МЕРОПС
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | MEROPS: база данных протеолитических ферментов , их субстратов и ингибиторов. |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Институт Сэнгера Wellcome Trust |
| Авторы | Нил Д. Роулингс |
| Первичная ссылка | Роулингс и др. (2012) [1] |
| Дата выпуска | 2010 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | https://www.ebi.ac.uk/merops/ |
MEROPS — это онлайн-база данных для пептидаз (также известных как протеазы , протеиназы и протеолитические ферменты ) и их ингибиторов. [2] Схема классификации пептидаз была опубликована Rawlings & Barrett в 1993 году, [3] а для ингибиторов белков — Rawlings et al. в 2004 году. [4] Последняя версия, MEROPS 12.4, была выпущена в конце октября 2021 года. [5]
Обзор
Классификация основана на сходстве на третичном и первичном структурных уровнях. Сравнения ограничиваются той частью последовательности, которая непосредственно участвует в реакции, которая в случае пептидазы должна включать активный сайт , а для ингибитора белка — реактивный сайт. Классификация иерархическая: последовательности собираются в семейства, а семейства — в кланы. Каждая пептидаза, семейство и клан имеют уникальный идентификатор.
Классификация
Семья
Семейства пептидаз строятся путем сравнения аминокислотных последовательностей. Семейство собирается вокруг типового примера , последовательности хорошо охарактеризованной пептидазы или ингибитора. Все остальные последовательности в семействе должны быть связаны с типовым примером семейства, либо напрямую, либо через транзитивные отношения, включающие одну или несколько последовательностей, которые уже показаны как члены семейства. Обычно FastA или BlastP используются для установления связей последовательностей, при этом ожидаемое значение 0,001 или ниже считается статистически значимым . Поиски HMMER или psi-blast используются для добавления последовательностей, которые отдаленно связаны с семейством. Каждое семейство идентифицируется буквой, представляющей каталитический тип содержащихся в нем пептидаз, за которым следует произвольный уникальный номер.
Некоторые семейства делятся на подсемейства из-за свидетельств очень древней дивергенции внутри семейства. Дивергенция соответствует более чем 150 принятым точечным мутациям на 100 аминокислотных остатков.
Клан
Сходство трехмерных структур подтверждает доказательства того, что многие семейства имеют общее происхождение с другими. Для описания такой группы семейств используется термин «клан». Клан также формируется вокруг типового примера, представляющего собой структуру хорошо охарактеризованной пептидазы или ингибитора. Семейство включается в клан, если можно показать, что третичная структура члена семейства связана с таковой типового примера клана. Обычно для установления принадлежности к клану используется DALI , при этом z-оценка в 6,00 единиц стандартного отклонения или выше считается статистически значимой. Для пептидаз другие доказательства, указывающие на то, что семейства связаны, когда третичная структура отсутствует, включают тот же порядок каталитических остатков в последовательностях.
Идентификатор
Каждое семейство, клан, пептидаза и ингибитор имеют уникальный идентификатор. Описание и пример идентификаторов приведены в таблице ниже.
| Тип | Идентификатор Описание | Пример идентификатора |
|---|---|---|
| Семья | Буква, указывающая тип катализатора, за которой следует серийный номер, состоящий из двух цифр. | А1 |
| Клан | Первая буква, указывающая тип катализатора, за которой следует порядковая буква | АА |
| Пептидаза | Фамилия (при необходимости дополняемая нулями, чтобы длина составляла три символа), точка и трехзначный серийный номер | А01.001 |
| Ингибитор | Начальная буква «I», за которой следует фамилия (дополненная нулями), точка и трехзначный серийный номер. | И10.001 |
| Ингибитор соединения | Начальная буква «L» относится к любому составному ингибитору. За «L» следует название семейства ингибиторных единиц (дополненное до трех символов). После тире следует трехзначный серийный номер | ЛИ01-001 |
| Низкомолекулярный ингибитор | Каждому СМИ присваивается идентификатор, состоящий из начальной буквы J, за которой следует пятизначное число. | J00095 |
Смотрите также
- Карта протеолиза
- TopFIND — научная база данных, охватывающая протеазы, специфичность их участков расщепления, субстраты, ингибиторы и концы белков, возникающие в результате их активности.
- Суперсемейство белков
- клан ПА
- Каталитическая триада
Ссылки
- ^ Rawlings, Neil D; Barrett Alan J; Bateman Alex (январь 2012 г.). "MEROPS: база данных протеолитических ферментов, их субстратов и ингибиторов". Nucleic Acids Res . 40 (выпуск базы данных). Англия: D343-50. doi :10.1093/nar/gkr987. PMC 3245014. PMID 22086950 .
- ^ Rawlings ND, Barrett AJ, Bateman A (январь 2010 г.). "MEROPS: база данных пептидаз". Nucleic Acids Res . 38 (выпуск базы данных): D227–33. doi :10.1093/nar/gkp971. PMC 2808883. PMID 19892822 .
- ^ Роулингс, Н.Д. и Барретт, А.Дж. (1993) «Эволюционные семейства пептидаз». Biochem J 290, 205-218.
- ^ Роулингс, Н.Д., Толле, Д.П. и Барретт, А.Дж. (2004) «Эволюционные семейства ингибиторов пептидазы». Biochem J 378, 705-716.
- ^ «Что нового в MEROPS?».
Внешние ссылки
- База данных MEROPS Архивировано 14 ноября 2006 г. на Wayback Machine
