KIAA1704
Ген, кодирующий белок у вида Homo sapiens
GPALPP1
Идентификаторы
ПсевдонимыGPALPP1 , KIAA1704, LSR7, bA245H20.2, AD029, мотивы GPALPP, содержащие 1
Внешние идентификаторыMGI : 1914717; HomoloGene : 10234; GeneCards : GPALPP1; OMA :GPALPP1 - ортологи
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Энтрез

55425

67467

Ансамбль

ENSG00000133114

ENSMUSG00000022008

UniProt

Q8IXQ4

Q69ZC8

RefSeq (мРНК)

НМ_018559
НМ_001316951
НМ_001316952

NM_026177

RefSeq (белок)

НП_001303880
НП_001303881
НП_061029

NP_080453

Местоположение (UCSC)Хр 13: 44.99 – 45.04 МбХр 14: 76.32 – 76.35 Мб
Поиск в PubMed[3][4]
Викиданные
Просмотр/редактирование человекаПросмотр/редактирование мыши

KIAA1704 , также известный как LSR7 (липополисахарид-специфический белок ответа 7), представляет собой белок , который у людей кодируется геном GPALPP1 (GPALPP мотивы, содержащие 1) . Функция KIAA1704 пока не совсем понятна. KIAA1704 содержит один домен неизвестной функции , DUF3752. Белок содержит консервативный, незаряженный, повторяющийся мотив GPALPP(GF) вблизи N-конца и необычный, консервативный, смешанный заряд на всем протяжении (легко чередующийся между положительными и отрицательными зарядами). [5] Предполагается, что он локализуется в ядре . [6]

Клиническое значение

KIAA1704 имеет как минимум 5-кратную потерю экспрессии, связанную с лимфомой мантийных клеток. [7]

Во втором исследовании ученые использовали картографирование неравновесного сцепления локуса 13q13-14 для изучения потенциальной восприимчивости к аутизму на пике сцепления 1,5 Мб, включая KIAA1704. Анализ PDTPhase с одним маркером был выполнен для четырех SNP для KIAA1704; однако ни один из SNP не был статистически значимым в ассоциации маркера с локусами . [8]

Исследование экспрессии показало, что KIAA1704 значительно повышается в клетках U937 (макрофагоподобная линия клеток человека) при обработке никотином. [9]

Характеристики

Количество экзонов [10]Длина последовательности мРНК (п.н.) [10]Длина белковой последовательности (а.о.) [10]Молекулярная масса (кД) [6]Изоэлектрическая точка [6]
8143134038.15.0526

Ген

Расположение

KIAA1704 обнаружен на хромосоме 13 , в локусе q14.12, с геномной последовательностью, начинающейся с 45 563 687 п.н. и заканчивающейся на 45 602 405 п.н. [10]

Хромосомное расположение KIAA1704

Соседство генов

KIAA1704GeneNeighborhood

KIAA1704 расположен на положительной цепи, окруженный 5 близлежащими генами.

Положительная ориентация

  • Общий фактор транскрипции IIF (GTF2F2) направлен далее вниз в той же ориентации. Функционально он связывается с РНК-полимеразой II. [11]

Отрицательная ориентация

  • Ядерный белок ломкой X-хромосомы, взаимодействующий с белком умственной отсталости 1 (NUFIp1), проявляет РНК-связывающую активность с определенной ядерной ролью для FMRP . Это РНК-связывающий белок, связанный с ломкой X-хромосомой. Стартовые сайты являются антисмысловыми по отношению к старту KIAA1704. [11]
  • Домен тетрамеризации калиевого канала, содержащий 4 (KCTD4), предположительно участвует в транспорте ионов калия. [11]
  • Опухолевый белок, трансляционно контролируемый 1 ( TPT1 ), участвует в связывании кальция и стабилизации микротрубочек. [11]
  • Малая ядрышковая РНК, H/ACA box 31 (SNORA31) на данный момент не имеет известной функции. [11]

Выражение

KIAA1704 имеет повсеместные паттерны низкой или средней экспрессии в тканях организма (ниже 50%) [12]

Данные экспрессии микрочипов NCBI GDS596

Промоутер

Прогнозирование промотора KIAA1704

Используя аналитические инструменты GenoMatix ElDorado, было предсказано, что длина промотора составляет 727 пар оснований, выступающих в экзон 1. Для этого промотора предсказаны два сайта начала транскрипции, показанные на соседнем изображении. [13]

Промотор KIAA1704 показал значительные пики триметилирования гистона 3 лизина 4 в клетках K562 ( эритроидная клеточная линия). Он также показал повышенную относительную экспрессию в эритроидных предшественниках вместе с соседними генами, NUFIP1 и TPT1. [14]

Дополнительное исследование показало, что проксимальный промотор является одной из многих тысяч прямых целей фактора транскрипции Myc in vivo. [15]

мРНК

Варианты сращивания

Согласно Ensembl , существует четыре варианта кодирования сплайсинга. Ни одна из альтернативных форм сплайсинга не имеет экспериментальных доказательств. Один вариант сплайсинга подвергается бессмысленному опосредованному распаду, в то время как другой, как предсказывают, разрезает ген пополам и сохраняет аминокислоты 171–340. [16]

Сохранение

Поиски NCBI BLAST показывают, что известные ортологи мРНК существуют у млекопитающих, рептилий, птиц, лягушек и рыб с по крайней мере 65% идентичностью последовательностей. [17]

Белок

Общие свойства

KIAA1704 Аннотированная схема белка

Состав

Как показано в таблице ниже, KIAA1704 имеет значительно более высокий процент заряженных аминокислот (D, K, KR, KRED), чем нормальный человеческий белок, и в основном сохраняется в своих ортологичных белках. [5]

Анализ композицииАминокислоты (АК) Распространенность H. sapiensAA Изобилие Mus musculusAA Изобилие Gallus gallusAA Распространенность Xenopus tropicales
Д++42 (12,4%)37 (10,7%)35 (10%)33 (9,8%)
В--6 (1,8%)9 (2,6%)9 (2,6%)-----
К+37 (10,9%)37 (10,7%)----------
Л-17 (5,0%)17 (4,9%)19 (5,4%)-----
КР+62 (18,2%)62 (17,9%)60 (17,1%)56 (16,6%)
КРЕД++134 (39,4%)135 (39,0%)135 (38,6%)122 (36,1%)
ЭД+72 (21,2%)73 (21,1%)75 (21,4%)66 (19,5%)
LVIFM-54 (15,9%)59 (17,1%)58 (16,6%)57 (16,9%)

Сохранение

KIAA1704 имеет ортологов белка, простирающихся через растения, показанных в порядке убывания идентичности в таблице ниже. Млекопитающие имеют самый высокий уровень сохранения с 89 процентами идентичности, за ними следуют птицы , лягушки , рыбы , беспозвоночные , насекомые и растения . [17]

Род и видОбщее названиеРегистрационный номерДлина последовательности (аа)Идентичность последовательности с человеческим белком (%)Сходство последовательности с человеческим белком (%)Эволюционное время до расхождения людей (млн. лет)
Homo sapiensЧеловекNP_061029.23401001000
Пан троглодитыШимпанзеXP_509661.2340991006.4
Макака мулаткарезус-обезьянаXP_001094145344979829.2
Loxodonta африканскаяафриканский саванный слонXP_003412655341959898.8
Sus scrofaДикий кабанXP_001924228346899592.4
Mus musculusМышьNP_080453.2346899394.4
Галлус галлусКурицаNP_0010062703506778371.2
Taeniopygia guttataЗебровая амадинаXP_0021987243427081400.1
Xenopus tropicalesЗападная когтистая лягушкаNP_0010727863386274400.1
Xenopus laevisафриканская когтистая лягушкаNP_0010894743376174661.2
Данио рериоЗебрафишNP_0010034734054961782.7
Saccoglossus kowalevskiiЖелудевый червьXP_00273894635043601369
Culex quinquefasciatusЮжный домовой комарXP_001847636.13354157782.7
Дрозофила ананасоваяПлодовая мушкаXP_00195413534834501215.8
Глицин макс.СояXP_00355619856932511369
Пуччиния граминисСтеблевая ржавчинаXP_00332847134629461215.8

Сохраненные домены

Что касается консервативных доменов , то до сих пор, похоже, не так много информации о консервативном мотиве GPALPP(GF) . Этот мотив представляет нейтральные сегменты в этом высокозаряженном белке.

DUF3752 обычно встречается у эукариот и имеет длину от 140 до 163 аминокислот . Он принадлежит к pfam 12572, члену суперсемейства cl13947 [18]

KIAA1704 Аннотированное зарядовое множественное последовательное выравнивание
Заповедный регион Аминокислотный сайт H. sapiensЗаряд ( кислотный , основной , нейтральный)
Полисерин​41-49Нейтральный
Полиаспарагиновая кислота81-88Кислотный
ГПАЛПП(ГФ)7–14; 32–37; 92–99; 112-119Нейтральный
ИИПГ110–113; 146-149Нейтральный
DUF3752196-333Основной ( pI =10,51)

Информация предоставлена ​​инструментом статистического анализа белков (SAPS). [5]

Изменения после перевода

Инструменты ExPASy предсказывают, что KIAA1704 подвергнется нескольким консервативным посттрансляционным модификациям, включая гликирование , о-связанное гликозилирование , фосфорилирование серина , фосфорилирование треонина и несколько киназоспецифических фосфорилирований ( PKC , PKA и CKII). [6]

Вторичная структура

Есть четыре консервативных предсказанных альфа-спирали, расположенных по направлению к концу C белка. Предполагается, что конец N будет доминировать закрученными областями. [19]

Субклеточная локализация

ExPASy PSORT предсказывает 74% вероятность локализации в ядре. [6]

Ссылки

  1. ^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000133114 – Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000022008 – Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ abc Brendel V, Bucher P, Nourbakhsh IR, Blaisdell BE, Karlin S (март 1992). "Методы и алгоритмы статистического анализа белковых последовательностей". Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 89 (6): 2002– 6. Bibcode :1992PNAS...89.2002B. doi : 10.1073/pnas.89.6.2002 . PMC 48584 . PMID  1549558. 
  6. ^ abcde Gasteiger E, Gattiker A, Hoogland C, Ivanyi I, Appel RD, Bairoch A (июль 2003 г.). "ExPASy: сервер протеомики для углубленного изучения и анализа белков". Nucleic Acids Res . 31 (13): 3784– 8. doi :10.1093/nar/gkg563. PMC 168970. PMID  12824418 . 
  7. ^ Шрейдерс М., Джарес П., Беа С., Шенмейкерс Э.Ф., ван Крикен Дж.Х., Кампо Э., Гроенен П.Дж. (октябрь 2008 г.). «Интегрированное геномное профилирование и профилирование экспрессии при мантийно-клеточной лимфоме: идентификация генов-кандидатов, регулируемых дозировкой генов». Бр. Дж. Гематол . 143 (2): 210–21 . doi : 10.1111/j.1365-2141.2008.07334.x . ПМИД  18699851.
  8. ^ дель Пилар Гаравито, Мария (2009). Тонкое картирование локусов восприимчивости к аутизму на хромосоме 1q23-24 и хромосоме 13q13-q14 (диссертация). Университет Ратгерса. doi : 10.7282/T3BK1CJ5.
  9. ^ Koshi R, Sugano N, Orii H, Fukuda T, Ito K (декабрь 2007 г.). «Микроматричный анализ изменений экспрессии генов, вызванных никотином, в макрофагально-подобной линии клеток человека». Journal of Periodontal Research . 42 (6): 518–26 . doi :10.1111/j.1600-0765.2007.00976.x. PMID  17956464.
  10. ^ abcd "Genecards" . Получено 14 мая 2012 г.
  11. ^ abcde "NCBI AceView".
  12. ^ Barrett T, Troup DB, Wilhite SE, Ledoux P, Rudnev D, Evangelista C, Kim IF, Soboleva A, Tomashevsky M, Edgar R (январь 2007 г.). "NCBI GEO: добыча десятков миллионов профилей экспрессии — обновление базы данных и инструментов". Nucleic Acids Res . 35 (выпуск базы данных): D760–5. doi :10.1093/nar/gkl887. PMC 1669752. PMID  17099226 . 
  13. ^ "GenoMatix ElDorado". Архивировано из оригинала 2021-05-22 . Получено 2012-05-14 .
  14. ^ Sankaran VG, Menne TF, Šćepanović D, Vergilio JA, Ji P, Kim J, Thiru P, Orkin SH, Lander ES, Lodish HF (январь 2011 г.). «МикроРНК-15a и -16-1 действуют через MYB, повышая экспрессию фетального гемоглобина при трисомии 13 у человека». Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 108 (4): 1519– 24. Bibcode :2011PNAS..108.1519S. doi : 10.1073/pnas.1018384108 . PMC 3029749 . PMID  21205891. 
  15. ^ Ким, Йогнхван (2005). «Полногеномное картирование ДНК-белковых взаимодействий у эукариот». Университет Остина, Техас .
  16. ^ «Браузер генома Ensembl».
  17. ^ ab Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ (октябрь 1990 г.). "Базовый инструмент поиска локального выравнивания". J. Mol. Biol . 215 (3): 403– 10. doi :10.1016/S0022-2836(05)80360-2. PMID  2231712. S2CID  14441902.
  18. ^ «Структура NCBI».
  19. ^ "SDSC Biology Workbench PELE" . Получено 14 мая 2012 г.
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=KIAA1704&oldid=1212914812"