Потивирус
Род вирусов с положительной цепью РНК в семействе Potyviridae

Потивирус
Геном вируса шарки сливы с электронной микрофотографией и моделью вирионов
Классификация вирусов Редактировать эту классификацию
(без рейтинга):Вирус
Область :Рибовирус
Королевство:Орторнавирусы
Тип:Писувирикота
Сорт:Стельпавирицеты
Заказ:Пататавирусные
Семья:Потивирусы
Род:Потивирус
Разновидность

См. текст

Potyvirus — род вирусов с положительной цепью РНК (названный в честь его типового вида, Potato virus Y (PVY) ) в семействе Potyviridae . Растения служат естественными хозяевами. Подобно бегомовирусам , представители этого рода могут вызывать значительные потери в сельскохозяйственных, пастбищных, садовых и декоративных культурах. Более 200 видов тлей распространяют потивирусы, и большинство из них из подсемейства Aphidinae (роды Macrosiphum и Myzus ). [ требуется цитирование ] Род содержит 190 видов, и потивирусы составляют около тридцати процентов всех известных в настоящее время вирусов растений . [1] [2]

Структура

Вирион не имеет оболочки, имеет гибкий и нитевидный нуклеокапсид длиной от 680 до 900 нанометров (нм) и диаметром 11–20 нм. [1] Нуклеокапсид содержит около 2000 копий капсидного белка. Симметрия нуклеокапсида спиральная с шагом 3,4–3,5 нм. [1]

Геном

Геномная карта типичного представителя рода Potyvirus .

Геном представляет собой линейную, положительно-полярную , одноцепочечную РНК размером от 9000 до 12000 нуклеотидных оснований . Большинство потивирусов имеют несегментированные геномы, [1] хотя ряд видов являются двудольными. Типичные составы оснований некоторых из наиболее распространенных, нерекомбинантных штаммов типового вида PVY, варьируются между ~23,4-23,8 % G; ~31-31,6 % A; ~18,2-18,8 % C; и ~26,5-26,8 % U. [3]

У видов с монопаритетным геномом связанный с геномом белок VPg ковалентно связан с 5'-концом, а 3'-конец полиаденилирован. Геном кодирует одну открытую рамку считывания (ORF), выраженную как предшественник полипротеина 350 кДа. Этот полипротеин процессируется в десять более мелких белков: протеаза белка 1 (P1-Pro), протеаза вспомогательного компонента (HC-Pro), белок 3 (P3), цилиндрическое включение (CI), вирусный белок, связанный с геномом (Vpg), ядерное включение A (NIa), ядерное включение B (NIb), капсидный белок (CP) и два небольших предполагаемых белка, известных как 6K1 и 6K2. Цистрон P3 также содержит перекрывающуюся рамку считывания, называемую «Довольно интересная ORF Potyviridae » (PIPO). [4] PIPO кодирует альтернативный C-конец белка P3, который генерируется в подмножество транскриптов с помощью сдвига рамки +2 , вызванного механизмом проскальзывания рибосомы в консервативной последовательности повтора GA 6. [5] [6] Полученный белок называется P3N-PIPO. Подобный механизм, как полагают, создает альтернативную рамку считывания в цистроне P1, называемую «довольно интересной ORF сладкого картофеля потивируса» (PISPO), в ряде потивирусов, заражающих сладкий картофель, включая вирус перистых пятен сладкого картофеля . [7]

Протеом

Схема вириона потивируса

P1 (молекулярная масса ~33 килодальтона ( кДа)) — это сериновая протеаза , которая облегчает свое собственное расщепление от полипротеина на стыке P1-HC-Pro. [8] P1 состоит из консервативного домена протеазы C-конца и N-концевой области, которая имеет высокий уровень вариации последовательности и длины между видами потивирусов, но демонстрирует консервативные образцы внутреннего беспорядка . P1 также способствует репликации вирусной РНК, хотя это не является обязательным для нее. [9]

HC-Pro (~52 кДа) — это цистеиновая протеаза , которая расщепляет дипептид глицин -глицин на своем собственном C-конце . [8] Он также взаимодействует с эукариотическим фактором инициации 4 (eIF4). Он действует как вирусный супрессор РНК-сайленсинга посредством своих взаимодействий с белками хозяина AGO . [10] Активность HC-Pro регулируется соседним белком P1: до того, как P1 отщепляется от промежуточного продукта P1-HC-Pro, конец P1 снижает активность подавления РНК-сайленсинга HC-Pro. [8] Таким образом, скорость расщепления P1 регулирует уровень подавления РНК-интерференции во время инфекции. HC-Pro также участвует в передаче тлей. [11] Хотя точный механизм неизвестен, было предложено, что HC-Pro прикрепляется к ротовым частям тли-хозяина через свой N-концевой домен, подобный цинковому пальцу , и закрепляет вирионы посредством своих взаимодействий с капсидным белком. [12]

P3 (~41 кДа) — это мембранный белок, который необходим для репликации вируса и накапливается в вирусных репликационных пузырьках. [13] Он опосредует взаимодействие между репликационными пузырьками и белками комплекса движения, что может позволить репликационным пузырькам быть привлеченными к комплексу движения для эффективного межклеточного движения. [14] P3 также взаимодействует с большой субъединицей рибулозо -1,5-бисфосфаткарбоксилазы/оксигеназы . [ необходима цитата ]

CI (~71 кДа) — это РНК- хеликаза с активностью АТФазы . [15] Ее самым необычным свойством является ее способность образовывать большие и высокосимметричные конические и цилиндрические включения с центральным полым цилиндром, от которого слои слоистых листов расходятся наружу и складываются сами по себе в узоре, часто описываемом как « вертушки ». Эти включения легко увидеть на трансмиссионных электронных микрофотографиях инфицированных тканей и исторически использовались в качестве диагностического критерия для потивирусных инфекций. Включения CI являются основным компонентом комплекса потивирусного движения, который собирается в плазмодесмах . CI также необходим для репликации вируса и присутствует на репликационных мембранах. Его точный вклад в репликацию не ясен, но, как РНК-хеликаза, CI, вероятно, облегчает репликацию, разбирая вторичные структуры вирусной РНК.

NIa (~50 кДа) образует кристаллические включения в ядре хозяина. Он расщепляется на NIa-Pro и VPg.

NIa-Pro (~27 кДа) — это цистеиновая протеаза , которая обрабатывает большинство участков расщепления полипротеина. [16] Единственным исключением являются саморасщепления P1 и HC-Pro. Высокая степень специфичности и консервации последовательности расщепления сделала NIa-Pro (часто вируса табачной гравировки ) ценным инструментом в биотехнологии, особенно в приложениях, требующих удаления аффинных меток из рекомбинантных белков после аффинной очистки . NIa-Pro также показала, что проявляет независимую от последовательности активность ДНКазы и вмешивается в метилирование ДНК хозяина, что позволяет предположить, что NIa и/или NIa-Pro изменяют экспрессию генов хозяина . [17] Потивирусная NIa-Pro имеет высокий уровень гомологии с пикорнавирусной протеазой 3C . [18]

VPg (~22 кДа) ковалентно присоединен к 5'-концу вирусной геномной РНК посредством уридилирования и, как полагают, действует как праймер для репликации вирусного генома, подобно белкам VPg пикорнавирусов . [ 19] Это высоко неупорядоченный белок, и предполагается, что его гибкость позволяет ему взаимодействовать со многими другими вирусными белками. VPg также взаимодействует с различными белками хозяина, включая эукариотический фактор инициации 4E (eIF4E), эукариотический фактор элонгации 1A (eEF1A) и поли(А)-связывающий белок (PABP). [20] [21]

NIb (~59 кДа) — это РНК-зависимая РНК-полимераза (RdRp) суперсемейства II , которая полимеризует вирусную РНК во время репликации. [22] Как и NIa, NIb образует включения в ядре хозяина, куда он транспортируется благодаря своим двум последовательностям ядерной локализации . NIb имеет трехдоменную структуру «ладонь, большой палец и пальцы», типичную для RdRps.

6K1 (~6 кДа) функция неизвестна, но поскольку он накапливается в репликационных пузырьках и имеет трансмембранный домен , считается, что 6K1 способствует образованию пузырьков, вызванных вирусом. [23]

6K2 (~6 кДа) — это трансмембранный белок , который перестраивает мембраны хозяина в вирус-индуцированные мембранные структуры. [24] Он взаимодействует с различными белками выходного участка ЭР , образуя везикулярные и трубчатые расширения, которые в конечном итоге созревают в репликационные везикулы. [25] 6K2 имеет три основных домена: N-концевой домен, который необходим для перемещения от клетки к клетке, центральную гидрофобную трансмембранную альфа-спираль и C-концевой домен, который необходим для репликации вируса. [26]

P3N-PIPO (~25 кДа) — это специализированный белок движения, который прикрепляет комплекс движения к плазмодесме . [27] Он также может модулировать предел исключения размера плазмодесмы, взаимодействуя с белками хозяина, которые разрывают актиновые филаменты плазмодесмы и уменьшают отложение каллозы . [28] [29] Он взаимодействует как с большими, так и с малыми субъединицами рибулозо-1,5-бисфосфаткарбоксилазы/оксигеназы. [ необходима цитата ]

CP (~30 - 35 кДа) - это капсидный белок. Он имеет два концевых домена, которые неупорядочены и выставлены на поверхность вириона. [30] [31] Центральный домен ядра содержит РНК-связывающий карман, который связывается с вирусной РНК. Структура капсидного белка в потивирусах высококонсервативна, хотя существует относительно высокая степень изменчивости последовательности. Помимо инкапсуляции вириона, домен ядра CP необходим для межклеточного перемещения и способствует передаче семян. [32]

Некоторые атипичные потивирусы кодируют дополнительные белки или белковые домены, такие как P1-PISPO, алкилирование B (AlkB) и инозинтрифосфатпирофосфатазу (известную как ITPase или HAM1). [33] Такие аномалии часто располагаются в гипервариабельной области P1-HC-Pro. [8]

Жизненный цикл

Репликация и перемещение вируса мозаики сои (ВМС) внутри клетки

Передача инфекции

Большинство потивирусов передаются тлями , когда они зондируют растительные ткани своим стилетом во время питания. [34] Они не циркулируют и не размножаются внутри тли и обычно сохраняются в ней только в течение нескольких минут. Было показано, что некоторые потивирусы изменяют характер питания своих переносчиков-тлей, что может проявляться в более длительных периодах времени, проведенных на зараженных растениях, сокращении времени питания без зондирования и увеличении потребления флоэмного сока.

Передача через семена и пыльцу была зарегистрирована у некоторых видов потивирусов, например, у PVY и вируса мозаики репы (TUMV) . [35] Вегетативная передача через инфицированные клубни или прививочный материал представляет особую опасность для некоторых сельскохозяйственных культур, таких как картофель и фруктовые деревья соответственно.

Передача может также происходить при физическом контакте с зараженными растениями или через зараженные инструменты, одежду или даже воду. [36]

Перевод

После проникновения частицы потивируса становятся непокрытыми, и геномная РНК высвобождается в цитоплазму хозяина. Потивирусная РНК имитирует мРНК хозяина : белок 5' VPg имеет функциональное сходство с 5' кэпом , а 3' конец полиаденилирован . [37] VPg и его взаимодействие с eIF4E и eIF4(iso)E позволяют вирусу использовать зависящий от кэпа хозяина трансляционный аппарат для своей трансляции. Подобно эукариотической трансляции, взаимодействие VPg-eIF4E собирает комплекс eIF4F вокруг вирусной РНК.

У многих видов потивирусов было выявлено несколько слабых внутренних участков входа рибосомы (IRES), но неизвестно, является ли кэп-независимая трансляция важным механизмом трансляции для потивирусов. [37]

Репликация

Как и многие другие вирусы с положительной цепью РНК , репликация потивируса тесно связана с мембранами хозяина. [1] [38] Вирусный белок 6K2 координирует перестройку мембран хозяина в различные структуры, связанные с инфекцией, которые, в зависимости от вида потивируса, могут включать в себя все, что угодно, от небольших круглых вирусных пузырьков до сложных глобулярных структур со множеством цистерн или долей. Эти структуры усеяны вирусными комплексами репликации и часто называются «репликационными пузырьками», «вироплазмой» или «вирусными фабриками». Мембраны репликационных пузырьков происходят из различных органелл хозяина, и источники различаются у разных видов потивирусов. Некоторые источники мембран включают ЭР , хлоропласты , аппарат Гольджи и вакуоли .

Точный механизм репликации неизвестен, но он включает в себя промежуточный продукт РНК с отрицательным смыслом и требует как вирусных, так и хозяйских белков. Вирусные белки, обнаруженные в репликационных комплексах, включают HC-Pro, P3, 6K1, 6K2, CI, VPg, NIa-Pro и NIb. [39] Факторы хозяина, присутствующие в репликационных пузырьках, включают eIF4A и несколько белков теплового шока .

Межклеточное движение

Как и большинство вирусов растений, потивирусы эволюционировали, чтобы перемещаться из одной растительной клетки в другую через плазмодесмы . Однако, в отличие от некоторых хорошо изученных вирусов растений, таких как вирус табачной мозаики , потивирусы не имеют единого белка движения , а вместо этого собирают комплекс движения вокруг плазмодесмы. [40] Этот комплекс в основном состоит из трех вирусных белков: CI, CP, P3N-PIPO. Конические включения CI прикреплены к плазмодесмам с помощью P3N-PIPO на ранних стадиях заражения потивирусом. Это позволяет включению направлять либо вирусные частицы, либо вирусные комплексы РНК-CP через плазмодесмы. Везикулы репликации также привлекаются к комплексу движения, что позволяет предположить, что репликация и движение сопряжены. Везикулы репликации привлекаются с помощью P3N-PIPO, который взаимодействует как с CI, так и с P3 через общий домен P3N. [14] Взаимодействие P3 с 6K2 позволяет репликационным везикулам прикрепляться к комплексу движения.

Эволюция

Потивирусы появились между 6600 и 7250 годами назад. [41] [42] По-видимому, они появились на юго-западе Евразии или в Северной Африке . Оценочная скорость мутаций составляет около 1,15 × 10 −4 нуклеотидных замен/сайт/год. [ необходима ссылка ]

Географическое распределение

Сельское хозяйство было введено в Австралию в 18 веке. Это введение также включало патогены растений. Тридцать восемь видов потивирусов были выделены в Австралии. Восемнадцать потивирусов были обнаружены только в Австралии и предположительно являются эндемичными там. Остальные двадцать, по-видимому, были введены вместе с сельским хозяйством. [ необходима цитата ]

Диагностика

Исторически диагностика потивирусов основывалась на обнаружении различных белковых включений в инфицированных растительных клетках. Они могут появляться в виде кристаллов в цитоплазме или ядре, в виде аморфных X-телец, мембранных тел, вироплазм или вертушек. [43] Включения могут содержать или не содержать (в зависимости от вида) вирионы. [ необходима цитата ] Эти включения можно увидеть с помощью световой микроскопии в полосках листьев инфицированной растительной ткани, окрашенных оранжево-зеленым (белковая окраска), но не лазури А (окраска нуклеиновой кислоты). [44] [45] [46]

Современные методы обнаружения в основном основаны на обратной транскрипции ПЦР . [47]

Таксономия

Potyvirus содержит следующие виды: [2]

Еще четыре вируса ранее были классифицированы как виды этого рода, но были отменены из-за отсутствия информации о генетической последовательности: [48]

  • Вирус зеленой полосатости жилок коровьего гороха
  • вирус глазковой пятнистости арахиса
  • Вирус Гелениум Y
  • вирус мозаики тропеолума

Группы видов

В 1992 году потивирусы были дополнительно разделены на группы видов PVY, SCMV, BYMV, BCMV. В 2010 году Гиббс и Ошима разработали более обширную молекулярную филогению с теми же четырьмя, но также и с несколькими новыми группами: BtMV, ChVMV, DaMV, OYDV, PRSV, TEV и TuMV. [42]

ПВЙ

Содержит 16 видов, включая типовой вид рода (вирус картофеля Y). Основные хозяева: девять Solanaceae , три Amaranthus , три Asteraceae , один Lilium и один Amaryllis . [42]

Ссылки

  1. ^ abcde Иноуэ-Нагата А.К., Джордан Р., Кройце Дж., Ли Ф., Лопес-Мойя Дж.Дж., Мякинен К. и др. (май 2022 г.). «Профиль таксономии вируса ICTV: Potyviridae 2022». Журнал общей вирусологии . 103 (5): 001738. doi :10.1099/jgv.0.001738. PMID  35506996. S2CID  248515288.
  2. ^ ab "Virus Taxonomy: 2020 Release". Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV). Март 2021 г. Получено 21 мая 2021 г.
  3. ↑ Гомес М.М., де Мелло Волотао Э., Ассандри И.Р., Пейру М., Кристина Дж. (сентябрь 2020 г.). «Анализ систематической ошибки использования кодонов в нерекомбинантных штаммах вируса Y картофеля». Вирусные исследования . 286 : 198077. doi : 10.1016/j.virusres.2020.198077. PMID  32619560. S2CID  220335898.
  4. ^ Chung BY, Miller WA, Atkins JF, Firth AE (апрель 2008 г.). «Перекрывающийся существенный ген в семействе Potyviridae». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 105 (15): 5897– 5902. Bibcode : 2008PNAS..105.5897C . doi : 10.1073/pnas.0800468105 . PMC 2311343. PMID  18408156. 
  5. ^ Родамиланс Б, Валли А, Мингот А, Сан-Леон Д, Баулкомб Д, Лопес-Мойя Дж. Дж., Гарсиа Х. А. (июль 2015 г.). Саймон А. (ред.). «Проскальзывание РНК-полимеразы как механизм продукции генных продуктов сдвига рамки считывания в вирусах растений семейства потивирусов». Журнал вирусологии . 89 (13): 6965–6967 . doi :10.1128/JVI.00337-15. ПМЦ 4468506 . ПМИД  25878117. 
  6. ^ Olspert A, Chung BY, Atkins JF, Carr JP, Firth AE (август 2015 г.). «Транскрипционное проскальзывание в семействе вирусов с положительной РНК Potyviridae». EMBO Reports . 16 (8): 995–1004 . doi :10.15252/embr.201540509. PMC 4552492. PMID  26113364 . 
  7. ^ Untiveros M, Olspert A, Artola K, Firth AE, Kreuze JF, Valkonen JP (сентябрь 2016 г.). «Новая открытая рамка считывания (ORF) вируса сладкого картофеля экспрессируется посредством проскальзывания полимеразы и подавляет подавление РНК». Molecular Plant Pathology . 17 (7): 1111– 1123. doi :10.1111/mpp.12366. PMC 4979677 . PMID  26757490. 
  8. ^ abcd Pasin F, Simón-Mateo C, García JA (март 2014 г.). «Гипервариабельный аминоконец протеазы P1 модулирует репликацию потивирусов и защитные реакции хозяина». PLOS Pathogens . 10 (3): e1003985. doi : 10.1371/journal.ppat.1003985 . PMC 3946448. PMID  24603811 . 
  9. ^ Verchot J, Carrington JC (июнь 1995 г.). «Доказательства того, что протеиназа P1 потивируса функционирует в транс-положении как вспомогательный фактор для амплификации генома». Журнал вирусологии . 69 (6): 3668– 3674. doi :10.1128/jvi.69.6.3668-3674.1995. PMC 189082. PMID  7745715 . 
  10. ^ Поллари М., Де С., Ван А., Мякинен К. (октябрь 2020 г.). «Потивирусный подавитель глушителей HCPro рекрутирует и использует хозяина ARGONAUTE1 в провирусных функциях». PLOS Pathogens . 16 (10): e1008965. doi : 10.1371/journal.ppat.1008965 . PMC 7575100. PMID  33031436 . 
  11. ^ Pirone TP, Blanc S (сентябрь 1996 г.). «Передача вирусов растений через помощников». Annual Review of Phytopathology . 34 (1): 227–247 . doi :10.1146/annurev.phyto.34.1.227. PMID  15012542.
  12. ^ Valli AA, Gallo A, Rodamilans B, López-Moya JJ, García JA (март 2018 г.). «HCPro из семейства Potyviridae: завидный многозадачный вспомогательный компонент, который хотел бы иметь каждый вирус». Molecular Plant Pathology . 19 (3): 744– 763. doi :10.1111/mpp.12553. PMC 6638112. PMID  28371183 . 
  13. ^ Cui X, Yaghmaiean H, Wu G, Wu X, Chen X, Thorn G, Wang A (октябрь 2017 г.). «C-концевая область белка P3 вируса мозаики репы необходима для вирусной инфекции посредством нацеливания P3 на вирусный репликационный комплекс». Вирусология . 510 : 147–155 . doi :10.1016/j.virol.2017.07.016. PMID  28735115.
  14. ^ ab Chai M, Wu X, Liu J, Fang Y, Luan Y, Cui X и др. (март 2020 г.). Simon AE (ред.). «P3N-PIPO взаимодействует с P3 через общий N-концевой домен для привлечения вирусных репликационных везикул для перемещения от клетки к клетке». Журнал вирусологии . 94 (8). doi :10.1128/JVI.01898-19. PMC 7108826 . PMID  31969439. 
  15. ^ Sorel M, Garcia JA, German-Retana S (март 2014). «Цилиндрическая геликаза включения Potyviridae: ключевой многопартнерский и многофункциональный белок». Molecular Plant-Microbe Interactions . 27 (3): 215–226 . doi : 10.1094/MPMI-11-13-0333-CR . PMID  24405034.
  16. ^ Mann KS, Sanfaçon H (январь 2019). «Расширение репертуара вирусных протеаз РНК с положительной цепью растений». Вирусы . 11 (1): 66. doi : 10.3390/v11010066 . PMC 6357015. PMID  30650571 . 
  17. ^ Gong YN, Tang RQ, Zhang Y, Peng J, Xian O, Zhang ZH и др. (21 февраля 2020 г.). «Протеазный белок NIa, кодируемый вирусом крапчатости перца, является детерминантом патогенности и высвобождает метилирование ДНК Nicotiana benthamiana». Frontiers in Microbiology . 11 : 102. doi : 10.3389 /fmicb.2020.00102 . PMC 7047827. PMID  32153517. 
  18. ^ Koonin EV , Wolf YI, Nagasaki K, Dolja VV (декабрь 2008 г.). «Большой взрыв эволюции пикорноподобных вирусов предшествует радиации эукариотических супергрупп». Nature Reviews. Microbiology . 6 (12): 925–939 . doi : 10.1038/nrmicro2030 . PMID  18997823. S2CID  205497478.
  19. ^ Walter J, Barra A, Doublet B, Céré N, Charon J, Michon T (апрель 2019 г.). «Гидродинамическое поведение внутренне неупорядоченного белка потивируса VPg, фактора инициации трансляции eIF4E и их бинарного комплекса». International Journal of Molecular Sciences . 20 (7): 1794. doi : 10.3390/ijms20071794 . PMC 6479716 . PMID  30978975. 
  20. ^ Léonard S, Plante D, Wittmann S, Daigneault N, Fortin MG, Laliberté JF (сентябрь 2000 г.). «Образование комплекса между VPg потивируса и фактором инициации эукариот 4E трансляции коррелирует с инфекционностью вируса». Journal of Virology . 74 (17): 7730– 7737. doi :10.1128/jvi.74.17.7730-7737.2000. PMC 112301 . PMID  10933678. 
  21. ^ Ван А (4 августа 2015 г.). «Раскрытие молекулярной сети взаимодействий вирусов и растений: сложные роли факторов хозяина». Annual Review of Phytopathology . 53 (1): 45–66 . doi : 10.1146/annurev-phyto-080614-120001 . PMID  25938276.
  22. ^ Shen W, Shi Y, Dai Z, Wang A (январь 2020 г.). «РНК-зависимая РНК-полимераза NIb потивирусов играет многофункциональную, контрастную роль во время вирусной инфекции». Вирусы . 12 (1): 77. doi : 10.3390/v12010077 . PMC 7019339 . PMID  31936267. 
  23. ^ Cui H, Wang A (май 2016 г.). Simon A (ред.). «Белок вируса сливовой оспы 6K1 необходим для репликации вируса и воздействует на комплекс репликации вируса на ранней стадии инфекции». Журнал вирусологии . 90 (10): 5119– 5131. doi :10.1128/JVI.00024-16. PMC 4859702. PMID  26962227 . 
  24. ^ Laliberté JF, Sanfaçon H (1 июля 2010 г.). «Клеточное ремоделирование во время заражения вирусом растений». Annual Review of Phytopathology . 48 (1): 69– 91. doi :10.1146/annurev-phyto-073009-114239. PMID  20337516.
  25. ^ Wei T, Wang A (декабрь 2008 г.). «Биогенез цитоплазматических мембранных везикул для репликации растительного потивируса происходит в местах выхода эндоплазматического ретикулума в зависимости от COPI и COPII». Журнал вирусологии . 82 (24): 12252– 12264. doi :10.1128/JVI.01329-08. PMC 2593340. PMID  18842721. 
  26. ^ González R, Wu B, Li X, Martínez F, Elena SF (апрель 2019 г.). Wayne M (ред.). «Сканирование мутагенеза раскрывает эволюционные ограничения на связанный с мембраной 6K2 белок табачного потивируса». Genome Biology and Evolution . 11 (4): 1207– 1222. doi : 10.1093/gbe/evz069. PMC 6482416. PMID 30918938  . 
  27. ^ Wei T, Zhang C, Hong J, Xiong R, Kasschau KD, Zhou X и ​​др. (июнь 2010 г.). Manchester M (ред.). «Формирование комплексов в плазмодесмах для межклеточного перемещения потивирусов опосредовано вирусным белком P3N-PIPO». PLOS Pathogens . 6 (6): e1000962. doi : 10.1371/journal.ppat.1000962 . PMC 2891837. PMID  20585568 . 
  28. ^ Cheng G, Yang Z, Zhang H, Zhang J, Xu J (март 2020 г.). «Remorin, взаимодействующий с PCaP1, ухудшает межклеточное движение вируса мозаики репы, но ему противодействует VPg». The New Phytologist . 225 (5): 2122– 2139. Bibcode : 2020NewPh.225.2122C. doi : 10.1111/nph.16285 . PMID  31657467. S2CID  204948140.
  29. ^ Rocher M, Simon V, Jolivet MD, Sofer L, Deroubaix AF, Germain V и др. (март 2022 г.). "StREM1.3 REMORIN Protein Plays an Agonistic Role in Potyvirus Cell-to-Cell Movement in N. benthamiana". Вирусы . 14 (3): 574. doi : 10.3390/v14030574 . PMC 8951588 . PMID  35336981. 
  30. ^ Куэста Р., Юсте-Кальво С., Хиль-Картон Д., Санчес Ф., Понс Ф., Валле М. (октябрь 2019 г.). «Структура вируса мозаики репы и его вирусоподобных частиц». Научные отчеты . 9 (1): 15396. Бибкод : 2019NatSR...915396C. дои : 10.1038/s41598-019-51823-4. ПМК 6817885 . ПМИД  31659175. 
  31. ^ Кежар А, Кавчич Л, Полак М, Новачек Дж, Гутьеррес-Агирре И, Жнидарич М.Т. и др. (июль 2019 г.). «Структурная основа многозадачности белка оболочки Y вируса картофеля». Достижения науки . 5 (7): eaaw3808. Бибкод : 2019SciA....5.3808K. doi : 10.1126/sciadv.aaw3808. ПМК 6636993 . ПМИД  31328164. 
  32. ^ Мартинес-Туриньо С., Гарсия JA (январь 2020 г.). «Потивирусный белок оболочки и геномная РНК: поразительное партнерство, ведущее к сборке вириона и многому другому». В Kielian M, Mettenleiter TC, Roossinck MJ (ред.). Сборка вируса и пути выхода . Достижения в исследовании вирусов. Том 108. Academic Press. стр.  165–211 . doi :10.1016/bs.aivir.2020.09.001. ISBN 9780128207611. PMID  33837716. S2CID  224990458.
  33. ^ Pasin F, Daròs JA, Tzanetakis IE (июль 2022 г.). «Расширение протеома в эволюционной радиации Potyviridae». FEMS Microbiology Reviews . 46 (4): fuac011. doi :10.1093/femsre/fuac011. PMC 9249622. PMID  35195244. 
  34. ^ Gadhave, KR; Gautam, S; Rasmussen, DA; Srinivasan, R (17 июля 2020 г.). «Передача потивируса тлей: самый большой род РНК-вирусов, заражающих растения». Вирусы . 12 (7): 773. doi : 10.3390/v12070773 . ISSN  1999-4915. PMC 7411817. PMID 32708998  . 
  35. ^ Симмонс, Х. Э.; Манкволд, Г. П. (2014), Гуллино, М. Л.; Манкволд, Гэри (ред.), «Передача семян у Potyviridae», Глобальные перспективы здоровья семян и материала для размножения растений , Дордрехт: Springer Netherlands, стр.  3–15 , doi :10.1007/978-94-017-9389-6_1, ISBN 978-94-017-9388-9, получено 16 августа 2023 г.
  36. ^ Mehle, N.; Gutiérrez-Aguirre, I.; Prezelj, N.; Delić, D.; Vidic, U.; Ravnikar, M. (15 февраля 2014 г.). «Выживание и передача вируса картофеля Y, вируса мозаики пепино и вироида веретеновидности клубней картофеля в воде». Applied and Environmental Microbiology . 80 (4): 1455– 1462. Bibcode :2014ApEnM..80.1455M. doi :10.1128/AEM.03349-13. ISSN  0099-2240. PMC 3911042 . PMID  24334672. 
  37. ^ ab Jaramillo-Mesa, Helena; Rakotondrafara, Aurélie M. (1 октября 2023 г.). «Все яйца в одной корзине: как инфекция потивируса контролируется при единичном событии трансляции, независимом от кэпа». Семинары по клеточной и эволюционной биологии . Специальный выпуск: Патогены растений и восприимчивость к болезням. 148–149 : 51–61 . doi : 10.1016/j.semcdb.2022.12.011 . ISSN  1084-9521. PMID  36608998. S2CID  255728197.
  38. ^ Вэй, Тайюнь; Хуан, Тинг-Шьян; Макнил, Джейми; Лалиберте, Жан-Франсуа; Хун, Цзянь; Нельсон, Ричард С.; Ван, Эйминг (15 января 2010 г.). «Последовательное привлечение эндоплазматического ретикулума и хлоропластов для репликации потивируса растений». Журнал вирусологии . 84 (2): 799– 809. doi :10.1128/JVI.01824-09. ISSN  0022-538X. PMC 2798358. PMID 19906931  . 
  39. ^ Лыхмус, Андрес; Варьосало, Маркку; Мякинен, Кристина (август 2016 г.). «Состав белков мембранных структур, индуцированных 6K2, образованных во время заражения вирусом картофеля А: протеом комплекса репликации PVA». Молекулярная патология растений . 17 (6): 943–958 . doi :10.1111/mpp.12341. PMC 6638329. PMID  26574906 . 
  40. ^ Ван, Айминг (июнь 2021 г.). «Перемещение вирусов растений от клетки к клетке через плазмодесмы: современная перспектива потивирусов». Current Opinion in Virology . 48 : 10–16 . doi :10.1016/j.coviro.2021.03.002. PMID  33784579. S2CID  232431891.
  41. ^ Гиббс А. Дж., Ошима К., Филлипс М. Дж., Гиббс М. Дж. (июнь 2008 г.). «Предыстория потивирусов: их первоначальное распространение произошло на заре сельского хозяйства». PLOS ONE . 3 (6): e2523. Bibcode : 2008PLoSO...3.2523G. doi : 10.1371/journal.pone.0002523 . PMC 2429970. PMID  18575612 . 
  42. ^ abc Гиббс А., Ошима К. (2010). «Potyviruses and the digital revolution». Annual Review of Phytopathology . 48 (1). Annual Reviews : 205–223 . doi :10.1146/annurev-phyto-073009-114404. PMID  20438367. S2CID  10599654.
  43. ^ Департамент сельского хозяйства и потребительских услуг Флориды: Вирусы растений Флориды и их включения — Potyvirus
  44. ^ "Материалы и методы обнаружения вирусных включений". Университет Флориды - Институт пищевых и сельскохозяйственных наук. Архивировано из оригинала 19 февраля 2012 г.
  45. ^ Кристи, RG и Эдвардсон, JR (1977). Fla Agric. Exp. Stn Monog. № 9, 150 стр.
  46. ^ Как диагностировать вирусную инфекцию у растений? Архивировано 4 августа 2012 г. на archive.today
  47. ^ Томсон, Дарелл; Дицген, Ральф Г. (август 1995 г.). «Обнаружение ДНК- и РНК-вирусов растений с помощью ПЦР и ОТ-ПЦР с использованием протокола быстрого высвобождения вируса без гомогенизации тканей». Журнал вирусологических методов . 54 ( 2–3 ): 85–95 . doi :10.1016/0166-0934(95)00022-M. PMID  8530569.
  48. ^ Уайли С., Адамс М.Дж., Чалам С., Кройце Дж.Ф., Лопес-Мойя Дж.Дж., Ошима К., Правин С., Рабенштейн Ф., Стенгер, округ Колумбия, Ван А., Зербини Ф.М. (2016). «Создать три вида рода Potyvirus и упразднить пять видов рода Potyvirus» (PDF) . Проверено 26 июля 2021 г.

Библиография

  • Ward CW, Shukla DD (1991). «Таксономия потивирусов: текущие проблемы и некоторые решения». Intervirology . 32 (5): 269– 296. doi :10.1159/000150211. PMID  1657820.
  • King AM, et al., eds. (2012). "Potyvirus". Таксономия вирусов: классификация и номенклатура вирусов: девятый отчет Международного комитета по таксономии вирусов . Лондон: Academic Press. стр.  926–1072 . ISBN 978-0123846846. Получено 9 декабря 2014 г.
  • Таксономия UniProt: Potyvirus
  • Вирусная зона: Потивирус
  • ИКТВ
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Potyvirus&oldid=1253864191"