ИНАВА

ИНАВА
Идентификаторы
Псевдонимы	INAVA , открытая рамка считывания хромосомы 1 106, C1orf106, активатор врожденного иммунитета
Внешние идентификаторы	ОМИМ : 618051; МГИ : 1921579; Гомологен : 10103; GeneCards : ИНАВА; ОМА :ИНАВА - ортологи
Расположение гена ( человек )
Хр.	Хромосома 1 (человек)
Конец	200,915,742 п.н.
Расположение гена ( Мышь )
Хр.	Хромосома 1 (мышь)
Конец	136,162,002 п.н.
Паттерн экспрессии РНК
	Верх выражен в
	слизистая оболочка подвздошной кишки; ; слизистая оболочка тонкой кишки; ; носовой эпителий; ; слизистая оболочка толстой кишки; ; слизистая оболочка сигмовидной кишки; ; слизистая оболочка поперечно-ободочной кишки; ; конъюнктива века; ; протоковая клетка поджелудочной железы; ; эпителий десны; ; двенадцатиперстная кишка;
	Верх выражен в
	эпителий желудка; ; левая кишка; ; губа; ; переходный эпителий мочевого пузыря; ; подвздошная кишка; ; двенадцатиперстная кишка; ; сперматид; ; правая почка; ; генитальный бугорок; ; желточный мешок;
	Больше данных по справочным выражениям
	н/д
Генная онтология
Молекулярная функция	связывание белков;
Клеточный компонент	ядро; цитоплазма;
Биологический процесс	сигнальный путь рецептора распознавания образов; продукция цитокинов, участвующих в иммунном ответе; ответ на пептидогликан; ответ на мурамилдипептид; положительная регуляция продукции интерлейкина-1 бета; положительная регуляция продукции интерлейкина-10; положительная регуляция продукции интерлейкина-6; позитивная регуляция каскада MAPK, активируемого стрессом; положительная регуляция киназы I-kappaB/сигнализации NF-kappaB; нуклеотид-связывающий домен олигомеризации, содержащий 2 сигнальных пути; процесс биосинтеза активных форм кислорода; процесс иммунной системы; врожденный иммунный ответ; позитивная регуляция убиквитинирования белков; поддержание адгезивного соединения; поддержание структуры кишечного эпителия;
	Источники:Amigo/QuickGO
Ортологи
	55765
	67313
	ENSG00000163362
	ENSMUSG00000041605
	Q3KP66
	Q7TN12
	NM_001142569 ; NM_018265 ; NM_001367289 ; NM_001367290
	NM_028872
	НП_001136041 ; НП_060735 ; НП_001354218 ; НП_001354219
	НП_083148 ; НП_001392081 ; НП_001392082 ; НП_001392083
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Ген, кодирующий белок у вида Homo sapiens

INAVA , иногда называемый гипотетическим белком LOC55765 , представляет собой белок с неизвестной функцией, который у людей кодируется геном INAVA . ^[5] Менее распространенные псевдонимы гена включают FLJ10901 и MGC125608.

Ген

Расположение

У людей INAVA находится на длинном плече хромосомы 1 в локусе 1q32.1. Он охватывает от 200 891 499 до 200 915 736 (24,238 кб) на плюс-цепи. ^[5]

Джин соседство

INAVA фланкирован рецептором 25, связанным с G-белком (выше по течению), и членом семейства повторов maestro heat-like 3 (MROH3P), предсказанным нижестоящим псевдогеном. Псевдоген 6 рибосомного белка L34 (RPL34P6) находится выше по течению, а член семейства кинезинов 21B — ниже по течению. ^[5]

Промоутер

Предсказанный участок промотора C1orf106 с предполагаемыми сайтами связывания факторов транскрипции

Существует семь предсказанных промоторов для INAVA, и экспериментальные данные свидетельствуют о том, что изоформы 1 и 2, наиболее распространенные изоформы, транскрибируются с использованием разных промоторов. ^[6] MatInspector, инструмент, доступный через Genomatix, использовался для прогнозирования участков связывания факторов транскрипции в потенциальных областях промотора. Факторы транскрипции, которые, как прогнозируется, нацелены на ожидаемый промотор для изоформы 1, экспрессируются в ряде тканей. Наиболее распространенными тканями экспрессии являются мочеполовая система, нервная система и костный мозг. Это совпадает с данными по экспрессии для белка INAVA, который высоко экспрессируется в почках и костном мозге. ^[7] Справа показана схема предсказанной области промотора с выделенными участками связывания факторов транскрипции. Факторы, которые, как прогнозируется, связываются с областью промотора изоформы 2, различаются, и двенадцать из двадцати лучших предсказанных факторов экспрессируются в клетках крови и/или тканях сердечно-сосудистой системы.

Выражение

C1orf106 экспрессируется в широком спектре тканей. Данные по экспрессии из профилей GEO показаны ниже. Места наибольшей экспрессии перечислены в таблице. Экспрессия умеренная в плаценте, простате, яичках, легких, слюнных железах и дендритных клетках. Она низкая в мозге, большинстве иммунных клеток, надпочечниках, матке, сердце и адипоцитах. ^[7] Данные по экспрессии, полученные в ходе различных экспериментов, обнаруженных в профилях GEO, свидетельствуют о том, что экспрессия INAVA повышается при нескольких видах рака, включая: рак легких, яичников, колоректальный рак и рак молочной железы.

Салфетка	Процентильный ранг
В-лимфоциты	90
Трахея	89
Кожа	88
Клетки эпителия бронхов человека	88
Колоректальная аденокарцинома	87
Почка	87
Язык	85
Поджелудочная железа	84
Приложение	82
Костный мозг	80

мРНК

Изоформы

Ген INAVA производит девять предполагаемых изоформ, семь из которых, как предполагается, кодируют белки. ^[8] Изоформы 1 и 2, показанные ниже, являются наиболее распространенными изоформами.

Изоформа 1, которая является самой длинной, принята в качестве канонической изоформы. Она содержит десять экзонов, которые кодируют белок длиной 677 аминокислот, в зависимости от источника. Некоторые источники сообщают, что белок состоит всего из 663 аминокислот из-за использования стартового кодона, который находится на сорок два нуклеотида ниже по течению. Согласно NCBI, эта изоформа была предсказана только вычислительным путем. ^[5] Это может быть связано с тем, что последовательность Козака , окружающая стартовый кодон ниже по течению, больше похожа на консенсусную последовательность Козака, как показано в таблице ниже. Softberry был использован для получения последовательности предсказанной изоформы. ^[9] Изоформа 2 короче из-за укороченного N-конца. Обе изоформы имеют альтернативный сайт полиаденилирования. ^[8]

регуляция miRNA

Предсказанная целевая последовательность miRNA

miRNA-24 была идентифицирована как микроРНК , которая потенциально может воздействовать на мРНК INAVA. ^[10] Показан сайт связывания, расположенный в 5'-нетранслируемой области .

Белок

Общие свойства

Изоформа 1, представленная на схеме ниже, содержит домен DUF3338, два участка с низкой сложностью и участок, богатый пролином. Белок богат аргинином и пролином, а также содержит меньшее, чем в среднем, количество аспарагина и гидрофобных аминокислот, в частности фенилаланина и изолейцина. ^[11] Изоэлектрическая точка составляет 9,58, а молекулярная масса немодифицированного белка составляет 72,9 кдал. ^[12] Не предполагается, что у белка есть N-концевой сигнальный пептид, но есть предсказанные сигналы ядерной локализации (NLS) и богатый лейцином ядерный экспортный сигнал . ^[13]^[14]^[15]

Модификации

INAVA, как предполагается, будет сильно фосфорилирован. ^[16]^[17] Сайты фосфорилирования, предсказанные PROSITE, показаны в таблице ниже. Прогнозы NETPhos проиллюстрированы на диаграмме. Каждая линия указывает на предсказанный сайт фосфорилирования и соединяется с буквой, которая представляет либо серин (S), либо треонин (T), либо тирозин (Y).

Сайты фосфорилирования, предсказанные NETPhos. Буква соответствует серину (S), треонину (T) или тирозину (Y).

Структура

Спиральные спирали, как прогнозируется, охватывают остатки 130-160 и 200-260. ^[18] Вторичный состав, как прогнозируется, будет включать около 60% случайных спиралей, 30% альфа-спиралей и 10% бета-слоев. ^[19]

Взаимодействия

Белки, с которыми взаимодействует белок INAVA, недостаточно хорошо охарактеризованы. Данные, полученные в результате анализа текста, свидетельствуют о том, что INAVA может взаимодействовать со следующими белками: DNAJC5G, SLC7A13, PIEZO2, MUC19. ^[20] Экспериментальные данные, полученные в результате скрининга двух гибридов дрожжей, свидетельствуют о том, что белок INAVA взаимодействует с белком 14-3-3 сигма, который является адаптерным белком. ^[21]

Гомология

INAVA хорошо сохраняется у позвоночных, как показано в таблице ниже. Последовательности были получены из BLAST ^[22] и BLAT . ^[23]

	Последовательность	Род и вид	Общее название	вступление в NCBI	Длина(аа)	Идентичность последовательности	Время с момента расхождения (млн. лет)
*	C1orf106	Homo sapiens	Человек	NP_060735.3	667	100%	NA
*	C1orf106	Macaca fascicularis	Макака, поедающая крабов	XP_005540414.1	703	97%	29.0
*	LOC289399	Rattus norvegicus	Норвежская крыса	NP_001178750.1	667	86%	92.3
*	Предсказанный гомолог C1orf106	Одобенус розмарус дивергенс	Морж	XP_004392787.1	672	85%	94.2
*	C1orf106-подобный	Loxodonta африканская	Слон	XP_003410255.1	663	84%	98.7
*	Предсказанный гомолог C1orf106	Dasypus novemcinctus	Девятипоясной броненосец	XP_004478752.1	676	81%	104.2
*	Предсказанный гомолог C1orf106	Охотона принцепс	Американская пищуха	XP_004578841.1	681	78%	92.3
*	Предсказанный гомолог C1orf106	Монодельфис домашний	Серый короткохвостый опоссум	XP_001367913.2	578	76%	162.2
*	Предсказанный гомолог C1orf106	Chrysemys picta bellii	Расписная черепаха	XP_005313167.1	602	56%	296.0
*	Предсказанный гомолог C1orf106	Geospiza fortis	Средний земляной вьюрок	XP_005426868.1	542	50%	296.0
*	Предсказанный гомолог C1orf106	Миссисипский аллигатор	Аллигатор	XP_006278041.1	547	49%	296.0
*	Предсказанный гомолог C1orf106	Фицедула белая	Мухоловка-воротничок	XP_005059352.1	542	49%	296.0
	Предсказанный гомолог C1orf106	Латимерия лопастная	латимерия западной части Индийского океана	XP_005988436.1	613	46%	414.9
*	Предсказанный гомолог C1orf106	Леписостеус глазчатый	Пятнистый щука	XP_006628420.1	637	44%	400.1
*	Домен FERM, содержащий 4A	Xenopus (Silurana) тропический	Западная когтистая лягушка	XP_002935289.2	695	43%	371.2
*	Предсказанный гомолог C1orf106	Ореохромис нилотический	Нильская тилапия	XP_005478188.1	576	40%	400.1
	Предсказанный гомолог C1orf106	Haplochromis burtoni	Астатотиляпия буртони	XP_005914919.1	576	40%	400.1
	Предсказанный гомолог C1orf106	Пундамилия ньеререи	Haplochromis nyererei	XP_005732720.1	577	40%	400.1
*	LOC563192	Данио рерио	Зебрафиш	NP_001073474.1	612	37%	400.1
	LOC101161145	Оризиас латипес	японская рисовая рыба	XP_004069287.1	612	33%	400.1

Ниже показан график идентичности последовательностей в зависимости от времени с момента расхождения для отмеченных звездочкой записей. Цвета соответствуют степени родства (зеленый = близкородственный, фиолетовый = отдаленнородственный).

Процент идентичности последовательностей по отношению к родству видов

Паралоги

Белки, которые считаются паралогами INAVA, не согласованы между базами данных. Было проведено множественное выравнивание последовательностей (MSA) потенциально паралогичных белков для определения вероятности действительно паралогичных отношений. ^[24] Последовательности были получены из поиска BLAST у людей с белком C1orf106. MSA предполагает, что белки имеют общий гомологичный домен, DUF3338, который обнаружен у эукариот. Часть множественного выравнивания последовательностей показана ниже. За исключением домена DUF (выделен зеленым), было мало консерватизма. Домен DUF3338 не обладает какими-либо необычными физическими свойствами, однако одним примечательным открытием является то, что каждый из белков в MSA, как предсказано, имеет два сигнала ядерной локализации. Все белки в MSA, как предсказано, локализуются в ядре. ^[13] Сравнение физических свойств белков также было проведено с использованием SAPS и показано в таблице. ^[11]

Клиническое значение

В генной области INAVA было выявлено в общей сложности 556 однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), 96 из которых связаны с клиническим источником. ^[25] Ривас и др. ^[26] выявили четыре SNP, показанные в таблице ниже, которые могут быть связаны с воспалительным заболеванием кишечника и болезнью Крона . Согласно GeneCards, другие ассоциации с заболеваниями могут включать рассеянный склероз и язвенный колит . ^[27]

Остаток	Изменять	Примечания
333 (rs41313912)	Тирозин ⇒ фенилаланин	Фосфорилированный, умеренная консервация
376	Аргинин ⇒ цистеин	Умеренная охрана природы
397	Аргинин ⇒ треонин	Не сохраняется
554 (rs61745433)	Аргинин ⇒ цистеин	Умеренная охрана природы

Ссылки

^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000163362 – Ensembl , май 2017 г.
^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000041605 – Ensembl , май 2017 г.
^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ abcd "NCBI Gene 55765" . Получено 10 февраля 2014 г.
^ "Genomatix: MatInspector". Архивировано из оригинала 2 декабря 2021 г. Получено 6 марта 2014 г.
^ ab "GEO Profiles" . Получено 6 марта 2014 г.
^ ab "Aceview" . Получено 6 марта 2014 г.
^ "Softberry" . Получено 20 апреля 2014 г.
^ "TargetScanHuman 6.2" . Получено 15 апреля 2014 г.
^ ab "Статистический анализ белковых последовательностей" . Получено 20 апреля 2014 г.
^ "Compute pI/Mw tool" . Получено 10 апреля 2014 г. .
^ ab "PSORTII" . Получено 20 апреля 2014 г.
^ "cNLS Mapper". Архивировано из оригинала 22 ноября 2021 г. Получено 20 апреля 2014 г.
^ "NetNES" . Получено 20 апреля 2014 г.
^ "NETPhos" . Получено 20 апреля 2014 г.
^ «Швейцарский институт биоинформатики: PROSITE».
^ "ExPASy COILS". Архивировано из оригинала 22 апреля 2014 года . Получено 20 апреля 2014 года .
^ "SOPMA" . Получено 27 апреля 2014 г.
^ "STRING" . Получено 15 апреля 2014 г.
^ "MINT" . Получено 15 апреля 2014 г.
^ "BLAST" . Получено 8 марта 2014 г.
^ "BLAT" . Получено 8 марта 2014 г.
^ "SDSC Biology Workbench: ClustalW" . Получено 12 марта 2014 г.
^ "dbSNP" . Получено 22 апреля 2014 г. .
^ Ривас МА; и др. (2011). «Глубокое повторное секвенирование локусов GWAS выявляет независимые редкие варианты, связанные с воспалительным заболеванием кишечника». Nature Genetics . 43 (11): 1066– 1073. doi :10.1038/ng.952. PMC 3378381 . PMID 21983784.
^ "GeneCards" . Получено 1 мая 2014 г.

Внешние ссылки

Расположение генома человека C1orf106 и страница с подробностями гена C1orf106 в браузере геномов UCSC .

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000163362 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000041605 – Ensembl , май 2017 г.

[3] "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[NCBI-5] "NCBI Gene 55765" . Получено 10 февраля 2014 г.

[6] "Genomatix: MatInspector". Архивировано из оригинала 2 декабря 2021 г. Получено 6 марта 2014 г.

[GEO_Profiles-7] "GEO Profiles" . Получено 6 марта 2014 г.

[Aceview-8] "Aceview" . Получено 6 марта 2014 г.

[9] "Softberry" . Получено 20 апреля 2014 г.

[10] "TargetScanHuman 6.2" . Получено 15 апреля 2014 г.

[SAPS-11] "Статистический анализ белковых последовательностей" . Получено 20 апреля 2014 г.

[12] "Compute pI/Mw tool" . Получено 10 апреля 2014 г. .

[PSORT-13] "PSORTII" . Получено 20 апреля 2014 г.

[14] "cNLS Mapper". Архивировано из оригинала 22 ноября 2021 г. Получено 20 апреля 2014 г.

[15] "NetNES" . Получено 20 апреля 2014 г.

[16] "NETPhos" . Получено 20 апреля 2014 г.

[17] «Швейцарский институт биоинформатики: PROSITE».

[18] "ExPASy COILS". Архивировано из оригинала 22 апреля 2014 года . Получено 20 апреля 2014 года .

[19] "SOPMA" . Получено 27 апреля 2014 г.

[20] "STRING" . Получено 15 апреля 2014 г.

[21] "MINT" . Получено 15 апреля 2014 г.

[22] "BLAST" . Получено 8 марта 2014 г.

[23] "BLAT" . Получено 8 марта 2014 г.

[24] "SDSC Biology Workbench: ClustalW" . Получено 12 марта 2014 г.

[25] "dbSNP" . Получено 22 апреля 2014 г. .

[26] Ривас МА; и др. (2011). «Глубокое повторное секвенирование локусов GWAS выявляет независимые редкие варианты, связанные с воспалительным заболеванием кишечника». Nature Genetics . 43 (11): 1066– 1073. doi :10.1038/ng.952. PMC 3378381 . PMID 21983784.

[27] "GeneCards" . Получено 1 мая 2014 г.