Международное сотрудничество в области базы данных последовательностей нуклеотидов

Международная коллаборация по базам данных последовательностей нуклеотидов ( INSDC ) представляет собой совместную работу по сбору и распространению баз данных, содержащих последовательности ДНК и РНК . [1] Она включает в себя следующие компьютеризированные базы данных : Банк данных ДНК Японии ( Япония ) NIG , GenBank NCBI ( США ) и Европейский архив нуклеотидов ( EMBL ) EMBL - EBI . Новые и обновленные данные о последовательностях нуклеотидов , предоставленные исследовательскими группами в каждую из трех баз данных, синхронизируются ежедневно посредством постоянного взаимодействия между сотрудниками каждой из сотрудничающих организаций.

Все данные в INSDC доступны для свободного и неограниченного доступа, для любых целей, без ограничений на анализ, распространение или повторную публикацию данных. Эта политика является основополагающим принципом INSDC с момента его создания. [2] С 1990-х годов большинство крупнейших мировых научных журналов требуют, чтобы данные о последовательностях были размещены в базе данных INSDC в качестве предварительного условия для публикации.

Синхронизация DDBJ / EMBL -EBI / GenBank поддерживается в соответствии с рядом руководящих принципов, которые разрабатываются и публикуются Международным консультативным советом. [3] Руководящие принципы состоят из общего определения таблиц характеристик [4] для баз данных, которые регулируют содержание и синтаксис записей базы данных, [5] в форме общего DTD ( определение типа документа ).

Синтаксис называется INSDSeq, и его ядро ​​состоит из последовательности букв генной экспрессии ( аминокислотной последовательности) и последовательности букв для нуклеотидных оснований в гене или декодированном сегменте. В операции DBFetch показана типичная запись INSD в базе данных EMBL-EBI; [6] та же запись в NCBI. [7]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Karsch-Mizrachi, I.; Nakamura, Y.; Cochrane, G.; Международное сотрудничество в области базы данных последовательностей нуклеотидов (2011). "Международное сотрудничество в области базы данных последовательностей нуклеотидов". Nucleic Acids Research . 40 (выпуск базы данных): D33 – D37 . doi :10.1093/nar/gkr1006. PMC  3244996. PMID  22080546 .
  2. ^ Брунак, Сорен; Данчин, Антуан; Хаттори, Масахира; Накамура, Харуки; Шинозаки, Кадзуо; Матисе, Тара; Пройсс, Дафна (15 ноября 2002 г.). «Политика базы данных нуклеотидных последовательностей». Наука . 298 (5597): 1333. doi :10.1126/science.298.5597.1333b. ISSN  1095-9203. PMID  12436968. S2CID  42740562.
  3. ^ "INSDC :: Advisors". Архивировано из оригинала 2007-12-09 . Получено 2019-06-29 .
  4. ^ "Определение таблицы признаков DDBJ/ENA/GenBank". Ebi.ac.uk. Архивировано из оригинала 2005-03-24 . Получено 2019-06-29 .
  5. ^ "Европейский архив нуклеотидов < EMBL-EBI". www.ebi.ac.uk .
  6. ^ "Просмотр базы данных". Архивировано из оригинала 2005-02-12 . Получено 2005-03-02 .
  7. ^ США (2019-05-06). "Trifolium repens мРНК для нецианогенной бета-глюкозидазы - Нуклеотид - NCBI". Ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2019-06-29 .
  • Официальный сайт
  • Официальный сайт
  • Сайт EMBL-EBI INSDC
  • База данных нуклеотидов EMBL-EBI
  • Банк данных ДНК Японии
  • Поиск нуклеотидов GenBank
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Международное_сотрудничество_баз_данных_нуклеотидных_последовательностей&oldid=1261936111"