SAM–SAH рибосвитч
| SAM/SAH рибосвитч | |
|---|---|
 Консенсусная вторичная структура рибопереключателей SAM–SAH | |
| Идентификаторы | |
| Символ | SAM/SAH рибосвитч |
| Рфам | РФ01727 |
| Другие данные | |
| Тип РНК | Рибосвитч |
| Домены | Родобактериальные |
| Структуры PDB | ПДБе |
Рибопереключатель SAM–SAH представляет собой консервативную структуру РНК в некоторых бактериях , которая связывает S -аденозилметионин (SAM) и S -аденозилгомоцистеин (SAH) и поэтому предположительно является рибопереключателем . [ 1] Рибопереключатели SAM–SAH не имеют никакого видимого структурного сходства с известными рибопереключателями, которые связывают SAM или SAH. Сродство связывания для обоих соединений схоже, но связывание с SAH, по крайней мере, несколько сильнее. Рибопереключатели SAM–SAH встречаются исключительно в Rhodobacterales, отряде альфапротеобактерий . Они всегда встречаются в очевидных 5'-нетранслируемых областях генов metK , которые кодируют фермент ( метионин аденозилтрансферазу ), который синтезирует SAM.
Учитывая эту генную ассоциацию, было высказано предположение, что рибопереключатели SAM–SAH, скорее всего, функционируют как РНК, чувствительные к SAM. Рибопереключатели SAM–SAH относительно малы среди известных рибопереключателей, что может быть связано с их неспособностью различать SAH. Однако способность отвергать SAH как лиганд может не иметь значения в физиологических условиях, поскольку клеточная концентрация SAM выше. [2]
Область консервативной структуры рибопереключателей SAM–SAH включает предсказанную последовательность Шайна-Дальгарно ( сайт связывания рибосомы ) нижестоящих генов metK . Эти нуклеотиды необходимы для оптимального связывания с лигандом и могут образовывать псевдоузел с терминальной петлей в пределах основной структуры стебель-петля . Окклюзия последовательности Шайна-Дальгарно может быть механизмом, с помощью которого рибопереключатели SAM–SAH регулируют экспрессию нижестоящих генов.
Трехмерная структура рибосвитча SAM-SAH была определена двумя группами, работавшими независимо друг от друга. [3] [4]
Смотрите также
Ссылки
- ^ Weinberg Z, Wang JX, Bogue J, et al. (март 2010 г.). «Сравнительная геномика выявила 104 кандидата на структурированные РНК из бактерий, архей и их метагеномов». Genome Biol . 11 (3): R31. doi : 10.1186/gb-2010-11-3-r31 . PMC 2864571. PMID 20230605 .
- ^ Ueland PM (сентябрь 1982 г.). «Фармакологические и биохимические аспекты S-аденозилгомоцистеина и S-аденозилгомоцистеингидролазы». Pharmacol. Rev. 34 ( 3): 223–253 . PMID 6760211.
- ^ Weickhmann AK, Keller H, Wurm JP, Strebitzer E, Juen MA, Kremser J, Weinberg Z, Kreutz C, Duchardt-Ferner E, Wöhnert J (март 2019 г.). «Структура рибосвитча, связывающего SAM/SAH». Nucleic Acids Res . 47 (5): 2654– 2665. doi :10.1093/nar/gky1283. PMC 6411933. PMID 30590743 .
- ^ Huang L, Liao TW, Wang J, Ha T, Lilley DM (июль 2020 г.). «Кристаллическая структура и лиганд-индуцированное сворачивание рибопереключателя SAM/SAH». Nucleic Acids Res . 48 (13): 7545– 7556. doi :10.1093/nar/gkaa493. PMC 7367207. PMID 32520325 .
Внешние ссылки
- Страница для SAM/SAH рибосвитча на Rfam
