Белок FAM46B
Ген, кодирующий белок у вида Homo sapiens
ТЕНТ5Б
Идентификаторы
ПсевдонимыTENT5B , семейство с последовательностью, схожей с 46 членом B, терминальная нуклеотидилтрансфераза 5B, FAM46B, FAM46
Внешние идентификаторыMGI : 2140500; HomoloGene : 24928; GeneCards : TENT5B; OMA :TENT5B - ортологи
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Энтрез

115572

100342

Ансамбль

ENSG00000158246

ENSMUSG00000046694

UniProt

Q96A09

Q8C152

РефСек (мРНК)

NM_052943

NM_175307

RefSeq (белок)

NP_443175

NP_780516

Местоположение (UCSC)Хр 1: 27.01 – 27.01 МбХр 4: 133.21 – 133.22 Мб
Поиск в PubMed[3][4]
Викиданные
Просмотр/редактирование человекаПросмотр/редактирование мыши

Белок FAM46B, также известный как семейство с последовательностью сходства 46 член B, представляет собой белок , который у людей кодируется геном FAM46B . [5] FAM46B содержит один домен белка неизвестной функции, DUF1693. [6] Двугибридный скрининг дрожжей выявил три белка, которые физически взаимодействуют с FAM46B. Это ATX1 , PEPP2 (кодируется RHOXF2 ) и DAZAP2 . [7] [8]

Ген

Обзор

FAM46B — наиболее распространенное название гена, кодирующего FAM46B. Для описания этого же гена также использовались псевдонимы MGC16491 и RP11-344H11. [7] FAM46B — ген из 7283 пар оснований, расположенный на антисмысловой цепи ДНК на коротком плече хромосомы 1 в определенном локусе 1p36.11. Поскольку он находится на антисмысловой цепи, направление транскрипции FAM46B противоположно стандартной нумерации нуклеотидов вдоль хромосомы. FAM46B начинается с основания 27 339 333 и заканчивается на 27 331 522.

Программа El Dorado через Genomatix предсказывает, что длина промоутерной области составит 1028 оснований, охватывая основания от 27 339 962 до 27 338 935. [9]

Структура экзона и варианты сплайсинга

FAM46B состоит из двух экзонов без альтернативного сплайсинга. Как видно из направления стрелок на экзонах в сравнении с номерами пар оснований на хромосоме, FAM46B находится на обратной цепи хромосомы 1.
FAM46B состоит из двух экзонов без альтернативного сплайсинга. Как видно из направления стрелок на экзонах в сравнении с номерами пар оснований на хромосоме, FAM46B находится на обратной цепи хромосомы 1.

Ген FAM46B содержит два экзона, оба из которых обнаружены в белке FAM46B. Существует одна основная изоформа белка , указывающая на отсутствие альтернативного сплайсинга мРНК FAM46B . [10]

Гомология

Паралоги

FAM46B имеет три паралога в Homo sapiens : FAM46A , FAM46C и FAM46D . [7] Многочисленные выравнивания последовательностей четырех членов FAM46 показывают высокий уровень консервативности, особенно в направлении C-конца . Аминокислоты, консервативные во всех четырех паралогах, указывают на остатки, которые составляют ядро ​​семейства FAM46.

Множественное выравнивание последовательностей паралогов FAM46
Ортологи FAM46B у позвоночных и более отдаленные гомологи у беспозвоночных

Ортологи

FAM46B присутствует у общего предка животных и встречается только у эукариот. Хотя строгие ортологи FAM46B встречаются только у относительно небольшого числа животных, таких как насекомые и позвоночные , ортологи паралогов FAM46 были выявлены у более широкого круга видов. Среди позвоночных FAM46B высококонсервативен у рыб, амфибий и млекопитающих. Распространенными модельными организмами, у которых был выявлен FAM46B, являются Danio rerio , Xenopus tropicalis и Mus musculus . Строгий ортолог FAM46B не встречается у рептилий или птиц; однако паралоги FAM46A и FAM46C встречаются у Anolis carolinensis , а паралог FAM46C встречается у птиц, таких как Gallus gallus . [6]

Далекие гомологи

Отдаленные гомологи FAM46B присутствуют у Drosophila и нематод, таких как Caenorhabditis elegans . Ортологов FAM46B нет у растений, простейших или грибов. [11]

Филогения

Это неукорененное филогенетическое дерево показывает связь между человеческим FAM46B и селективными ортологами и гомологами.

Филогенетическое дерево FAM46B отражает стандартное филогенетическое дерево. Как и следовало ожидать, млекопитающие сгруппированы вместе, а приматы сгруппированы наиболее плотно. Более отдаленные гомологи, такие как Drosophila и Caenorhabditis, находятся слева, представляя большую дивергенцию между последовательностями генов.

Белок

Функция FAM46B пока не определена. Информация ниже основана на биоинформатических анализах и прогнозах.

Свойства/характеристики

Человеческая форма FAM46B содержит 425 аминокислотных остатков, имеет изоэлектрическую точку 8,093 [12] и молекулярную массу 46 888 дальтон . [7] FAM46B — это растворимый белок, предположительно находящийся в цитозоле. [13] [14]

Домены и мотивы

FAM46B содержит только один идентифицированный домен: домен неизвестной функции 1693 (DUF1693). DUF1693 был идентифицирован как часть суперсемейства нуклеотидилтрансфераз и содержит четыре белка, подобных прионам нематод , но точная функция остается неизвестной. [15] Анализ белка SAPS не предсказывает никаких необычных характеристик белка на основе аминокислотного состава, внутренних повторов, зарядовых кластеров или периодичности. [16]

Посттрансляционные модификации

Эта диаграмма суммирует основные посттрансляционные модификации FAM46B. Все отдельные изображения были получены с использованием инструментов, доступных через ExPASy.

FAM46B не содержит, как предполагается, сайт расщепления сигнального пептида , [17] якоря гликофосфатидилинозитола (GPI) или трансмембранные области. Отсутствие сигнального пептида подтверждает предположение, что FAM46B находится в цитозоле.

Инструменты ExPASy использовались для предсказания участков фосфорилирования , участков O-связанного гликозилирования и участков N-связанного гликозилирования . Хотя два участка в FAM46B предсказаны как потенциальные участки N-связанного гликозилирования, FAM46B не имеет сигнального пептида и, таким образом, не попадает в просвет эндоплазматического ретикулума , где происходит N-связанное гликозилирование. Пять участков были идентифицированы как возможные участки O-связанного гликозилирования. [18] Они отмечены в разделе «Концептуальный перевод» ниже.

Наиболее распространенной посттрансляционной модификацией, предсказанной в FAM46B, является фосфорилирование. Программа NetPhos 2.0 предсказывает 23 сайта фосфорилирования. Большинство предсказанных фосфорилирований предсказаны на остатках серина (14), но есть 6 предсказанных на треонине и 3 на тирозинах . [19] Они, как правило, группируются вместе в последовательности белка. Сравнение предсказанных сайтов фосфорилирования у человека, мыши и данио-рерио показывает, что все три вида имеют примерно одинаковое количество и распределение сайтов фосфорилирования (на серинах против треонинов против трирозинов).

Вторичная структура

Точная структура FAM46B не была охарактеризована. Для прогнозирования вторичной структуры использовались программы прогнозирования, доступные через Biology Workbench [20] , такие как GOR4, PELE, CHOFAS. Результаты, полученные с помощью программ в Biology Workbench, сравнивались с результатами, полученными с помощью Phyre2 . [21] Поскольку эти программы являются прогнозирующими и опираются на разные алгоритмы, каждая из них обеспечивает немного разные выходные данные. Консенсус между программами предполагает, что FAM46B содержит в основном альфа-спирали и случайные спирали. Хотя они присутствуют, FAM46B, по-видимому, содержит только несколько небольших участков, заранее предсказанных для формирования бета-листов . Аннотированные результаты прогнозирования вторичной структуры PELE и PHYRE2 представлены на рисунке ниже.

Концептуальный перевод

Концептуальный перевод и ключ для FAM46B

Выражение

Экспрессия гена FAM46B на основе микрочипов в различных тканях. Изображение получено с BioGPS
Экспрессия гена FAM46B на основе микрочипов в различных тканях. Изображение получено с BioGPS

Экспрессию можно оценить различными способами. Как экспрессированные теги последовательностей , так и профили GEO показывают количество транскриптов гена, присутствующего в определенном типе ткани, и относительно общего количества транскриптов генов. Микрочипы также полезны для количественной оценки экспрессии генов. Гибридизация белка in-situ является более точным измерением экспрессии, чем методы на основе мРНК или кДНК, поскольку зонды могут быть напрямую слиты с белком.

Экспрессия FAM46B, разбитая по типу ткани и состоянию здоровья. Данные получены со страницы NCBI UniGene

Согласно некоторым доступным данным микрочипов, FAM46B высоко экспрессируется в языке (уровни в 10 раз выше среднего уровня экспрессии гена для ткани). [22] За пределами языка FAM46B, по-видимому, равномерно экспрессируется в большинстве тканей. В дополнение к экспрессии гена в здоровых тканях, данные EST также подчеркивают экспрессию гена в зависимости от состояния здоровья. Похоже, что экспрессия FAM46B повышается в случаях рака кожи и глиом . [23]

Взаимодействующие белки

Факторы транскрипции, связывающиеся с регуляторными последовательностями

Программа El Dorado через Genomatix была использована для предсказания этого списка факторов транскрипции, которые, вероятно, будут связываться с промоторной областью FAM46B. Предсказаны многочисленные сайты E2F , в дополнение к многочисленным сайтам факторов транскрипции Zinc Finger, нескольким факторам связывания E-box и гомологам TWIST. Сайты связывания неравномерно распределены в промоторной области. Наибольшее скопление сайтов связывания было расположено вокруг основания 177 промотора, что составляет около 600 пар оснований выше начала транскрипции для FAM46B . [9] На изображении ниже показаны выбранные сайты связывания факторов транскрипции для двадцати лучших совпадений, идентифицированных El Dorado, которые находятся на антисмысловой цепи.

Сайты связывания факторов транскрипции с высокими показателями соответствия матрицы и расположенные на антисмысловой цепи. Данные получены из El Dorado

Подтвержденные белок-белковые взаимодействия и возможная клиническая значимость

Скрининг гибридов дрожжей показывает, что FAM46B физически взаимодействует с белком атаксин-1, который кодируется ATXN1 . [8] Точная функция ATXN1 неизвестна, но считается, что он участвует в регуляции аспектов производства белка, в частности транскрипции . Поскольку FAM46B физически взаимодействует с ATXN1, возможно, что FAM46B также играет роль в регуляции производства белка и регуляции транскрипции. [24]

Второй белок, который, как было показано, физически взаимодействует с FAM46B, — это DAZAP2 , богатый пролином белок, экспрессируемый в мозге. [8] В сочетании с информацией об ATXN1 выше, похоже, что FAM46B взаимодействует с мозгоспецифичными белками. Третий белок, идентифицированный дрожжевым двухгибридным скринингом как физический взаимодействующий с FAM46B, — это PEPP2, [8] парный гомеобоксный белок. Если это взаимодействие значимо, то взаимодействие между FAM46B и PEPP2 может играть роль в развитии и морфогенезе.

Однако интерактом белков пока не очень хорошо изучен. Не каждая программа идентифицировала взаимодействующие белки одинаково. Например, STRING идентифицировала ATXN-1 как сильного партнера по взаимодействию с FAM46B, но не идентифицировала PEPP2 или DAZAP2 . Сеть предсказаний от STRING показана на соседнем изображении.

Ссылки

  1. ^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000158246 – Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000046694 – Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ "Ген NCBI: семейство FAM46B с последовательностью сходства 46, член B" . Получено 23 апреля 2013 г.
  6. ^ ab "NCBI BLAST". Национальная медицинская библиотека . Национальный центр биотехнологической информации . Получено 11 мая 2013 г.
  7. ^ abcd "семья с последовательностью сходства 46, член B" . Получено 23 апреля 2013 г.
  8. ^ abcd "FAM46B Interaction Summary". BioGRID . Tyers Lab . Получено 11 мая 2013 г. .
  9. ^ ab "Аннотация и анализ". El Dorado . Genomatix. Архивировано из оригинала 2 декабря 2021 г. Получено 4 мая 2013 г.
  10. ^ "Семейство Homo sapiens с последовательностью сходства 46, член B (FAM46B), мРНК" . Получено 23 апреля 2013 г.
  11. ^ "семья с последовательностью сходства 46, член B" . Получено 23 апреля 2013 г.
  12. ^ "Big-PI". IMP Bioinformatics. Архивировано из оригинала 21 июля 2020 г. Получено 11 мая 2013 г.
  13. ^ "SOSUI Prediction". Архивировано из оригинала 20 марта 2004 года . Получено 4 мая 2013 года .
  14. ^ "PSORT II" . Получено 4 мая 2013 г.
  15. ^ "NCB Conserved Domains: DUF1693 Superfamily" . Получено 23 апреля 2013 г. .
  16. ^ Брендель В., Бухер П., Нурбахш ИР., Блейсделл Б.Е., Карлин С. (март 1992 г.). «Методы и алгоритмы статистического анализа последовательностей белков». Proc . Natl. Acad. Sci. USA . 89 (6): 2002– 6. Bibcode : 1992PNAS...89.2002B. doi : 10.1073/pnas.89.6.2002 . PMC 48584. PMID  1549558. 
  17. ^ Петерсен ТН, Брунак С, фон Хейне Г, Нильсен Х (2011). «SignalP 4.0: различение сигнальных пептидов из трансмембранных областей». Nat. Methods . 8 (10): 785– 6. doi : 10.1038/nmeth.1701 . PMID  21959131.
  18. ^ "NetOGlyc". CBS Prediction Servers . Получено 11 мая 2013 г.
  19. ^ "NetPhos". CBS Prediction Servers . Получено 11 мая 2013 г.
  20. ^ "GOR4, CHOFAS, PELE". Protein Tools . San Diego Supercomputer Center . Получено 12 мая 2013 г.[ постоянная мертвая ссылка ‍ ]
  21. ^ Келли LA, Стернберг MJ (2009). «Прогнозирование структуры белка в Интернете: пример использования сервера Phyre» (PDF) . Nat Protoc . 4 (3): 363–71 . doi :10.1038/nprot.2009.2. hdl : 10044/1/18157 . PMID  19247286. S2CID  12497300.
  22. ^ "SymAtlas Expression FAM46B". BioGPS . Исследовательский институт Скриппса . Получено 12 мая 2013 г.
  23. ^ "UniGene Data, FAM46B". Профиль EST . Национальный центр биотехнологической информации . Получено 12 мая 2013 г.
  24. ^ "ATXN1 - атаксин 1". Genetic Home Reference, Национальная медицинская библиотека . Получено 11 мая 2013 г.

Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Protein_FAM46B&oldid=1212900707"