Галомонадовые
Семейство бактерий

Галомонадовые
GFAJ-1, выращенный на фосфоре.
Научная классификация Редактировать эту классификацию
Домен:Бактерии
Тип:Псевдомонадоты
Сорт:Гаммапротеобактерии
Заказ:Oceanospirillales
Семья:Галомонадовые
Генера

Aidingimonas
Carnimonas
Chromohalobacter
Cobetia
Deleya
Halomonas
Halotalea
Halovibrio
Kushneria
Modicisalibacter
Salicola [1]
Salinicola
Volcaniella
Zymobacter [2]

Halomonadaceae — семейство галофильных Pseudomonadota .

История

Семейство было первоначально описано в 1988 году и включало роды Halomonas и Deleya . [3]

В 1989 году Chromobacterium marismortui был переклассифицирован в Chromohalobacter marismortui, образовав третий род в семействе Halomonadaceae. [4]

Впоследствии, в 1990 году, был обнаружен вид, который первоначально предлагалось назвать Volcaniella eurihalina , образуя новый род в семействе Halomonadaceae , [5] но позднее (в 1995 году) он был переклассифицирован в состав рода Halomonas . [6]

Вид Carnimonas nigrificans (единственный представитель рода) не был отнесен к семейству из-за отсутствия двух из 15 описательных последовательностей сигнатуры 16S рРНК [7] , но было предложено переклассифицировать его в семейство. [8]

В 1996 году семейство было позже реорганизовано путем объединения родов Deleya , Halomonas и Halovibrio и вида Paracoccus halodenitrificans в Halomonas и помещения Zymobacter в это семейство. [9] Однако позже было обнаружено, что штамм Halovibrio variabilis DSM 3051 и DSM 3050 различаются, и последний был сделан типовым штаммом Halovibrio , который используется до сих пор. [10] [11] и теперь включает два вида (другой — Halovibrio denitrificans) [11]

В 2002 году Halomonas marina был переведен в собственный род Cobetia , [12] а в 2009 году Halomonas marisflavi , Halomonas indalinina и Halomonas avicenniae были переведены в новый род под названием Kushneria (5 видов).

Недавно было создано несколько родов-одиночек: в 2007 году был описан Halotalea alkalilenta , [13] в 2009 году — Aidingimonas halophila , [14] в 2006 году — Halospina denitrificans , [11] в 2009 году — Modicisalibacter tunisiensis, [15] в 2009 году — Salinicola socius . [16] В последний род были переведены два вида Halomonas salaria как Salinicola salarius и Chromohalobacter salarius как Salinicola halophilus . [17]

Семейство также содержит недавно открытую, но некультивируемую бактерию « Candidatus Portiera aleyrodidarum» (первичный эндосимбионт белокрылок [18] ).

Генера

  • Halomonas , типовой род
    • Halomonas elongata , типовой вид рода, [19] однако наиболее давно известные члены семейства — Halomonas halodentrificans (1952), [20] Chromohalobacter marismortui (1940) [21] и Chromohalobacter beijerinckii (первоначально Pseudomonas beijerinckii ). [22]
    • Halomonas titanicae
  • Aidingimonas halophila [23]
  • Кобетия
    • Cobetia marina , первоначально Pseudomonas marina , [24] затем Dalya marina , затем Halomonas marina .
    • Cobetia crustatorum , выделенный из ферментированных корейских морепродуктов [25]
  • Карнимонас
  • Хромохалобактер
    • Chromohalobacter marismortui
    • Chromohalobacter beijerinckii
    • Chromohalobacter canadensis и Chromohalobacter israelensis , ранее относившиеся к роду Halomonas
    • Chromohalobacter japonicus
    • Chromohalobacter nigrandesensis
    • Хромохалобактерии салариус
    • Chromohalobacter salexigens
    • Chromohalobacter sarecensis , фихротолерантный
  • Халоталея щелочная [26]
  • Кушнерия
    • Kushneria aurantia , типовой вид
    • Kushneria marisflavi , Kushneria indalinina и Kushneria avicenniae ранее были отнесены к Halomonas [27]
  • Модисисалибактерий
  • Портьера
  • Zymobacter , не путать с Zymomonas mobilis , альфапротеобактерией, изучающей производство биотоплива, что является простой ошибкой, которую даже Международный кодекс номенклатуры бактерий допустил в [28], как отмечено в [29].

Примечание: виды Deleya и Halovibrio теперь называются Halomonas.

Этимология

Названия происходят от Halomonas, который является типовым родом семейства, плюс суффикс -aceae, оканчивающийся на обозначение семейства [30]

Исследовать

Геомикробиолог Фелиса Вулф-Саймон с командой, финансируемой НАСА, исследует особый штамм семейства Halomonadaceae, названный GFAJ-1 , выделенный и выращенный из отложений, собранных вдоль берега озера Моно , недалеко от национального парка Йосемити в восточной Калифорнии . [31] [32] Этот штамм GFAJ-1 Halomonadaceae может расти в присутствии высоких концентраций мышьяка . [33]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ "Саликола". www.uniprot.org .
  2. ^ "Список родов, входящих в семейства: Halomonadaceae". Список названий прокариот, имеющих место в номенклатуре . Получено 25 июня 2016 г.
  3. ^ Францманн, ПД; Вехмейер, У.; Штакебрандт, Э. (1988). «Halomonadaceae fam. nov., новое семейство класса Proteobacteria для размещения родов Halomonas и Deleya». Syst. Appl. Microbiol . 11 : 16– 19. doi :10.1016/s0723-2020(88)80043-2.
  4. ^ Вентоза, А.; Гутьеррес, М.С.; Гарсия, М.Т.; Руис-Берракеро, Ф. (1989). «Классификация «Chromobacterium marismortui» в новом роде Chromohalobacter gen. nov. как Chromohalobacter marismortui comb. nov., nom. rev». Int. J. Syst. Bacteriol . 39 (4): 382– 386. doi : 10.1099/00207713-39-4-382 .
  5. ^ КЕСАДА (Э.), ВАЛЬДЕРРАМА (МЮ), БЕДЖАР (В.), ВЕНТОСА (А.), ГУТЬЕРРЕС (МК), РУИС-БЕРРАКЕРО (Ф.) и РАМОС-КОРМЕНСАНА (А.): Volcaniella eurihalina gen. ноябрь, сп. nov., умеренно галофильная неподвижная грамотрицательная палочка. Межд. Дж. Сист. Бактериол. , 1990, 40, 261-267
  6. ^ Мелладо, Э.; Мур, Э. Р. Б.; Нието, Дж. Дж.; Вентоза, А. (1995). «Филогенетические выводы и таксономические последствия сравнения последовательности рибосомальной ДНК 16S. Chromohalobacter marismortui, Volcaniella eurihalina и Deleya salina и переклассификация V. eurihalina как Halomonas eurihalina comb. nov». Int J Syst Bacteriol . 45 (4): 712– 716. doi : 10.1099/00207713-45-4-712 . PMID  7547290.
  7. ^ Garriga, M.; Ehrmann, MA; Arnau, J.; Hugas, M.; Vogel, RF (1998). "Carnimonas nigrificans gen. nov., sp. nov., бактериальный возбудитель образования черных пятен на вяленых мясных продуктах". International Journal of Systematic Bacteriology . 48 (3): 677– 86. doi : 10.1099/00207713-48-3-677 . PMID  9734022.
  8. ^ DR Arahal, W. Ludwig, KH Schleifer и A. Ventosa Филогения семейства Halomonadaceae на основе анализа последовательностей 23S и 16S рДНК. Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии , том 52, стр. 241-249
  9. ^ Dobson, SJ; Franzmann, PD (1996). «Объединение родов Deleya (Baumann et al. 1983), Halomonas (Vreeland et al. 1980) и Halovibrio (Fendrich 1988) и вида Paracoccus halodenitrificans (Robinson and Gibbons 1952) в один род Halomonas и размещение рода Zymobacter в семействе Halomonadaceae». Int. J. Syst. Bacteriol . 46 (2): 550– 558. doi : 10.1099/00207713-46-2-550 .
  10. ^ Сорокин, DY; Тиндалл, BJ (2006). «Статус названия рода Halovibrio Fendrich 1989 и идентичность штаммов Pseudomonas halophila DSM 3050 и Halomonas variabilis DSM 3051. Запрос мнения». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 56 (2): 487– 489. doi : 10.1099/ijs.0.63965-0 . PMID  16449462.
  11. ^ abc Сорокин, DY; Турова, TP; Галински, EA; Беллох, C.; Тиндалл, BJ (2006). "Чрезвычайно галофильные денитрифицирующие бактерии из гиперсоленых внутренних озер, Halovibrio denitrificans sp. nov. и Halospina denitrificans gen. nov., sp. nov., и доказательства того, что название рода Halovibrio Fendrich 1989 с типовым видом Halovibrio variabilis должно быть связано с DSM 3050". Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 56 (2): 379– 88. doi : 10.1099/ijs.0.63964-0 . PMID  16449444.
  12. ^ ARAHAL (DR), CASTILLO (AM), LUDWIG (W.), SCHLEIFER (KH) и VENTOSA (A.): Предложение Cobetia marina gen. nov., comb. nov., в пределах семейства Halomonadaceae, включить вид Halomonas marina. Syst. Appl. Microbiol. , 2002, 25, 207-211.
  13. ^ Ntougias, S.; Zervakis, GI; Fasseas, C. (2007). "Halotalea alkalilenta gen. Nov., sp. Nov., новая осмотолерантная и щелочеустойчивая бактерия из щелочных отходов оливкового завода, и исправленное описание семейства Halomonadaceae Franzmann et al. 1989, исправлено. Dobson and Franzmann 1996". Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 57 (9): 1975–1983 . doi : 10.1099/ijs.0.65078-0 . PMID  17766858.
  14. ^ Wang, Y.; Tang, S. -K.; Lou, K.; Lee, J. -C.; Jeon, CO; Xu, L. -H.; Kim, C. -J.; Li, W. -J. (2009). "Aidingimonas halophila gen. Nov., sp. Nov., умеренно галофильная бактерия, выделенная из соленого озера". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 59 (12): 3088– 3094. doi : 10.1099/ijs.0.010264-0 . PMID  19643876.
  15. ^ Бен Али Гам, З.; Абделькафи, С.; Казалот, Л.; Толозан, Дж.Л.; Уэслати, Р.; Лабат, М. (2007). «Modicisalibacter tunisiensis gen. nov., sp. nov., аэробная, умеренно галофильная бактерия, выделенная из образца закачки воды в нефтяном месторождении, и исправленное описание семейства Halomonadaceae Franzmann et al. 1989 исправить Dobson and Franzmann 1996 исправить. Ntougias et al. .2007". Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 57 (10): 2307– 13. doi : 10.1099/ijs.0.65088-0 . ПМИД  17911302.
  16. ^ Ананьина, Л.Н.; Плотникова, Е.Г.; Гавриш, Е.Ю.; Демаков, ВА; Евтушенко, ЛИ (2007). "Salinicola socius gen. nov., sp. nov., умеренно галофильная бактерия из микробной ассоциации, утилизирующей нафталин". Микробиология . 76 (3): 324–330 . doi :10.1134/s0026261707030095. S2CID  21296220.(перевод Микробиология , 2007, 76, 369-376)
  17. ^ De La Haba, RR; Sanchez-Porro, C.; Marquez, MC; Ventosa, A. (2009). «Таксономическое исследование рода Salinicola: перенос Halomonas salaria и Chromohalobacter salarius в род Salinicola как Salinicola salarius comb. Nov. и Salinicola halophilus nom. Nov., соответственно». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 60 (4): 963– 971. doi :10.1099/ijs.0.014480-0. PMID  19661506. S2CID  28728802.
  18. ^ Тао, М. Л.; Бауманн, П. (2004). «Эволюционные отношения первичных прокариотических эндосимбионтов белокрылок и их хозяев». Прикладная и экологическая микробиология . 70 (6): 3401– 3406. doi :10.1128/AEM.70.6.3401-3406.2004. PMC 427722. PMID  15184137 . 
  19. ^ Вриланд, Р. Х.; Литчфилд, К. Д.; Мартин, Э. Л.; Эллиот, Э. (1980). «Halomonas elongata, новый род и вид чрезвычайно солеустойчивых бактерий». Int. J. Syst. Bacteriol . 30 (2): 485– 495. doi : 10.1099/00207713-30-2-485 .
  20. ^ Робинсон, Дж.; Гиббонс, Н. Э. (1952). «Влияние солей на рост Micrococcus halodentrificans n. sp». Канадский журнал ботаники . 30 (2): 147– 154. doi :10.1139/b52-013.
  21. ^ Элазари-Вулкани 1940
  22. ^ Хоф 1935
  23. ^ Wang, Y.; Tang, SK; LOU, K.; LEE, JC; Jeon, CO; XU, LH; KIM, CJ; LI, WJ (2009). "Aidingimonas halophila gen. nov., sp. nov., умеренно галофильная бактерия, выделенная из соленого озера". Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 59 (12): 3088– 3094. doi : 10.1099/ijs.0.010264-0 . PMID  19643876.
  24. ^ Cobet, AB; Wirsen, C.; Jones, GE (1970). «Влияние никеля на морскую бактерию Arthrobacter marinus sp. nov». Журнал общей микробиологии . 62 (2): 159– 169. doi : 10.1099/00221287-62-2-159 . PMID  5493594.
  25. ^ KIM, MS; ROH, SW; BAE, JW (2010). "Cobetia crustatorum sp. nov., новая слегка галофильная бактерия, выделенная из традиционных ферментированных морепродуктов в Корее". Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 60 (3): 620– 626. doi : 10.1099/ijs.0.008847-0 . PMID  19654339.
  26. ^ НТУГИАС (С.), ЗЕРВАКИС (GI) и ФАССЕАС (К.): Halotalea щелочная gen. ноябрь, сп. nov., новая осмотолерантная и щелочетолерантная бактерия из отходов щелочных оливковых заводов, а также уточненное описание семейства Halomonadaceae Franzmann et al. 1989 год
  27. ^ Санчес-Порро, К.; DE, LA Хаба RR; Сото-Рамирес, Н.; Маркес, MC; Монтальво-Родригес, Р.; Вентоса, А. (2009). «Описание Kushneria aurantia gen. nov., sp. nov., нового представителя семейства Halomonadaceae, и предложение о реклассификации Halomonas marisflavi как Kushneria marisflavi comb. nov., Halomonas indalinina как Kushneria indalinina comb. nov. и Halomonas avicenniae как Kushneria avicenniae comb. nov». Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 59 (2): 397– 405. doi : 10.1099/ijs.0.001461-0 . PMID  19196785.
  28. ^ Arahal, DR; Vreeland, RH; Litchfield, CD; Mormile, MR; Tindall, BJ; Oren, A.; Bejar, V.; Quesada, E.; Ventosa, A. (2007). «Рекомендуемые минимальные стандарты для описания новых таксонов семейства Halomonadaceae». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 57 (Pt 10): 2436– 2446. doi : 10.1099/ijs.0.65430-0 . PMID  17911321.
  29. ^ Арахал, DR; Вриланд, RH; Литчфилд, CD; и др. (2008). "Errata. Рекомендуемые минимальные стандарты для описания новых таксонов семейства Halomonadaceae (т. 57, стр. 2436, 2007)". Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 58 (2673): 2008. doi : 10.1099/00207713-58-11-2673 .
  30. ^ "Классификация, таксономия и систематика прокариот (бактерий)". Архивировано из оригинала 2011-05-16.
  31. ^ Бортман, Генри (2010-12-02). «Бактерии, питающиеся мышьяком, открывают новые возможности для инопланетной жизни». Space.com . Получено 2010-12-02 .
  32. ^ Бортман, Генри (5 октября 2009 г.). «Поиск инопланетной жизни на Земле». Журнал Astrobiology (NASA) . Получено 2010-12-02 .
  33. ^ Кацнельсон, Алла (2 декабря 2010 г.). «Микроб, поедающий мышьяк, может переопределить химию жизни». Nature . doi :10.1038/news.2010.645 . Получено 2010-12-02 .
  • NASA - Журнал Astrobiology: «В поисках инопланетной жизни на Земле» — ( октябрь 2009 г.)
  • NASA.gov: «Исследование, финансируемое НАСА, открывает жизнь, созданную с помощью токсичных химикатов» Архивировано 28 августа 2011 г. на Wayback Machine — (декабрь 2010 г.)
  • Аннотация в Science Express Ф. Вулфа-Саймона и др.: «Бактерия, способная расти, используя мышьяк вместо фосфора». - (декабрь 2010 г.)
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Halomonadaceae&oldid=1183317123"