Рибосвитч SAM-IV

S-аденозилметионин (SAM) рибосвитч,
S-аденозилметионин (SAM) рибосвитч,
	Предсказанная вторичная структура и сохранение последовательности SAM-IV
Идентификаторы
Символ	SAM-IV
Рфам	РФ00634 CL00012
Другие данные
Тип РНК	Цис-рег ; рибосвитч
Домены	Бактерии
ТАК	SO:0005836
Структуры PDB	ПДБе

РНК-семейство

SAM-IV рибопереключатели являются разновидностью рибопереключателя , который специфически связывает S-аденозилметионин (SAM), ^[1] кофактор, используемый во многих реакциях метилирования. Первоначально идентифицированные биоинформатикой , ^[2] SAM-IV рибопереключатели в основном ограничены Actinomycetales , порядком бактерий . Сохранившиеся особенности SAM-IV рибопереключателя и эксперименты подразумевают, что они, вероятно, разделяют схожий сайт связывания SAM с другим классом SAM-связывающих рибопереключателей, называемых SAM-I рибопереключателями . Однако каркасы этих двух типов рибопереключателей, по-видимому, довольно различны. Изучена структурная связь между этими типами рибопереключателей. ^[3]^[4]

Смотрите также

Ссылки

^ Weinberg Z, Regulski EE, Hammond MC и др. (2008). «Ядро аптамера рибопереключателей SAM-IV имитирует сайт связывания лиганда рибопереключателей SAM-I». РНК . 14 (5): 822– 828. doi :10.1261/rna.988608. PMC 2327355. PMID 18369181 .
^ Weinberg Z, Barrick JE, Yao Z и др. (2007). «Идентификация 22 структурированных РНК-кандидатов в бактериях с использованием сравнительного геномного конвейера CMfinder». Nucleic Acids Res . 35 (14): 4809– 4819. doi :10.1093/nar/gkm487. PMC 1950547. PMID 17621584 .
^ Trausch JJ, Xu Z, Edwards AL, Reyes FE, Ross PE, Knight R, Batey RT (май 2014 г.). «Структурная основа разнообразия в клане рибопереключателей SAM». Proc Natl Acad Sci USA . 111 (18): 6624– 9. Bibcode : 2014PNAS..111.6624T. doi : 10.1073/pnas.1312918111 . PMC 4020084. PMID 24753586 .
^ Zhang K, Li S, Kappel K, Pintilie G, Su Z, Mou TC, Schmid MF, Das R, Chiu W (декабрь 2019 г.). "Cryo-EM structure of a 40 kDa SAM-IV riboswitch RNA at 3.7 Å resolution". Nat Commun . 10 (1): 5511. Bibcode :2019NatCo..10.5511Z. doi :10.1038/s41467-019-13494-7. PMC 6890682 . PMID 31796736.

Внешние ссылки

Страница SAM-IV_riboswitch на Rfam

Эта статья по молекулярной или клеточной биологии — заглушка . Вы можете помочь Википедии, расширив ее.

[1] Weinberg Z, Regulski EE, Hammond MC и др. (2008). «Ядро аптамера рибопереключателей SAM-IV имитирует сайт связывания лиганда рибопереключателей SAM-I». РНК . 14 (5): 822– 828. doi :10.1261/rna.988608. PMC 2327355. PMID 18369181 .

[2] Weinberg Z, Barrick JE, Yao Z и др. (2007). «Идентификация 22 структурированных РНК-кандидатов в бактериях с использованием сравнительного геномного конвейера CMfinder». Nucleic Acids Res . 35 (14): 4809– 4819. doi :10.1093/nar/gkm487. PMC 1950547. PMID 17621584 .

[3] Trausch JJ, Xu Z, Edwards AL, Reyes FE, Ross PE, Knight R, Batey RT (май 2014 г.). «Структурная основа разнообразия в клане рибопереключателей SAM». Proc Natl Acad Sci USA . 111 (18): 6624– 9. Bibcode : 2014PNAS..111.6624T. doi : 10.1073/pnas.1312918111 . PMC 4020084. PMID 24753586 .

[4] Zhang K, Li S, Kappel K, Pintilie G, Su Z, Mou TC, Schmid MF, Das R, Chiu W (декабрь 2019 г.). "Cryo-EM structure of a 40 kDa SAM-IV riboswitch RNA at 3.7 Å resolution". Nat Commun . 10 (1): 5511. Bibcode :2019NatCo..10.5511Z. doi :10.1038/s41467-019-13494-7. PMC 6890682 . PMID 31796736.