Мотив РНК IMES-2

Консенсусная вторичная структура РНК IMES-2. Этот рисунок адаптирован из дополнительных данных предыдущей публикации. ^[1]

Предсказанная вторичная структура РНК IMES-2 в alphaproteobacterium HIMB114. Нуклеотиды пронумерованы, начиная с 5′ конца. Строки, помеченные как «0 nt», не содержат нуклеотидов.

Мотив РНК IMES -2 представляет собой консервативную структуру РНК , которая была идентифицирована в исследовании, основанном на метагеномике и биоинформатике , ^[1] а лежащие в основе последовательности РНК были идентифицированы независимо в аналогичном более раннем исследовании. ^[2] Эти РНК присутствуют в последовательностях окружающей среды , и когда они были обнаружены, не было известно, что они присутствуют в каких-либо культивируемых видах . Однако РНК IMES-2 была обнаружена в альфапротеобактерии HIMB114, которая классифицируется в кладе SAR11 морских бактерий . Это открытие согласуется с более ранними предсказаниями о том, что виды, которые используют РНК IMES-2, наиболее тесно связаны с альфапротеобактериями . ^[2] РНК IMES-2 исключительно распространены, так как в РНК, отобранных из Тихого океана , было обнаружено в два раза больше РНК IMES-2, чем рибосом ^[1] . ^[2]^[3] Известно, что только две бактериальные РНК ( 6S РНК и транспортная РНК ) транскрибируются более интенсивно, чем рибосомы.

Вторичная структура РНК IMES-2 содержит четыре структуры «стебель-петля» и один псевдоузел .

Ссылки

^ abc Weinberg Z, Perreault J, Meyer MM, Breaker RR (декабрь 2009 г.). «Исключительные структурированные некодирующие РНК, выявленные с помощью анализа бактериального метагенома». Nature . 462 (7273): 656– 659. Bibcode :2009Natur.462..656W. doi :10.1038/nature08586. PMC 4140389 . PMID 19956260.
^ abc Shi Y, Tyson GW, DeLong EF (май 2009). «Метатранскриптомика выявляет уникальные микробные малые РНК в водной толще океана». Nature . 459 (7244): 266– 269. Bibcode :2009Natur.459..266S. doi :10.1038/nature08055. PMID 19444216. S2CID 4340144.
^ Frias-Lopez J, Shi Y, Tyson GW и др. (март 2008 г.). «Экспрессия генов микробного сообщества в поверхностных водах океана». Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 105 (10): 3805–3810 . doi : 10.1073/pnas.0708897105 . PMC 2268829. PMID 18316740 .

[Weinberg2009-1] Weinberg Z, Perreault J, Meyer MM, Breaker RR (декабрь 2009 г.). «Исключительные структурированные некодирующие РНК, выявленные с помощью анализа бактериального метагенома». Nature . 462 (7273): 656– 659. Bibcode :2009Natur.462..656W. doi :10.1038/nature08586. PMC 4140389 . PMID 19956260.

[Shi2009-2] Shi Y, Tyson GW, DeLong EF (май 2009). «Метатранскриптомика выявляет уникальные микробные малые РНК в водной толще океана». Nature . 459 (7244): 266– 269. Bibcode :2009Natur.459..266S. doi :10.1038/nature08055. PMID 19444216. S2CID 4340144.

[3] Frias-Lopez J, Shi Y, Tyson GW и др. (март 2008 г.). «Экспрессия генов микробного сообщества в поверхностных водах океана». Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 105 (10): 3805–3810 . doi : 10.1073/pnas.0708897105 . PMC 2268829. PMID 18316740 .