СЭД-МЛ
 | |
| Расширение имени файла | .xml |
|---|---|
| Первоначальный выпуск | 25 марта 2011 г. (2011-03-25) |
| Последний релиз | Уровень 1 Версия 2, Выпуск 1 2 декабря 2013 г (2013-12-02) |
| Тип формата | Язык разметки |
| Расширенный от | XML |
| Открытый формат ? | Да |
| Веб-сайт | sed-ml.org |
Язык разметки описания экспериментов моделирования (SED-ML) — это формат представления, основанный на XML , для кодирования и обмена описаниями моделирования в вычислительных моделях биологических систем. [1] Это бесплатный и открытый проект развития сообщества.
SED-ML уровня 1 версии 1 [2] , первая версия SED-ML, позволяет описывать эксперименты по моделированию хода времени.
Структура
Формат SED-ML состоит из пяти основных блоков:
- Сущность Model используется для ссылки на модели, используемые в эксперименте по моделированию, и для определения процедур предварительной обработки этих моделей перед моделированием. Модели должны быть в стандартных форматах представления (например, SBML , CellML , NeuroML ). Примерами предварительной обработки являются, например, изменение значения наблюдаемой величины, вычисление изменения значения с использованием математики или общие изменения любого элемента XML представления модели.
- Сущность Simulation содержит всю информацию о настройках моделирования и шагах, предпринятых во время моделирования, например, конкретный тип моделирования и алгоритм, используемый для выполнения моделирования. Алгоритм моделирования указывается с помощью термина Kinetic Simulation Algorithm Ontology .
- Сущность «Задача» применяет одно из определенных симуляций к одной из указанных моделей одновременно.
- Сущность DataGenerator кодирует процедуры постобработки, которые необходимо применить к результату моделирования перед выводом, например, нормализацию данных.
- Сущность «Выход» определяет выходные данные моделирования, например, конкретные графики, которые необходимо отобразить.
Более подробную информацию о структуре SED-ML можно найти на домашней странице SED-ML [1] и в справочной публикации. [3]
История
Идея разработки стандартного формата для кодирования эксперимента по моделированию родилась в Европейском институте биоинформатики (EMBL-EBI). В 2007 году Дагмар Вальтемат и Николя Ле Новер начали разрабатывать такой формат во время стажировки Дагмар, финансируемой Марией Кюри, в группе вычислительной нейронауки в EMBL-EBI. [4]
Проект SED-ML впервые был публично обсужден на 12-м заседании Форума SBML в 2007 году в Лонг-Бич (США). Первая версия SED-ML была затем представлена на «Суперхакатоне «стандарты и онтологии для системной биологии»» на Окинаве в 2008 году. Тогда язык назывался MIASE-ML (в соответствии с рекомендациями MIASE ). На Окинаве многие исследователи проявили большой интерес к формату, и обсуждения были жизненно важными. MIASE стал руководством по минимальной информации для имитационных экспериментов. MIASE-ML был переименован в «Язык разметки описания имитационных экспериментов» (SED-ML).
Версия 1 уровня SED-ML официально появилась в марте 2011 года, но SED-ML была представлена, обсуждена и дополнительно уточнена на нескольких встречах сообщества в последующие годы, включая объединенный «семинар CellML-SBGN-SBO-BioPAX-MIASE» в 2009 году или «Хакатон SBML-BioModels.net 2010».
С тех пор SED-ML разрабатывался в сотрудничестве с сообществами, формирующими «сеть вычислительного моделирования в биологии» COMBINE . Помимо специальных сессий на различных встречах, разработка SED-ML выигрывает от взаимодействия сообщества в списке рассылки SED-ML-discuss. [5]
Сообщество SED-ML
SED-ML является частью COmputational Modeling in Biology Network (COMBINE) . Разработка формата координируется редакционной коллегией, избранной сообществом. [6] Обсуждения проходят на SED-ML-discuss. [5]
Ссылки
- ^ ab "Язык разметки описания эксперимента моделирования". SED-ML . Получено 6 июля 2017 г. .
- ^ D. Waltemath; FT Bergmann; R. Adams; N. Le Novère (2011). "Язык разметки описания экспериментов моделирования (SED-ML): Уровень 1 Версия 1". Nature Precedings . doi :10.1038/npre.2011.5846.1.
- ^ D. Waltemath; R. Adams; FT Bergmann; M. Hucka; F. Kolpakov; AK Miller; II Moraru; D. Nickerson; JL Snoep; N. Le Novère (2011). "Воспроизводимые эксперименты по вычислительной биологии с SED-ML – Язык разметки описания имитационных экспериментов". BMC Systems Biology . 5 : 198. doi : 10.1186/1752-0509-5-198 . hdl : 20.500.11820/1b2fc55b-d3b0-4e6b-8b60-6614254b020a .
- ^ "Computational Systems Neurobiology Group". EMBL-EBI. 1 октября 2012 г. Получено 24 апреля 2014 г.
- ^ ab "SED-ML-discuss Info Page". SED-ML . Получено 6 июля 2017 .
- ^ "Текущие редакторы SED-ML". SED-ML . Получено 6 июля 2017 г. .
