Вирус чеснока общий латентный

Вирус чеснока общий латентный
Классификация вирусов
(без рейтинга):	Вирус
Область :	Рибовирус
Королевство:	Орторнавирусы
Тип:	Китриновирикота
Сорт:	Альсувирицеты
Заказ:	Тимовирусы
Семья:	Betaflexiviridae
Род:	Карлавирус
Разновидность:	Вирус чеснока общий латентный

Виды вируса

Общий латентный вирус чеснока (GarCLV) — это вирус растений из рода Carlavirus , который, как было обнаружено, заражает чеснок по всему миру.^[1]^[2] Также сообщалосьоб обнаружении вируса в луке-порее и репчатом луке . ^[3]^[4]

Эпидемиология

GarCLV в основном передается через материал для размножения. ^[5] В результате он часто широко распространен среди урожая чеснока. Вирусная инфекция чеснока обычно протекает бессимптомно, но при смешанном заражении с вирусом желтой полосатости лука-порея (LYSV, Potyvirus ) или вирусом желтой карликовости лука (OYDV, Potyvirus ) может образовываться «комплекс вируса чеснока», который увеличивает тяжесть заражения другими вирусами. ^[6] Сообщалось также о заражении GarCLV других видов Allium , таких как Allium caeruleum , Allium cristophii , Allium cyathophorum , Allium nutans , Allium schoenoprasum , Allium scorodoprasum , Allium senescens subsp. montanum и Allium sphaerocephalon . ^[7]

Геном

Полный геном вируса, за исключением поли-(А)-хвоста, имеет длину 8353 нуклеотида и содержит шесть открытых рамок считывания (ORF). ^[8] ORF 2, 3, 4 представляют собой тройной блок генов (TGB), который кодирует белок движения , тогда как ORF5 представляет собой последовательность, кодирующую белок вирусной оболочки (CP). ^[9]

Филогения

Более ранние филогенетические анализы, основанные на гене капсида (CP), предполагали, что глобальные изоляты GarCLV были очень похожи и их можно разделить только на две основные группы. ^[1] Однако последние филогенетические деревья, построенные с использованием полных нуклеотидных последовательностей каждого из генов TGB и CP, сгруппировали глобальные изоляты, доступные в NCBI GenBank, в три основные клады. Изоляты в третьей группе имеют высокую генетическую изменчивость между собой и с изолятами в двух других группах, а также, по-видимому, реже встречаются в природе. Последующее популяционное исследование показало, что оба гена находились под давлением отрицательного отбора , причем давление на CP было более интенсивным, чем на TGB. Как следствие, ген TGB имеет более высокие генетические вариации, чем ген CP. Высокие вариации последовательностей гена TGB, вероятно, снизили жизнеспособность некоторых изолятов, особенно тех, которые принадлежат к высокоизменчивой кладе 3, что может быть одной из причин редкости изолятов клады 3 в природе. ^[10]

Ссылки

^ ab PARRANO, Leonardo; AFUNIAN, Mohammad; PAGLIACCIA, Deborah; DOUHAN, Greg; VIDALAKIS, Georgios (2012). «Характеристика вирусов, связанных с растениями чеснока, размноженными из различных репродуктивных тканей из Италии и других географических регионов». Phytopathologia Mediterranea . 51 (3): 549– 565. ISSN 0031-9465. JSTOR 43872342.
^ Нам, Мун; Ли, Ён-Хун; Пак, Чон Ёль; Ли, Мин-А; Бэ, Ян-Су; Лим, Сынмо; Ли, Джун Хван; Мун, Чжэ Сун; Ли, Су-Хон (1 марта 2015 г.). «Разработка мультиплексной ОТ-ПЦР для одновременного обнаружения вирусов чеснока и заболеваемости вирусным заболеванием чеснока в генетических ресурсах чеснока». Журнал патологии растений . 31 (1): 90– 96. doi : 10.5423/PPJ.NT.10.2014.0114 . PMC 4356611. PMID 25774116 .
^ Шахраин, Н.; Леземанн, Д.Э.; Готби, Т. (2008). «Обследование вирусов, заражающих лук, чеснок и лук-порей в Иране». Бюллетень ЕОКЗР . 38 (1): 131– 135. doi :10.1111/j.1365-2338.2008.01198.x.
^ Сантоса, Адьятма Ираван; Эртунч, Филиз (август 2020 г.). «Идентификация, молекулярное обнаружение и филогенетический анализ четырех вирусов, инфицирующих Allium cepa в провинции Анкара, Турция». Журнал болезней и защиты растений . 127 (4): 561– 569. doi :10.1007/s41348-020-00347-5. S2CID 225488130.
^ Lunello, P; Ducasse, DA; Helguera, M; Nome, SF; Conci, VC (2002). «Аргентинский изолят вируса желтой полосатости лука-порея может передаваться чесноку». J. Plant Pathol . 84 (1): 11-17. doi :10.4454/jpp.v84i1.1082 (неактивен 1 ноября 2024 г.).{{cite journal}}: CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на ноябрь 2024 г. ( ссылка )
^ Фахардо, Тор ВМ; Нисидзима, Марта; Бусо, Хосе А.; Торрес, Антонио К.; Авила, Антониу К.; Ресенде, Ренато О. (сентябрь 2001 г.). «Вирусный комплекс чеснока: идентификация потивирусов и карлавируса в Центральной Бразилии». Фитопатология Бразилиа . 26 (3): 619–626 . doi : 10.1590/S0100-41582001000300007 .
^ Мансури, Фатен; Крагулец, Франтишек; Духослав, Мартин; Рышанек, Павел (21 мая 2021 г.). «Недавно выявленный диапазон хозяев вирусов, инфицирующих виды рода Allium, и их распространение в шести местообитаниях в Чешской Республике». Патология растений . 70 (6): 1496–1507 . doi :10.1111/ppa.13391. S2CID 235584351.
^ Сонг, Сан Ик; Чой, Джин Нам; Сонг, Чон Тэ; Ан, Джи-Хун; Ли, Чон Соб; Ким, Минкюн; Чонг, Чон-Джу; Чой, Ян До (31 октября 2002 г.). «Полная последовательность генома латентного вируса чеснока, члена семейства карлавирусов». Molecules and Cells . 14 (2): 205– 213. doi : 10.1016/S1016-8478(23)15094-1 . ISSN 1016-8478. PMID 12442892.
^ Ядав, Винита; Маджумдер, Шахана (июнь 2019 г.). «Первая полная последовательность генома распространенного латентного вируса чеснока, встречающегося в Индии». VirusDisease . 30 (2): 311– 314. doi :10.1007/s13337-018-0505-x. PMC 6531568 . PMID 31179372.
^ Сантоса, Адьятма Ираван; Эртунч, Филиз (10 июня 2021 г.). «Филогенетический анализ и анализ разнообразия латентного вируса чеснока на основе последовательности генов TGB и CP». Plant Protection Science . 57 (3): 179– 187. doi : 10.17221/149/2020-PPS . S2CID 236311849.

[PARRANO-1] PARRANO, Leonardo; AFUNIAN, Mohammad; PAGLIACCIA, Deborah; DOUHAN, Greg; VIDALAKIS, Georgios (2012). «Характеристика вирусов, связанных с растениями чеснока, размноженными из различных репродуктивных тканей из Италии и других географических регионов». Phytopathologia Mediterranea . 51 (3): 549– 565. ISSN 0031-9465. JSTOR 43872342.

[2] Нам, Мун; Ли, Ён-Хун; Пак, Чон Ёль; Ли, Мин-А; Бэ, Ян-Су; Лим, Сынмо; Ли, Джун Хван; Мун, Чжэ Сун; Ли, Су-Хон (1 марта 2015 г.). «Разработка мультиплексной ОТ-ПЦР для одновременного обнаружения вирусов чеснока и заболеваемости вирусным заболеванием чеснока в генетических ресурсах чеснока». Журнал патологии растений . 31 (1): 90– 96. doi : 10.5423/PPJ.NT.10.2014.0114 . PMC 4356611. PMID 25774116 .

[3] Шахраин, Н.; Леземанн, Д.Э.; Готби, Т. (2008). «Обследование вирусов, заражающих лук, чеснок и лук-порей в Иране». Бюллетень ЕОКЗР . 38 (1): 131– 135. doi :10.1111/j.1365-2338.2008.01198.x.

[4] Сантоса, Адьятма Ираван; Эртунч, Филиз (август 2020 г.). «Идентификация, молекулярное обнаружение и филогенетический анализ четырех вирусов, инфицирующих Allium cepa в провинции Анкара, Турция». Журнал болезней и защиты растений . 127 (4): 561– 569. doi :10.1007/s41348-020-00347-5. S2CID 225488130.

[5] Lunello, P; Ducasse, DA; Helguera, M; Nome, SF; Conci, VC (2002). «Аргентинский изолят вируса желтой полосатости лука-порея может передаваться чесноку». J. Plant Pathol . 84 (1): 11-17. doi :10.4454/jpp.v84i1.1082 (неактивен 1 ноября 2024 г.).{{cite journal}}: CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на ноябрь 2024 г. ( ссылка )

[6] Фахардо, Тор ВМ; Нисидзима, Марта; Бусо, Хосе А.; Торрес, Антонио К.; Авила, Антониу К.; Ресенде, Ренато О. (сентябрь 2001 г.). «Вирусный комплекс чеснока: идентификация потивирусов и карлавируса в Центральной Бразилии». Фитопатология Бразилиа . 26 (3): 619–626 . doi : 10.1590/S0100-41582001000300007 .

[7] Мансури, Фатен; Крагулец, Франтишек; Духослав, Мартин; Рышанек, Павел (21 мая 2021 г.). «Недавно выявленный диапазон хозяев вирусов, инфицирующих виды рода Allium, и их распространение в шести местообитаниях в Чешской Республике». Патология растений . 70 (6): 1496–1507 . doi :10.1111/ppa.13391. S2CID 235584351.

[8] Сонг, Сан Ик; Чой, Джин Нам; Сонг, Чон Тэ; Ан, Джи-Хун; Ли, Чон Соб; Ким, Минкюн; Чонг, Чон-Джу; Чой, Ян До (31 октября 2002 г.). «Полная последовательность генома латентного вируса чеснока, члена семейства карлавирусов». Molecules and Cells . 14 (2): 205– 213. doi : 10.1016/S1016-8478(23)15094-1 . ISSN 1016-8478. PMID 12442892.

[9] Ядав, Винита; Маджумдер, Шахана (июнь 2019 г.). «Первая полная последовательность генома распространенного латентного вируса чеснока, встречающегося в Индии». VirusDisease . 30 (2): 311– 314. doi :10.1007/s13337-018-0505-x. PMC 6531568 . PMID 31179372.

[10] Сантоса, Адьятма Ираван; Эртунч, Филиз (10 июня 2021 г.). «Филогенетический анализ и анализ разнообразия латентного вируса чеснока на основе последовательности генов TGB и CP». Plant Protection Science . 57 (3): 179– 187. doi : 10.17221/149/2020-PPS . S2CID 236311849.