Расширение праймера
 | Эта статья может быть слишком технической для понимания большинства читателей . ( Октябрь 2014 ) |
Удлинение праймера — это метод, с помощью которого можно картировать 5'-концы РНК , то есть их можно секвенировать и правильно идентифицировать.
Удлинение праймера можно использовать для определения места начала транскрипции (место окончания не может быть определено этим методом), по которому известна его последовательность. Для этой методики требуется радиоактивно меченый праймер (обычно длиной 20–50 нуклеотидов), который комплементарен области вблизи 3'-конца мРНК. Праймеру дают отжигаться с РНК, а обратная транскриптаза используется для синтеза кДНК из РНК, пока он не достигнет 5'-конца РНК. Денатурируя гибрид и используя удлиненный праймер кДНК в качестве маркера на электрофоретическом геле, можно определить место начала транскрипции . Обычно это делается путем сравнения его местоположения на геле с последовательностью ДНК (например, секвенирование по Сэнгеру ), предпочтительно путем использования того же праймера на цепи ДНК-матрицы. Точный нуклеотид, с которого начинается транскрипция, можно определить путем сопоставления меченого удлиненного праймера с нуклеотидом-маркером, которые оба имеют одинаковое расстояние миграции на геле.
Удлинение праймера предлагает альтернативу анализу защиты от нуклеазы (картирование нуклеазы S1) для количественной оценки и картирования транскриптов РНК. Гибридизационный зонд для удлинения праймера представляет собой синтезированный олигонуклеотид, тогда как картирование S1 требует изоляции фрагмента ДНК. Оба метода предоставляют информацию о том, где начинается мРНК, и дают оценку концентрации транскрипта по интенсивности полосы транскрипта на полученном авторадиограмме. Однако, в отличие от картирования S1, удлинение праймера может использоваться только для определения местоположения 5'-конца транскрипта мРНК, поскольку синтез ДНК, необходимый для анализа, зависит от обратной транскриптазы (полимеризуется только в направлении 5' → 3').
На удлинение праймера не влияют сайты сплайсинга, поэтому оно предпочтительно в ситуациях, когда промежуточные сайты сплайсинга мешают картированию S1. Наконец, удлинение праймера точнее, чем картирование S1, поскольку нуклеаза S1, используемая в картировании S1, может «откусывать» концы гибрида РНК-ДНК или не может полностью разрушить одноцепочечные области, из-за чего транскрипт кажется короче или длиннее.
Ссылки
 | Эта статья включает список ссылок , связанных чтений или внешних ссылок , но ее источники остаются неясными, поскольку в ней отсутствуют встроенные цитаты . ( Октябрь 2014 ) |
- https://www.nationaldiagnostics.com/electrophoresis/article/primer-extension
- Шенк, TE, C. Родс, PWJ Ригби и P. Берг. «Биохимическая процедура получения небольших делеций в ДНК вируса обезьян 40». Труды Национальной академии наук 72.4 (1975): 1392-396. Печать.
 | Эта статья по молекулярной или клеточной биологии — заглушка . Вы можете помочь Википедии, расширив ее. |
