Консенсусная последовательность Козака
Мотив нуклеиновой кислоты в молекулярной биологии

Консенсусная последовательность Козака ( консенсус Козака или последовательность Козака ) — это мотив нуклеиновой кислоты , который функционирует как сайт инициации трансляции белка в большинстве эукариотических транскриптов мРНК . [1] Рассматриваемая как оптимальная последовательность для инициации трансляции у эукариот , последовательность является неотъемлемым аспектом регуляции белка и общего клеточного здоровья, а также имеет значение при заболеваниях человека. [1] [2] Она гарантирует, что белок правильно транслируется из генетического сообщения, опосредуя сборку рибосом и инициацию трансляции. Неправильный сайт старта может привести к нефункциональным белкам. [3] По мере того, как она становилась более изученной, возникли расширения нуклеотидной последовательности, важные основания и заметные исключения. [1] [4] [5] Последовательность была названа в честь ученого, который ее открыл, Мэрилин Козак . Козак открыла последовательность с помощью детального анализа геномных последовательностей ДНК. [6]

Последовательность Козака не следует путать с участком связывания рибосомы (RBS), который представляет собой либо 5'-конец матричной РНК , либо внутренний участок входа рибосомы (IRES).

Последовательность

Последовательность Козака была определена путем секвенирования 699 мРНК позвоночных и проверена с помощью направленного мутагенеза . [7] Хотя изначально она была ограничена подгруппой позвоночных ( т. е. человеком, коровой, кошкой, собакой, курицей, морской свинкой, хомяком, мышью, свиньей, кроликом, овцой и Xenopus ), последующие исследования подтвердили ее сохранение у высших эукариот в целом. [1] Последовательность была определена как 5'- -3' ( обобщенная здесь нотация нуклеиновых оснований ИЮПАК ), где: [7](gcc)gccRccAUGG

  1. Подчеркнутые нуклеотиды указывают на стартовый кодон трансляции , кодирующий метионин .
  2. Заглавные буквы указывают на высококонсервативные основания , то есть последовательность «AUGG» постоянна или редко, если вообще когда-либо, меняется. [8]
  3. «R» указывает на то, что в этой позиции всегда присутствует пурин ( аденин или гуанин ) (по данным Козака, аденин встречается чаще).
  4. строчная буква обозначает наиболее распространенную основу в позиции, где основа тем не менее может варьироваться
  5. последовательность в скобках (gcc) имеет неопределенное значение.

AUG — это инициирующий кодон , кодирующий аминокислоту метионин на N-конце белка. (Редко GUG используется в качестве инициирующего кодона, но метионин по-прежнему является первой аминокислотой, поскольку это мет-тРНК в инициирующем комплексе, который связывается с мРНК). Изменение в последовательности Козака изменяет ее «силу». Сила последовательности Козака относится к благоприятности инициации, влияя на то, сколько белка синтезируется из данной мРНК. [4] [9] Нуклеотид A «AUG» обозначен как +1 в последовательностях мРНК, а предшествующее основание обозначено как −1, т. е. нет позиции 0. Для «сильного» консенсуса нуклеотиды в позициях +4 (т. е. G в консенсусе) и −3 (т. е. либо A, либо G в консенсусе) относительно нуклеотида +1 должны оба соответствовать консенсусу. «Адекватный» консенсус имеет только 1 из этих сайтов, в то время как «слабый» консенсус не имеет ни одного. cc в −1 и −2 не так консервативны, но вносят вклад в общую прочность. [10] Также есть доказательства того, что G в позиции -6 важен для инициации трансляции. [4] В то время как позиции +4 и −3 в последовательности Козака имеют наибольшую относительную важность для установления благоприятного контекста инициации, было обнаружено, что мотив CC или AA в −2 и −1 важен для инициации трансляции в растениях табака и кукурузы. [11] Было обнаружено, что синтез белка в дрожжах сильно зависит от состава последовательности Козака в дрожжах, при этом обогащение аденином приводит к более высоким уровням экспрессии генов. [12] Неоптимальная последовательность Козака может позволить PIC сканировать за пределами первого сайта AUG и начинать инициацию с нижележащего кодона AUG. [13] [2]

Логотип последовательности, показывающий наиболее консервативные основания вокруг инициирующего кодона из более чем 10 000 человеческих мРНК . Более крупные буквы указывают на более высокую частоту включения. Обратите внимание на больший размер A и G в позиции 8 (−3, позиция Козака) и на G в позиции 14, что соответствует позиции (+4) в последовательности Козака.

Сборка рибосомы

Рибосома собирается на стартовом кодоне (AUG), расположенном в последовательности Козака. Перед началом трансляции сканирование выполняется прединициирующим комплексом (PIC). PIC состоит из 40S (малой рибосомной субъединицы), связанной с тройным комплексом eIF2 -GTP - intiatorMet тРНК (TC) для формирования рибосомы 43S. С помощью нескольких других факторов инициации ( eIF1 и eIF1A, eIF5 , eIF3 , полиА-связывающий белок ) он рекрутируется на 5'-конец мРНК. Эукариотическая мРНК кэпирована нуклеотидом 7-метилгуанозином (m7G), который может помочь рекрутировать PIC на мРНК и инициировать сканирование. Это присоединение к 5'-кэпу m7G подтверждается неспособностью эукариотических рибосом транслировать кольцевую мРНК, которая не имеет 5'-конца. [14] После того, как PIC связывается с мРНК, он сканирует ее до тех пор, пока не достигнет первого кодона AUG в последовательности Козака. [15] [16] Это сканирование называется сканирующим механизмом инициации.

Обзор эукариотической инициации, показывающий образование PIC и сканирующий метод инициации.

Механизм сканирования инициации начинается, когда PIC связывается с 5'-концом мРНК. Сканирование стимулируется белками Dhx29 и Ddx3/Ded1 и eIF4 . [1] Dhx29 и Ddx3/Ded1 являются геликазами DEAD-box, которые помогают раскручивать любую вторичную структуру мРНК , которая может препятствовать сканированию. [17] Сканирование мРНК продолжается до тех пор, пока не будет достигнут первый кодон AUG на мРНК, это известно как «правило первого AUG». [1] Хотя существуют исключения из «правила первого AUG», большинство исключений происходит во втором кодоне AUG, который расположен на 3–5 нуклеотидов ниже первого AUG или в пределах 10 нуклеотидов от 5'-конца мРНК. [18] В кодоне AUG антикодон метиониновой тРНК распознается кодоном мРНК. [19] При спаривании оснований со стартовым кодоном eIF5 в PIC помогает гидролизовать гуанозинтрифосфат (GTP), связанный с eIF2. [20] [21] Это приводит к структурной перестройке, которая обязывает PIC связываться с большой рибосомной субъединицей (60S) и формировать рибосомный комплекс (80S). После того, как сформирован рибосомный комплекс 80S, начинается фаза удлинения трансляции.

Первый стартовый кодон, ближайший к 5'-концу цепи, не всегда распознается, если он не содержится в последовательности, подобной Козаку. Lmx1b является примером гена со слабой консенсусной последовательностью Козака. [22] Для инициации трансляции с такого сайта требуются другие особенности в последовательности мРНК, чтобы рибосома распознала инициирующий кодон. Исключения из первого правила AUG могут возникать, если он не содержится в последовательности, подобной Козаку. Это называется сканированием с утечкой и может быть потенциальным способом управления трансляцией через инициацию. [23] Для инициации трансляции с такого сайта требуются другие особенности в последовательности мРНК, чтобы рибосома распознала инициирующий кодон.

Считается, что PIC останавливается в последовательности Козака из-за взаимодействий между eIF2 и нуклеотидами −3 и +4 в позиции Козака. [24] Эта остановка позволяет стартовому кодону и соответствующему антикодону сформировать правильную водородную связь . Консенсусная последовательность Козака настолько распространена, что сходство последовательности вокруг кодона AUG с последовательностью Козака используется в качестве критерия для поиска стартовых кодонов у эукариот. [25]

Отличия от бактериальной инициации

Механизм сканирования инициации, который использует последовательность Козака, обнаружен только у эукариот и имеет существенные отличия от способа, которым бактерии инициируют трансляцию. Самое большое отличие заключается в существовании последовательности Шайна-Дальгарно (SD) в мРНК для бактерий. Последовательность SD расположена около стартового кодона, что контрастирует с последовательностью Козака, которая фактически содержит стартовый кодон. Последовательность Шайна-Дальгарно позволяет субъединице 16S малой субъединицы рибосомы немедленно связываться с AUG (или альтернативным) стартовым кодоном. Напротив, сканирование вдоль мРНК приводит к более строгому процессу отбора для кодона AUG, чем у бактерий. [26] Примером бактериальной неразборчивости стартовых кодонов может служить использование альтернативных стартовых кодонов UUG и GUG для некоторых генов. [27]

Архейные транскрипты используют смесь последовательности SD, последовательности Козака и инициации без лидера . Известно, что галоархеи имеют вариант консенсусной последовательности Козака в своих генах Hsp70 . [28]

Мутации и болезни

Мэрилин Козак продемонстрировала, посредством систематического изучения точечных мутаций, что любые мутации сильной консенсусной последовательности в позиции −3 или в позиции +4 приводят к значительному нарушению инициации трансляции как in vitro , так и in vivo . [29] [30]

Кампомелическая дисплазия — расстройство, которое приводит к проблемам со скелетом, репродуктивной системой и/или дыхательными путями. [31] Кампомелическая дисплазия может быть результатом мутации, связанной с Козаком, в гене SOX9 . [32]

Исследования показали, что мутация G—>C в позиции −6 гена β-глобина (β+45; человек) нарушила гематологическую и биосинтетическую функцию фенотипа. Это была первая мутация, обнаруженная в последовательности Козака, и она показала 30%-ное снижение эффективности трансляции. Она была обнаружена в семье из Юго-Восточной Италии, и они страдали от талассемии промежуточной . [4]

Аналогичные наблюдения были сделаны относительно мутаций в позиции −5 от стартового кодона, AUG. Цитозин в этой позиции, в отличие от тимина, показал более эффективную трансляцию и повышенную экспрессию рецептора адгезии тромбоцитов, гликопротеина Ibα у людей. [33]

Мутации в последовательности Козака также могут иметь серьезные последствия для здоровья человека; в частности, некоторые формы врожденных пороков сердца вызваны мутациями последовательности Козака в 5'-нетранслируемой области гена GATA4 . Ген GATA4 отвечает за экспрессию генов в самых разных тканях, включая сердце. [34] Когда гуанозин в позиции -6 в последовательности Козака GATA4 мутирует в цитозин, происходит снижение уровня белка GATA4, что приводит к снижению экспрессии генов, регулируемых фактором транскрипции GATA4 и связанных с развитием дефекта межпредсердной перегородки. [35]

Способность последовательности Козака оптимизировать трансляцию может привести к появлению новых кодонов инициации в обычно нетранслируемой области 5′ (5′ UTR) конца транскрипта мРНК. Мутация AG в A была описана Боленом и др. (2017) в области, подобной Козаку, в гене SOX9 , что создало новый кодон инициации трансляции в открытой рамке считывания вне рамки считывания . Правильный кодон инициации был расположен в области, которая не соответствовала консенсусной последовательности Козака так же близко, как окружающая последовательность нового, восходящего участка инициации, что привело к снижению эффективности трансляции функционального белка SOX9. У пациента, у которого была обнаружена эта мутация, развилась акампомелическая кампомелическая дисплазия , нарушение развития, которое вызывает проблемы со скелетом, репродуктивной системой и дыхательными путями из-за недостаточной экспрессии SOX9 . [32]

Вариации в консенсусной последовательности

Консенсус Козака описывается по-разному: [36]

 65432-+234(gcc)gccRccAUGG (Козак 1987) АГННАУГН АННАУГГ АККАУГГ (Spotts et al., 1997, упоминается у Козака, 2002) GACACCAUGG ( H. sapiens HBB, HBD , R. norvegicus Hbb и т. д.)
Последовательности, подобные Козаку, у различных эукариот
БиотаФилумКонсенсусные последовательности
Позвоночные (Козак 1987)gccRccATGG[7]
Плодовая мушка ( Drosophila spp.)ЧленистоногиеatMAAMATGamc[37]
Почкующиеся дрожжи ( Saccharomyces cerevisiae )АскомикотаaAaAaAATGTCt[38]
Слизевик ( Dictyostelium discoideum )АмебозоаaaaAAAATGRna[39]
ИнфузорияИнфузорияnTaAAAATGRct[39]
Малярийные простейшие ( Plasmodium spp.)АпикомплексыtaaAAAATGAan[39]
Токсоплазма ( Toxoplasma gondii )АпикомплексыgncAaaATGg[40]
ТрипаносоматидыЭвгленозоиnnnAnnATGnC[39]
Наземные растенияacAACAATGGC[41]
Микроводоросль (Chlamydomonas reinhardtii )ХлорофитовыеgccAaCATGGcg[42] [43]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ abcdef Козак, М. (февраль 1989). «Модель сканирования для перевода: обновление». Журнал клеточной биологии . 108 (2): 229–241. doi :10.1083/jcb.108.2.229. ISSN  0021-9525. PMC 2115416.  PMID 2645293  .
  2. ^ ab Козак, Мэрилин (2002-10-16). «Расширяя пределы механизма сканирования для инициации трансляции». Gene . 299 (1): 1–34. doi :10.1016/S0378-1119(02)01056-9. ISSN  0378-1119. PMC 7126118 . PMID  12459250. 
  3. ^ Козак, Мэрилин (1999-07-08). «Инициация трансляции у прокариот и эукариот». Gene . 234 (2): 187–208. doi :10.1016/S0378-1119(99)00210-3. ISSN  0378-1119. PMID  10395892.
  4. ^ abcd De Angioletti M, Lacerra G, Sabato V, Carestia C (2004). "Beta+45 G → C: новая молчаливая мутация бета-талассемии, первая в последовательности Козака". Br J Haematol . 124 (2): 224–31. doi : 10.1046/j.1365-2141.2003.04754.x . PMID  14687034. S2CID  86704907.
  5. ^ Эрнандес, Греко; Осная, Винсент Г.; Перес-Мартинес, Ксочитль (2019-07-25). «Сохранение и изменчивость контекста кодона инициации AUG у эукариот». Тенденции в биохимических науках . 44 (12): 1009–1021. doi : 10.1016/j.tibs.2019.07.001 . ISSN  0968-0004. PMID  31353284.
  6. ^ Козак, М (1984-01-25). «Компиляция и анализ последовательностей выше трансляционного стартового сайта в эукариотических мРНК». Nucleic Acids Research . 12 (2): 857–872. doi :10.1093/nar/12.2.857. ISSN  0305-1048. PMC 318541. PMID  6694911 . 
  7. ^ abc Kozak M (октябрь 1987 г.). «Анализ 5'-некодирующих последовательностей из 699 матричных РНК позвоночных». Nucleic Acids Res . 15 (20): 8125–8148. doi :10.1093/nar/15.20.8125. PMC 306349. PMID  3313277. 
  8. ^ Номенклатура неполностью определенных оснований в последовательностях нуклеиновых кислот, NC-IUB, 1984.
  9. ^ Козак М (1984). «Точечные мутации, близкие к инициирующему кодону AUG, влияют на эффективность трансляции препроинсулина крысы in vivo». Nature . 308 (5956): 241–246. Bibcode :1984Natur.308..241K. doi :10.1038/308241a0. PMID  6700727. S2CID  4366379.
  10. ^ Козак М (1986). «Точечные мутации определяют последовательность, фланкирующую инициирующий кодон AUG, который модулирует трансляцию эукариотическими рибосомами». Cell . 44 (2): 283–92. doi :10.1016/0092-8674(86)90762-2. PMID  3943125. S2CID  15613863.
  11. ^ Лукашевич, Марцин; Фейерманн, Марк; Жерувиль, Бенедикт; Стас, Арно; Бутри, Марк (2000-05-15). «Оценка контекстной последовательности кодона инициации трансляции in plants in vivo». Plant Science . 154 (1): 89–98. doi :10.1016/S0168-9452(00)00195-3. ISSN  0168-9452. PMID  10725562.
  12. ^ Ли, Цзин; Лян, Цян; Сун, Вэньцзян; Маркизио, Марио Андреа (2017). «Нуклеотиды выше последовательности Козака сильно влияют на экспрессию генов в дрожжах S. cerevisiae». Журнал биологической инженерии . 11 : 25. doi : 10.1186/s13036-017-0068-1 . ISSN  1754-1611. PMC 5563945. PMID  28835771 . 
  13. ^ Кочетов, Алекс В. (2005-04-01). «Кодоны AUG в начале последовательностей кодирования белков часто встречаются в эукариотических мРНК с неоптимальным контекстом стартового кодона». Биоинформатика . 21 (7): 837–840. doi : 10.1093/bioinformatics/bti136 . ISSN  1367-4803. PMID  15531618.
  14. ^ Козак, Мэрилин (июль 1979). «Неспособность кольцевой мРНК прикрепляться к эукариотическим рибосомам». Nature . 280 (5717): 82–85. Bibcode :1979Natur.280...82K. doi :10.1038/280082a0. ISSN  1476-4687. PMID  15305588. S2CID  4319259.
  15. ^ Шмитт, Эммануэль; Куре, Пьер-Дамиен; Монестье, Ориан; Дюбье, Этьен; Мехулам, Ив (2019-02-21). «Распознавание стартового кодона в инициации трансляции у эукариот и архей: общее структурное ядро». Международный журнал молекулярных наук . 20 (4): 939. doi : 10.3390/ijms20040939 . ISSN  1422-0067. PMC 6412873. PMID 30795538  . 
  16. ^ Гжегорски, Стивен Дж.; Киари, Эстель Ф.; Роббинс, Эми; Киш, Филлип Э.; Кахана, Алон (2014). «Естественная изменчивость последовательностей Козака коррелирует с функцией в модели данио-рерио». PLOS ONE . ​​9 (9): e108475. Bibcode :2014PLoSO...9j8475G. doi : 10.1371/journal.pone.0108475 . PMC 4172775 . PMID  25248153. 
  17. ^ Хиннебуш, Алан Г. (2014). «Механизм сканирования инициации эукариотической трансляции». Annual Review of Biochemistry . 83 (1): 779–812. doi :10.1146/annurev-biochem-060713-035802. PMID  24499181.
  18. ^ Козак, М. (1995-03-28). «Соблюдение правила первого AUG, когда второй кодон AUG следует близко к первому». Труды Национальной академии наук . 92 (7): 2662–2666. Bibcode : 1995PNAS...92.2662K. doi : 10.1073 /pnas.92.7.2662 . ISSN  0027-8424. PMC 42278. PMID  7708701. 
  19. ^ Cigan, AM; Feng, L.; Donahue, TF (1988-10-07). "tRNAi(met) функции в направлении сканирующей рибосомы к месту начала трансляции". Science . 242 (4875): 93–97. Bibcode :1988Sci...242...93C. doi :10.1126/science.3051379. ISSN  0036-8075. PMID  3051379.
  20. ^ Пестова, Татьяна В.; Ломакин, Иван Б.; Ли, Джун Х.; Чой, Санг Ки; Девер, Томас Э.; Хеллен, Кристофер UT (январь 2000 г.). «Для соединения рибосомных субъединиц у эукариот требуется eIF5B». Nature . 403 (6767): 332–335. Bibcode :2000Natur.403..332P. doi :10.1038/35002118. ISSN  1476-4687. PMID  10659855. S2CID  3739106.
  21. ^ Algire, Mikkel A.; Maag, David; Lorsch, Jon R. (2005-10-28). «Высвобождение Pi из eIF2, а не гидролиз GTP, является этапом, контролируемым выбором стартовой точки во время инициации трансляции эукариот». Molecular Cell . 20 (2): 251–262. doi : 10.1016/j.molcel.2005.09.008 . ISSN  1097-2765. PMID  16246727.
  22. ^ Dunston JA, Hamlington JD, Zaveri J, et al. (сентябрь 2004 г.). «Человеческий ген LMX1B: транскрипционная единица, промотор и патогенные мутации». Genomics . 84 (3): 565–76. doi :10.1016/j.ygeno.2004.06.002. PMID  15498463.
  23. ^ Алехина, О.М.; Василенко, К.С. (2012). «Инициация трансляции у эукариот: универсальность модели сканирования». Биохимия (Москва) . 77 (13): 1465–1477. doi :10.1134/s0006297912130056. PMID  23379522. S2CID  14157104.
  24. ^ Хиннебуш, Алан Г. (сентябрь 2011 г.). «Молекулярный механизм сканирования и выбора стартового кодона у эукариот». Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 75 (3): 434–467. doi :10.1128/MMBR.00008-11. ISSN  1092-2172. PMC 3165540. PMID 21885680  . 
  25. ^ Louis, BG; Ganoza, MC (1988). «Сигналы, определяющие распознавание трансляционного стартового участка у эукариот и их роль в предсказании генетических рамок считывания». Molecular Biology Reports . 13 (2): 103–115. doi :10.1007/bf00539058. ISSN  0301-4851. PMID  3221841. S2CID  25936805.
  26. ^ Хуан, Хан-куэй; Юн, Хиджонг; Ханниг, Эрнест М.; Донахью, Томас Ф. (1997-09-15). «Гидролиз ГТФ контролирует строгий выбор стартового кодона AUG во время инициации трансляции в Saccharomyces cerevisiae». Гены и развитие . 11 (18): 2396–2413. doi :10.1101/gad.11.18.2396. ISSN  0890-9369. PMC 316512. PMID 9308967  . 
  27. ^ Gualerzi, CO; Pon, CL (1990-06-26). "Инициация трансляции мРНК у прокариот". Biochemistry . 29 (25): 5881–5889. doi :10.1021/bi00477a001. ISSN  0006-2960. PMID  2200518.
  28. ^ Чэнь, Вэньчао; Ян, Гопэн; Хэ, Юэ; Чжан, Шаомин; Чэнь, Хайянь; Шэнь, Пин; Чэнь, Сяндун; Хуан, Ю-Пин (17 сентября 2015 г.). «Нуклеотиды, фланкирующие стартовый кодон в мРНК hsp70 с очень короткими 5'-UTR, сильно влияют на экспрессию генов у галоархей». PLOS ONE . ​​10 (9): e0138473. Bibcode :2015PLoSO..1038473C. doi : 10.1371/journal.pone.0138473 . PMC 4574771 . PMID  26379277. 
  29. ^ Козак, Мэрилин (1986-01-31). «Точечные мутации определяют последовательность, фланкирующую инициирующий кодон AUG, который модулирует трансляцию эукариотическими рибосомами». Cell . 44 (2): 283–292. doi :10.1016/0092-8674(86)90762-2. ISSN  0092-8674. PMID  3943125. S2CID  15613863.
  30. ^ Козак, Мэрилин (март 1984). «Точечные мутации, близкие к инициирующему кодону AUG, влияют на эффективность трансляции препроинсулина крысы in vivo». Nature . 308 (5956): 241–246. Bibcode :1984Natur.308..241K. doi :10.1038/308241a0. ISSN  1476-4687. PMID  6700727. S2CID  4366379.
  31. ^ Унгер, Шелия; Шерер, Герд; Суперти-Фурга, Андреа (1993). «Кампомелическая дисплазия». GeneReviews . Сиэтл: Вашингтонский университет. PMID  20301724 – через Национальную медицинскую библиотеку NIH, Национальный центр биотехнологической информации.
  32. ^ ab Bohlen, Anna E. von; Böhm, Johann; Pop, Ramona; Johnson, Diana S.; Tolmie, John; Stücker, Ralf; Morris-Rosendahl, Deborah; Scherer, Gerd (2017). «Мутация, создающая восходящий инициирующий кодон в 5′ UTR SOX9, вызывает акампомелическую кампомелическую дисплазию». Molecular Genetics & Genomic Medicine . 5 (3): 261–268. doi :10.1002/mgg3.282. ISSN  2324-9269. PMC 5441400 . PMID  28546996. 
  33. ^ Афшар-Харгхан, Вахид; Ли, Честер К.; Хошневис-Асл, Мохаммад; Лопес, Хосе А. (1999). «Полиморфизм последовательности Козака гена гликопротеина (GP) Ib является основным фактором, определяющим уровни плазматической мембраны комплекса тромбоцитов GP Ib-IX-V». Кровь . 94 : 186–191. doi :10.1182/blood.v94.1.186.413k19_186_191.
  34. ^ Ли, Y.; Шиой, T.; Касахара, H.; Джоб, SM; Визе, RJ; Маркхэм, BE; Изумо, S. (июнь 1998 г.). «Ограниченный сердечной тканью гомеобоксный белок Csx/Nkx2.5 физически ассоциируется с цинковым пальцем белка GATA4 и кооперативно активирует экспрессию гена предсердного натрийуретического фактора». Молекулярная и клеточная биология . 18 (6): 3120–3129. doi :10.1128/mcb.18.6.3120. ISSN  0270-7306. PMC 108894. PMID 9584153  . 
  35. ^ Мохан, Раджив А.; Энгелен, Клаартье ван; Стефанович, Соня; Барнетт, Фил; Ильгун, Ахо; Баарс, Марике Дж. Х.; Боума, Берто Дж.; Малдер, Барбара Дж. М.; Кристоффельс, Винсент М.; Постма, Алекс В. (2014). «Мутация в последовательности Козака GATA4 затрудняет трансляцию в семье с дефектами межпредсердной перегородки». Американский журнал медицинской генетики, часть A. 164 (11): 2732–2738. doi : 10.1002/ajmg.a.36703. ISSN  1552-4833. PMID  25099673. S2CID  32674053.
  36. ^ Tang, Sen-Lin; Chang, Bill CH; Halgamuge, Saman K. (август 2010 г.). «Влияние функциональности гена на второй кодон: масштабное исследование состава второго кодона в трех доменах». Genomics . 96 (2): 92–101. doi : 10.1016/j.ygeno.2010.04.001 . PMID  20417269.
  37. ^ Cavener DR (февраль 1987). "Сравнение консенсусной последовательности, фланкирующей сайты начала трансляции у Drosophila и позвоночных". Nucleic Acids Res . 15 (4): 1353–61. doi :10.1093/nar/15.4.1353. PMC 340553. PMID 3822832  . 
  38. ^ Hamilton R, Watanabe CK, de Boer HA (апрель 1987 г.). «Компиляция и сравнение контекста последовательности вокруг стартовых кодонов AUG в мРНК Saccharomyces cerevisiae». Nucleic Acids Res . 15 (8): 3581–93. doi :10.1093/nar/15.8.3581. PMC 340751. PMID  3554144 . 
  39. ^ abcd Ямаути К (май 1991). "Последовательность, фланкирующая сайт инициации трансляции у простейших". Nucleic Acids Res . 19 (10): 2715–20. doi :10.1093/nar/19.10.2715. PMC 328191. PMID 2041747  . 
  40. ^ Seeber, F. (1997). «Консенсусная последовательность сайтов инициации трансляции из генов Toxoplasma gondii ». Parasitology Research . 83 (3): 309–311. doi :10.1007/s004360050254. PMID  9089733. S2CID  10433917.
  41. ^ Lütcke HA, Chow KC, Mickel FS, Moss KA, Kern HF, Scheele GA (январь 1987). «Выбор инициирующих кодонов AUG различается у растений и животных». EMBO J . 6 (1): 43–8. doi :10.1002/j.1460-2075.1987.tb04716.x. PMC 553354 . PMID  3556162. 
  42. ^ Cross F (6 февраля 2016 г.). «Связывание свободных концов в геноме хламидомонады: функциональное значение обильных восходящих открытых рамок считывания». G3 (2): 435–446. doi :10.1534/g3.115.023119. PMC 4751561 . PMID  26701783. 
  43. ^ Галлахер SD, Крейг RJ, Ганесан I, Пурвин SO, МакКоркл SR, Гримвуд J, Стренкерт D, Давиди L, Рот MS, Джефферс TL, Липтон MS, Ниёги KK, Шмутц J, Тег SM, Блейби-Хаас CE, Мерчант SS (12 февраля 2021 г.). "Широко распространенная полицистронная экспрессия генов в зеленых водорослях". Труды Национальной академии наук . 118 (7). doi : 10.1073/pnas.2017714118 . PMC 7896298 . 

Дальнейшее чтение

  • Козак М (ноябрь 1990 г.). «Вторичная структура нисходящего потока облегчает распознавание кодонов инициатора эукариотическими рибосомами». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 87 (21): 8301–5. Bibcode : 1990PNAS...87.8301K. doi : 10.1073/pnas.87.21.8301 . PMC  54943. PMID  2236042 .
  • Козак М (ноябрь 1991 г.). «Анализ последовательностей мРНК позвоночных: признаки трансляционного контроля». Журнал клеточной биологии . 115 (4): 887–903. doi :10.1083/jcb.115.4.887. PMC  2289952. PMID  1955461 .
  • Козак М (октябрь 2002 г.). «Расширяя пределы механизма сканирования для инициации трансляции». Gene . 299 (1–2): 1–34. doi :10.1016/S0378-1119(02)01056-9. PMC  7126118 . PMID  12459250.
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Kozak_consensus_sequence&oldid=1233107194"