Якоба

Якоба
	Четыре вида якобид , демонстрирующие бороздку и жгутики: Jakoba libera (вентральный вид), Stygiella incarcerata (вентральный вид), Reclinomonas americana (верхний вид) и Histiona aroides (вентральный вид)
Научная классификация
Домен:	Эукариоты
(без рейтинга):	Экскавата
Сорт:	Якобея
Заказ:	Якобида
Семья:	Якобиды; Паттерсон 1990
Род:	Якоба; Паттерсон 1990
Типовой вид
	Якоба Либера; (Руинен 1938) Паттерсон 1990
Разновидность
	J. bahamiensis; J.либера;

Род эукариотических организмов

Jakoba — род в таксоне Excavata ^[1] [^2] и в настоящее время имеет единственный описанный вид Jakoba libera , описанный Паттерсоном в 1990 году^[3] и названный в честь голландского ботаника (альгология, миология и лихенология) Якобы Руинена.^[4] (Ранее описанный Jakoba incarcerata был переименован в Andalucia incarcerata , а Jakoba bahamensis / Jakoba bahamiensis официально не описан.)^[5]

Jakoba libera, фазово-контрастная световая микрофотография живой клетки из типовой культуры

Внешний вид и характеристики

Jakoba — это небольшие бактериоядные зоофлагелляты ( якобиды ), обитающие в морской ^[6] и гиперсоленой среде. ^[5] Это свободноплавающие трофические клетки с двумя жгутиками , длина которых составляет от пяти до десяти микрометров. Клетки вращаются вдоль своей продольной оси, что позволяет им плавать по прямой ^[6], если только не происходит деформация и «извивание» из-за сжатия в мусоре. Во время питания бактерии удаляются из водной толщи течением, создаваемым задним жгутиком . Это течение заставляет бактерии собираться в канавке ^[7] на правой брюшной стороне клетки ^[6] , что способствует приему пищи и созданию пищевых вакуолей . ^[7]

Ультраструктура

Клеточные компоненты для Jakoba не являются особенно уникальными. Они содержат одно ядро , обнаруженное близко к жгутиковым основаниям, одно тельце Гольджи , а митохондриальные кристы уплощены, что предполагает связь с другими платикристатными таксонами. Митохондрии Jakoba представляют особый интерес с эволюционной точки зрения из-за их уникальных бактериальных митохондриальных геномов . Было обнаружено, что их митохондриальные геномы содержат значительно больше функциональных генов, чем геномы других эукариотических групп, и, по-видимому, они сохранили предковую эубактериальную РНК-полимеразу , которая была заменена полимеразой вирусного типа у всех других митохондриальных эукариот. В целом, митохондриальные геномы якобид примитивно сложны в том смысле, что они больше похожи на своих протеобактериальных предков, чем любые другие митохондрии . ^[8]

Жизненный цикл

Якоба размножается бесполым путем путем бинарного деления . Половое размножение или образование цист не наблюдалось. ^[6]

Данные молекулярной последовательности

«Кольцевой митохондриальный геном штамма Jakoba libera ATCC 50422 имеет размер 96,6 кб. н. Секвенирование почти завершено. В настоящее время идентифицировано 77 генов, ни один из которых не содержит интрон. Межгенные области составляют ~ 30% генома и содержат кластеры тандемных повторов, длина единицы которых составляет ~ 20 п. н. Транскрибируемые гены находятся на обеих цепях ДНК. Для трансляции используется стандартный генетический код . Кодируемые гены включают те, которые обычно встречаются в мтДНК , включая гены, кодирующие белок, nad1,2,3,4,4L,5,6, cob, cox1,2,3 и atp6,8,9, а также гены большой субъединицы (rnl) и малой субъединицы (rns) рРНК и >22 генов тРНК . Также присутствует ряд генов белков, типичных для простейших, но не животных или грибковых мтДНК . К ним относятся nad7,9,11, atp1, rpl2,5,6,14,16 и rps2-4,11-14,19. Ряд уникальных ORF также кодируется мтДНК J. libera . «Ряд митохондриальных генов J. libera редки или отсутствуют в других митохондриальных геномах, но присутствуют в бактериях . Среди этих редких или уникальных генов, кодируемых мтДНК, есть dpo, rpoB,C, rrn5, rnpB, tufA, yejU-W и несколько генов рибосомальных белков». «Сравнение порядка генов в мтДНК J. libera …» показывает «кластеры, которые в противном случае не встречаются у бактерий , но которые, очевидно, появились в ходе эволюции митохондриального генома после расхождения прото-митохондрии от бактериальной линии. Примерами являются кластеры sdh3 to nad5 (состоящие из 5 генов), atp8-[trn]-rps4-atp9 и nad11-nad1-cox11-cox3-tufA». ^[9]

Культуры

В настоящее время для культивирования доступны три штамма Jakoba libera . Их нельзя выращивать аксенически , но их легко выращивать в минимальной среде с добавлением бактерий ( Klebsiella aerogenes ) ^[6]

Ссылки

^ Родригес-Эспелета, Найара; Хеннер Бринкманн; Гертруда Бургер; Эндрю Дж. Роджер; Майкл В. Грей; Эрве Филипп; Б. Франц Ланг (август 2007 г.). «К разрешению эукариотического дерева: филогенетическое положение якобидов и церкозоанов». Current Biology . 17 (16): 1420– 1425. doi : 10.1016/j.cub.2007.07.036 . PMID 17689961.
^ Симпсон, А.Г.Б. и Паттерсон, DJ 2001. О якобидах ядра и таксонах из раскопок: ультраструктура Jakoba incarcerata. J. Euk. Microbial., 48: 480-492. https://doi.org/10.1111/j.1550-7408.2001.tb00183.x
^ Patterson, DJ 1990. Jakoba libera (Ruinen, 1938) гетеротрофный жгутиконосец из глубоких океанических осадков. Журнал Морской Биологической Ассоциации, Великобритания 70: 381-393
^ Буркхардт, Лотте (2022). Eine Enzyklopädie zu eponymischen Pflanzennamen [ Энциклопедия одноименных названий растений ] (pdf) (на немецком языке). Берлин: Ботанический сад и Ботанический музей, Свободный университет Берлина. дои : 10.3372/epolist2022. ISBN 978-3-946292-41-8. Получено 27 января 2022 г. .
^ ab "Jakoba libera". The Tree of Life Web Project. Архивировано из оригинала 27 сентября 2011 г. Получено 3 апреля 2012 г.
^ abcdef "Jakoba". База данных изображений протистов. Архивировано из оригинала 22 сентября 2006 г. Получено 3 апреля 2012 г.
^ ab "Jakoba libera". Энциклопедия жизни . Получено 3 апреля 2012 г.
^ "Jakobida". Веб-проект "Древо жизни". Архивировано из оригинала 29.11.2019 . Получено 13.04.2012 .
^ "Jakoba libera Mitochondria genome organization, gene content, genetic code" . Получено 3 апреля 2012 г. .
^ "Введение в якобидные жгутиконосцы". База данных изображений протистов . Получено 12 апреля 2012 г.

[1] Родригес-Эспелета, Найара; Хеннер Бринкманн; Гертруда Бургер; Эндрю Дж. Роджер; Майкл В. Грей; Эрве Филипп; Б. Франц Ланг (август 2007 г.). «К разрешению эукариотического дерева: филогенетическое положение якобидов и церкозоанов». Current Biology . 17 (16): 1420– 1425. doi : 10.1016/j.cub.2007.07.036 . PMID 17689961.

[2] Симпсон, А.Г.Б. и Паттерсон, DJ 2001. О якобидах ядра и таксонах из раскопок: ультраструктура Jakoba incarcerata. J. Euk. Microbial., 48: 480-492. https://doi.org/10.1111/j.1550-7408.2001.tb00183.x

[3] Patterson, DJ 1990. Jakoba libera (Ruinen, 1938) гетеротрофный жгутиконосец из глубоких океанических осадков. Журнал Морской Биологической Ассоциации, Великобритания 70: 381-393

[4] Буркхардт, Лотте (2022). Eine Enzyklopädie zu eponymischen Pflanzennamen [ Энциклопедия одноименных названий растений ] (pdf) (на немецком языке). Берлин: Ботанический сад и Ботанический музей, Свободный университет Берлина. дои : 10.3372/epolist2022. ISBN 978-3-946292-41-8. Получено 27 января 2022 г. .

[Jakoba_libera_-Tree_Life-5] "Jakoba libera". The Tree of Life Web Project. Архивировано из оригинала 27 сентября 2011 г. Получено 3 апреля 2012 г.

[Jakoba._Protist_Image_Database-6] "Jakoba". База данных изображений протистов. Архивировано из оригинала 22 сентября 2006 г. Получено 3 апреля 2012 г.

[Jakoba_libera-Encyclopedia_of_Life-7] "Jakoba libera". Энциклопедия жизни . Получено 3 апреля 2012 г.

[April_3,_2012-8] "Jakobida". Веб-проект "Древо жизни". Архивировано из оригинала 29.11.2019 . Получено 13.04.2012 .

[9] "Jakoba libera Mitochondria genome organization, gene content, genetic code" . Получено 3 апреля 2012 г. .

[10] "Введение в якобидные жгутиконосцы". База данных изображений протистов . Получено 12 апреля 2012 г.