Редактор молекул
Компьютерная программа, используемая для создания и модификации моделируемых представлений молекулярных структур.

Известный редактор молекул — это компьютерная программа для создания и изменения представлений химических структур .

Редакторы молекул могут манипулировать представлениями химической структуры либо в моделируемом двумерном пространстве , либо в трехмерном пространстве с помощью 2D- или 3D-компьютерной графики соответственно. Двумерный вывод используется в качестве иллюстраций или для запросов к химическим базам данных . Трехмерный вывод используется для построения молекулярных моделей, обычно как часть пакетов программного обеспечения для молекулярного моделирования .

Молекулярные редакторы баз данных, такие как Leatherface, [1] RECAP, [2] и Molecule Slicer [3], позволяют автоматически изменять большое количество молекул в соответствии с такими правилами, как «депротонировать карбоновые кислоты» или «разрывать экзоциклические связи», которые может задать пользователь.

Редакторы молекул обычно поддерживают чтение и запись по крайней мере одного формата файла или нотации строки . Примерами каждого из них являются Molfile и упрощенная спецификация записи строки молекулярного ввода (SMILES) соответственно.

Файлы, созданные редакторами молекул, могут отображаться инструментами молекулярной графики .

Отдельные программы

Редактирование 2D-структуры

ПрограммаРазработчик(и)ЛицензияПлатформыИнформация
ACD/ChemSketchACD/ЛабораторииЗапатентованныйОкнаХимически интеллектуальный интерфейс рисования, позволяющий создавать 2D-структуры для органических соединений, металлоорганических соединений, полимеров и структур Маркуша. Доступна бесплатная версия.
ChemDrawПеркинЭлмерЗапатентованныйWindows, macOSВ первую очередь для редактирования 2D химических структур и реакций.
ChemWindowУайлиЗапатентованныйОкнаБесплатное программное обеспечение для академических исследований и обучения; часть программной среды KnowItAll
JChemPaintРазработчики JChemPaintGNU LGPLКроссплатформенныйРедактор 2D структурных формул, написанный на Java
XDrawChemРазработчики XDrawChemGNU GPLWindows, MacOS, LinuxИнструмент для рисования 2D-химической структуры на основе OpenBabel

Редактирование 3D-структуры

ПрограммаРазработчик(и)ЛицензияПлатформыИнформацияПоследний релиз
Амира (программное обеспечение)Визажная визуализация
Института Цузе в Берлине		ЗапатентованныйWindows, MacOS, LinuxВключает инструменты 3D-визуализации. Доступна пробная версия.
Дизайнер АскалафаГибкая МолекулаGNU GPLВиндовс, ЛинуксБесплатный 3D-редактор молекул.2009
АвогадроКоманда проекта АвогадроGNU GPLWindows, MacOS, LinuxРедактор и визуализатор 3D-молекул.22 января 2025 г. 
ДенебAtelGraphicsЗапатентованныйВиндовс, ЛинуксГрафический интерфейс для пакетов моделирования, включая 3D-редактирование.
ГабедитАбдулрахман АллушБСДWindows, MacOS, Linux3D-редактор молекул с возможностями визуализации.27 июля 2021 г. 
МОХимическая вычислительная группаЗапатентованныйWindows, MacOS, LinuxВключает в себя 3D-молекулярные эскизы, редактирование и преобразование 2D в 3D.Июнь 2024 г.
ПиМОЛШредингерЗапатентованная (доступна версия с открытым исходным кодом)КроссплатформенныйПопулярный инструмент молекулярной визуализации с базовыми возможностями 3D-редактирования для структурного анализа.9 апреля 2024 г. 
САМСОНИнрияЗапатентованныйWindows, MacOS, LinuxМодульная платформа для вычислительной нанонауки, включая 3D-молекулярное редактирование.2024
спартанецWavefunction, Inc.ЗапатентованныйWindows, MacOS, LinuxОсновное внимание уделяется 3D-молекулярному моделированию и симуляции.14 мая 2024 г.
ВМДУниверситет ИллинойсаБесплатно для некоммерческого использованияКроссплатформенныйИнструмент 3D-молекулярной визуализации, включающий редактирование структуры с помощью плагина Molefacture.30 ноября 2016 г. 
ЯСАРАЯСАРА БионаукиЗапатентованная (доступна бесплатная версия)КроссплатформенныйПрограммное обеспечение для молекулярной графики и моделирования, ориентированное на структурную биологию, с широкими возможностями 3D-графики.5 октября 2024 г. 

Java-апплеты

АпплетРазработчик(и)ЛицензияИнформация
JChemPaintGNU LGPLАпплеты редактора и просмотра
Редактор молекул JMEПитер ЭртлЗапатентованныйБесплатное программное обеспечение доступно на сайте Molinspiration; Бесплатное программное обеспечение для некоммерческого использования

Встраиваемые редакторы JavaScript

ПрограммаРазработчикЛицензияБраузер IE6-7-8 для ПКБраузер рабочего стола другойайпадайфонандроидИнформация
Программа КекулеЛаборатория Kekule.jsЛицензия Массачусетского технологического институтаДаДаНеизвестныйНеизвестныйНеизвестный
КетчерСистемы ЭПАМЛицензия ApacheНеизвестныйДаНеизвестныйНеизвестныйНеизвестныйПервоначально разработан компанией GGA Software Services, а затем был куплен компанией EPAM Systems.

Смотрите также

Примечания и ссылки

  1. ^ Кенни, Питер В.; Садовски, Йенс (2005). «Модификация структуры в химических базах данных». Хемоинформатика в разработке лекарств. Методы и принципы в медицинской химии. стр. 271–285. doi :10.1002/3527603743.ch11. ISBN 9783527307531.
  2. ^ Льюэлл, Сяо Цин; Джадд, Дункан Б.; Уотсон, Стивен П.; Ханн, Майкл М. (1998). «RECAP-Retrosynthetic Combinatory Analysis Procedure: A Powerful New Technique for Identifying Privileged Molecular Fragments with Useful Applications in Combinatory Chemistry». Журнал химической информации и компьютерных наук . 38 (3): 511– 522. doi :10.1021/ci970429i. PMID  9611787.
  3. ^ Vieth, Michal; Siegel, Miles G.; Higgs, Richard E.; Watson, Ian A.; Robertson, Daniel H.; Savin, Kenneth A.; Durst, Gregory L.; Hipskind, Philip A. (2004). «Характерные физические свойства и структурные фрагменты продаваемых пероральных препаратов». Журнал медицинской химии . 47 (1): 224– 232. doi :10.1021/jm030267j. PMID  14695836.
  • Ввод молекулярной структуры в Интернете
  • Редактор химической структуры: соединяет химию и хемоинформатику
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Molecule_editor&oldid=1270027225#2D_structure_editing"