Малая специфическая РНК тельца Кахала

Специфическая РНК малых телец Кахала 1
Специфическая РНК малых телец Кахала 1
	Предсказанная вторичная структура РНК, специфичной для малых телец Кахаля 1
Идентификаторы
Символ	СКАРНА1
Рфам	РФ00553
Другие данные
Тип РНК	ген , мяРНК , мяРНК , скаРНК;
Домены	Позвоночные
Структуры PDB	ПДБе

РНК-семейство

Малые РНК, специфичные для тельца Кахаля ( scaRNAs ), представляют собой класс малых ядрышковых РНК (snoRNAs), которые специфически локализуются в тельце Кахаля , ядерной органелле (клеточной суборганелле), участвующей в биогенезе малых ядерных рибонуклеопротеинов (snRNPs или snurps). ScaRNAs направляют модификацию ( метилирование и псевдоуридилирование ) транскрибированных РНК-полимеразой II сплайсосомных РНК U1 , U2 , U4 , U5 и U12 .

Первой идентифицированной scaRNA была U85. ^[1] Она отличается от типичных snoRNA тем, что является составной C/D box и H/ACA box snoRNA и может направлять как псевдоуридилирование, так и 2′- O -метилирование. Не все scaRNA являются составными C/D и H/ACA box snoRNA, и большинство scaRNA структурно и функционально неотличимы от snoRNA, направляя модификацию рибосомной РНК (рРНК) в ядрышке .

ДрозофилаscaRNAs

Несколько исследований выявили scaRNAs у Drosophila . ^[1]^[2]^[3]^[4]^[5] Одно из исследований показало, что несколько scaRNAs Drosophila могут одинаково хорошо функционировать в нуклеоплазме мутантных мух, у которых отсутствуют тельца Кахаля. ^[4] Дальнейшие исследования показали, что scaRNA pugU6-40 нацелена на мяРНК U6, модификация которой происходит в ядрышке, а не в CB, и что pugU1-6 и pug U2-55 направляют 2 РНК: мяРНК и рРНК 28s. ^[5]

Малая специфическая РНК тельца Кахала 1

В молекулярной биологии РНК 1, специфичная для малых телец Кахаля (также известная как SCARNA1 или ACA35), представляет собой небольшую ядрышковую РНК, обнаруженную в тельцах Кахаля и, как полагают, участвующую в псевдоуридилировании сплайсосомной РНК U2 по остатку U89.

scaRNA1 — это некодирующая РНК , которая является функциональным продуктом генов, не транслируемых в белки . Такие молекулы РНК обычно содержат важную вторичную структуру или лиганд- связывающие мотивы и участвуют во многих важных биологических процессах в клетке. ^[6]

scaRNA1 принадлежит к классу H/ACA-box snoRNA, поскольку имеет предсказанную структуру шпилька-шарнир-шпилька-хвост, консервативные мотивы H/ACA-box и, как обнаружено, связан с белком GAR1 . ^[7]

Ссылки

^ ab Jády BE, Kiss T (февраль 2001 г.). «Небольшая ядрышковая направляющая РНК функционирует как при метилировании 2′-O-рибозы, так и при псевдоуридилировании сплайсосомальной РНК U5». The EMBO Journal . 20 (3): 541– 551. doi :10.1093/emboj/20.3.541. PMC 133463. PMID 11157760.
^ Торториелло Дж., Аккардо MC, Скиало Ф, Ангрисани А, Турано М, Фурия М (май 2009 г.). «Новая антисмысловая скаРНК дрозофилы с предсказанной направляющей функцией». Джин . 436 ( 1–2 ): 56–65 . doi :10.1016/j.gene.2009.02.005. ПМИД 19230845.
^ Tycowski KT, Shu MD, Kukoyi A, Steitz JA (апрель 2009 г.). «Консервативный белок WD40 связывает сигнал локализации тельца Кахаля частиц scaRNP». Molecular Cell . 34 (1): 47– 57. doi :10.1016/j.molcel.2009.02.020. PMC 2700737 . PMID 19285445.
^ ab Дерюшева С, Галл Дж. Г. (декабрь 2009 г.). "Малые РНК, специфичные для телец Кахаля, у дрозофилы функционируют в отсутствие телец Кахаля". Молекулярная биология клетки . 20 (24): 5250– 5259. doi :10.1091/mbc.E09-09-0777. PMC 2793299. PMID 19846657 .
^ ab Дерюшева С., Галл Дж. Г. (декабрь 2013 г.). «Новые малые РНК, специфичные для телец Кахаля, идентифицированные у дрозофилы: зондирование функции направляющей РНК». РНК . 19 (12): 1802– 1814. doi :10.1261/rna.042028.113. PMC 3884663 . PMID 24149844.
^ Darzacq X, Jády BE, Verheggen C, Kiss AM, Bertrand E, Kiss T (июнь 2002 г.). «Cajal body-specific small nuclear RNAs: a novel class of 2′-O-methylation and pseudouridylation guide RNAs». The EMBO Journal . 21 (11): 2746– 2756. doi :10.1093/emboj/21.11.2746. PMC 126017. PMID 12032087 .
^ Kiss AM, Jády BE, Bertrand E, Kiss T (июль 2004 г.). "Human box H/ACA pseudouridylation guide RNA machinery". Молекулярная и клеточная биология . 24 (13): 5797– 5807. doi :10.1128 / MCB.24.13.5797-5807.2004. PMC 480876. PMID 15199136.

Внешние ссылки

snoRNAbase: база данных snoRNA человеческого H/ACA и C/D box
Страница для РНК, специфичной для малых телец Кахаля, на сайте Rfam

Эта статья по биохимии — заглушка . Вы можете помочь Википедии, расширив ее.

Эта статья по генетике — заглушка . Вы можете помочь Википедии, расширив ее.

[pmid11157760-1] Jády BE, Kiss T (февраль 2001 г.). «Небольшая ядрышковая направляющая РНК функционирует как при метилировании 2′-O-рибозы, так и при псевдоуридилировании сплайсосомальной РНК U5». The EMBO Journal . 20 (3): 541– 551. doi :10.1093/emboj/20.3.541. PMC 133463. PMID 11157760.

[2] Торториелло Дж., Аккардо MC, Скиало Ф, Ангрисани А, Турано М, Фурия М (май 2009 г.). «Новая антисмысловая скаРНК дрозофилы с предсказанной направляющей функцией». Джин . 436 ( 1–2 ): 56–65 . doi :10.1016/j.gene.2009.02.005. ПМИД 19230845.

[3] Tycowski KT, Shu MD, Kukoyi A, Steitz JA (апрель 2009 г.). «Консервативный белок WD40 связывает сигнал локализации тельца Кахаля частиц scaRNP». Molecular Cell . 34 (1): 47– 57. doi :10.1016/j.molcel.2009.02.020. PMC 2700737 . PMID 19285445.

[:0-4] Дерюшева С, Галл Дж. Г. (декабрь 2009 г.). "Малые РНК, специфичные для телец Кахаля, у дрозофилы функционируют в отсутствие телец Кахаля". Молекулярная биология клетки . 20 (24): 5250– 5259. doi :10.1091/mbc.E09-09-0777. PMC 2793299. PMID 19846657 .

[:1-5] Дерюшева С., Галл Дж. Г. (декабрь 2013 г.). «Новые малые РНК, специфичные для телец Кахаля, идентифицированные у дрозофилы: зондирование функции направляющей РНК». РНК . 19 (12): 1802– 1814. doi :10.1261/rna.042028.113. PMC 3884663 . PMID 24149844.

[darzacq_2002-6] Darzacq X, Jády BE, Verheggen C, Kiss AM, Bertrand E, Kiss T (июнь 2002 г.). «Cajal body-specific small nuclear RNAs: a novel class of 2′-O-methylation and pseudouridylation guide RNAs». The EMBO Journal . 21 (11): 2746– 2756. doi :10.1093/emboj/21.11.2746. PMC 126017. PMID 12032087 .

[pmid15199136-7] Kiss AM, Jády BE, Bertrand E, Kiss T (июль 2004 г.). "Human box H/ACA pseudouridylation guide RNA machinery". Молекулярная и клеточная биология . 24 (13): 5797– 5807. doi :10.1128 / MCB.24.13.5797-5807.2004. PMC 480876. PMID 15199136.