Список программного обеспечения для компьютерного органического синтеза

This article uses bare URLs, which are uninformative and vulnerable to link rot. Please consider converting them to full citations to ensure the article remains verifiable and maintains a consistent citation style. Several templates and tools are available to assist in formatting, such as reFill (documentation) and Citation bot (documentation). (August 2022) (Learn how and when to remove this message)

Программное обеспечение для компьютерного органического синтеза — это тип прикладного программного обеспечения, используемого в органической химии совместно с вычислительной химией для облегчения задач проектирования, прогнозирования и проведения химических реакций . Целью CAOS является определение серии химических реакций, которые из исходного соединения могут производить желаемую молекулу . Алгоритмы CAOS обычно используют две базы данных : первую — известных химических реакций, а вторую — известных исходных материалов (т. е. обычно молекул, доступных на рынке). Желаемые планы синтеза обходятся дешевле, имеют высокий выход и не используют опасные реакции и промежуточные продукты. Обычно рассматриваемые как проблема планирования, CAOS достигла значительного прогресса.

• Синтезей - [1]
• Spaya - инструмент планирования ретросинтеза, доступный бесплатно, предоставленный Iktos. Архивировано 11.06.2023 на Wayback Machine.
• IBM Rxn - [2]
• AiZynthFinder — свободно доступный инструмент ретросинтетического планирования с открытым исходным кодом, разработанный в сотрудничестве между AstraZeneca и Университетом Берна. AiZynthFinder прогнозирует синтетические маршруты к заданному целевому соединению и может быть переобучен на собственном наборе данных пользователя, как из общедоступных, так и из собственных источников. ^{[1] [2] [3]}

• Manifold — инструмент поиска соединений и планирования ретросинтеза, свободно доступный для академических пользователей, разработанный PostEra. Архивировано 13.01.2022 на Wayback Machine.
• WODCA – нет пробной версии; фирменное программное обеспечение ^[4]
• Инструмент исследования органического синтеза (OSET) – программное обеспечение с открытым исходным кодом , заброшено ^[5]
• CHIRON – нет пробной версии; проприетарное программное обеспечение ^[6]
• SynGen – демо-версия; фирменное программное обеспечение ; уникальная программа для автоматического создания органического синтеза; фокусируется на создании самых коротких и наименее затратных синтетических маршрутов для заданного целевого органического соединения и, таким образом, является полезным инструментом для планирования синтеза
• LHASA – демо доступно, но не связано (?); проприетарное программное обеспечение
• SYLVIA – демо-версия; собственное программное обеспечение ; быстро оценивает простоту синтеза органических соединений; может расставлять приоритеты среди тысяч структур (например, созданных в ходе экспериментов по разработке de novo или извлеченных из больших виртуальных библиотек соединений) в соответствии с их синтетической сложностью ^[7]
• ChemPlanner (ранее ARChem – Route Designer) – это экспертная система , помогающая химикам разрабатывать жизнеспособные синтетические маршруты для целевых молекул; база знаний правил реакций алгоритмически выводится из баз данных реакций, а коммерчески доступные исходные материалы используются в качестве точек завершения для ретросинтетического поиска.
• ICSYNTH – доступна демоверсия; запатентованное программное обеспечение ; инструмент автоматизированного проектирования синтеза, который позволяет химикам генерировать синтетические пути для целевой молекулы и многошаговое интерактивное дерево синтеза; в его основе лежит алгоритмическая химическая база знаний библиотек преобразований, которые автоматически генерируются из баз данных реакций. ^[8]
• Chematica (теперь известная как Synthia)
• ASKCOS – Пакет инструментов с открытым исходным кодом для планирования синтеза и вычислительной химии. ^[9]

• Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
• Программное обеспечение для молекулярного дизайна
• Редактор молекул
• Молекулярное моделирование на GPU
• Список программного обеспечения для моделирования наноструктур
• Полуэмпирические методы квантовой химии
• Вычислительные химические методы в физике твердого тела с периодическими граничными условиями
• Программы валентных облигаций