Экстракция фенолом

Процедура очистки ДНК и РНК

Фенольная экстракция — это лабораторная техника, которая очищает образцы нуклеиновых кислот с помощью раствора фенола . Фенол — распространенный реагент в экстракции, поскольку его свойства позволяют эффективно извлекать нуклеиновые кислоты, в частности, поскольку он сильно денатурирует белки, является консервантом нуклеиновых кислот и не смешивается с водой.

Это может также относиться к процессу извлечения и выделения фенолов из сырья, такого как каменноугольная смола . Эти очищенные фенолы используются во многих промышленных и медицинских соединениях и используются в качестве прекурсоров в некоторых реакциях синтеза .

Фенольная экстракция нуклеиновых кислот

Фенол (C ₆ H ₅ OH) — водорастворимое соединение, состоящее из фенильной группы (-C ₆ H ₅ ), связанной с гидроксильной группой (-OH).

Экстракция фенолом является широко используемым методом очистки образцов нуклеиновых кислот из клеточных лизатов. ^[1] Чтобы получить нуклеиновые кислоты , клетку необходимо лизировать , а нуклеиновые кислоты отделить от других компонентов клетки.

Фенол — полярное вещество с более высокой плотностью , чем у воды (1,07 г/см ³^[2] по сравнению с 1,00 г/см ³у воды ). При суспендировании в водно-фенольном растворе денатурированные белки и нежелательные компоненты клеток растворяются в феноле, тогда как полярные нуклеиновые кислоты растворяются в водной фазе. ^[3] Затем раствор можно центрифугировать для разделения фенола и воды на отдельные органическую и водную фазы. Очищенные нуклеиновые кислоты можно осадить из водной фазы раствора.

Фенол часто используется в сочетании с хлороформом . ^[4] Добавление равного объема хлороформа и фенола обеспечивает четкое разделение водной и органической фаз. Хлороформ и фенол смешиваются и создают более плотный раствор, чем фенол в отдельности, что способствует разделению органического и водного слоев. Это добавление хлороформа полезно при удалении водной фазы для получения очищенного образца нуклеиновой кислоты.

pH раствора должен быть настроен специально для каждого типа экстракции. Для экстракции ДНК pH регулируется до 7,0–8,0. Для специфической экстракции РНК pH регулируется до 4,5. При pH 4,5 ионы водорода нейтрализуют отрицательные заряды на фосфатных группах , заставляя ДНК растворяться в органической фазе, в то время как РНК может быть выделена отдельно в водной фазе.

Смотрите также

Экстракция фенолом-хлороформом

Ссылки

^ Кирби, KS (1 июля 1957 г.). «Новый метод изоляции дезоксирибонуклеиновых кислот: доказательства природы связей между дезоксирибонуклеиновой кислотой и белком». Biochemical Journal . 66 (3): 495– 504. doi :10.1042/bj0660495. ISSN 0264-6021. PMC 1200047 . PMID 13459887.
^ "Phenol". Sigma-Aldrich . Архивировано из оригинала 9 июля 2022 г. Получено 9 июля 2022 г.
^ Освальд, Ник (18 октября 2021 г.) [12 февраля 2008 г.]. «Основы: как работает экстракция ДНК фенолом». Краткая биография . Архивировано из оригинала 17 июля 2020 г. Получено 9 июля 2022 г.
^ Чан, П.; Чан, Д.; То, К.; Ю, М.; Чунг, Дж.; Чэн, А. (май 2001 г.). «Оценка методов экстракции из тканей, залитых парафином, для ПЦР-амплификации ДНК человека и вирусов». Журнал клинической патологии . 54 (5): 401– 403. doi :10.1136/jcp.54.5.401. ISSN 0021-9746. PMC 1731425. PMID 11328843 .

Внешние ссылки

Физиология.мед.корнелл.edu
Wisegeek.com

[1] Кирби, KS (1 июля 1957 г.). «Новый метод изоляции дезоксирибонуклеиновых кислот: доказательства природы связей между дезоксирибонуклеиновой кислотой и белком». Biochemical Journal . 66 (3): 495– 504. doi :10.1042/bj0660495. ISSN 0264-6021. PMC 1200047 . PMID 13459887.

[2] "Phenol". Sigma-Aldrich . Архивировано из оригинала 9 июля 2022 г. Получено 9 июля 2022 г.

[3] Освальд, Ник (18 октября 2021 г.) [12 февраля 2008 г.]. «Основы: как работает экстракция ДНК фенолом». Краткая биография . Архивировано из оригинала 17 июля 2020 г. Получено 9 июля 2022 г.

[4] Чан, П.; Чан, Д.; То, К.; Ю, М.; Чунг, Дж.; Чэн, А. (май 2001 г.). «Оценка методов экстракции из тканей, залитых парафином, для ПЦР-амплификации ДНК человека и вирусов». Журнал клинической патологии . 54 (5): 401– 403. doi :10.1136/jcp.54.5.401. ISSN 0021-9746. PMC 1731425. PMID 11328843 .