Мотив РНК ROOL
| РУЛ | |
|---|---|
 Консенсусная вторичная структура и сохранение последовательности РНК ROOL | |
| Идентификаторы | |
| Символ | РУЛ |
| Рфам | РФ03087 |
| Другие данные | |
| Тип РНК | Ген ; мРНК |
| ТАК | SO:0001263 |
| Структуры PDB | ПДБе |
Мотив РНК, происходящий из рубца, орнаментированный, большой (ROOL) был первоначально обнаружен биоинформатиками путем анализа метагеномных последовательностей из коровьего рубца . [1] РНК ROOL обнаружены у множества видов бактерий и, по-видимому, не кодируют белки . РНК имеет сложную вторичную структуру РНК , а ее средний размер в 581 нуклеотид [1] необычно велик для бактериальных некодирующих РНК. Этот большой размер и структурная сложность для бактериальной РНК согласуются со свойствами больших рибозимов . [2]
РНК ROOL присутствуют в профагах и очищенных фагах , а также в геномных участках бактерий, которые, по-видимому, не связаны с фагами. [1] РНК ROOL также часто располагаются рядом с тРНК . Большой размер и сложная вторичная структура РНК ROOL в сочетании с их ассоциацией с тРНК и фагами являются свойствами, которые разделяет мотив РНК GOLLD , другая бактериальная некодирующая РНК. Эти общие свойства могут указывать на связанную функцию, но общности могут возникать по другим причинам. [1]
РНК ROOL присутствуют в бактериях в типах Bacillota , Fusobacteriota и Mycoplasmatota , [1] в дополнение к фагам и метагеномам коровьего рубца, как упоминалось выше. В пределах Bacillota они присутствуют в нескольких видах Clostridia и многих молочнокислых бактериях , особенно в роде Lactobacillus .
ROOL РНК в Lactobacillus salivarius были независимо обнаружены на основе их чрезвычайно высоких показателей экспрессии в Lactobacillus salivarius UCC118 [3] Затем были изучены ROOL РНК в различных штаммах Lactobacillus salivarius ; существует очень большой диапазон уровней экспрессии ROOL РНК в различных штаммах, и некоторые штаммы, по-видимому, не имеют этих РНК в своем геноме. [3] ROOL РНК в L. salivarius UC118 настолько многочисленны в некоторых условиях роста, что в поздней стационарной фазе они превышают даже 16S рибосомальные РНК . [3] Экспериментально определенный размер ROOL РНК в L. salivarius [3] близко соответствует размеру предполагаемой структуры РНК на основе биоинформатики. [1]
Ссылки
- ^ abcdef Weinberg, Zasha; Lünse, Christina E.; Corbino, Keith A.; Ames, Tyler D.; Nelson, James W.; Roth, Adam; Perkins, Kevin R.; Sherlock, Madeline E.; Breaker, Ronald R. (10 августа 2017 г.). «Обнаружение 224 структурированных РНК-кандидатов путем сравнительного анализа определенных подмножеств межгенных регионов». Nucleic Acids Research . 45 (18): 10811– 10823. doi :10.1093/nar/gkx699. PMC 5737381. PMID 28977401 .
- ^ Weinberg Z, Perreault J, Meyer MM, Breaker RR (декабрь 2009 г.). «Исключительные структурированные некодирующие РНК, выявленные с помощью анализа бактериального метагенома». Nature . 462 (7273): 656– 659. Bibcode :2009Natur.462..656W. doi :10.1038/nature08586. PMC 4140389 . PMID 19956260.
- ^ abcd Cousin, Fabien J.; Lynch, Denise B.; Chuat, Victoria; Bourin, Maxence JB; Casey, Pat G.; Dalmasso, Marion; Harris, Hugh MB; McCann, Angela; O'Toole, Paul W. (17 июля 2017 г.). «Длинная и обильная некодирующая РНК в Lactobacillus salivarius». Microbial Genomics . 3 (9): e000126. doi : 10.1099/mgen.0.000126 . PMC 5643018 . PMID 29114404.
 | Эта статья по молекулярной или клеточной биологии — заглушка . Вы можете помочь Википедии, расширив ее. |
