ГАБАРАПЛ2

ГАБАРАПЛ2
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортолога: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB
	4CO7
Идентификаторы
Псевдонимы	GABARAPL2 , ATG8, ATG8C, GATE-16, GATE16, GEF-2, GEF2, белок, ассоциированный с рецептором ГАМК типа А, например, 2
Внешние идентификаторы	ОМИМ : 607452; МГИ : 1890602; гомологен : 68550; GeneCards : GABARAPL2; OMA :GABARAPL2 — ортологи
Расположение гена ( человек )
Хр.	Хромосома 16 (человек)
Конец	75,577,881 п.н.
Расположение гена ( Мышь )
Хр.	Хромосома 8 (мышь)
Конец	112,680,244 п.н.
Паттерн экспрессии РНК
	Верх выражен в
	Понс; ; Район Бродмана 46; ; червь мозжечка; ; внутренний бледный шар; ; верхнее вестибулярное ядро; ; Гипоталамус; ; субталамическое ядро; ; спинной мозг; ; Сегмент С1; ; прилежащее ядро;
	Верх выражен в
	Гипоталамус; ; нервная трубка; ; кора мозжечка; ; ганглионарное возвышение; ; бластоциста; ; морула; ; зубчатая извилина гиппокампа гранулярная клетка образования; ; правая почка; ; Кора лобной доли; ; костный мозг;
	Больше данных по справочным выражениям
	Больше данных по справочным выражениям
Генная онтология
Молекулярная функция	Связывание рецептора ГАМК; связывание микротрубочек; Связывание АТФазы; связывание белков; связывание бета-тубулина; Связывание SNARE; связывание убиквитин-протеинлигазы;
Клеточный компонент	цитоплазма; аппарат Гольджи; мембрана Гольджи; внутриклеточная анатомическая структура; аутофагосома; мембрана аутофагосомы; цитоплазматический везикула; цитозоль;
Биологический процесс	позитивная регуляция АТФ-зависимой активности; аутофагия; транспорт белков; негативная регуляция процесса катаболизма протеасомных белков; транспорт, опосредованный внутри везикул Гольджи; макроаутофагия; созревание аутофагосом; сборка аутофагосомы; аутофагия митохондрий; клеточный ответ на азотное голодание;
	Источники:Amigo/QuickGO
Ортологи
	11345
	93739
	ENSG00000034713
	ENSMUSG00000031950
	Р60520
	Р60521
	NM_007285
	NM_026693
	NP_009216
	NP_080969
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Ген, кодирующий белок у вида Homo sapiens

Белок, подобный рецептору гамма-аминомасляной кислоты 2, представляет собой белок , который у человека кодируется геном GABARAPL2 . ^[5]^[6]

Взаимодействия

Было показано, что GABARAPL2 взаимодействует с ULK1 , ^[7] ATG4B , ^[8]^[9] и FAM134B . ^[10]

Ссылки

^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000034713 – Ensembl , май 2017 г.
^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000031950 – Ensembl , май 2017 г.
^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Xin Y, Yu L, Chen Z, Zheng L, Fu Q, Jiang J, Zhang P, Gong R, Zhao S (июнь 2001 г.). «Клонирование, паттерны экспрессии и локализация хромосом трех человеческих и двух мышиных гомологов белка, связанного с рецептором ГАМК(А)». Genomics . 74 (3): 408– 13. doi :10.1006/geno.2001.6555. PMID 11414770.
^ "Ген Энтреза: GABARAPL2 ГАМК(А) рецептор-ассоциированный белок-подобный 2".
^ Okazaki N, Yan J, Yuasa S, Ueno T, Kominami E, Masuho Y, Koga H, Muramatsu M (декабрь 2000 г.). «Взаимодействие Unc-51-подобной киназы и белков, связанных с легкой цепью 3 белка, ассоциированного с микротрубочками, в мозге: возможная роль везикулярного транспорта в удлинении аксонов». Brain Research. Molecular Brain Research . 85 ( 1– 2): 1– 12. doi :10.1016/S0169-328X(00)00218-7. PMID 11146101.
^ Ewing RM, Chu P, Elisma F, Li H, Taylor P, Climie S, McBroom-Cerajewski L, Robinson MD, O'Connor L, Li M, Taylor R, Dharsee M, Ho Y, Heilbut A, Moore L, Zhang S, Ornatsky O, Bukhman YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams SL, Moran MF, Morin GB, Topaloglou T, Figeys D (2007). "Крупномасштабное картирование взаимодействий белок-белок человека с помощью масс-спектрометрии". Молекулярная системная биология . 3 (1): 89. doi :10.1038/msb4100134. PMC 1847948. PMID 17353931 .
^ Стельцль Ю, Ворм Ю, Лаловски М, Хениг С, Брембек Ф.Х., Гёлер Х, Стродике М, Ценкнер М, Шенхерр А, Кеппен С, Тимм Дж, Минцлафф С, Абрахам С, Бок Н, Китцманн С, Гёдде А, Токсёз Э, Дрёге А, Кробич С, Корн Б, Бирхмайер В, Лерах Х, Ванкер Э.Э. (сентябрь 2005 г.). «Сеть белок-белкового взаимодействия человека: ресурс для аннотирования протеома». Клетка . 122 (6): 957–68 . doi :10.1016/j.cell.2005.08.029. hdl : 11858/00-001M-0000-0010-8592-0 . PMID 16169070. S2CID 8235923.
^ Хаминец, Александр; Генрих, Тереза; Мари, Мюриэль; Грумати, Паоло; Хюбнер, Антье К.; Акуцу, Масато; Либманн, Лутц; Штольц, Александра; Ницше, Шандор (2015-06-18). "Регуляция оборота эндоплазматического ретикулума путем селективной аутофагии". Nature . 522 (7556): 354– 358. Bibcode :2015Natur.522..354K. doi :10.1038/nature14498. ISSN 0028-0836. PMID 26040720. S2CID 4449106.

Дальнейшее чтение

Rohwer A, Kittstein W, Marks F, Gschwendt M (июль 1999). «Клонирование, экспрессия и характеристика белка, связанного с A6». European Journal of Biochemistry . 263 (2): 518–25 . doi : 10.1046/j.1432-1327.1999.00537.x . PMID 10406962.
Sagiv Y, Legesse-Miller A, Porat A, Elazar Z (апрель 2000 г.). "GATE-16, модулятор мембранного транспорта, взаимодействует с NSF и Golgi v-SNARE GOS-28". The EMBO Journal . 19 (7): 1494– 504. doi :10.1093/emboj/19.7.1494. PMC 310219. PMID 10747018 .
Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (ноябрь 2000 г.). «Клонирование ДНК с использованием in vitro сайт-специфической рекомбинации». Genome Research . 10 (11): 1788– 95. doi :10.1101/gr.143000. PMC 310948. PMID 11076863 .
Okazaki N, Yan J, Yuasa S, Ueno T, Kominami E, Masuho Y, Koga H, Muramatsu M (декабрь 2000 г.). «Взаимодействие Unc-51-подобной киназы и белков, связанных с легкой цепью 3 белка микротрубочек, в мозге: возможная роль везикулярного транспорта в удлинении аксонов». Brain Research. Molecular Brain Research . 85 ( 1– 2): 1– 12. doi :10.1016/S0169-328X(00)00218-7. PMID 11146101.
Simpson JC, Wellenreuther R, Poustka A, Pepperkok R, Wiemann S (сентябрь 2000 г.). «Систематическая субклеточная локализация новых белков, идентифицированных с помощью крупномасштабного секвенирования кДНК». EMBO Reports . 1 (3): 287– 92. doi :10.1093/embo-reports/kvd058. PMC 1083732. PMID 11256614.
Tanida I, Tanida-Miyake E, Nishitani T, Komatsu M, Yamazaki H, Ueno T, Kominami E (март 2002 г.). «Murine Apg12p имеет субстратное предпочтение для мышиного Apg7p по сравнению с тремя гомологами Apg8p». Biochemical and Biophysical Research Communications . 292 (1): 256– 62. doi :10.1006/bbrc.2002.6645. PMID 11890701.
Scherz-Shouval R, Sagiv Y, Shorer H, Elazar Z (апрель 2003 г.). "COOH-конец GATE-16, модулятора транспорта внутри Гольджи, расщепляется человеческой цистеиновой протеазой HsApg4A". Журнал биологической химии . 278 (16): 14053– 8. doi : 10.1074/jbc.M212108200 . PMID 12473658.
Виманн С., Арльт Д., Хубер В., Велленройтер Р., Шлигер С., Мерле А., Бектель С., Зауэрманн М., Корф У., Пепперкок Р., Зюльтманн Х., Пустка А. (октябрь 2004 г.). «От ORFeome к биологии: конвейер функциональной геномики». Геномные исследования . 14 (10Б): 2136– 44. doi :10.1101/gr.2576704. ПМК 528930 . ПМИД 15489336.
Руаль Дж.Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хиродзан-Кисикава Т., Дрико А., Ли Н., Берриз Г.Ф., Гиббонс Ф.Д., Дрезе М., Айви-Гедехуссу Н., Клитгорд Н., Саймон С., Боксем М., Мильштейн С., Розенберг Дж., Голдберг Д.С., Чжан Л.В., Вонг С.Л., Франклин Г., Ли С., Альбала Дж.С., Лим Дж., Фротон С, Лламосас Е, Чевик С, Бекс С, Ламеш П, Сикорски Р.С., Ванденхаут Дж, Зогби Х.И., Смоляр А, Босак С., Секерра Р., Дусетт-Стамм Л., Кьюсик М.Э., Хилл Д.Е., Рот Ф.П., Видал М. ( октябрь 2005 г.). «К карте сети белок-белковых взаимодействий человека в масштабе протеома». Природа . 437 (7062): 1173– 8. Библиографический код : 2005Natur.437.1173R. doi : 10.1038/nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
Sou YS, Tanida I, Komatsu M, Ueno T, Kominami E (февраль 2006 г.). «Фосфатидилсерин в дополнение к фосфатидилэтаноламину является in vitro мишенью модификаторов Atg8 млекопитающих, LC3, GABARAP и GATE-16». Журнал биологической химии . 281 (6): 3017– 24. doi : 10.1074/jbc.M505888200 . PMID 16303767.
Мерле А., Розенфельдер Х., Шупп И., Дель Валь С., Арльт Д., Хане Ф., Бехтель С., Симпсон Дж., Хофманн О., Хиде В., Глаттинг К.Х., Хубер В., Пепперкок Р., Пустка А., Виманн С. (январь 2006 г.). «База данных LIFEdb в 2006 году». Исследования нуклеиновых кислот . 34 (Проблема с базой данных): D415-8. дои : 10.1093/nar/gkj139. ПМЦ 1347501 . ПМИД 16381901.
Ewing RM, Chu P, Elisma F, Li H, Taylor P, Climie S, McBroom-Cerajewski L, Robinson MD, O'Connor L, Li M, Taylor R, Dharsee M, Ho Y, Heilbut A, Moore L, Zhang S, Ornatsky O, Bukhman YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams SL, Moran MF, Morin GB, Topaloglou T, Figeys D (2007). "Крупномасштабное картирование взаимодействий белок-белок человека с помощью масс-спектрометрии". Молекулярная системная биология . 3 (1): 89. doi :10.1038/msb4100134. PMC 1847948. PMID 17353931 .

Эта статья о гене на хромосоме 16 человека — заглушка . Вы можете помочь Википедии, расширив ее.

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000034713 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000031950 – Ensembl , май 2017 г.

[3] "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid11414770-5] Xin Y, Yu L, Chen Z, Zheng L, Fu Q, Jiang J, Zhang P, Gong R, Zhao S (июнь 2001 г.). «Клонирование, паттерны экспрессии и локализация хромосом трех человеческих и двух мышиных гомологов белка, связанного с рецептором ГАМК(А)». Genomics . 74 (3): 408– 13. doi :10.1006/geno.2001.6555. PMID 11414770.

[entrez-6] "Ген Энтреза: GABARAPL2 ГАМК(А) рецептор-ассоциированный белок-подобный 2".

[pmid11146101-7] Okazaki N, Yan J, Yuasa S, Ueno T, Kominami E, Masuho Y, Koga H, Muramatsu M (декабрь 2000 г.). «Взаимодействие Unc-51-подобной киназы и белков, связанных с легкой цепью 3 белка, ассоциированного с микротрубочками, в мозге: возможная роль везикулярного транспорта в удлинении аксонов». Brain Research. Molecular Brain Research . 85 ( 1– 2): 1– 12. doi :10.1016/S0169-328X(00)00218-7. PMID 11146101.

[pmid17353931-8] Ewing RM, Chu P, Elisma F, Li H, Taylor P, Climie S, McBroom-Cerajewski L, Robinson MD, O'Connor L, Li M, Taylor R, Dharsee M, Ho Y, Heilbut A, Moore L, Zhang S, Ornatsky O, Bukhman YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams SL, Moran MF, Morin GB, Topaloglou T, Figeys D (2007). "Крупномасштабное картирование взаимодействий белок-белок человека с помощью масс-спектрометрии". Молекулярная системная биология . 3 (1): 89. doi :10.1038/msb4100134. PMC 1847948. PMID 17353931 .

[pmid16169070-9] Стельцль Ю, Ворм Ю, Лаловски М, Хениг С, Брембек Ф.Х., Гёлер Х, Стродике М, Ценкнер М, Шенхерр А, Кеппен С, Тимм Дж, Минцлафф С, Абрахам С, Бок Н, Китцманн С, Гёдде А, Токсёз Э, Дрёге А, Кробич С, Корн Б, Бирхмайер В, Лерах Х, Ванкер Э.Э. (сентябрь 2005 г.). «Сеть белок-белкового взаимодействия человека: ресурс для аннотирования протеома». Клетка . 122 (6): 957–68 . doi :10.1016/j.cell.2005.08.029. hdl : 11858/00-001M-0000-0010-8592-0 . PMID 16169070. S2CID 8235923.

[10] Хаминец, Александр; Генрих, Тереза; Мари, Мюриэль; Грумати, Паоло; Хюбнер, Антье К.; Акуцу, Масато; Либманн, Лутц; Штольц, Александра; Ницше, Шандор (2015-06-18). "Регуляция оборота эндоплазматического ретикулума путем селективной аутофагии". Nature . 522 (7556): 354– 358. Bibcode :2015Natur.522..354K. doi :10.1038/nature14498. ISSN 0028-0836. PMID 26040720. S2CID 4449106.