График гидрофильности
График гидрофильности — это количественный анализ степени гидрофобности или гидрофильности аминокислот белка . Он используется для характеристики или идентификации возможной структуры или доменов белка.
График имеет аминокислотную последовательность белка на оси x , а степень гидрофобности и гидрофильности на оси y . Существует ряд методов измерения степени взаимодействия полярных растворителей , таких как вода, с определенными аминокислотами. Например, шкала Кайта-Дулитла указывает на гидрофобные аминокислоты, тогда как шкала Хоппа-Вудса измеряет гидрофильные остатки.
Анализ формы графика дает информацию о частичной структуре белка. Например, если участок из примерно 20 аминокислот показывает положительную гидрофобность, эти аминокислоты могут быть частью альфа-спирали, охватывающей липидный бислой , который состоит из гидрофобных жирных кислот. Наоборот, аминокислоты с высокой гидрофильностью указывают на то, что эти остатки находятся в контакте с растворителем или водой, и что они, следовательно, вероятно, находятся на внешней поверхности белка.
| Аминокислота | Однобуквенный код | Оценка гидропатии |
|---|---|---|
| Изолейцин | я | 4.5 |
| Валин | В | 4.2 |
| Лейцин | Л | 3.8 |
| Фенилаланин | Ф | 2.8 |
| Цистеин | С | 2.5 |
| Метионин | М | 1.9 |
| Аланин | А | 1.8 |
| Глицин | Г | -0,4 |
| Треонин | Т | -0,7 |
| Серин | С | -0,8 |
| триптофан | Вт | -0,9 |
| Тирозин | И | -1.3 |
| Пролин | П | -1.6 |
| Гистидин | ЧАС | -3.2 |
| Глутаминовая кислота | Э | -3.5 |
| Глютамин | В | -3.5 |
| Аспарагиновая кислота | Д | -3.5 |
| Аспарагин | Н | -3.5 |
| Лизин | К | -3.9 |
| Аргинин | Р | -4.5 |
Данные в приведенной выше таблице были получены с помощью компьютерной программы, которая оценивает среднюю гидрофобность сегментов в белке и использует данные, собранные из литературы.
Ссылки
Внешние ссылки
- ExPASy ProtScale
- Графики гидрофобности белков от штата Колорадо
- Графики гидропатичности из мира биоинформатики
