НКИ-60

Панель линий раковых клеток

Панель линий раковых клеток NCI -60 представляет собой группу из 60 линий раковых клеток человека, используемых Национальным институтом рака (NCI) для скрининга соединений с целью выявления потенциальной противораковой активности. [1]

Цель

Процедура скрининга называется NCI-60 Human Tumor Cell Lines Screen , и это одна из служб Discovery & Development Program NCI's Developmental Therapeutics Program (DTP). [2] [3] [4] Показатели скрининга для каждой линии клеток, цитостатическое и цитотоксическое воздействие тестируемых веществ. [2]

Благодаря разнообразию клеточных линий, можно сравнивать тестируемые соединения по их моделям воздействия, высокая корреляция потенциально соответствует схожим механизмам воздействия. [2] Автоматическое сравнение с базой данных, содержащей более 88 000 чистых соединений и более 34 000 неочищенных экстрактов (по состоянию на 6 января 2017 г. [обновлять]), осуществляется инструментом COMPARE, который показывает список веществ, ранжированных по коэффициентам корреляции Пирсона для данного тестируемого вещества. [5]

Та же панель используется в программе Molecular Target для характеристики молекулярных мишеней. Измерения включают уровни белка, измерения РНК, статус мутации и уровни активности ферментов . [6]

Клеточные линии

Панель содержит клеточные линии, представляющие лейкемию , меланому , немелкоклеточную карциному легких , а также рак мозга , яичников , молочной железы , толстой кишки , почек и простаты . [1] [2]

13 дополнительных линий клеток оцениваются для использования в программе скрининга, среди них две линии, полученные из до сих пор не представленной мелкоклеточной карциномы легких . [1]

Все линии клеток, кроме одной (по состоянию на 6 января 2017 г. [обновлять]), доступны другим лабораториям, включая дополнительные линии клеток. [1]

Неправильная идентификация и неправильная классификация

Начиная с начала тысячелетия, было обнаружено, что несколько линий клеток были неправильно идентифицированы или неправильно классифицированы во время расследования или ранее: [7] [8] [9]

MDA-MB-435 , первоначально классифицированная как клеточная линия рака молочной железы, была идентифицирована как клеточная линия меланомы. [7] При дальнейшем исследовании оказалось, что текущая MDA-MB-435 получена от того же человека, что и клеточная линия M14 . [7] Исследование клонов ясно показало, что путаница с M14 произошла очень рано в истории MDA-MB-435, до ее включения в Программу терапии развития. [7]

NCI/ADR-RES , первоначально классифицированная как линия клеток рака молочной железы, была идентифицирована как линия клеток опухоли яичников. [8] NCI/ADR-RES, по-видимому, была получена в какой-то момент времени из линии клеток OVCAR-8 . [8] Первоначально линия клеток называлась MCF-7/ADR-RES ; она была переименована вместе с изменением классификации. [8]

Было обнаружено, что две линии клеток рака мозга, SNB-19 и U251 , принадлежат одному и тому же человеку. [9] Это делает путаницу вероятной.

Было подтверждено, что 61-я клеточная линия, MDA-N , получена из ошибочно классифицированной клеточной линии MDA-MB-435. [7] Таким образом, она также неправильно классифицирована, на самом деле являясь клеточной линией меланомы, но по состоянию на 6 января 2018 года [обновлять]официальный сайт все еще указывает ее как клеточную линию рака молочной железы. [1] Эта клеточная линия недоступна по состоянию на 6 января 2018 года [обновлять]. [1]

Международный комитет по аутентификации клеточных линий ведет список загрязненных клеточных линий . [10] Он включает в себя клеточные линии, о которых сообщалось выше, хотя обычно с датами отчетности и статьями, значительно более поздними, чем первые даты, и статьями, вызывающими особую озабоченность относительно соответствующей клеточной линии. [10] [7] [8] [9]

Продолжение использования неправильной классификации

По состоянию на 2014 год [обновлять]сотни исследований по-прежнему используют MDA-MB-435 в качестве модели рака молочной железы, даже после того, как в 2007 году она была официально объявлена ​​клеточной линией меланомы, и даже в самых рейтинговых международных рецензируемых журналах. [11] То же самое справедливо и для других неправильно идентифицированных клеточных линий. [11]

Список линий клеток NCI-60

Клеточные линии NCI-60, используемые в скрининге линий опухолевых клеток человека NCI, описаны на веб-сайте Программы терапии развития. [1] [12] Добавлены ссылки на соответствующие описания Cellosaurus и идентификаторы исследовательских ресурсов (RRID). [12] Идентификатор Cellosaurus представляет собой комбинацию варианта названия клеточной линии, выбранного Cellosaurus, с идентификатором доступа Cellosaurus, последний записывается как RRID.
Клеточная линияКлассификация опухолей(Потенциально) неверно идентифицированОригинальная классификацияНедоступноВремя удвоения (часы)Плотность инокуляцииИдентификатор и ссылка на целлозавра
CCRF-CEMЛейкемия26.740000CCRF-CEM (RRID:CVCL_0207)
HL-60(ТБ)Лейкемия28.640000HL-60(ТБ) (RRID:CVCL_A794)
К-562Лейкемия19.65000К-562 (RRID:CVCL_0004)
MOLT-4Лейкемия27.930000MOLT-4 (RRID:CVCL_0013)
РПМИ-8226Лейкемия33,520000RPMI-8226 (RRID:CVCL_0014)
СР-786Лейкемия28.720000SR (RRID:CVCL_1711)
А549Немелкоклеточное легкое22.97500А-549 (RRID:CVCL_0023)
EKVXНемелкоклеточное легкое43,620000EKVX (RRID:CVCL_1195)
ХОП-62Немелкоклеточное легкое3910000HOP-62 (RRID:CVCL_1285)
ХОП-92Немелкоклеточное легкое79,520000HOP-92 (RRID:CVCL_1286)
NCI-H226Немелкоклеточное легкое6120000NCI-H226 (RRID:CVCL_1544)
NCI-H23Немелкоклеточное легкое33.420000NCI-H23 (RRID:CVCL_1547)
NCI-H322MНемелкоклеточное легкое35.320000NCI-H322M (RRID:CVCL_1557)
NCI-H460Немелкоклеточное легкое17.87500NCI-H460 (RRID:CVCL_0459)
NCI-H522Немелкоклеточное легкое38.220000NCI-H522 (RRID:CVCL_1567)
КОЛО 205Колон23.815000КОЛО 205 (RRID:CVCL_0218)
ГКС-2998Колон31,515000HCC2998 (RRID:CVCL_1266)
HCT116Колон17.45000HCT 116 (RRID:CVCL_0291)
HCT-15Колон20.610000HCT 15 (RRID:CVCL_0292)
ХТ-29Колон19.55000HT-29 (RRID:CVCL_0320)
КМ12Колон23.715000КМ12 (RRID:CVCL_1331)
SW-620Колон20.410000SW620 (RRID:CVCL_0547)
СФ-268ЦНС33.115000SF268 (RRID:CVCL_1689)
СФ-295ЦНС29.510000SF295 (RRID:CVCL_1690)
СФ-539ЦНС35.415000SF539 (RRID:CVCL_1691)
СНБ-19ЦНСдаЦНС34,615000SNB-19 (RRID:CVCL_0535)
СНБ-75ЦНС62.820000SNB-75 (RRID:CVCL_1706)
U251ЦНСдаЦНС23.87500U-251MG (RRID:CVCL_0021)
LOX IMVIМеланома20.57500LOX-IMVI (RRID:CVCL_1381)
МАЛЬМЕ-3ММеланома46.220000Мальме-3М (RRID:CVCL_1438)
М14Меланома26.315000M14 (RRID:CVCL_1395)
МДА-МБ-435МеланомадаГрудь25.815000MDA-MB-435 (RRID:CVCL_0417)
СК-МЭЛ-2Меланома45,520000SK-MEL-2 (RRID:CVCL_0069)
СК-МЭЛ-28Меланома35.110000SK-MEL-28 (RRID:CVCL_0526)
СК-МЕЛ-5Меланома25.210000SK-MEL-5 (RRID:CVCL_0527)
УАКК-257Меланома38,520000UACC-257 (RRID:CVCL_1779)
УАКК-62Меланома31.310000UACC-62 (RRID:CVCL_1780)
ИГРОВ-1Яичниковый3110000IGROV-1 (RRID:CVCL_1304)
ОВКАР-3Яичниковый34.710000OVCAR-3 (RRID:CVCL_0465)
ОВКАР-4Яичниковый41.415000ОВКАР-4 (RRID:CVCL_1627)
ОВКАР-5Яичниковый48.820000OVCAR-5 (RRID:CVCL_1628)
ОВКАР-8Яичниковый26.110000OVCAR-8 (RRID:CVCL_1629)
NCI/ADR-RES (первоначально MCF-7/ADR-RES)ЯичниковыйдаГрудь3415000NCI-ADR-RES (RRID:CVCL_1452)
СК-ОВ-3Яичниковый48.720000СК-ОВ-3 (RRID:CVCL_0532)
786-ОПочечный22.410000786-O (RRID:CVCL_1051)
А498Почечный66.825000А-498 (RRID:CVCL_1056)
АЧНПочечный27.510000ACHN (RRID:CVCL_1067)
КАКИ-1Почечный3910000Caki-1 (RRID:CVCL_0234)
РХФ 393Почечный62.915000RXF 393L (RRID:CVCL_1673)
SN12CПочечный29.515000SN12C (RRID:CVCL_1705)
ТК-10Почечный51.315000ТК-10 (RRID:CVCL_1773)
УО-31Почечный41.715000УО-31 (RRID:CVCL_1911)
ПК-3простата27.17500ПК-3 (RRID:CVCL_0035)
ДУ-145простата32.310000DU145 (RRID:CVCL_0105)
MCF7Грудь25.410000MCF-7 (RRID:CVCL_0031)
МДА-МБ-231Грудь41.920000MDA-MB-231 (RRID:CVCL_0062)
МДА-МБ-468Грудь622000MDA-MB-468 (RRID:CVCL_0419)
ГС 578ТГрудь53,820000Hs 578T (RRID:CVCL_0332)
МДА-НМеланомадаГрудьнедоступно22.515000MDA-N (RRID:CVCL_1910)
БТ-549Грудь53,920000BT-549 (RRID:CVCL_1092)
Т-47ДГрудь45,520000Т-47Д (RRID:CVCL_0553)

Список дополнительных клеточных линий

Дополнительные клеточные линии, оцененные для использования в скрининге линий опухолевых клеток NCI, описаны на веб-сайте Программы терапии развития. [1] Добавлены ссылки на соответствующие описания Cellosaurus и идентификаторы исследовательских ресурсов (RRID), а также виды. [13]
Клеточная линияКлассификация опухолейРазновидностьПлотность инокуляцииИдентификатор и ссылка на целлозавра
ЛКСФЛ 529Немелкоклеточное легкоечеловек10000LXFL 529L (RRID:CVCL_D085)
ДМС 114Мелкоклеточное легкоечеловек20000ДМС 114 (RRID:CVCL_1174)
ШП-77Мелкоклеточное легкоечеловек40000SHP-77 (RRID:CVCL_1693)
ДЛД-1Колончеловек50000DLD-1 (RRID:CVCL_0248)
КМ20Л2Колончеловек10000KM20L2 (RRID:CVCL_D889)
СНБ-78ЦНСчеловек20000SNB-78 (RRID:CVCL_B321)
XF498ЦНСчеловек20000XF 498 (RRID:CVCL_8928)
RPMI-7951Меланомачеловек20000RPMI-7951 (RRID:CVCL_1666)
М19-МЭЛМеланомачеловек10000M19-MEL (RRID:CVCL_B415)
РХФ-631Почечныйчеловек10000RXF 631L (RRID:CVCL_A780)
СН12К1Почечныйчеловек10000SN12K1 (RRID:CVCL_D106)
П388Лейкемиямышь50000P388 (RRID:CVCL_7222)
P388/ADRЛейкемиямышь50000P388/ADR (RRID:CVCL_IZ75)

Ссылки

  1. ^ abcdefgh "Cell Lines in the In Vitro Screen". Developmental Therapeutics Program . National Cancer Institute . 8 мая 2015 г. Получено 6 января 2018 г.
  2. ^ abcd "NCI-60 Human Tumor Cell Lines Screen". Developmental Therapeutics Program . National Cancer Institute . 26 августа 2015 г. Получено 6 января 2018 г.
  3. ^ "Discovery & Development Services". Developmental Therapeutics Program . National Cancer Institute . 26 августа 2015 г. Получено 6 января 2018 г.
  4. ^ "Добро пожаловать в Программу терапии развития". Программа терапии развития . Национальный институт рака . Получено 6 января 2018 г.
  5. ^ "COMPARE Analysis". Developmental Therapeutics Program . National Cancer Institute . 11 августа 2015 г. Получено 6 января 2018 г.
  6. ^ "Молекулярные мишени". Developmental Therapeutics Program . National Cancer Institute. 12 мая 2015 г. Получено 7 января 2018 г.
  7. ^ abcdef "MDA-MB-435 и его производное MDA-N являются линиями клеток меланомы, а не линиями клеток рака молочной железы". Developmental Therapeutics Program . National Cancer Institute . 8 мая 2015 г. Получено 6 января 2018 г.
  8. ^ abcde "Линия клеток NCI/ADR-RES — это линия клеток опухоли яичников, а не линия клеток молочной железы". Developmental Therapeutics Program . National Cancer Institute . 8 мая 2015 г. Получено 6 января 2018 г.
  9. ^ abc "Линии клеток ЦНС SNB-19 и U251 получены от одного и того же человека". Developmental Therapeutics Program . National Cancer Institute . 8 мая 2015 г. Получено 6 января 2018 г.
  10. ^ ab База данных перекрестно-контаминированных или неправильно идентифицированных клеточных линий (PDF) , 8.0, Международный комитет по аутентификации клеточных линий (ICLAC), 1 декабря 2016 г. , получено 6 января 2018 г.
  11. ^ ab Prasad, Vidudala VTS; Gopalan, Ramprasad OG (2 июня 2015 г.). «Продолжение использования MDA-MB-435, линии клеток меланомы, в качестве модели рака молочной железы человека даже в 2014 году». npj Breast Cancer . 1 : 15002–. doi :10.1038/npjbcancer.2015.2. PMC 5515196. PMID  28721362 . 
  12. ^ ab "Результат поиска Cellosaurus: 61 совпадение для "NCI60 cancer cell line panel"". Cellosaurus . Швейцарский институт биоинформатики . Получено 7 января 2018 г. .Ссылка включает в себя список связанных страниц в результатах поиска.
  13. ^ "Cellosaurus - ресурс знаний о клеточных линиях". Cellosaurus . Швейцарский институт биоинформатики . Получено 17 января 2018 г. .Ссылка включает страницы, найденные путем поиска по соответствующим названиям линий клеток, указанным в Списке дополнительных линий клеток.
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=NCI-60&oldid=1221761358#SNB-19"