые использовали эту клеточную линию в исследовании. Каждая ссылка будет показывать, как авторы использовали RRID, включая короткий фрагмент предложения, в котором ресурс определяется авторами.

Внешние службы распознавания для RRID: преобразователь имен в вещи из Калифорнийской цифровой библиотеки может распознавать любые RRID, используя следующий шаблон https://n2t.net/[RRID], пример https://n2t.net/RRID:NXR_1049

Резолвер Identifiers.org также может преобразовать любой RRID, используя следующий шаблон https://identifiers.org/RRID/[RRID], например https://identifiers.org/RRID/RRID:NXR_1049

Учреждения и издатели, рекомендующие использовать RRID

Ряд издательств, инициатив и исследовательских институтов поощряют использование RRID SciCrunch: Common Citation Format Article in Nature, [7] Cell Press , eLife , FORCE11 , Frontiers Media , [8] GigaScience , [9] MIRIAM Registry , [10] NIH , [11] PLOS Biology и PLOS Genetics . [12]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Бандровски, Анита (2022). «Десятилетие GigaScience: чему можно научиться из полумиллиона RRID в научной литературе?». GigaScience . 11 . doi :10.1093/gigascience/giac058. ISSN  2047-217X. PMC  9197678 . PMID  35701373.
  2. ^ Джеффри, Грете; Анита, Бандровски; Дэвис, Бэнкс; Кристофер, Кондит; Амарнат, Гупта; Стивен, Ларсон; Юэлин, Ли; Ибрагим, Озюрт; Андреа, Стагг; Патрисия, Ветцель; Луис, Маренко; Перри, Миллер; Риксин, Ван; Гордон, Шепард; Мэрианн, Мартон (2014). "SciCrunch: кооперативная и совместная платформа для поиска данных и ресурсов для научных сообществ". Frontiers in Neuroinformatics . 8 . doi : 10.3389/conf.fninf.2014.18.00069 .
  3. ^ abcd Бандровски, Анита; Браш, Мэтью; Грете, Джеффри С.; Гендель, Мелисса А.; Кеннеди, Дэвид Н.; Хилл, Шон; Хоф, Патрик Р.; Мартоне, Мэрианн Э.; Полс, Майке; Тан, Серена; Вашингтон, Николь; Зудилова-Сейнстра, Елена; Василевский, Николь (19 ноября 2015 г.). «Инициатива по идентификации ресурсов: культурный сдвиг в издательском деле». F1000Research . 2. 4 (134): 134. doi : 10.12688/f1000research.6555.2 . PMC 4648211. PMID  26594330 . 
  4. ^ «Что такое ресурс?». scicrunch.org . SciCrunch . Получено 11 апреля 2023 г. .
  5. ^ "Портал идентификации ресурсов". scicrunch.org . SciCrunch . Получено 11 апреля 2023 г. .
  6. ^ Озюрт (2016). «Ресурсный дезинтегратор для Интернета: извлечение биомедицинских ресурсов и их цитат из научной литературы». PLoS One . 11 (1): e0146300. Bibcode : 2016PLoSO..1146300O. doi : 10.1371/journal.pone.0146300 . PMC 5156472. PMID  26730820 . 
  7. ^ Сингх Чавла, Далмит (29 мая 2015 г.). «Исследователи выступают за стандартный формат цитирования лабораторных ресурсов». Nature . doi :10.1038/nature.2015.17652. S2CID  211730637.
  8. ^ "Frontiers Author Guidelines". Frontiers . Получено 19 апреля 2016 г. .
  9. ^ "Техническая записка | GigaScience | Oxford Academic". academic.oup.com . Получено 15 июля 2019 г. .
  10. ^ "identifiers.org". Сбор данных: RRID . Проверено 18 апреля 2016 г.
  11. ^ "NIDA поддерживает SciCrunch и RRIDs в обеспечении видимости исследовательских ресурсов в науке". FORCE11 . 2016-03-07 . Получено 18 апреля 2016 г.
  12. ^ «Представляем Инициативу по идентификации исследовательских ресурсов в PLOS Biology и PLOS Genetics». PLOS Biologue . 29 января 2015 г.
  • Официальный сайт
  • полный список институтов и издательств
  • RRID-резолвер
  • Узнайте больше о SciCrunch и RRID: интервью с доктором Анитой Бандровски
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=SciCrunch&oldid=1194535545"