SYBR Золото
 | |
| Имена | |
|---|---|
| Название ИЮПАК [2-(4-{[диэтил(метил)аммонио]метил}фенил)-6-метокси-1-метил-4-{[(2Z)-3-метил-1,3-бензоксазол-2-илиден]метил}хинолин-1-ий]. [1] | |
| Идентификаторы | |
3D модель ( JSmol ) |
|
| |
| |
| Характеристики | |
| С32Н37N3O22 + | |
| Молярная масса | 495,663 г / моль |
| Растворимость | Обычно поставляется в виде растворителя в диметилсульфоксиде (ДМСО). |
Если не указано иное, данные приведены для материалов в стандартном состоянии (при 25 °C [77 °F], 100 кПа). | |
SYBR Gold — асимметричный цианиновый краситель . Его можно использовать в качестве красителя для двухцепочечной ДНК , одноцепочечной ДНК и РНК . SYBR Gold — самый чувствительный флуоресцентный краситель из семейства красителей SYBR для обнаружения нуклеиновых кислот . Семейство красителей SYBR производится компанией Molecular Probes Inc. , которая в настоящее время принадлежит Thermo Fisher Scientific [2]
SYBR Gold более чувствителен, чем бромистый этидий , SYBR Green I и SYBR Green II для обнаружения различных типов нуклеиновых кислот . Превосходная чувствительность SYBR Gold обусловлена высоким квантовым выходом флуоресценции комплексов краситель-нуклеиновая кислота (~0,6-0,7) и большим усилением флуоресценции красителя при связывании с нуклеиновыми кислотами (~1000 раз). SYBR Gold может обнаружить всего 25 пг ДНК , что делает его более чем в 10 раз более чувствительным, чем бромистый этидий, для обнаружения нуклеиновых кислот в денатурирующих гелях мочевины , гиоксаля и формальдегида , даже при трансиллюминации 300 нм . [3]
Свойства флуоресценции
SYBR Gold имеет два максимума возбуждения флуоресценции при связывании с ДНК , один с центром на ~300 нм и один на ~495 нм, и один максимум испускания на ~537 нм. SYBR Gold демонстрирует улучшенную эффективность клонирования ДНК по сравнению с другими красителями семейства SYBR, поскольку его можно возбуждать синим светом , который не вызывает повреждения ДНК . [4] Интенсивность флуоресценции линейно увеличивается с числом молекул SYBR Gold, связанных с ДНК, вплоть до концентраций красителя ~2,5 мкМ, где становятся значимыми эффекты гашения и внутреннего фильтра. Для концентраций красителя ≤ 2,5 мкМ интенсивность флуоресценции как функция концентрации ДНК хорошо описывается глобальной моделью связывания для концентраций красителя . [1]
Связывание с ДНК
SYBR Gold является интеркалятором . Это означает, что он связывается с ДНК путем вставки одной молекулы красителя между двумя плоскими основаниями / парами оснований ДНК . Анализы с использованием магнитного пинцета для отдельных молекул выявляют систематическое удлинение и раскручивание ДНК на 19,1º ± 0,7º на молекулу красителя при связывании, что согласуется с интеркаляцией . Это похоже на родственные красители , такие как SYBR Green I. Константа диссоциации — мера для описания сродства связывания SYBR Gold с двухцепочечной ДНК — составляет 0,27 ± 0,03 мкМ. [1]
Использует
SYBR Gold используется в нескольких областях молекулярной биологии и биохимии . Его основное применение — визуализация ДНК в электрофорезе , например, в агарозных или полиакриламидных гелях . SYBR Gold способен быстро проникать в толстые и высокопроцентные агарозные гели , и даже формальдегидные агарозные гели не требуют обесцвечивания из-за низкой собственной флуоресценции несвязанного красителя . SYBR Gold можно легко удалить из нуклеиновых кислот путем осаждения этанолом , оставляя чистые шаблоны, доступные для последующих манипуляций или анализа.
Кроме того, SYBR Gold можно использовать для маркировки ДНК внутри клеток для проточной цитометрии и флуоресцентной микроскопии .
Для сохранения флуоресцентной активности SYBR Gold следует максимально защищать от света , особенно после разбавления перед использованием. [2]
Безопасность
Семейство красителей SYBR позиционируется как замена бромистому этидию , потенциальному мутагену человека , как более безопасное в работе и не имеющее сложных проблем утилизации отходов этидия . Но нет данных, касающихся мутагенности или токсичности SYBR Gold. Поскольку SYBR Gold связывается с ДНК интеркаляционным способом с высоким сродством, что делает его возможным канцерогеном . Поэтому с SYBR Gold следует обращаться с особой осторожностью, а растворы красителя SYBR Gold следует утилизировать в соответствии с местными правилами [2]
Похожие цианиновые красители
- SYBR Зеленый I
- SYBR Зеленый II
- Пико Грин
- SYBR-безопасность
- СИТОКС оранжевый
- Тиазол оранжевый
Ссылки
- ^ abc Kolbeck, PJ, Vanderlinden, W., Gemmecker, G., Gebhard, C., Lehman, M., Lak, A., Nicolaus, T., Cordes, T., Lipfert, J. (2021). «Молекулярная структура, режим связывания ДНК, фотофизические свойства и рекомендации по использованию SYBR Gold». Nucleic Acids Research . 49 (9): 5143– 5158. doi :10.1093/nar/gkab265. PMC 8136779. PMID 33905507. Получено 29 апреля 2021 г.
{{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка ) - ^ abc "SYBR Gold". Окрашивающий гель нуклеиновых кислот SYBR™ Gold (концентрат 10 000X в ДМСО) . Получено 29 апреля 2021 г.
- ^ Tuma, Rabia S. (1999). «Характеристика геля нуклеиновых кислот SYBR Gold: краситель, оптимизированный для использования с 300-нм ультрафиолетовыми трансиллюминаторами». Аналитическая биохимия . 268 (2): 278– 288. doi :10.1006/abio.1998.3067. PMID 10075818. Получено 29 апреля 2021 г.
- ^ Cosa, G. (2001). «Фотофизические свойства флуоресцентных ДНК-красителей, связанных с одно- и двухцепочечной ДНК в водном буферном растворе». Фотохимия и фотобиология . 73 (6): 585– 599. doi :10.1562/0031-8655(2001)073<0585:ppofdd>2.0.co;2. PMID 11421063. S2CID 29915796. Получено 29 апреля 2021 г.
