предшественник микроРНК mir-29

предшественник микроРНК mir-29
предшественник микроРНК mir-29
	Предсказанная вторичная структура и сохранение последовательности mir-29
Идентификаторы
Символ	мир-29
Рфам	РФ00074
miRBase	MI0000087
семейство miRBase	MIPF0000009
Другие данные
Тип РНК	Ген ; миРНК
Домены	Эукариоты
ИДТИ	GO:0035195 GO:0035068
ТАК	SO:0001244
Структуры PDB	ПДБе

Предшественник микроРНК miR -29 , или пре-миРНК, представляет собой небольшую молекулу РНК в форме стебля-петли или шпильки . Каждое плечо шпильки может быть процессировано в один член близкородственного семейства коротких некодирующих РНК , которые участвуют в регуляции экспрессии генов . ^[1] Процессированные или «зрелые» продукты молекулы-предшественника известны как микроРНК (миРНК) и были предсказаны или подтверждены у широкого спектра видов (см. «MIPF0000009» в miRBase: базе данных микроРНК).

обработка миРНК

Животные miRNA сначала транскрибируются как первичная молекула miRNA. Эта «pri-miRNA» может содержать одну или несколько шпилек-предшественников, которые освобождаются от pri-miRNA ядерным ферментом Drosha . Шпилька-предшественник длиной около 70 нуклеотидов экспортируется из ядра и затем обрабатывается ферментом Dicer , чтобы получить зрелую miRNA, которая в среднем имеет длину 22 нуклеотида. Любое плечо предшественника может дать зрелую РНК, хотя в большинстве случаев либо 3' (3p), либо 5' (5p) плечо предпочтительно обрабатывается и загружается в комплекс подавления РНК (RISC). Для предшественника miR-29 3' плечо предшественника РНК дает подавляюще преобладающий продукт (miR-29 или miR-29-3p), хотя 5' плечо (miR-29* или miR-29-5p) также было экспериментально подтверждено.

Семейство miR-29

Многие геномы млекопитающих кодируют четыре тесно связанных предшественника miR-29, которые транскрибируются в двух транскрипционных единицах. Например, человеческие miR-29a и miR-29b-1 процессируются из интрона длинного некодирующего транскрипта (LOC646329) из хромосомы 7. miR-29b-2 (идентичная по последовательности miR-29b-1) и miR-29c ко-транскрибируются из хромосомы 1. Три основные зрелые miRNA, процессируемые из этих предшественников, известны как hsa-miR-29a, hsa-miR-29b и hsa-miR-29c.

Анализ выживаемости по трем независимым наборам данных показывает, что hsa-miR-29c связан с выживаемостью при раке молочной железы. ^[2]

Цели miR-29

Предполагается, что зрелые продукты выполняют регуляторные функции, связываясь с частичной комплементарностью с элементами распознавания микроРНК (MRE) в 3'-нетранслируемой области (3' UTR) целевых транскриптов. Экспериментальные данные свидетельствуют о том, что предполагаемые цели зрелых продуктов miR-29 включают следующее:

Белок дифференцировки клеток миелоидного лейкоза (MCL1) ^[3]является антиапоптотическим членом семейства белков Bcl-2 .
Онкоген TCL1A (Т-клеточный лейкоз /лимфома 1) ^[4] оказался нарушенным при многих Т-клеточных лейкозах , а также при нарушенной регуляции В-клеточных злокачественных опухолей.
ДНК-метилтрансферазы DNMT3A и DNMT3B , которые часто активируются при раке легких . ^[5]
Гомолог белка цинкового пальца 36 (ZFP36) ^[6] , также известный как тристетрапролин (TTP), противовоспалительный и противораковый ген. ^[7]
Фактор 4, ассоциированный с рецептором фактора некроза опухоли (TRAF4), был идентифицирован как мишень miR-29 в В-клетках и как регулятор сигнализации CD40

Недавно, в попытке идентифицировать цели на глобальном уровне с использованием количественной протеомики - подхода SILAC , VDAC1 и VDAC2 были идентифицированы как цели miR-29a в клетках HEK293T . ^[8]

Ссылки

^ Ambros V (декабрь 2001 г.). «микроРНК: крошечные регуляторы с большим потенциалом». Cell . 107 (7): 823–6. doi : 10.1016/S0092-8674(01)00616-X . PMID 11779458.
^ Ланчки, Андраш; Надь, Адам; Боттаи, Джулия; Мункачи, Дьёндьи; Сабо, Андраш; Сантарпия, Либеро; Дьерфи, Балаж (01 декабря 2016 г.). «miRpower: веб-инструмент для проверки микроРНК, связанных с выживанием, с использованием данных об экспрессии 2178 пациентов с раком молочной железы». Исследование и лечение рака молочной железы . 160 (3): 439–446. дои : 10.1007/s10549-016-4013-7. ISSN 1573-7217. PMID 27744485. S2CID 11165696.
^ Mott JL, Kobayashi S, Bronk SF, Gores GJ (сентябрь 2007 г.). "mir-29 регулирует экспрессию белка Mcl-1 и апоптоз". Oncogene . 26 (42): 6133–40. doi :10.1038/sj.onc.1210436. PMC 2432524 . PMID 17404574.
^ Пекарский Ю, Сантанам У, Чиммино А, Паламарчук А, Ефанов А, Максимов В, Волиния С, Алдер Х, Лю К.Г., Рассенти Л, Калин Г.А., Хаган Дж.П., Киппс Т., Кроче СМ (декабрь 2006 г.). «Экспрессия Tcl1 при хроническом лимфоцитарном лейкозе регулируется миР-29 и миР-181» (PDF) . Исследования рака . 66 (24): 11590–3. дои : 10.1158/0008-5472.CAN-06-3613 . ПМИД 17178851.
^ Fabbri M, Garzon R, Cimmino A, Liu Z, Zanesi N, Callegari E, Liu S, Alder H, Costinean S, Fernandez-Cymering C, Volinia S, Guler G, Morrison CD, Chan KK, Marcucci G, Calin GA, Huebner K, Croce CM (октябрь 2007 г.). «Семейство MicroRNA-29 устраняет аберрантное метилирование при раке легких, воздействуя на ДНК-метилтрансферазы 3A и 3B». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (40): 15805–10. doi : 10.1073/pnas.0707628104 . PMC 2000384. PMID 17890317 .
^ Gebeshuber CA, Zatloukal K, Martinez J (апрель 2009 г.). «miR-29a подавляет тристетрапролин, который является регулятором эпителиальной полярности и метастазирования». EMBO Reports . 10 (4): 400–5. doi :10.1038/embor.2009.9. PMC 2672883. PMID 19247375 .
^ Сандуя С., Бланко Ф. Ф., Диксон Д. А. (2011). «Роли белков TTP и BRF в регулируемом распаде мРНК». Wiley Interdisciplinary Reviews: РНК . 2 (1): 42–57. doi :10.1002/wrna.28. PMC 3030256. PMID 21278925 .
^ Bargaje R, Gupta S, Sarkeshik A, Park R, Xu T, Sarkar M, Halimani M, Roy SS, Yates J, Pillai B (2012). «Идентификация новых целей для miR-29a с использованием протеомики miRNA». PLOS ONE . 7 (8): e43243. doi : 10.1371/journal.pone.0043243 . PMC 3428309 . PMID 22952654.

Внешние ссылки

Страница для предшественника микроРНК mir-29 в Rfam
MIPF0000009

[1] Ambros V (декабрь 2001 г.). «микроРНК: крошечные регуляторы с большим потенциалом». Cell . 107 (7): 823–6. doi : 10.1016/S0092-8674(01)00616-X . PMID 11779458.

[2] Ланчки, Андраш; Надь, Адам; Боттаи, Джулия; Мункачи, Дьёндьи; Сабо, Андраш; Сантарпия, Либеро; Дьерфи, Балаж (01 декабря 2016 г.). «miRpower: веб-инструмент для проверки микроРНК, связанных с выживанием, с использованием данных об экспрессии 2178 пациентов с раком молочной железы». Исследование и лечение рака молочной железы . 160 (3): 439–446. дои : 10.1007/s10549-016-4013-7. ISSN 1573-7217. PMID 27744485. S2CID 11165696.

[pmid17404574-3] Mott JL, Kobayashi S, Bronk SF, Gores GJ (сентябрь 2007 г.). "mir-29 регулирует экспрессию белка Mcl-1 и апоптоз". Oncogene . 26 (42): 6133–40. doi :10.1038/sj.onc.1210436. PMC 2432524 . PMID 17404574.

[pmid17178851-4] Пекарский Ю, Сантанам У, Чиммино А, Паламарчук А, Ефанов А, Максимов В, Волиния С, Алдер Х, Лю К.Г., Рассенти Л, Калин Г.А., Хаган Дж.П., Киппс Т., Кроче СМ (декабрь 2006 г.). «Экспрессия Tcl1 при хроническом лимфоцитарном лейкозе регулируется миР-29 и миР-181» (PDF) . Исследования рака . 66 (24): 11590–3. дои : 10.1158/0008-5472.CAN-06-3613 . ПМИД 17178851.

[pmid17890317-5] Fabbri M, Garzon R, Cimmino A, Liu Z, Zanesi N, Callegari E, Liu S, Alder H, Costinean S, Fernandez-Cymering C, Volinia S, Guler G, Morrison CD, Chan KK, Marcucci G, Calin GA, Huebner K, Croce CM (октябрь 2007 г.). «Семейство MicroRNA-29 устраняет аберрантное метилирование при раке легких, воздействуя на ДНК-метилтрансферазы 3A и 3B». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (40): 15805–10. doi : 10.1073/pnas.0707628104 . PMC 2000384. PMID 17890317 .

[pmid19247375-6] Gebeshuber CA, Zatloukal K, Martinez J (апрель 2009 г.). «miR-29a подавляет тристетрапролин, который является регулятором эпителиальной полярности и метастазирования». EMBO Reports . 10 (4): 400–5. doi :10.1038/embor.2009.9. PMC 2672883. PMID 19247375 .

[pmid21278925-7] Сандуя С., Бланко Ф. Ф., Диксон Д. А. (2011). «Роли белков TTP и BRF в регулируемом распаде мРНК». Wiley Interdisciplinary Reviews: РНК . 2 (1): 42–57. doi :10.1002/wrna.28. PMC 3030256. PMID 21278925 .

[8] Bargaje R, Gupta S, Sarkeshik A, Park R, Xu T, Sarkar M, Halimani M, Roy SS, Yates J, Pillai B (2012). «Идентификация новых целей для miR-29a с использованием протеомики miRNA». PLOS ONE . 7 (8): e43243. doi : 10.1371/journal.pone.0043243 . PMC 3428309 . PMID 22952654.